# TARGET ACH7_SHORT # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment ACH7_SHORT.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 482 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.002 0.977 2 E 0.003 0.012 0.012 0.536 0.012 0.073 0.353 3 F 0.002 0.005 0.016 0.657 0.060 0.103 0.157 4 Q 0.001 0.001 0.015 0.869 0.016 0.039 0.059 5 R 0.002 0.001 0.010 0.935 0.014 0.015 0.024 6 K 0.001 0.001 0.006 0.962 0.007 0.010 0.013 7 L 0.001 0.001 0.004 0.974 0.005 0.007 0.008 8 Y 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.009 0.006 9 K 0.001 0.001 0.002 0.977 0.002 0.014 0.005 10 E 0.001 0.001 0.002 0.971 0.002 0.019 0.005 11 L 0.001 0.001 0.005 0.952 0.006 0.028 0.008 12 V 0.001 0.002 0.024 0.849 0.014 0.089 0.022 13 K 0.001 0.001 0.041 0.469 0.018 0.459 0.011 14 N 0.001 0.002 0.028 0.168 0.049 0.705 0.048 15 Y 0.004 0.015 0.010 0.029 0.290 0.069 0.584 16 N 0.005 0.013 0.013 0.003 0.125 0.034 0.808 17 P 0.007 0.010 0.280 0.020 0.118 0.463 0.102 18 L 0.014 0.003 0.248 0.020 0.101 0.479 0.135 19 E 0.067 0.030 0.109 0.019 0.246 0.070 0.458 20 R 0.129 0.048 0.009 0.008 0.177 0.015 0.614 21 P 0.122 0.068 0.010 0.007 0.074 0.022 0.697 22 V 0.199 0.090 0.020 0.007 0.081 0.037 0.566 23 A 0.137 0.081 0.036 0.009 0.182 0.142 0.413 24 N 0.041 0.024 0.039 0.004 0.108 0.210 0.574 25 D 0.019 0.008 0.019 0.003 0.199 0.639 0.113 26 S 0.023 0.010 0.010 0.002 0.464 0.355 0.137 27 Q 0.036 0.005 0.001 0.001 0.706 0.014 0.237 28 P 0.251 0.012 0.001 0.001 0.059 0.006 0.672 29 L 0.939 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.048 30 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 31 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 32 Y 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 33 F 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 34 S 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.019 35 L 0.967 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.023 36 S 0.958 0.004 0.003 0.005 0.006 0.002 0.021 37 L 0.901 0.004 0.013 0.010 0.011 0.009 0.051 38 L 0.797 0.002 0.035 0.021 0.049 0.023 0.074 39 Q 0.742 0.007 0.038 0.030 0.047 0.032 0.103 40 I 0.727 0.007 0.024 0.018 0.066 0.032 0.126 41 M 0.739 0.009 0.014 0.016 0.062 0.019 0.141 42 D 0.700 0.015 0.006 0.008 0.044 0.013 0.214 43 V 0.612 0.014 0.009 0.018 0.068 0.020 0.259 44 D 0.599 0.012 0.005 0.009 0.051 0.017 0.308 45 E 0.263 0.007 0.158 0.157 0.105 0.169 0.141 46 K 0.130 0.007 0.163 0.153 0.189 0.256 0.102 47 N 0.199 0.004 0.135 0.092 0.195 0.186 0.189 48 Q 0.511 0.006 0.023 0.051 0.118 0.052 0.238 49 V 0.877 0.005 0.002 0.013 0.021 0.009 0.071 50 L 0.943 0.003 0.002 0.007 0.007 0.002 0.037 51 T 0.961 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.026 52 T 0.949 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.038 53 N 0.963 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.023 54 I 0.961 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.028 55 W 0.973 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.015 56 L 0.971 0.003 0.002 0.003 0.005 0.002 0.014 57 Q 0.941 0.003 0.002 0.004 0.011 0.003 0.037 58 M 0.893 0.003 0.003 0.004 0.016 0.007 0.074 59 S 0.839 0.011 0.003 0.004 0.034 0.017 0.090 60 W 0.610 0.023 0.007 0.007 0.062 0.040 0.250 61 T 0.329 0.052 0.015 0.012 0.247 0.066 0.281 62 D 0.098 0.009 0.026 0.022 0.329 0.086 0.429 63 H 0.020 0.008 0.179 0.069 0.107 0.543 0.074 64 Y 0.052 0.015 0.168 0.086 0.099 0.438 0.142 65 L 0.157 0.038 0.180 0.079 0.138 0.190 0.218 66 Q 0.274 0.025 0.039 0.056 0.160 0.112 0.334 67 W 0.224 0.051 0.012 0.015 0.218 0.050 0.430 68 N 0.109 0.021 0.003 0.004 0.054 0.009 0.799 69 V 0.018 0.004 0.458 0.142 0.046 0.250 0.081 70 S 0.008 0.002 0.473 0.088 0.062 0.337 0.031 71 E 0.003 0.002 0.559 0.077 0.044 0.290 0.025 72 Y 0.010 0.007 0.191 0.090 0.199 0.333 0.170 73 P 0.020 0.008 0.065 0.043 0.123 0.591 0.152 74 G 0.071 0.016 0.061 0.028 0.164 0.424 0.236 75 V 0.330 0.026 0.031 0.058 0.114 0.045 0.395 76 K 0.464 0.051 0.028 0.051 0.045 0.025 0.337 77 T 0.391 0.025 0.120 0.104 0.060 0.054 0.245 78 V 0.339 0.014 0.118 0.099 0.094 0.064 0.273 79 R 0.290 0.019 0.106 0.128 0.137 0.061 0.259 80 F 0.252 0.025 0.024 0.063 0.168 0.025 0.443 81 P 0.101 0.014 0.040 0.040 0.060 0.043 0.701 82 D 0.018 0.005 0.619 0.118 0.029 0.146 0.065 83 G 0.013 0.002 0.636 0.095 0.057 0.152 0.046 84 Q 0.015 0.007 0.638 0.109 0.043 0.111 0.077 85 I 0.118 0.030 0.063 0.080 0.144 0.082 0.484 86 W 0.158 0.045 0.014 0.028 0.143 0.068 0.545 87 K 0.273 0.040 0.006 0.013 0.129 0.032 0.507 88 P 0.203 0.007 0.004 0.009 0.119 0.019 0.639 89 D 0.369 0.001 0.003 0.005 0.434 0.014 0.174 90 I 0.957 0.012 0.001 0.003 0.003 0.001 0.023 91 L 0.981 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 92 L 0.977 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.013 93 Y 0.866 0.004 0.003 0.007 0.018 0.012 0.090 94 N 0.371 0.007 0.011 0.013 0.179 0.061 0.358 95 S 0.131 0.009 0.045 0.033 0.247 0.103 0.433 96 A 0.069 0.015 0.108 0.060 0.214 0.387 0.147 97 D 0.071 0.012 0.110 0.055 0.182 0.404 0.166 98 E 0.122 0.025 0.068 0.068 0.268 0.169 0.281 99 R 0.164 0.029 0.047 0.069 0.152 0.212 0.327 100 F 0.196 0.023 0.070 0.074 0.172 0.159 0.305 101 D 0.251 0.032 0.070 0.060 0.149 0.120 0.317 102 A 0.284 0.024 0.077 0.047 0.135 0.107 0.326 103 T 0.348 0.023 0.056 0.038 0.131 0.117 0.287 104 F 0.293 0.057 0.041 0.026 0.147 0.102 0.334 105 H 0.259 0.017 0.034 0.008 0.187 0.053 0.442 106 T 0.198 0.007 0.037 0.003 0.277 0.260 0.218 107 N 0.310 0.009 0.033 0.001 0.193 0.207 0.247 108 V 0.783 0.026 0.003 0.001 0.032 0.006 0.150 109 L 0.905 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.064 110 V 0.859 0.064 0.001 0.001 0.006 0.001 0.069 111 N 0.306 0.011 0.003 0.001 0.015 0.016 0.649 112 S 0.047 0.005 0.004 0.001 0.076 0.823 0.045 113 S 0.014 0.004 0.004 0.001 0.187 0.764 0.026 114 G 0.030 0.003 0.001 0.001 0.813 0.039 0.114 115 H 0.306 0.033 0.001 0.001 0.077 0.012 0.570 116 C 0.858 0.063 0.001 0.001 0.007 0.003 0.068 117 Q 0.932 0.009 0.001 0.001 0.008 0.002 0.049 118 Y 0.832 0.020 0.002 0.001 0.021 0.006 0.118 119 L 0.534 0.015 0.005 0.001 0.124 0.026 0.295 120 P 0.187 0.007 0.005 0.001 0.408 0.034 0.360 121 P 0.260 0.002 0.006 0.001 0.310 0.072 0.349 122 G 0.900 0.007 0.001 0.001 0.012 0.008 0.071 123 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 124 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 125 K 0.960 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 126 S 0.820 0.006 0.003 0.001 0.023 0.006 0.141 127 S 0.561 0.009 0.010 0.003 0.138 0.036 0.243 128 C 0.278 0.024 0.015 0.005 0.183 0.031 0.465 129 Y 0.247 0.013 0.023 0.007 0.203 0.144 0.363 130 I 0.336 0.035 0.030 0.020 0.136 0.122 0.320 131 D 0.453 0.035 0.025 0.017 0.112 0.054 0.304 132 V 0.520 0.015 0.048 0.030 0.056 0.056 0.274 133 R 0.614 0.019 0.048 0.022 0.083 0.067 0.148 134 W 0.569 0.029 0.032 0.017 0.123 0.066 0.163 135 F 0.303 0.023 0.009 0.005 0.189 0.024 0.447 136 P 0.086 0.015 0.026 0.004 0.167 0.182 0.520 137 F 0.020 0.005 0.121 0.004 0.174 0.601 0.074 138 D 0.058 0.009 0.178 0.005 0.249 0.359 0.142 139 V 0.323 0.025 0.097 0.005 0.124 0.119 0.307 140 Q 0.562 0.052 0.021 0.003 0.070 0.070 0.222 141 H 0.658 0.030 0.009 0.002 0.059 0.050 0.192 142 C 0.745 0.008 0.003 0.001 0.049 0.010 0.183 143 K 0.851 0.004 0.001 0.001 0.038 0.004 0.101 144 L 0.947 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.039 145 K 0.963 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.026 146 F 0.910 0.014 0.001 0.001 0.009 0.004 0.061 147 G 0.617 0.014 0.008 0.002 0.132 0.041 0.186 148 S 0.391 0.023 0.018 0.004 0.283 0.062 0.219 149 W 0.440 0.024 0.029 0.007 0.105 0.120 0.274 150 S 0.431 0.057 0.020 0.003 0.096 0.167 0.227 151 Y 0.377 0.057 0.005 0.002 0.298 0.053 0.208 152 G 0.243 0.021 0.002 0.002 0.163 0.023 0.547 153 G 0.079 0.009 0.304 0.092 0.158 0.272 0.086 154 W 0.109 0.009 0.288 0.092 0.163 0.272 0.068 155 S 0.374 0.011 0.239 0.094 0.079 0.088 0.114 156 L 0.749 0.015 0.017 0.050 0.018 0.019 0.131 157 D 0.840 0.007 0.007 0.027 0.024 0.016 0.079 158 L 0.907 0.008 0.006 0.015 0.009 0.007 0.048 159 Q 0.861 0.009 0.006 0.014 0.011 0.010 0.089 160 M 0.561 0.009 0.007 0.013 0.043 0.019 0.347 161 Q 0.291 0.008 0.012 0.011 0.105 0.047 0.527 162 E 0.192 0.015 0.017 0.014 0.245 0.106 0.411 163 A 0.129 0.023 0.014 0.024 0.191 0.046 0.572 164 D 0.079 0.036 0.010 0.018 0.079 0.030 0.749 165 I 0.029 0.006 0.220 0.353 0.078 0.190 0.124 166 S 0.020 0.004 0.259 0.371 0.072 0.182 0.093 167 G 0.023 0.005 0.274 0.357 0.100 0.162 0.079 168 Y 0.051 0.018 0.129 0.343 0.104 0.202 0.153 169 I 0.068 0.023 0.086 0.261 0.104 0.243 0.217 170 P 0.065 0.019 0.081 0.169 0.142 0.335 0.190 171 N 0.060 0.007 0.050 0.095 0.310 0.184 0.295 172 G 0.109 0.014 0.041 0.036 0.230 0.184 0.385 173 E 0.332 0.015 0.028 0.018 0.145 0.081 0.381 174 W 0.752 0.016 0.006 0.010 0.025 0.010 0.180 175 D 0.915 0.004 0.003 0.008 0.012 0.004 0.054 176 L 0.943 0.006 0.002 0.004 0.004 0.003 0.038 177 V 0.876 0.005 0.005 0.008 0.014 0.020 0.072 178 G 0.725 0.007 0.006 0.006 0.083 0.044 0.130 179 I 0.534 0.009 0.004 0.005 0.115 0.018 0.315 180 P 0.461 0.014 0.006 0.003 0.101 0.038 0.378 181 G 0.545 0.020 0.022 0.010 0.121 0.076 0.208 182 K 0.620 0.016 0.021 0.009 0.101 0.051 0.182 183 R 0.693 0.009 0.018 0.012 0.082 0.026 0.162 184 S 0.744 0.008 0.011 0.012 0.054 0.022 0.149 185 E 0.773 0.013 0.009 0.010 0.040 0.019 0.136 186 R 0.724 0.017 0.009 0.012 0.044 0.018 0.175 187 F 0.625 0.028 0.008 0.011 0.057 0.020 0.252 188 Y 0.465 0.036 0.021 0.018 0.108 0.051 0.301 189 E 0.223 0.019 0.042 0.015 0.175 0.205 0.319 190 C 0.084 0.008 0.044 0.011 0.218 0.372 0.262 191 C 0.060 0.018 0.042 0.009 0.319 0.260 0.290 192 K 0.048 0.009 0.036 0.006 0.465 0.187 0.248 193 E 0.084 0.009 0.027 0.005 0.431 0.164 0.281 194 P 0.258 0.040 0.020 0.003 0.161 0.068 0.450 195 Y 0.470 0.021 0.006 0.001 0.100 0.013 0.389 196 P 0.580 0.011 0.005 0.001 0.116 0.005 0.283 197 D 0.883 0.005 0.003 0.001 0.024 0.003 0.083 198 V 0.971 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 199 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 200 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 201 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 202 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 203 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 204 M 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 205 R 0.918 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.068 206 R 0.610 0.014 0.002 0.001 0.050 0.008 0.315 207 R 0.126 0.016 0.003 0.002 0.045 0.027 0.781 208 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.986