# TARGET miniAGRP
# Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net
# This is a 4-layer network, with 
#	window	units
#	    3	   13
#	    7	   13
#	    9	   13
#	   11	    7 (1 EBGHSTL )
# The input amino acid frequencies were determined from
# alignment miniAGRP.t04-thin90.a2m.gz
# with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1)
# The weighting was determined by the posterior distribution
# after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp.
# Counts were regularized to probabilities using
# /projects/compbio/lib/recode3.20comp
# Total sequence weight for alignment was 1.85826
#
Pos	AA	E	B	G	H	S	T	C
10N	1S	5N	5N	5N	5N	5N	5N	5N
1	C	0.029	0.002	0.001	0.015	0.006	0.005	0.943
2	V	0.274	0.045	0.004	0.051	0.011	0.007	0.609
3	R	0.401	0.018	0.013	0.100	0.058	0.014	0.396
4	L	0.317	0.016	0.065	0.207	0.064	0.047	0.284
5	H	0.226	0.015	0.069	0.335	0.065	0.072	0.218
6	E	0.172	0.017	0.110	0.356	0.081	0.098	0.166
7	S	0.103	0.009	0.094	0.316	0.065	0.147	0.265
8	C	0.073	0.023	0.111	0.313	0.082	0.180	0.218
9	L	0.049	0.011	0.103	0.153	0.084	0.503	0.096
10	G	0.041	0.005	0.106	0.046	0.123	0.559	0.121
11	Q	0.140	0.024	0.054	0.029	0.256	0.140	0.358
12	Q	0.190	0.088	0.037	0.024	0.139	0.059	0.463
13	V	0.118	0.041	0.017	0.011	0.175	0.010	0.629
14	P	0.129	0.025	0.033	0.012	0.081	0.063	0.656
15	C	0.105	0.042	0.053	0.018	0.117	0.110	0.554
16	C	0.106	0.059	0.039	0.026	0.205	0.088	0.477
17	D	0.050	0.015	0.025	0.013	0.236	0.032	0.629
18	P	0.015	0.006	0.210	0.147	0.080	0.457	0.084
19	A	0.025	0.007	0.209	0.147	0.067	0.429	0.117
20	A	0.084	0.013	0.167	0.155	0.143	0.164	0.273
21	T	0.316	0.031	0.032	0.195	0.093	0.070	0.263
22	C	0.485	0.029	0.013	0.216	0.055	0.036	0.166
23	Y	0.550	0.017	0.007	0.278	0.035	0.032	0.081
24	C	0.465	0.011	0.009	0.296	0.039	0.034	0.147
25	R	0.373	0.005	0.029	0.324	0.089	0.060	0.120
26	F	0.268	0.011	0.047	0.474	0.056	0.077	0.068
27	F	0.286	0.017	0.079	0.364	0.046	0.090	0.117
28	N	0.260	0.008	0.083	0.263	0.114	0.124	0.148
29	A	0.324	0.005	0.096	0.293	0.056	0.120	0.106
30	F	0.468	0.019	0.044	0.290	0.025	0.061	0.094
31	C	0.506	0.017	0.036	0.191	0.054	0.069	0.127
32	Y	0.412	0.020	0.030	0.108	0.095	0.118	0.217
33	C	0.160	0.020	0.009	0.051	0.071	0.040	0.648
34	R	0.031	0.005	0.005	0.012	0.027	0.013	0.907