# TARGET ACH7_SHORT # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment ACH7_SHORT.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 560 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.003 0.003 0.002 0.028 0.116 0.849 2 E 0.003 0.006 0.009 0.550 0.119 0.313 3 F 0.001 0.001 0.014 0.898 0.037 0.050 4 Q 0.001 0.001 0.007 0.977 0.009 0.005 5 R 0.001 0.001 0.007 0.972 0.011 0.009 6 K 0.002 0.001 0.005 0.976 0.007 0.009 7 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 8 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 9 K 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 10 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 11 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.005 12 V 0.001 0.001 0.016 0.949 0.024 0.009 13 K 0.001 0.001 0.038 0.882 0.056 0.023 14 N 0.003 0.002 0.048 0.560 0.217 0.171 15 Y 0.006 0.017 0.048 0.390 0.285 0.254 16 N 0.012 0.009 0.012 0.026 0.575 0.367 17 P 0.008 0.001 0.110 0.048 0.690 0.143 18 L 0.058 0.008 0.134 0.024 0.619 0.157 19 E 0.334 0.074 0.077 0.027 0.309 0.178 20 R 0.227 0.040 0.018 0.014 0.188 0.514 21 P 0.197 0.063 0.010 0.007 0.165 0.559 22 V 0.188 0.066 0.013 0.003 0.262 0.468 23 A 0.194 0.058 0.014 0.002 0.373 0.359 24 N 0.048 0.009 0.018 0.001 0.845 0.078 25 D 0.024 0.005 0.028 0.001 0.852 0.090 26 S 0.044 0.008 0.019 0.001 0.720 0.208 27 Q 0.141 0.018 0.006 0.001 0.568 0.267 28 P 0.211 0.006 0.002 0.001 0.123 0.658 29 L 0.799 0.021 0.001 0.001 0.033 0.147 30 T 0.961 0.001 0.001 0.001 0.011 0.027 31 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 32 Y 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 33 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 34 S 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 35 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 36 S 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 37 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 38 L 0.924 0.001 0.005 0.005 0.025 0.041 39 Q 0.882 0.001 0.012 0.009 0.039 0.057 40 I 0.808 0.006 0.016 0.019 0.064 0.086 41 M 0.750 0.009 0.014 0.035 0.067 0.124 42 D 0.653 0.009 0.010 0.020 0.134 0.173 43 V 0.352 0.015 0.006 0.016 0.181 0.430 44 D 0.230 0.011 0.006 0.006 0.294 0.453 45 E 0.118 0.007 0.146 0.039 0.644 0.047 46 K 0.190 0.007 0.149 0.049 0.535 0.069 47 N 0.160 0.006 0.142 0.032 0.593 0.067 48 Q 0.606 0.010 0.013 0.010 0.239 0.122 49 V 0.866 0.005 0.002 0.008 0.029 0.091 50 L 0.957 0.003 0.001 0.004 0.011 0.024 51 T 0.971 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 52 T 0.968 0.001 0.001 0.006 0.008 0.018 53 N 0.933 0.001 0.001 0.007 0.022 0.038 54 I 0.962 0.001 0.001 0.005 0.012 0.020 55 W 0.959 0.001 0.001 0.006 0.012 0.022 56 L 0.921 0.002 0.001 0.009 0.023 0.045 57 Q 0.800 0.004 0.002 0.008 0.048 0.138 58 M 0.627 0.012 0.003 0.006 0.083 0.268 59 S 0.298 0.013 0.007 0.010 0.302 0.371 60 W 0.087 0.009 0.161 0.055 0.523 0.166 61 T 0.153 0.016 0.158 0.101 0.437 0.135 62 D 0.073 0.015 0.220 0.082 0.522 0.088 63 H 0.030 0.009 0.205 0.130 0.386 0.241 64 Y 0.040 0.017 0.216 0.115 0.380 0.231 65 L 0.085 0.029 0.085 0.054 0.399 0.349 66 Q 0.079 0.026 0.013 0.027 0.234 0.620 67 W 0.091 0.097 0.009 0.016 0.162 0.626 68 N 0.063 0.048 0.013 0.009 0.419 0.449 69 V 0.005 0.004 0.617 0.044 0.288 0.043 70 S 0.008 0.002 0.705 0.024 0.239 0.023 71 E 0.013 0.010 0.633 0.043 0.280 0.022 72 Y 0.018 0.018 0.111 0.052 0.756 0.046 73 P 0.019 0.008 0.037 0.034 0.824 0.078 74 G 0.018 0.005 0.020 0.012 0.822 0.123 75 V 0.338 0.050 0.013 0.008 0.435 0.156 76 K 0.574 0.038 0.012 0.008 0.089 0.279 77 T 0.730 0.028 0.025 0.007 0.099 0.112 78 V 0.712 0.009 0.013 0.005 0.091 0.170 79 R 0.591 0.013 0.010 0.006 0.097 0.283 80 F 0.331 0.034 0.006 0.005 0.145 0.479 81 P 0.132 0.023 0.020 0.008 0.305 0.512 82 D 0.014 0.004 0.695 0.051 0.200 0.036 83 G 0.013 0.002 0.701 0.033 0.227 0.024 84 Q 0.031 0.003 0.672 0.018 0.249 0.027 85 I 0.330 0.039 0.085 0.026 0.288 0.233 86 W 0.492 0.060 0.030 0.024 0.158 0.237 87 K 0.413 0.024 0.007 0.006 0.239 0.312 88 P 0.313 0.003 0.005 0.005 0.298 0.376 89 D 0.396 0.004 0.005 0.004 0.199 0.393 90 I 0.946 0.003 0.002 0.003 0.022 0.024 91 L 0.983 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 92 L 0.989 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 93 Y 0.962 0.002 0.001 0.004 0.014 0.018 94 N 0.628 0.006 0.001 0.006 0.168 0.190 95 S 0.219 0.013 0.007 0.010 0.619 0.133 96 A 0.098 0.012 0.072 0.042 0.643 0.134 97 D 0.066 0.008 0.106 0.048 0.697 0.075 98 E 0.121 0.015 0.113 0.065 0.594 0.092 99 R 0.230 0.026 0.066 0.084 0.297 0.297 100 F 0.319 0.025 0.083 0.103 0.287 0.183 101 D 0.312 0.013 0.067 0.093 0.253 0.261 102 A 0.406 0.016 0.058 0.070 0.218 0.232 103 T 0.438 0.018 0.034 0.025 0.229 0.256 104 F 0.455 0.023 0.021 0.014 0.187 0.300 105 H 0.427 0.014 0.017 0.005 0.274 0.264 106 T 0.420 0.007 0.017 0.005 0.298 0.253 107 N 0.468 0.004 0.011 0.004 0.258 0.254 108 V 0.827 0.013 0.002 0.002 0.065 0.091 109 L 0.947 0.003 0.001 0.001 0.013 0.036 110 V 0.943 0.015 0.001 0.001 0.008 0.033 111 N 0.678 0.010 0.001 0.001 0.300 0.010 112 S 0.094 0.002 0.008 0.001 0.882 0.012 113 S 0.009 0.001 0.007 0.001 0.974 0.009 114 G 0.097 0.007 0.004 0.001 0.872 0.019 115 H 0.574 0.015 0.002 0.001 0.119 0.290 116 C 0.917 0.028 0.002 0.001 0.018 0.034 117 Q 0.948 0.005 0.001 0.001 0.018 0.027 118 Y 0.903 0.002 0.002 0.001 0.028 0.065 119 L 0.625 0.004 0.003 0.001 0.132 0.235 120 P 0.431 0.007 0.004 0.001 0.207 0.351 121 P 0.500 0.004 0.006 0.001 0.193 0.297 122 G 0.873 0.003 0.003 0.001 0.047 0.074 123 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 124 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 K 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 126 S 0.917 0.002 0.001 0.001 0.024 0.056 127 S 0.634 0.004 0.003 0.001 0.135 0.224 128 C 0.478 0.007 0.006 0.002 0.218 0.290 129 Y 0.443 0.014 0.006 0.002 0.184 0.350 130 I 0.531 0.032 0.007 0.004 0.118 0.309 131 D 0.533 0.020 0.010 0.006 0.144 0.286 132 V 0.513 0.015 0.076 0.022 0.202 0.171 133 R 0.517 0.017 0.075 0.024 0.218 0.148 134 W 0.467 0.027 0.090 0.036 0.247 0.133 135 F 0.260 0.022 0.024 0.022 0.467 0.205 136 P 0.185 0.018 0.040 0.024 0.489 0.244 137 F 0.175 0.021 0.057 0.018 0.541 0.189 138 D 0.200 0.015 0.050 0.014 0.533 0.189 139 V 0.310 0.019 0.055 0.015 0.386 0.215 140 Q 0.538 0.015 0.029 0.010 0.238 0.171 141 H 0.703 0.008 0.015 0.009 0.121 0.144 142 C 0.736 0.007 0.008 0.006 0.086 0.158 143 K 0.838 0.004 0.002 0.003 0.040 0.113 144 L 0.913 0.005 0.002 0.002 0.015 0.063 145 K 0.916 0.004 0.001 0.001 0.021 0.058 146 F 0.874 0.007 0.001 0.002 0.031 0.085 147 G 0.651 0.011 0.004 0.002 0.118 0.214 148 S 0.442 0.015 0.013 0.005 0.293 0.232 149 W 0.341 0.023 0.027 0.007 0.401 0.202 150 S 0.281 0.029 0.027 0.007 0.523 0.132 151 Y 0.194 0.021 0.025 0.009 0.644 0.107 152 G 0.111 0.009 0.016 0.006 0.723 0.136 153 G 0.065 0.004 0.129 0.011 0.707 0.083 154 W 0.283 0.005 0.107 0.007 0.470 0.127 155 S 0.752 0.010 0.060 0.008 0.103 0.067 156 L 0.905 0.006 0.004 0.005 0.027 0.053 157 D 0.942 0.002 0.001 0.002 0.012 0.042 158 L 0.925 0.004 0.001 0.002 0.011 0.057 159 Q 0.862 0.004 0.001 0.003 0.031 0.098 160 M 0.780 0.006 0.006 0.005 0.075 0.127 161 Q 0.682 0.007 0.013 0.007 0.158 0.134 162 E 0.488 0.009 0.025 0.015 0.262 0.202 163 A 0.306 0.017 0.014 0.008 0.264 0.391 164 D 0.229 0.026 0.017 0.007 0.244 0.478 165 I 0.117 0.039 0.098 0.017 0.380 0.349 166 S 0.076 0.010 0.090 0.009 0.585 0.229 167 G 0.072 0.003 0.087 0.006 0.623 0.210 168 Y 0.360 0.030 0.020 0.005 0.288 0.297 169 I 0.588 0.054 0.007 0.006 0.139 0.206 170 P 0.582 0.056 0.005 0.005 0.109 0.243 171 N 0.238 0.011 0.030 0.022 0.351 0.347 172 G 0.230 0.004 0.043 0.017 0.356 0.349 173 E 0.584 0.020 0.064 0.043 0.172 0.118 174 W 0.730 0.015 0.031 0.025 0.098 0.102 175 D 0.806 0.017 0.024 0.026 0.047 0.080 176 L 0.691 0.035 0.048 0.043 0.122 0.062 177 V 0.437 0.010 0.051 0.034 0.307 0.163 178 G 0.201 0.005 0.020 0.009 0.398 0.368 179 I 0.396 0.020 0.007 0.004 0.307 0.265 180 P 0.420 0.016 0.004 0.004 0.140 0.416 181 G 0.403 0.018 0.008 0.003 0.193 0.375 182 K 0.471 0.015 0.009 0.004 0.205 0.296 183 R 0.618 0.012 0.012 0.005 0.111 0.243 184 S 0.650 0.007 0.011 0.007 0.119 0.206 185 E 0.731 0.005 0.009 0.009 0.087 0.159 186 R 0.782 0.006 0.005 0.009 0.058 0.139 187 F 0.747 0.013 0.005 0.016 0.066 0.154 188 Y 0.646 0.017 0.009 0.020 0.084 0.224 189 E 0.518 0.013 0.017 0.023 0.173 0.256 190 C 0.404 0.019 0.034 0.022 0.274 0.248 191 C 0.267 0.019 0.029 0.019 0.377 0.289 192 K 0.245 0.027 0.025 0.009 0.370 0.324 193 E 0.161 0.010 0.020 0.004 0.427 0.378 194 P 0.184 0.017 0.033 0.005 0.332 0.430 195 Y 0.242 0.018 0.030 0.001 0.297 0.412 196 P 0.372 0.006 0.028 0.001 0.254 0.339 197 D 0.752 0.006 0.011 0.001 0.069 0.162 198 V 0.948 0.003 0.001 0.001 0.013 0.034 199 T 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 200 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 201 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 202 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 203 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 204 M 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 205 R 0.893 0.001 0.001 0.002 0.019 0.084 206 R 0.397 0.009 0.001 0.007 0.063 0.523 207 R 0.068 0.008 0.001 0.003 0.061 0.859 208 T 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 0.976