# TARGET miniAGRP # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment miniAGRP.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 C 0.004 0.041 0.609 0.004 0.012 0.058 0.003 0.002 0.023 0.073 0.027 0.013 0.133 2 V 0.004 0.035 0.640 0.006 0.007 0.062 0.003 0.002 0.027 0.080 0.014 0.088 0.031 3 R 0.004 0.022 0.673 0.011 0.018 0.040 0.002 0.001 0.022 0.063 0.034 0.015 0.095 4 L 0.007 0.033 0.466 0.016 0.088 0.054 0.002 0.002 0.018 0.133 0.099 0.031 0.051 5 H 0.008 0.033 0.332 0.009 0.134 0.054 0.001 0.001 0.008 0.181 0.149 0.043 0.048 6 E 0.005 0.021 0.336 0.008 0.196 0.047 0.001 0.001 0.006 0.145 0.160 0.012 0.061 7 S 0.012 0.024 0.288 0.007 0.165 0.058 0.002 0.001 0.006 0.134 0.223 0.044 0.038 8 C 0.013 0.028 0.269 0.010 0.116 0.065 0.002 0.001 0.005 0.195 0.208 0.018 0.071 9 L 0.009 0.055 0.365 0.002 0.048 0.043 0.001 0.001 0.004 0.250 0.123 0.042 0.058 10 G 0.002 0.035 0.461 0.001 0.024 0.023 0.001 0.001 0.002 0.294 0.104 0.014 0.040 11 Q 0.001 0.009 0.521 0.008 0.020 0.019 0.001 0.001 0.001 0.215 0.184 0.008 0.015 12 Q 0.001 0.049 0.494 0.012 0.022 0.012 0.001 0.001 0.003 0.219 0.163 0.005 0.021 13 V 0.001 0.038 0.638 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.005 0.224 0.016 0.048 0.014 14 P 0.001 0.017 0.720 0.007 0.027 0.004 0.001 0.001 0.004 0.063 0.083 0.004 0.068 15 C 0.011 0.113 0.397 0.002 0.048 0.005 0.003 0.001 0.011 0.097 0.205 0.058 0.048 16 C 0.012 0.115 0.397 0.005 0.037 0.006 0.002 0.001 0.005 0.203 0.101 0.023 0.093 17 D 0.004 0.017 0.533 0.005 0.016 0.005 0.001 0.001 0.003 0.272 0.060 0.061 0.023 18 P 0.003 0.019 0.216 0.005 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 0.217 0.421 0.005 0.072 19 A 0.011 0.015 0.289 0.008 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 0.179 0.346 0.072 0.032 20 A 0.040 0.023 0.301 0.006 0.053 0.030 0.001 0.001 0.001 0.275 0.119 0.030 0.122 21 T 0.155 0.029 0.246 0.007 0.028 0.084 0.005 0.001 0.003 0.062 0.082 0.132 0.167 22 C 0.327 0.007 0.144 0.034 0.017 0.065 0.013 0.001 0.002 0.037 0.035 0.096 0.222 23 Y 0.488 0.006 0.038 0.003 0.007 0.072 0.025 0.001 0.003 0.008 0.007 0.105 0.237 24 C 0.546 0.003 0.033 0.014 0.021 0.095 0.037 0.001 0.003 0.007 0.005 0.073 0.163 25 R 0.521 0.005 0.022 0.012 0.013 0.082 0.049 0.002 0.008 0.008 0.007 0.140 0.133 26 F 0.394 0.005 0.026 0.015 0.025 0.074 0.034 0.001 0.006 0.008 0.030 0.047 0.337 27 F 0.188 0.008 0.075 0.104 0.036 0.102 0.018 0.002 0.008 0.058 0.085 0.221 0.097 28 N 0.097 0.005 0.123 0.159 0.027 0.065 0.005 0.001 0.003 0.107 0.068 0.112 0.227 29 A 0.084 0.007 0.167 0.029 0.053 0.081 0.012 0.001 0.005 0.066 0.064 0.099 0.334 30 F 0.216 0.030 0.078 0.025 0.037 0.056 0.057 0.001 0.012 0.037 0.078 0.104 0.269 31 C 0.263 0.016 0.108 0.040 0.045 0.072 0.066 0.001 0.010 0.048 0.069 0.106 0.156 32 Y 0.209 0.020 0.170 0.006 0.019 0.068 0.047 0.001 0.017 0.071 0.068 0.158 0.144 33 C 0.035 0.030 0.537 0.002 0.008 0.030 0.012 0.001 0.017 0.040 0.057 0.047 0.187 34 R 0.001 0.004 0.953 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.002 0.021