# TARGET ACH7_SHORT # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment ACH7_SHORT.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 482 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.006 0.005 0.008 0.135 0.174 0.672 2 E 0.003 0.003 0.037 0.753 0.095 0.108 3 F 0.003 0.004 0.056 0.835 0.050 0.052 4 Q 0.001 0.001 0.032 0.922 0.025 0.019 5 R 0.001 0.001 0.013 0.956 0.015 0.015 6 K 0.001 0.001 0.009 0.975 0.008 0.008 7 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.004 0.005 8 Y 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 9 K 0.001 0.001 0.004 0.985 0.007 0.004 10 E 0.001 0.001 0.007 0.979 0.009 0.005 11 L 0.001 0.001 0.010 0.971 0.013 0.005 12 V 0.001 0.003 0.039 0.883 0.062 0.014 13 K 0.001 0.001 0.033 0.742 0.171 0.052 14 N 0.002 0.003 0.025 0.179 0.588 0.203 15 Y 0.006 0.053 0.015 0.036 0.591 0.298 16 N 0.010 0.051 0.021 0.010 0.785 0.123 17 P 0.016 0.005 0.105 0.014 0.800 0.060 18 L 0.056 0.020 0.121 0.014 0.669 0.120 19 E 0.272 0.088 0.062 0.011 0.349 0.219 20 R 0.250 0.042 0.018 0.008 0.178 0.504 21 P 0.371 0.098 0.019 0.010 0.154 0.348 22 V 0.277 0.040 0.026 0.008 0.388 0.260 23 A 0.197 0.045 0.014 0.008 0.411 0.325 24 N 0.059 0.013 0.011 0.004 0.766 0.147 25 D 0.020 0.008 0.041 0.009 0.854 0.069 26 S 0.037 0.006 0.020 0.003 0.733 0.200 27 Q 0.211 0.027 0.009 0.002 0.474 0.277 28 P 0.329 0.003 0.001 0.001 0.060 0.606 29 L 0.904 0.017 0.001 0.001 0.011 0.067 30 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 31 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 32 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 33 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 34 S 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 35 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 36 S 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 37 L 0.972 0.001 0.002 0.001 0.009 0.016 38 L 0.953 0.001 0.003 0.001 0.019 0.023 39 Q 0.950 0.002 0.002 0.001 0.020 0.024 40 I 0.951 0.001 0.001 0.001 0.022 0.023 41 M 0.862 0.008 0.002 0.005 0.057 0.066 42 D 0.782 0.007 0.003 0.004 0.078 0.126 43 V 0.672 0.016 0.014 0.011 0.143 0.145 44 D 0.554 0.016 0.026 0.011 0.215 0.178 45 E 0.293 0.013 0.066 0.018 0.579 0.031 46 K 0.152 0.005 0.051 0.024 0.720 0.047 47 N 0.170 0.003 0.015 0.008 0.744 0.061 48 Q 0.545 0.011 0.004 0.003 0.358 0.078 49 V 0.864 0.006 0.001 0.001 0.039 0.091 50 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 51 T 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 52 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 53 N 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 54 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 55 W 0.980 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 56 L 0.962 0.001 0.002 0.001 0.012 0.022 57 Q 0.955 0.002 0.003 0.001 0.019 0.021 58 M 0.926 0.003 0.007 0.003 0.032 0.029 59 S 0.924 0.004 0.004 0.003 0.036 0.029 60 W 0.886 0.015 0.003 0.006 0.048 0.041 61 T 0.739 0.013 0.004 0.012 0.104 0.128 62 D 0.261 0.017 0.025 0.050 0.458 0.189 63 H 0.049 0.003 0.162 0.169 0.494 0.123 64 Y 0.061 0.010 0.195 0.137 0.479 0.118 65 L 0.125 0.018 0.149 0.149 0.429 0.130 66 Q 0.200 0.046 0.048 0.106 0.301 0.299 67 W 0.191 0.095 0.036 0.110 0.247 0.321 68 N 0.039 0.010 0.029 0.046 0.521 0.355 69 V 0.005 0.002 0.393 0.081 0.449 0.071 70 S 0.003 0.003 0.473 0.062 0.428 0.031 71 E 0.006 0.003 0.500 0.087 0.380 0.024 72 Y 0.032 0.013 0.186 0.122 0.497 0.150 73 P 0.053 0.015 0.061 0.073 0.489 0.310 74 G 0.131 0.011 0.020 0.015 0.359 0.464 75 V 0.339 0.011 0.016 0.012 0.213 0.409 76 K 0.674 0.019 0.013 0.008 0.099 0.186 77 T 0.781 0.010 0.016 0.011 0.073 0.109 78 V 0.739 0.010 0.012 0.012 0.098 0.129 79 R 0.669 0.013 0.007 0.009 0.096 0.206 80 F 0.547 0.032 0.006 0.007 0.141 0.267 81 P 0.283 0.021 0.030 0.013 0.329 0.325 82 D 0.098 0.004 0.314 0.032 0.419 0.133 83 G 0.176 0.008 0.328 0.024 0.374 0.089 84 Q 0.329 0.014 0.201 0.025 0.325 0.105 85 I 0.596 0.014 0.036 0.027 0.157 0.170 86 W 0.751 0.036 0.011 0.015 0.080 0.107 87 K 0.573 0.012 0.006 0.009 0.150 0.250 88 P 0.378 0.006 0.006 0.006 0.293 0.311 89 D 0.326 0.005 0.006 0.006 0.311 0.346 90 I 0.817 0.006 0.004 0.006 0.077 0.090 91 L 0.937 0.007 0.002 0.003 0.018 0.033 92 L 0.951 0.004 0.001 0.003 0.015 0.025 93 Y 0.848 0.008 0.004 0.005 0.048 0.087 94 N 0.367 0.016 0.012 0.009 0.220 0.376 95 S 0.093 0.011 0.031 0.013 0.673 0.178 96 A 0.037 0.009 0.068 0.024 0.682 0.179 97 D 0.044 0.017 0.070 0.027 0.705 0.137 98 E 0.083 0.020 0.081 0.033 0.621 0.162 99 R 0.182 0.022 0.045 0.030 0.387 0.335 100 F 0.281 0.023 0.077 0.045 0.375 0.199 101 D 0.271 0.024 0.065 0.031 0.329 0.281 102 A 0.465 0.022 0.045 0.023 0.234 0.211 103 T 0.487 0.031 0.034 0.025 0.212 0.211 104 F 0.441 0.072 0.018 0.018 0.190 0.262 105 H 0.206 0.029 0.013 0.008 0.679 0.066 106 T 0.082 0.001 0.015 0.007 0.839 0.057 107 N 0.134 0.004 0.012 0.003 0.794 0.054 108 V 0.738 0.025 0.003 0.002 0.195 0.037 109 L 0.920 0.007 0.001 0.001 0.023 0.048 110 V 0.904 0.047 0.001 0.001 0.015 0.033 111 N 0.461 0.019 0.002 0.001 0.499 0.018 112 S 0.075 0.003 0.003 0.002 0.891 0.025 113 S 0.034 0.001 0.001 0.001 0.937 0.027 114 G 0.338 0.014 0.001 0.001 0.604 0.043 115 H 0.821 0.014 0.001 0.001 0.022 0.142 116 C 0.959 0.015 0.001 0.001 0.006 0.020 117 Q 0.957 0.001 0.001 0.001 0.013 0.028 118 Y 0.919 0.006 0.001 0.001 0.020 0.054 119 L 0.592 0.008 0.001 0.001 0.087 0.312 120 P 0.425 0.005 0.001 0.001 0.120 0.448 121 P 0.526 0.004 0.003 0.001 0.113 0.354 122 G 0.859 0.006 0.002 0.001 0.045 0.086 123 I 0.949 0.003 0.001 0.001 0.015 0.031 124 F 0.967 0.002 0.001 0.001 0.009 0.021 125 K 0.941 0.002 0.001 0.002 0.014 0.041 126 S 0.801 0.008 0.003 0.005 0.058 0.126 127 S 0.589 0.007 0.005 0.005 0.132 0.262 128 C 0.353 0.011 0.006 0.006 0.219 0.405 129 Y 0.290 0.011 0.006 0.007 0.247 0.437 130 I 0.348 0.019 0.011 0.014 0.227 0.381 131 D 0.499 0.014 0.016 0.021 0.161 0.288 132 V 0.471 0.010 0.113 0.036 0.197 0.174 133 R 0.412 0.014 0.093 0.032 0.279 0.170 134 W 0.451 0.014 0.071 0.032 0.253 0.179 135 F 0.297 0.020 0.018 0.012 0.255 0.396 136 P 0.254 0.032 0.017 0.008 0.258 0.432 137 F 0.195 0.017 0.034 0.009 0.258 0.487 138 D 0.255 0.044 0.077 0.013 0.321 0.290 139 V 0.315 0.009 0.107 0.013 0.443 0.113 140 Q 0.314 0.005 0.086 0.009 0.485 0.101 141 H 0.529 0.020 0.019 0.004 0.317 0.111 142 C 0.716 0.013 0.009 0.003 0.143 0.117 143 K 0.841 0.003 0.003 0.002 0.039 0.113 144 L 0.931 0.007 0.002 0.001 0.016 0.044 145 K 0.946 0.006 0.001 0.001 0.016 0.030 146 F 0.863 0.004 0.002 0.002 0.041 0.088 147 G 0.711 0.007 0.005 0.003 0.090 0.183 148 S 0.527 0.013 0.049 0.006 0.202 0.204 149 W 0.599 0.010 0.076 0.008 0.187 0.120 150 S 0.621 0.018 0.065 0.007 0.183 0.106 151 Y 0.570 0.049 0.026 0.007 0.183 0.165 152 G 0.219 0.018 0.015 0.007 0.521 0.219 153 G 0.039 0.002 0.154 0.044 0.694 0.068 154 W 0.099 0.003 0.149 0.060 0.624 0.065 155 S 0.598 0.017 0.059 0.041 0.225 0.060 156 L 0.856 0.006 0.003 0.012 0.028 0.094 157 D 0.947 0.005 0.001 0.006 0.009 0.032 158 L 0.954 0.004 0.002 0.005 0.013 0.022 159 Q 0.882 0.003 0.005 0.009 0.041 0.060 160 M 0.569 0.008 0.023 0.023 0.224 0.152 161 Q 0.191 0.007 0.035 0.033 0.428 0.306 162 E 0.106 0.015 0.018 0.016 0.402 0.443 163 A 0.096 0.038 0.013 0.017 0.373 0.463 164 D 0.067 0.013 0.012 0.016 0.351 0.541 165 I 0.044 0.011 0.221 0.104 0.462 0.158 166 S 0.045 0.009 0.306 0.107 0.438 0.096 167 G 0.094 0.013 0.329 0.107 0.368 0.089 168 Y 0.171 0.019 0.124 0.085 0.353 0.249 169 I 0.277 0.044 0.065 0.056 0.352 0.206 170 P 0.286 0.029 0.041 0.028 0.375 0.242 171 N 0.177 0.005 0.021 0.007 0.514 0.276 172 G 0.244 0.006 0.015 0.004 0.433 0.297 173 E 0.774 0.006 0.003 0.001 0.092 0.124 174 W 0.949 0.002 0.001 0.001 0.015 0.032 175 D 0.965 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 176 L 0.970 0.003 0.001 0.001 0.009 0.017 177 V 0.882 0.001 0.001 0.001 0.047 0.068 178 G 0.781 0.004 0.001 0.001 0.092 0.121 179 I 0.610 0.016 0.002 0.002 0.190 0.180 180 P 0.484 0.009 0.006 0.003 0.275 0.223 181 G 0.451 0.011 0.023 0.010 0.322 0.183 182 K 0.604 0.011 0.017 0.010 0.211 0.147 183 R 0.702 0.007 0.011 0.014 0.126 0.139 184 S 0.752 0.009 0.008 0.014 0.087 0.129 185 E 0.820 0.013 0.006 0.010 0.057 0.093 186 R 0.726 0.014 0.008 0.014 0.084 0.155 187 F 0.619 0.020 0.010 0.017 0.129 0.206 188 Y 0.351 0.032 0.026 0.028 0.339 0.224 189 E 0.176 0.014 0.034 0.034 0.511 0.231 190 C 0.120 0.020 0.044 0.028 0.588 0.199 191 C 0.100 0.021 0.021 0.015 0.646 0.196 192 K 0.072 0.019 0.044 0.011 0.636 0.219 193 E 0.069 0.014 0.033 0.006 0.575 0.302 194 P 0.137 0.018 0.031 0.004 0.378 0.433 195 Y 0.300 0.032 0.019 0.003 0.236 0.411 196 P 0.502 0.015 0.010 0.001 0.152 0.319 197 D 0.790 0.006 0.004 0.001 0.063 0.136 198 V 0.925 0.001 0.001 0.001 0.016 0.057 199 T 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 200 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 201 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 202 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 203 T 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 204 M 0.950 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 205 R 0.835 0.002 0.001 0.001 0.021 0.141 206 R 0.640 0.011 0.002 0.001 0.048 0.299 207 R 0.390 0.018 0.002 0.001 0.057 0.531 208 T 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 0.977