# TARGET miniAGRP # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment miniAGRP.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1.85826 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 C 0.056 0.063 0.030 0.083 0.075 0.089 0.143 0.136 0.140 0.110 0.074 2 V 0.047 0.038 0.024 0.060 0.072 0.092 0.156 0.133 0.152 0.126 0.101 3 R 0.138 0.197 0.129 0.221 0.139 0.073 0.054 0.023 0.014 0.006 0.004 4 L 0.040 0.045 0.026 0.074 0.086 0.105 0.166 0.148 0.134 0.103 0.073 5 H 0.079 0.092 0.065 0.159 0.168 0.136 0.135 0.074 0.051 0.027 0.014 6 E 0.229 0.156 0.129 0.195 0.120 0.075 0.050 0.021 0.013 0.007 0.004 7 S 0.074 0.128 0.104 0.209 0.152 0.119 0.104 0.052 0.030 0.017 0.010 8 C 0.013 0.015 0.011 0.030 0.045 0.076 0.162 0.171 0.191 0.160 0.125 9 L 0.041 0.057 0.038 0.090 0.102 0.104 0.169 0.127 0.115 0.085 0.074 10 G 0.312 0.135 0.085 0.141 0.104 0.068 0.063 0.033 0.027 0.017 0.015 11 Q 0.062 0.076 0.052 0.165 0.163 0.152 0.160 0.084 0.048 0.026 0.013 12 Q 0.327 0.259 0.078 0.161 0.086 0.043 0.026 0.009 0.005 0.003 0.002 13 V 0.009 0.009 0.006 0.020 0.029 0.052 0.120 0.158 0.220 0.209 0.168 14 P 0.176 0.247 0.067 0.167 0.127 0.080 0.066 0.031 0.020 0.012 0.009 15 C 0.061 0.054 0.022 0.077 0.083 0.096 0.162 0.138 0.134 0.098 0.075 16 C 0.060 0.033 0.013 0.052 0.065 0.086 0.153 0.136 0.143 0.124 0.136 17 D 0.180 0.183 0.069 0.192 0.132 0.082 0.065 0.038 0.030 0.018 0.011 18 P 0.274 0.188 0.041 0.134 0.103 0.083 0.080 0.041 0.027 0.018 0.009 19 A 0.134 0.071 0.036 0.103 0.102 0.098 0.144 0.102 0.093 0.071 0.046 20 A 0.147 0.148 0.064 0.187 0.142 0.118 0.108 0.041 0.025 0.013 0.006 21 T 0.039 0.107 0.061 0.259 0.191 0.133 0.099 0.051 0.032 0.017 0.010 22 C 0.031 0.018 0.012 0.032 0.041 0.064 0.156 0.178 0.194 0.165 0.109 23 Y 0.012 0.027 0.032 0.125 0.149 0.153 0.210 0.122 0.094 0.051 0.025 24 C 0.009 0.018 0.043 0.069 0.063 0.075 0.138 0.141 0.179 0.162 0.102 25 R 0.020 0.032 0.069 0.197 0.179 0.157 0.163 0.088 0.057 0.028 0.012 26 F 0.018 0.025 0.054 0.059 0.051 0.063 0.173 0.176 0.193 0.130 0.060 27 F 0.011 0.019 0.058 0.096 0.086 0.101 0.167 0.153 0.151 0.103 0.053 28 N 0.035 0.071 0.154 0.193 0.170 0.136 0.129 0.058 0.034 0.015 0.005 29 A 0.038 0.045 0.091 0.103 0.085 0.101 0.173 0.136 0.116 0.079 0.034 30 F 0.037 0.073 0.057 0.121 0.112 0.107 0.164 0.124 0.109 0.068 0.027 31 C 0.044 0.047 0.044 0.061 0.054 0.070 0.142 0.149 0.169 0.134 0.086 32 Y 0.051 0.077 0.080 0.160 0.156 0.138 0.144 0.086 0.061 0.033 0.013 33 C 0.046 0.052 0.042 0.080 0.085 0.094 0.153 0.145 0.149 0.102 0.052 34 R 0.093 0.106 0.049 0.181 0.171 0.117 0.110 0.075 0.056 0.029 0.012