# TARGET miniAGRP # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment miniAGRP.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1.85826 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 C 0.215 0.125 0.041 0.008 0.223 0.011 0.032 0.145 0.056 0.075 0.067 2 V 0.059 0.455 0.078 0.007 0.298 0.005 0.007 0.061 0.010 0.008 0.013 3 R 0.152 0.295 0.072 0.003 0.327 0.002 0.007 0.093 0.013 0.012 0.024 4 L 0.111 0.047 0.016 0.010 0.090 0.017 0.025 0.509 0.105 0.038 0.034 5 H 0.049 0.118 0.041 0.034 0.113 0.027 0.036 0.388 0.125 0.047 0.022 6 E 0.067 0.071 0.021 0.012 0.110 0.014 0.056 0.433 0.139 0.054 0.023 7 S 0.051 0.098 0.070 0.021 0.087 0.042 0.172 0.303 0.095 0.041 0.021 8 C 0.121 0.070 0.051 0.032 0.103 0.044 0.080 0.195 0.084 0.148 0.072 9 L 0.062 0.221 0.072 0.075 0.110 0.059 0.076 0.106 0.069 0.102 0.049 10 G 0.032 0.055 0.074 0.128 0.032 0.035 0.012 0.047 0.086 0.412 0.087 11 Q 0.034 0.343 0.171 0.017 0.198 0.009 0.025 0.090 0.060 0.043 0.011 12 Q 0.214 0.166 0.058 0.004 0.297 0.004 0.021 0.047 0.045 0.069 0.077 13 V 0.022 0.533 0.273 0.005 0.136 0.002 0.006 0.013 0.005 0.002 0.004 14 P 0.049 0.457 0.172 0.005 0.227 0.004 0.010 0.039 0.017 0.008 0.011 15 C 0.120 0.139 0.040 0.006 0.191 0.016 0.046 0.163 0.148 0.086 0.045 16 C 0.051 0.167 0.168 0.060 0.122 0.048 0.058 0.075 0.069 0.133 0.047 17 D 0.155 0.237 0.156 0.016 0.334 0.003 0.015 0.029 0.011 0.015 0.030 18 P 0.023 0.082 0.037 0.007 0.045 0.010 0.022 0.287 0.367 0.103 0.019 19 A 0.028 0.104 0.039 0.018 0.063 0.031 0.080 0.336 0.176 0.099 0.026 20 A 0.037 0.049 0.016 0.013 0.058 0.022 0.061 0.403 0.182 0.130 0.028 21 T 0.036 0.092 0.046 0.014 0.092 0.026 0.060 0.425 0.119 0.064 0.026 22 C 0.075 0.101 0.035 0.008 0.117 0.007 0.022 0.410 0.117 0.069 0.038 23 Y 0.044 0.057 0.020 0.008 0.061 0.008 0.018 0.566 0.136 0.057 0.025 24 C 0.032 0.053 0.009 0.004 0.064 0.005 0.014 0.677 0.107 0.020 0.015 25 R 0.011 0.018 0.009 0.005 0.021 0.011 0.046 0.790 0.078 0.008 0.004 26 F 0.014 0.017 0.007 0.006 0.017 0.005 0.028 0.789 0.076 0.036 0.005 27 F 0.015 0.025 0.005 0.004 0.025 0.010 0.021 0.730 0.131 0.027 0.007 28 N 0.016 0.015 0.004 0.006 0.019 0.013 0.035 0.699 0.147 0.034 0.013 29 A 0.023 0.034 0.014 0.007 0.047 0.013 0.073 0.623 0.115 0.043 0.008 30 F 0.055 0.060 0.016 0.011 0.106 0.019 0.077 0.414 0.138 0.083 0.020 31 C 0.130 0.113 0.023 0.008 0.189 0.015 0.054 0.260 0.092 0.062 0.055 32 Y 0.090 0.113 0.040 0.014 0.152 0.018 0.055 0.195 0.093 0.171 0.060 33 C 0.128 0.199 0.070 0.016 0.230 0.015 0.038 0.120 0.061 0.075 0.049 34 R 0.056 0.219 0.124 0.035 0.136 0.028 0.048 0.175 0.102 0.053 0.023