# TARGET miniAGRP
# Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net
# This is a 4-layer network, with 
#	window	units
#	    5	   15
#	    7	   15
#	    9	   15
#	   13	    7 (1 EBGHSTL )
# The input amino acid frequencies were determined from
# alignment miniAGRP.t2k-thin90.a2m.gz
# with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1)
# Counts were regularized to probabilities using
# /projects/compbio/lib/recode3.20comp
# Total sequence weight for alignment was 9
#
Pos	AA	E	B	G	H	S	T	C
10N	1S	5N	5N	5N	5N	5N	5N	5N
1	C	0.004	0.001	0.001	0.002	0.004	0.002	0.986
2	V	0.158	0.041	0.008	0.040	0.012	0.019	0.721
3	R	0.176	0.057	0.013	0.047	0.063	0.030	0.614
4	L	0.114	0.017	0.084	0.161	0.080	0.099	0.445
5	H	0.075	0.012	0.189	0.185	0.118	0.135	0.286
6	E	0.067	0.015	0.235	0.212	0.149	0.134	0.188
7	S	0.068	0.026	0.186	0.176	0.137	0.174	0.233
8	C	0.056	0.031	0.083	0.145	0.174	0.228	0.283
9	L	0.036	0.023	0.057	0.094	0.241	0.261	0.287
10	G	0.030	0.010	0.037	0.045	0.350	0.218	0.310
11	Q	0.034	0.015	0.031	0.022	0.240	0.170	0.488
12	Q	0.078	0.120	0.021	0.014	0.190	0.062	0.516
13	V	0.078	0.022	0.014	0.010	0.273	0.036	0.568
14	P	0.137	0.026	0.020	0.009	0.320	0.093	0.393
15	C	0.268	0.067	0.024	0.005	0.130	0.087	0.418
16	C	0.313	0.066	0.016	0.006	0.220	0.084	0.295
17	D	0.152	0.049	0.026	0.035	0.209	0.072	0.457
18	P	0.011	0.004	0.283	0.195	0.134	0.297	0.076
19	A	0.010	0.009	0.271	0.205	0.085	0.314	0.107
20	A	0.013	0.011	0.212	0.126	0.166	0.392	0.079
21	T	0.026	0.008	0.090	0.142	0.268	0.322	0.144
22	C	0.058	0.034	0.053	0.197	0.154	0.319	0.184
23	Y	0.103	0.017	0.089	0.295	0.106	0.265	0.125
24	C	0.241	0.024	0.075	0.346	0.117	0.086	0.110
25	R	0.323	0.029	0.052	0.343	0.043	0.063	0.148
26	F	0.270	0.007	0.056	0.402	0.033	0.172	0.060
27	F	0.317	0.013	0.047	0.345	0.049	0.151	0.078
28	N	0.276	0.004	0.079	0.282	0.078	0.135	0.145
29	A	0.398	0.012	0.067	0.173	0.080	0.138	0.132
30	F	0.500	0.030	0.041	0.124	0.068	0.087	0.150
31	C	0.440	0.009	0.042	0.100	0.080	0.183	0.146
32	Y	0.358	0.026	0.022	0.073	0.105	0.204	0.212
33	C	0.160	0.039	0.014	0.050	0.024	0.134	0.579
34	R	0.002	0.001	0.001	0.003	0.003	0.002	0.990