# TARGET miniAGRP # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment miniAGRP.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.3349 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 C 0.030 0.032 0.020 0.048 0.047 0.065 0.139 0.154 0.182 0.162 0.121 2 V 0.052 0.047 0.051 0.096 0.102 0.116 0.170 0.118 0.114 0.080 0.052 3 R 0.088 0.136 0.156 0.224 0.166 0.096 0.072 0.031 0.018 0.008 0.005 4 L 0.018 0.032 0.030 0.064 0.074 0.103 0.181 0.162 0.150 0.114 0.074 5 H 0.053 0.062 0.058 0.158 0.187 0.154 0.159 0.082 0.052 0.025 0.010 6 E 0.264 0.183 0.191 0.178 0.086 0.049 0.028 0.011 0.006 0.003 0.002 7 S 0.045 0.106 0.090 0.178 0.150 0.135 0.139 0.074 0.046 0.025 0.013 8 C 0.019 0.014 0.009 0.020 0.031 0.058 0.144 0.166 0.199 0.179 0.160 9 L 0.146 0.189 0.093 0.162 0.122 0.087 0.094 0.045 0.032 0.018 0.013 10 G 0.469 0.142 0.081 0.114 0.072 0.044 0.036 0.017 0.013 0.007 0.005 11 Q 0.176 0.130 0.060 0.177 0.140 0.111 0.104 0.050 0.028 0.015 0.008 12 Q 0.250 0.219 0.084 0.169 0.107 0.073 0.054 0.022 0.013 0.006 0.004 13 V 0.020 0.026 0.015 0.049 0.072 0.108 0.177 0.175 0.168 0.121 0.069 14 P 0.164 0.161 0.045 0.131 0.126 0.105 0.107 0.066 0.046 0.030 0.020 15 C 0.064 0.051 0.022 0.077 0.088 0.096 0.159 0.139 0.136 0.097 0.071 16 C 0.061 0.030 0.013 0.052 0.062 0.080 0.150 0.147 0.154 0.129 0.122 17 D 0.153 0.153 0.063 0.180 0.138 0.094 0.082 0.054 0.042 0.026 0.015 18 P 0.222 0.178 0.043 0.134 0.109 0.094 0.096 0.055 0.035 0.023 0.011 19 A 0.129 0.066 0.033 0.093 0.094 0.095 0.143 0.109 0.102 0.083 0.054 20 A 0.126 0.125 0.061 0.166 0.137 0.125 0.133 0.058 0.038 0.021 0.011 21 T 0.058 0.139 0.073 0.274 0.177 0.109 0.079 0.041 0.027 0.015 0.009 22 C 0.051 0.025 0.017 0.039 0.047 0.069 0.156 0.167 0.177 0.150 0.101 23 Y 0.019 0.039 0.046 0.157 0.165 0.154 0.188 0.100 0.073 0.039 0.020 24 C 0.012 0.022 0.046 0.073 0.068 0.082 0.148 0.142 0.170 0.147 0.090 25 R 0.027 0.041 0.089 0.231 0.185 0.148 0.131 0.069 0.045 0.023 0.011 26 F 0.025 0.032 0.065 0.066 0.061 0.075 0.187 0.166 0.169 0.106 0.046 27 F 0.015 0.026 0.072 0.107 0.086 0.095 0.153 0.143 0.147 0.103 0.056 28 N 0.038 0.083 0.150 0.199 0.182 0.132 0.114 0.053 0.031 0.013 0.005 29 A 0.093 0.082 0.134 0.138 0.098 0.096 0.131 0.092 0.072 0.045 0.020 30 F 0.066 0.109 0.075 0.155 0.143 0.120 0.144 0.083 0.060 0.033 0.012 31 C 0.070 0.063 0.046 0.063 0.054 0.066 0.131 0.136 0.156 0.128 0.086 32 Y 0.112 0.128 0.096 0.190 0.158 0.115 0.097 0.049 0.032 0.017 0.007 33 C 0.076 0.064 0.047 0.078 0.080 0.089 0.145 0.134 0.138 0.098 0.052 34 R 0.126 0.132 0.058 0.184 0.156 0.104 0.094 0.062 0.047 0.025 0.012