# TARGET miniAGRP # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment miniAGRP.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1.85826 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 C 0.198 0.186 0.266 0.093 0.092 0.032 0.063 0.032 0.017 0.019 0.002 2 V 0.113 0.511 0.275 0.018 0.030 0.021 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 3 R 0.159 0.167 0.544 0.020 0.009 0.067 0.008 0.001 0.021 0.002 0.002 4 L 0.349 0.221 0.249 0.057 0.036 0.043 0.013 0.003 0.024 0.002 0.001 5 H 0.351 0.231 0.147 0.098 0.056 0.045 0.030 0.007 0.031 0.004 0.001 6 E 0.386 0.226 0.192 0.079 0.052 0.027 0.015 0.004 0.015 0.003 0.001 7 S 0.302 0.180 0.243 0.119 0.089 0.021 0.015 0.011 0.013 0.006 0.001 8 C 0.270 0.171 0.214 0.104 0.065 0.057 0.037 0.008 0.062 0.009 0.002 9 L 0.322 0.090 0.228 0.275 0.014 0.019 0.032 0.002 0.015 0.002 0.001 10 G 0.112 0.008 0.049 0.048 0.044 0.004 0.086 0.466 0.002 0.182 0.001 11 Q 0.217 0.213 0.359 0.115 0.032 0.030 0.012 0.003 0.016 0.002 0.001 12 Q 0.154 0.157 0.474 0.081 0.008 0.070 0.025 0.003 0.022 0.002 0.003 13 V 0.023 0.352 0.346 0.003 0.018 0.027 0.010 0.001 0.220 0.001 0.001 14 P 0.171 0.013 0.745 0.009 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 15 C 0.160 0.217 0.231 0.187 0.079 0.063 0.020 0.014 0.023 0.005 0.001 16 C 0.150 0.280 0.226 0.168 0.070 0.045 0.015 0.006 0.032 0.007 0.001 17 D 0.027 0.161 0.472 0.009 0.083 0.057 0.023 0.002 0.158 0.008 0.001 18 P 0.771 0.004 0.127 0.049 0.001 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 19 A 0.640 0.029 0.104 0.169 0.013 0.014 0.009 0.011 0.008 0.003 0.001 20 A 0.591 0.046 0.110 0.154 0.025 0.024 0.026 0.011 0.008 0.005 0.001 21 T 0.509 0.135 0.105 0.168 0.034 0.018 0.013 0.004 0.011 0.002 0.001 22 C 0.543 0.150 0.082 0.141 0.041 0.015 0.007 0.005 0.010 0.004 0.001 23 Y 0.581 0.132 0.071 0.099 0.024 0.038 0.022 0.004 0.025 0.004 0.001 24 C 0.737 0.080 0.074 0.036 0.022 0.028 0.005 0.002 0.013 0.003 0.001 25 R 0.847 0.040 0.026 0.045 0.011 0.015 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 26 F 0.774 0.049 0.022 0.101 0.011 0.018 0.009 0.002 0.014 0.001 0.001 27 F 0.535 0.164 0.101 0.129 0.020 0.027 0.010 0.002 0.011 0.001 0.001 28 N 0.834 0.026 0.027 0.052 0.009 0.010 0.034 0.004 0.003 0.001 0.001 29 A 0.552 0.200 0.041 0.063 0.125 0.005 0.005 0.002 0.005 0.002 0.001 30 F 0.636 0.136 0.062 0.127 0.014 0.011 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 31 C 0.443 0.255 0.100 0.096 0.041 0.022 0.007 0.003 0.031 0.002 0.001 32 Y 0.316 0.173 0.097 0.241 0.038 0.040 0.045 0.007 0.038 0.005 0.001 33 C 0.214 0.166 0.336 0.124 0.028 0.057 0.027 0.005 0.034 0.006 0.001 34 R 0.330 0.157 0.205 0.106 0.064 0.033 0.044 0.018 0.019 0.022 0.001