# TARGET miniAGRP
# Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net
# This is a 4-layer network, with 
#	window	units
#	    3	   13
#	    7	   13
#	    9	   13
#	   11	    7 (1 CB_burial_14_7 )
# The input amino acid frequencies were determined from
# alignment miniAGRP.t04-thin90.a2m.gz
# with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1)
# The weighting was determined by the posterior distribution
# after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp.
# Counts were regularized to probabilities using
# /projects/compbio/lib/recode3.20comp
# Total sequence weight for alignment was 1.85826
#
Pos	AA	A	B	C	D	E	F	G
10N	1S	5N	5N	5N	5N	5N	5N	5N
1	C	0.590	0.192	0.090	0.069	0.038	0.018	0.003
2	V	0.295	0.205	0.193	0.170	0.104	0.031	0.003
3	R	0.505	0.279	0.128	0.060	0.020	0.007	0.001
4	L	0.389	0.219	0.166	0.129	0.072	0.023	0.003
5	H	0.492	0.226	0.158	0.079	0.034	0.010	0.001
6	E	0.575	0.232	0.110	0.058	0.020	0.005	0.001
7	S	0.479	0.253	0.134	0.081	0.037	0.015	0.002
8	C	0.347	0.203	0.148	0.147	0.100	0.047	0.008
9	L	0.317	0.216	0.169	0.168	0.091	0.034	0.006
10	G	0.400	0.276	0.168	0.099	0.040	0.013	0.004
11	Q	0.405	0.292	0.157	0.087	0.040	0.015	0.003
12	Q	0.330	0.299	0.203	0.107	0.045	0.014	0.003
13	V	0.180	0.161	0.177	0.209	0.174	0.084	0.015
14	P	0.156	0.221	0.213	0.200	0.125	0.069	0.017
15	C	0.063	0.062	0.082	0.199	0.281	0.245	0.069
16	C	0.096	0.140	0.191	0.263	0.189	0.094	0.028
17	D	0.230	0.356	0.217	0.114	0.049	0.024	0.009
18	P	0.166	0.223	0.199	0.175	0.114	0.078	0.045
19	A	0.074	0.121	0.158	0.203	0.223	0.166	0.056
20	A	0.114	0.217	0.232	0.189	0.123	0.093	0.032
21	T	0.077	0.162	0.220	0.248	0.170	0.097	0.025
22	C	0.029	0.044	0.078	0.136	0.248	0.350	0.115
23	Y	0.037	0.078	0.122	0.198	0.230	0.247	0.088
24	C	0.052	0.062	0.094	0.165	0.253	0.278	0.096
25	R	0.079	0.118	0.161	0.234	0.214	0.139	0.055
26	F	0.097	0.079	0.092	0.118	0.154	0.247	0.212
27	F	0.077	0.089	0.078	0.131	0.164	0.278	0.184
28	N	0.053	0.110	0.198	0.280	0.181	0.109	0.069
29	A	0.046	0.065	0.098	0.190	0.215	0.292	0.094
30	F	0.062	0.102	0.107	0.142	0.194	0.278	0.116
31	C	0.066	0.063	0.077	0.154	0.256	0.326	0.058
32	Y	0.072	0.182	0.255	0.277	0.153	0.054	0.006
33	C	0.085	0.096	0.138	0.254	0.283	0.133	0.012
34	R	0.314	0.295	0.201	0.122	0.048	0.016	0.002