# TARGET miniAGRP # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment miniAGRP.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1.85826 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 C 0.006 0.026 0.671 0.007 0.007 0.017 0.003 0.001 0.017 0.078 0.029 0.013 0.126 2 V 0.005 0.033 0.631 0.003 0.003 0.010 0.003 0.001 0.031 0.068 0.005 0.179 0.028 3 R 0.003 0.027 0.692 0.003 0.004 0.018 0.002 0.002 0.033 0.035 0.007 0.018 0.156 4 L 0.006 0.042 0.473 0.015 0.083 0.129 0.006 0.004 0.028 0.037 0.083 0.031 0.062 5 H 0.007 0.018 0.353 0.020 0.164 0.137 0.003 0.005 0.018 0.079 0.110 0.035 0.051 6 E 0.007 0.009 0.178 0.017 0.313 0.149 0.002 0.003 0.014 0.101 0.119 0.039 0.049 7 S 0.004 0.011 0.174 0.009 0.219 0.201 0.001 0.003 0.012 0.107 0.202 0.017 0.039 8 C 0.007 0.047 0.149 0.005 0.173 0.201 0.003 0.003 0.018 0.095 0.228 0.034 0.037 9 L 0.005 0.024 0.140 0.012 0.050 0.125 0.002 0.003 0.011 0.102 0.483 0.020 0.024 10 G 0.007 0.010 0.185 0.021 0.038 0.026 0.001 0.002 0.005 0.175 0.498 0.012 0.021 11 Q 0.010 0.019 0.412 0.004 0.019 0.021 0.004 0.003 0.026 0.242 0.108 0.085 0.048 12 Q 0.010 0.068 0.500 0.005 0.010 0.010 0.007 0.001 0.025 0.130 0.030 0.013 0.192 13 V 0.001 0.029 0.613 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.025 0.212 0.008 0.088 0.010 14 P 0.001 0.021 0.799 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.015 0.046 0.041 0.003 0.054 15 C 0.002 0.057 0.520 0.004 0.036 0.010 0.003 0.002 0.016 0.170 0.136 0.024 0.020 16 C 0.004 0.060 0.427 0.006 0.017 0.012 0.003 0.002 0.011 0.317 0.079 0.022 0.040 17 D 0.001 0.013 0.732 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.221 0.009 0.006 0.008 18 P 0.001 0.003 0.102 0.001 0.123 0.145 0.001 0.001 0.001 0.082 0.540 0.001 0.003 19 A 0.001 0.006 0.059 0.001 0.136 0.135 0.001 0.001 0.001 0.051 0.606 0.001 0.003 20 A 0.001 0.009 0.212 0.002 0.113 0.246 0.001 0.001 0.001 0.222 0.187 0.005 0.003 21 T 0.005 0.030 0.325 0.002 0.045 0.343 0.001 0.001 0.005 0.091 0.114 0.005 0.034 22 C 0.036 0.050 0.226 0.005 0.039 0.383 0.006 0.002 0.006 0.080 0.074 0.031 0.064 23 Y 0.064 0.019 0.113 0.004 0.033 0.558 0.005 0.002 0.007 0.028 0.045 0.064 0.057 24 C 0.047 0.003 0.058 0.004 0.024 0.736 0.005 0.002 0.004 0.013 0.020 0.019 0.064 25 R 0.036 0.004 0.046 0.008 0.019 0.713 0.005 0.002 0.007 0.019 0.046 0.075 0.020 26 F 0.053 0.007 0.046 0.004 0.037 0.653 0.008 0.002 0.006 0.021 0.077 0.017 0.068 27 F 0.052 0.010 0.073 0.024 0.040 0.622 0.007 0.002 0.007 0.022 0.055 0.031 0.056 28 N 0.046 0.005 0.060 0.027 0.077 0.592 0.003 0.001 0.003 0.050 0.057 0.036 0.043 29 A 0.032 0.005 0.059 0.010 0.098 0.540 0.004 0.002 0.008 0.048 0.110 0.019 0.066 30 F 0.050 0.007 0.094 0.005 0.103 0.452 0.009 0.005 0.014 0.040 0.124 0.038 0.059 31 C 0.099 0.017 0.131 0.015 0.054 0.273 0.021 0.009 0.022 0.057 0.132 0.055 0.114 32 Y 0.115 0.019 0.171 0.008 0.032 0.142 0.016 0.007 0.020 0.068 0.109 0.205 0.088 33 C 0.062 0.028 0.394 0.009 0.018 0.071 0.008 0.003 0.014 0.080 0.069 0.034 0.211 34 R 0.005 0.012 0.733 0.007 0.011 0.023 0.001 0.001 0.004 0.106 0.033 0.033 0.032