# TARGET miniAGRP
# Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net
# This is a 4-layer network, with 
#	window	units
#	    5	   15
#	    7	   15
#	    9	   15
#	   13	    7 (1 CB_burial_14_7 )
# The input amino acid frequencies were determined from
# alignment miniAGRP.t2k-thin90.a2m.gz
# with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1)
# Counts were regularized to probabilities using
# /projects/compbio/lib/recode3.20comp
# Total sequence weight for alignment was 9
#
Pos	AA	A	B	C	D	E	F	G
10N	1S	5N	5N	5N	5N	5N	5N	5N
1	C	0.347	0.226	0.174	0.146	0.077	0.027	0.003
2	V	0.345	0.210	0.166	0.142	0.091	0.038	0.006
3	R	0.403	0.250	0.151	0.114	0.058	0.021	0.004
4	L	0.323	0.223	0.162	0.143	0.099	0.043	0.008
5	H	0.232	0.251	0.210	0.176	0.088	0.034	0.008
6	E	0.198	0.244	0.194	0.177	0.120	0.054	0.012
7	S	0.143	0.170	0.196	0.217	0.179	0.082	0.013
8	C	0.383	0.296	0.161	0.101	0.046	0.013	0.001
9	L	0.526	0.303	0.115	0.044	0.010	0.002	0.001
10	G	0.694	0.209	0.062	0.026	0.008	0.002	0.001
11	Q	0.547	0.251	0.108	0.065	0.023	0.005	0.001
12	Q	0.520	0.267	0.121	0.068	0.020	0.003	0.001
13	V	0.543	0.211	0.112	0.084	0.041	0.009	0.001
14	P	0.437	0.329	0.132	0.068	0.025	0.007	0.001
15	C	0.369	0.290	0.188	0.101	0.034	0.014	0.003
16	C	0.505	0.276	0.114	0.061	0.031	0.011	0.002
17	D	0.407	0.328	0.148	0.077	0.030	0.008	0.001
18	P	0.401	0.282	0.172	0.105	0.030	0.008	0.001
19	A	0.343	0.249	0.170	0.149	0.068	0.019	0.002
20	A	0.347	0.311	0.180	0.116	0.040	0.005	0.001
21	T	0.170	0.302	0.256	0.185	0.072	0.013	0.002
22	C	0.036	0.075	0.104	0.171	0.260	0.291	0.063
23	Y	0.025	0.104	0.153	0.290	0.246	0.136	0.046
24	C	0.048	0.152	0.165	0.219	0.232	0.148	0.036
25	R	0.040	0.153	0.288	0.299	0.154	0.054	0.012
26	F	0.063	0.087	0.085	0.169	0.221	0.274	0.102
27	F	0.067	0.107	0.125	0.226	0.268	0.173	0.034
28	N	0.148	0.263	0.253	0.204	0.093	0.034	0.006
29	A	0.058	0.128	0.171	0.225	0.222	0.150	0.046
30	F	0.032	0.078	0.142	0.204	0.252	0.222	0.069
31	C	0.040	0.078	0.108	0.214	0.278	0.236	0.047
32	Y	0.122	0.268	0.210	0.186	0.127	0.067	0.021
33	C	0.177	0.185	0.175	0.206	0.153	0.081	0.023
34	R	0.299	0.279	0.199	0.139	0.060	0.019	0.004