# TARGET miniAGRP
# Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net
# This is a 4-layer network, with 
#	window	units
#	    5	   15
#	    7	   15
#	    9	   15
#	   13	   11 (1 ABCDEFGHIST )
# The input amino acid frequencies were determined from
# alignment miniAGRP.t2k-thin90.a2m.gz
# with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1)
# Counts were regularized to probabilities using
# /projects/compbio/lib/recode3.20comp
# Total sequence weight for alignment was 9
#
Pos	AA	A	B	C	D	E	F	G	H	I	S	T
10N	1S	5N	5N	5N	5N	5N	5N	5N	5N	5N	5N	5N
1	C	0.232	0.092	0.042	0.017	0.214	0.015	0.027	0.060	0.078	0.128	0.095
2	V	0.074	0.366	0.161	0.019	0.228	0.010	0.014	0.038	0.032	0.032	0.027
3	R	0.133	0.257	0.096	0.014	0.239	0.011	0.028	0.085	0.052	0.039	0.047
4	L	0.112	0.099	0.053	0.034	0.164	0.030	0.042	0.152	0.144	0.121	0.048
5	H	0.048	0.147	0.077	0.042	0.130	0.030	0.055	0.225	0.162	0.062	0.021
6	E	0.058	0.059	0.042	0.044	0.066	0.034	0.072	0.206	0.203	0.171	0.045
7	S	0.068	0.161	0.089	0.041	0.158	0.019	0.049	0.138	0.107	0.126	0.044
8	C	0.112	0.086	0.033	0.021	0.155	0.023	0.049	0.132	0.120	0.196	0.072
9	L	0.038	0.152	0.212	0.139	0.085	0.045	0.079	0.086	0.056	0.084	0.024
10	G	0.030	0.144	0.172	0.209	0.059	0.067	0.054	0.076	0.057	0.101	0.030
11	Q	0.083	0.237	0.123	0.021	0.201	0.013	0.048	0.083	0.078	0.081	0.032
12	Q	0.080	0.300	0.253	0.026	0.204	0.009	0.014	0.023	0.023	0.034	0.034
13	V	0.051	0.400	0.227	0.024	0.198	0.016	0.023	0.023	0.016	0.008	0.016
14	P	0.095	0.285	0.117	0.015	0.225	0.022	0.046	0.056	0.050	0.044	0.044
15	C	0.142	0.168	0.088	0.014	0.256	0.018	0.055	0.065	0.046	0.082	0.067
16	C	0.036	0.308	0.151	0.081	0.127	0.032	0.017	0.024	0.035	0.151	0.039
17	D	0.060	0.278	0.200	0.035	0.199	0.010	0.017	0.098	0.066	0.017	0.020
18	P	0.008	0.023	0.019	0.006	0.013	0.012	0.038	0.367	0.339	0.159	0.015
19	A	0.025	0.067	0.018	0.006	0.087	0.005	0.040	0.413	0.263	0.063	0.013
20	A	0.010	0.019	0.012	0.006	0.015	0.006	0.017	0.442	0.328	0.127	0.019
21	T	0.003	0.026	0.010	0.002	0.015	0.009	0.132	0.594	0.167	0.040	0.003
22	C	0.051	0.013	0.003	0.001	0.051	0.003	0.025	0.622	0.167	0.046	0.018
23	Y	0.010	0.026	0.019	0.015	0.019	0.007	0.037	0.625	0.178	0.054	0.011
24	C	0.017	0.023	0.005	0.002	0.043	0.004	0.026	0.674	0.184	0.016	0.005
25	R	0.008	0.010	0.004	0.003	0.013	0.004	0.067	0.753	0.123	0.013	0.003
26	F	0.022	0.005	0.002	0.004	0.019	0.013	0.084	0.659	0.117	0.066	0.010
27	F	0.030	0.044	0.008	0.011	0.057	0.022	0.052	0.577	0.142	0.042	0.013
28	N	0.042	0.023	0.016	0.017	0.048	0.020	0.060	0.532	0.147	0.068	0.028
29	A	0.032	0.049	0.023	0.014	0.066	0.026	0.069	0.489	0.157	0.059	0.016
30	F	0.092	0.068	0.016	0.010	0.150	0.011	0.054	0.384	0.132	0.049	0.033
31	C	0.050	0.065	0.015	0.012	0.115	0.041	0.140	0.354	0.128	0.060	0.019
32	Y	0.098	0.077	0.027	0.019	0.148	0.020	0.042	0.134	0.094	0.248	0.093
33	C	0.163	0.144	0.050	0.017	0.252	0.015	0.032	0.117	0.066	0.081	0.064
34	R	0.041	0.142	0.066	0.028	0.113	0.033	0.080	0.231	0.136	0.104	0.026