# TARGET miniAGRP # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment miniAGRP.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.3349 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 C 0.413 0.145 0.198 0.107 0.043 0.031 0.032 0.011 0.014 0.005 0.001 2 V 0.329 0.385 0.176 0.038 0.023 0.020 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 3 R 0.340 0.149 0.408 0.023 0.010 0.040 0.008 0.001 0.016 0.002 0.001 4 L 0.507 0.142 0.177 0.086 0.018 0.037 0.009 0.002 0.019 0.001 0.001 5 H 0.446 0.173 0.152 0.093 0.043 0.030 0.027 0.006 0.025 0.004 0.001 6 E 0.533 0.104 0.183 0.088 0.039 0.017 0.017 0.005 0.008 0.005 0.001 7 S 0.420 0.101 0.183 0.181 0.063 0.014 0.009 0.012 0.010 0.006 0.001 8 C 0.255 0.148 0.231 0.166 0.051 0.054 0.032 0.008 0.046 0.008 0.001 9 L 0.242 0.125 0.282 0.230 0.017 0.025 0.042 0.003 0.029 0.003 0.001 10 G 0.096 0.008 0.074 0.030 0.058 0.003 0.044 0.373 0.002 0.312 0.001 11 Q 0.283 0.110 0.313 0.190 0.028 0.035 0.018 0.006 0.011 0.003 0.003 12 Q 0.154 0.204 0.393 0.115 0.022 0.050 0.027 0.006 0.024 0.003 0.002 13 V 0.028 0.295 0.430 0.003 0.021 0.022 0.011 0.001 0.188 0.001 0.001 14 P 0.204 0.010 0.711 0.011 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 15 C 0.164 0.166 0.230 0.211 0.080 0.069 0.029 0.020 0.026 0.005 0.001 16 C 0.164 0.256 0.236 0.193 0.051 0.047 0.013 0.005 0.030 0.005 0.001 17 D 0.037 0.162 0.448 0.010 0.086 0.056 0.026 0.002 0.161 0.010 0.001 18 P 0.762 0.004 0.132 0.052 0.001 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 19 A 0.624 0.029 0.109 0.172 0.013 0.018 0.010 0.011 0.010 0.003 0.001 20 A 0.605 0.045 0.109 0.150 0.025 0.022 0.021 0.011 0.006 0.005 0.001 21 T 0.482 0.123 0.109 0.186 0.041 0.020 0.017 0.006 0.013 0.003 0.001 22 C 0.502 0.134 0.093 0.176 0.046 0.017 0.010 0.007 0.011 0.004 0.001 23 Y 0.546 0.125 0.075 0.120 0.023 0.042 0.033 0.006 0.027 0.004 0.001 24 C 0.686 0.101 0.094 0.043 0.026 0.025 0.006 0.002 0.013 0.003 0.001 25 R 0.823 0.056 0.034 0.044 0.013 0.015 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 26 F 0.759 0.062 0.035 0.088 0.010 0.021 0.007 0.002 0.015 0.001 0.001 27 F 0.523 0.161 0.094 0.146 0.023 0.025 0.012 0.002 0.013 0.001 0.001 28 N 0.712 0.048 0.050 0.069 0.016 0.020 0.068 0.008 0.007 0.002 0.001 29 A 0.529 0.193 0.065 0.076 0.110 0.008 0.007 0.004 0.006 0.002 0.001 30 F 0.585 0.126 0.080 0.156 0.019 0.015 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 31 C 0.404 0.228 0.129 0.122 0.049 0.023 0.010 0.004 0.028 0.003 0.001 32 Y 0.295 0.141 0.098 0.262 0.035 0.044 0.066 0.011 0.042 0.006 0.001 33 C 0.203 0.170 0.336 0.127 0.033 0.053 0.031 0.007 0.032 0.007 0.001 34 R 0.312 0.170 0.224 0.103 0.062 0.031 0.039 0.019 0.018 0.021 0.001