# TARGET ACH7_SHORT # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment ACH7_SHORT.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 560 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.001 0.001 0.031 0.007 0.004 0.955 2 E 0.004 0.014 0.004 0.533 0.016 0.021 0.408 3 F 0.004 0.006 0.010 0.852 0.015 0.019 0.095 4 Q 0.001 0.001 0.015 0.930 0.004 0.014 0.035 5 R 0.001 0.001 0.010 0.967 0.005 0.010 0.007 6 K 0.001 0.001 0.014 0.955 0.005 0.017 0.007 7 L 0.001 0.001 0.012 0.943 0.003 0.031 0.009 8 Y 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.007 0.003 9 K 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.007 0.001 10 E 0.001 0.001 0.008 0.976 0.001 0.015 0.001 11 L 0.001 0.001 0.016 0.959 0.001 0.022 0.002 12 V 0.001 0.001 0.042 0.917 0.007 0.028 0.005 13 K 0.001 0.001 0.072 0.746 0.005 0.174 0.002 14 N 0.001 0.001 0.049 0.465 0.014 0.457 0.014 15 Y 0.005 0.017 0.032 0.226 0.279 0.188 0.252 16 N 0.007 0.012 0.011 0.010 0.200 0.029 0.731 17 P 0.004 0.002 0.150 0.027 0.085 0.681 0.050 18 L 0.027 0.012 0.153 0.024 0.101 0.557 0.125 19 E 0.149 0.045 0.110 0.021 0.111 0.073 0.492 20 R 0.299 0.068 0.007 0.007 0.114 0.009 0.495 21 P 0.297 0.045 0.010 0.006 0.041 0.012 0.591 22 V 0.335 0.102 0.021 0.008 0.089 0.054 0.392 23 A 0.190 0.056 0.019 0.009 0.148 0.190 0.389 24 N 0.072 0.015 0.020 0.001 0.218 0.143 0.531 25 D 0.046 0.009 0.016 0.001 0.245 0.452 0.231 26 S 0.028 0.006 0.013 0.001 0.512 0.244 0.196 27 Q 0.116 0.009 0.002 0.001 0.387 0.007 0.480 28 P 0.237 0.005 0.001 0.001 0.045 0.004 0.708 29 L 0.900 0.007 0.001 0.001 0.022 0.002 0.067 30 T 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 31 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 32 Y 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 33 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 34 S 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 35 L 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 36 S 0.976 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.015 37 L 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.017 38 L 0.929 0.001 0.003 0.002 0.024 0.007 0.034 39 Q 0.910 0.003 0.007 0.004 0.017 0.010 0.049 40 I 0.770 0.010 0.037 0.016 0.030 0.016 0.121 41 M 0.698 0.014 0.018 0.014 0.089 0.015 0.153 42 D 0.532 0.009 0.015 0.010 0.057 0.026 0.352 43 V 0.266 0.026 0.049 0.036 0.117 0.053 0.454 44 D 0.185 0.009 0.073 0.040 0.098 0.069 0.525 45 E 0.069 0.006 0.333 0.097 0.124 0.225 0.147 46 K 0.117 0.010 0.180 0.100 0.105 0.335 0.152 47 N 0.152 0.002 0.098 0.065 0.223 0.276 0.183 48 Q 0.564 0.010 0.013 0.058 0.073 0.048 0.236 49 V 0.833 0.006 0.001 0.037 0.019 0.008 0.096 50 L 0.918 0.003 0.001 0.025 0.009 0.003 0.041 51 T 0.958 0.002 0.001 0.012 0.003 0.003 0.022 52 T 0.958 0.001 0.001 0.009 0.006 0.005 0.021 53 N 0.948 0.001 0.001 0.013 0.015 0.004 0.019 54 I 0.961 0.001 0.001 0.011 0.007 0.003 0.017 55 W 0.959 0.001 0.001 0.016 0.006 0.003 0.014 56 L 0.943 0.002 0.001 0.028 0.004 0.005 0.017 57 Q 0.889 0.002 0.002 0.033 0.011 0.017 0.046 58 M 0.779 0.004 0.004 0.038 0.034 0.049 0.093 59 S 0.645 0.014 0.006 0.069 0.055 0.087 0.123 60 W 0.526 0.012 0.006 0.044 0.077 0.071 0.263 61 T 0.385 0.022 0.011 0.071 0.110 0.078 0.323 62 D 0.259 0.018 0.039 0.111 0.203 0.058 0.312 63 H 0.161 0.007 0.104 0.141 0.168 0.220 0.199 64 Y 0.146 0.012 0.215 0.187 0.059 0.273 0.107 65 L 0.301 0.021 0.119 0.204 0.067 0.158 0.130 66 Q 0.326 0.031 0.062 0.091 0.084 0.166 0.241 67 W 0.251 0.113 0.024 0.031 0.223 0.062 0.297 68 N 0.104 0.041 0.016 0.006 0.057 0.023 0.754 69 V 0.003 0.001 0.661 0.074 0.014 0.223 0.024 70 S 0.003 0.002 0.671 0.047 0.015 0.249 0.014 71 E 0.005 0.007 0.689 0.054 0.046 0.142 0.057 72 Y 0.025 0.021 0.110 0.024 0.328 0.069 0.423 73 P 0.015 0.003 0.071 0.016 0.201 0.589 0.104 74 G 0.057 0.005 0.038 0.004 0.107 0.738 0.052 75 V 0.487 0.039 0.005 0.003 0.024 0.008 0.433 76 K 0.715 0.007 0.004 0.002 0.039 0.003 0.230 77 T 0.895 0.006 0.007 0.002 0.014 0.003 0.073 78 V 0.873 0.004 0.001 0.002 0.018 0.004 0.099 79 R 0.795 0.020 0.001 0.001 0.037 0.003 0.142 80 F 0.266 0.028 0.001 0.001 0.082 0.003 0.618 81 P 0.079 0.006 0.004 0.001 0.067 0.045 0.799 82 D 0.008 0.004 0.101 0.012 0.067 0.770 0.038 83 G 0.010 0.001 0.228 0.018 0.189 0.507 0.048 84 Q 0.078 0.014 0.303 0.039 0.159 0.142 0.264 85 I 0.548 0.084 0.020 0.015 0.075 0.027 0.232 86 W 0.702 0.035 0.003 0.009 0.027 0.004 0.220 87 K 0.686 0.023 0.005 0.003 0.033 0.020 0.229 88 P 0.450 0.004 0.025 0.004 0.059 0.056 0.403 89 D 0.294 0.002 0.026 0.003 0.512 0.035 0.130 90 I 0.943 0.001 0.015 0.002 0.006 0.010 0.022 91 L 0.979 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 92 L 0.982 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 93 Y 0.892 0.002 0.002 0.004 0.006 0.006 0.088 94 N 0.425 0.006 0.004 0.003 0.102 0.041 0.419 95 S 0.121 0.007 0.011 0.006 0.347 0.046 0.462 96 A 0.053 0.015 0.057 0.031 0.342 0.230 0.272 97 D 0.041 0.008 0.090 0.027 0.165 0.395 0.274 98 E 0.072 0.014 0.087 0.069 0.260 0.167 0.331 99 R 0.171 0.034 0.065 0.090 0.107 0.117 0.415 100 F 0.255 0.046 0.094 0.120 0.125 0.103 0.258 101 D 0.269 0.017 0.114 0.096 0.100 0.118 0.287 102 A 0.275 0.015 0.165 0.105 0.133 0.117 0.191 103 T 0.385 0.018 0.097 0.062 0.124 0.115 0.200 104 F 0.418 0.046 0.048 0.025 0.137 0.094 0.232 105 H 0.362 0.027 0.022 0.004 0.182 0.054 0.349 106 T 0.161 0.005 0.026 0.002 0.211 0.340 0.255 107 N 0.238 0.005 0.027 0.001 0.215 0.296 0.219 108 V 0.757 0.009 0.002 0.001 0.019 0.004 0.208 109 L 0.963 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 110 V 0.890 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 111 N 0.440 0.009 0.001 0.001 0.013 0.015 0.522 112 S 0.016 0.001 0.002 0.001 0.055 0.906 0.020 113 S 0.007 0.001 0.004 0.001 0.161 0.805 0.023 114 G 0.136 0.004 0.005 0.001 0.403 0.069 0.383 115 H 0.703 0.032 0.002 0.001 0.026 0.010 0.227 116 C 0.961 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 117 Q 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 118 Y 0.953 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.036 119 L 0.638 0.007 0.001 0.001 0.052 0.005 0.296 120 P 0.259 0.002 0.003 0.001 0.188 0.043 0.504 121 P 0.125 0.001 0.006 0.001 0.251 0.057 0.559 122 G 0.718 0.006 0.010 0.004 0.053 0.024 0.185 123 I 0.965 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.022 124 F 0.978 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 125 K 0.930 0.003 0.001 0.004 0.004 0.005 0.053 126 S 0.681 0.003 0.002 0.005 0.052 0.044 0.214 127 S 0.378 0.005 0.006 0.003 0.260 0.064 0.284 128 C 0.451 0.007 0.014 0.007 0.236 0.037 0.248 129 Y 0.659 0.012 0.014 0.012 0.065 0.034 0.205 130 I 0.787 0.018 0.010 0.012 0.040 0.015 0.118 131 D 0.784 0.017 0.006 0.014 0.021 0.019 0.139 132 V 0.589 0.021 0.038 0.028 0.027 0.070 0.227 133 R 0.427 0.022 0.034 0.025 0.112 0.183 0.198 134 W 0.310 0.032 0.037 0.024 0.213 0.154 0.229 135 F 0.170 0.020 0.009 0.009 0.350 0.027 0.415 136 P 0.096 0.015 0.053 0.055 0.161 0.287 0.333 137 F 0.104 0.035 0.088 0.036 0.214 0.326 0.198 138 D 0.146 0.025 0.110 0.057 0.151 0.217 0.295 139 V 0.123 0.010 0.171 0.074 0.161 0.286 0.175 140 Q 0.326 0.029 0.086 0.039 0.147 0.195 0.178 141 H 0.392 0.016 0.032 0.027 0.127 0.176 0.231 142 C 0.649 0.014 0.005 0.013 0.047 0.017 0.255 143 K 0.755 0.009 0.002 0.006 0.026 0.012 0.189 144 L 0.913 0.004 0.002 0.003 0.013 0.006 0.058 145 K 0.948 0.008 0.001 0.004 0.005 0.004 0.030 146 F 0.936 0.005 0.002 0.002 0.009 0.014 0.032 147 G 0.769 0.008 0.005 0.003 0.041 0.049 0.126 148 S 0.607 0.014 0.017 0.005 0.077 0.063 0.217 149 W 0.540 0.020 0.027 0.004 0.110 0.135 0.164 150 S 0.350 0.022 0.045 0.004 0.111 0.137 0.330 151 Y 0.387 0.034 0.032 0.004 0.211 0.138 0.194 152 G 0.197 0.022 0.024 0.001 0.245 0.215 0.296 153 G 0.089 0.004 0.066 0.001 0.304 0.371 0.165 154 W 0.210 0.007 0.040 0.001 0.279 0.132 0.332 155 S 0.808 0.012 0.010 0.001 0.025 0.014 0.131 156 L 0.949 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.042 157 D 0.983 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 158 L 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 159 Q 0.977 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 160 M 0.940 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.047 161 Q 0.757 0.004 0.002 0.001 0.066 0.047 0.123 162 E 0.613 0.007 0.004 0.001 0.136 0.054 0.185 163 A 0.321 0.017 0.003 0.001 0.149 0.019 0.489 164 D 0.271 0.022 0.010 0.002 0.064 0.028 0.603 165 I 0.160 0.023 0.209 0.030 0.123 0.134 0.320 166 S 0.069 0.012 0.402 0.033 0.086 0.210 0.188 167 G 0.041 0.005 0.337 0.034 0.127 0.338 0.118 168 Y 0.086 0.036 0.187 0.027 0.167 0.236 0.261 169 I 0.115 0.054 0.008 0.005 0.433 0.025 0.361 170 P 0.127 0.029 0.007 0.002 0.165 0.051 0.619 171 N 0.083 0.023 0.076 0.011 0.282 0.288 0.237 172 G 0.155 0.009 0.141 0.011 0.218 0.246 0.219 173 E 0.403 0.033 0.185 0.012 0.075 0.041 0.252 174 W 0.662 0.023 0.038 0.004 0.073 0.027 0.173 175 D 0.875 0.010 0.012 0.004 0.009 0.011 0.078 176 L 0.938 0.013 0.003 0.003 0.004 0.007 0.032 177 V 0.881 0.007 0.004 0.002 0.017 0.042 0.047 178 G 0.667 0.002 0.006 0.002 0.079 0.141 0.104 179 I 0.726 0.016 0.004 0.002 0.070 0.028 0.156 180 P 0.679 0.011 0.004 0.003 0.042 0.063 0.198 181 G 0.556 0.004 0.005 0.004 0.107 0.065 0.259 182 K 0.779 0.010 0.003 0.008 0.022 0.026 0.152 183 R 0.875 0.007 0.002 0.009 0.033 0.014 0.060 184 S 0.883 0.003 0.002 0.007 0.019 0.014 0.073 185 E 0.893 0.003 0.001 0.007 0.026 0.007 0.062 186 R 0.912 0.005 0.001 0.006 0.017 0.004 0.055 187 F 0.858 0.014 0.003 0.012 0.023 0.008 0.082 188 Y 0.684 0.018 0.011 0.021 0.060 0.021 0.185 189 E 0.431 0.019 0.034 0.032 0.097 0.142 0.244 190 C 0.167 0.027 0.083 0.022 0.147 0.257 0.297 191 C 0.112 0.036 0.055 0.013 0.205 0.310 0.269 192 K 0.051 0.021 0.043 0.006 0.423 0.236 0.219 193 E 0.061 0.010 0.007 0.001 0.641 0.027 0.253 194 P 0.091 0.039 0.015 0.001 0.220 0.057 0.578 195 Y 0.175 0.026 0.032 0.001 0.178 0.037 0.552 196 P 0.167 0.005 0.022 0.001 0.396 0.056 0.354 197 D 0.736 0.003 0.014 0.001 0.080 0.023 0.144 198 V 0.936 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.056 199 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 200 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 201 T 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 202 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 203 T 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 204 M 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 205 R 0.942 0.002 0.001 0.001 0.013 0.003 0.039 206 R 0.850 0.006 0.001 0.001 0.037 0.005 0.101 207 R 0.275 0.007 0.001 0.001 0.081 0.009 0.628 208 T 0.032 0.002 0.001 0.001 0.022 0.006 0.936