# TARGET ACH7_SHORT # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment ACH7_SHORT.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 560 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.863 0.109 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 2 E 0.813 0.142 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 3 F 0.363 0.249 0.195 0.145 0.043 0.006 0.001 4 Q 0.183 0.268 0.261 0.208 0.069 0.010 0.001 5 R 0.477 0.355 0.128 0.033 0.006 0.001 0.001 6 K 0.189 0.373 0.312 0.104 0.020 0.002 0.001 7 L 0.023 0.029 0.074 0.242 0.460 0.168 0.004 8 Y 0.023 0.087 0.214 0.383 0.238 0.055 0.002 9 K 0.196 0.502 0.229 0.062 0.010 0.001 0.001 10 E 0.110 0.229 0.342 0.255 0.059 0.005 0.001 11 L 0.017 0.015 0.033 0.158 0.431 0.336 0.010 12 V 0.020 0.086 0.240 0.364 0.235 0.053 0.002 13 K 0.324 0.475 0.148 0.043 0.010 0.002 0.001 14 N 0.131 0.302 0.299 0.204 0.054 0.009 0.001 15 Y 0.027 0.065 0.152 0.318 0.323 0.109 0.006 16 N 0.248 0.369 0.233 0.102 0.037 0.010 0.001 17 P 0.355 0.344 0.184 0.086 0.026 0.005 0.001 18 L 0.169 0.180 0.213 0.231 0.151 0.050 0.006 19 E 0.217 0.290 0.230 0.158 0.073 0.029 0.003 20 R 0.080 0.134 0.196 0.265 0.223 0.092 0.009 21 P 0.073 0.121 0.173 0.258 0.248 0.117 0.011 22 V 0.094 0.207 0.251 0.243 0.152 0.050 0.003 23 A 0.264 0.307 0.231 0.138 0.049 0.010 0.001 24 N 0.601 0.250 0.098 0.039 0.010 0.001 0.001 25 D 0.698 0.205 0.069 0.023 0.005 0.001 0.001 26 S 0.680 0.217 0.073 0.024 0.005 0.001 0.001 27 Q 0.451 0.348 0.140 0.049 0.011 0.001 0.001 28 P 0.156 0.315 0.274 0.179 0.065 0.010 0.001 29 L 0.027 0.110 0.224 0.313 0.232 0.086 0.007 30 T 0.020 0.201 0.374 0.274 0.106 0.023 0.003 31 V 0.003 0.010 0.034 0.152 0.380 0.373 0.048 32 Y 0.009 0.106 0.274 0.345 0.201 0.057 0.009 33 F 0.005 0.014 0.032 0.109 0.266 0.442 0.132 34 S 0.011 0.087 0.268 0.341 0.186 0.085 0.023 35 L 0.009 0.021 0.061 0.153 0.229 0.356 0.171 36 S 0.029 0.060 0.122 0.214 0.241 0.236 0.099 37 L 0.063 0.064 0.069 0.120 0.187 0.348 0.148 38 L 0.098 0.135 0.178 0.246 0.177 0.127 0.040 39 Q 0.067 0.137 0.173 0.226 0.192 0.174 0.032 40 I 0.062 0.066 0.081 0.137 0.231 0.327 0.096 41 M 0.074 0.114 0.157 0.253 0.233 0.150 0.018 42 D 0.244 0.362 0.208 0.113 0.048 0.021 0.005 43 V 0.063 0.094 0.173 0.274 0.260 0.121 0.014 44 D 0.384 0.346 0.153 0.069 0.032 0.013 0.003 45 E 0.167 0.208 0.210 0.218 0.137 0.051 0.007 46 K 0.243 0.216 0.204 0.174 0.109 0.046 0.008 47 N 0.258 0.302 0.195 0.138 0.071 0.030 0.006 48 Q 0.086 0.152 0.207 0.263 0.191 0.087 0.014 49 V 0.147 0.236 0.216 0.183 0.126 0.073 0.020 50 L 0.048 0.066 0.112 0.222 0.281 0.223 0.048 51 T 0.100 0.190 0.247 0.229 0.131 0.078 0.025 52 T 0.056 0.052 0.070 0.139 0.248 0.324 0.111 53 N 0.056 0.082 0.134 0.205 0.247 0.200 0.078 54 I 0.053 0.071 0.089 0.134 0.183 0.302 0.168 55 W 0.068 0.094 0.110 0.180 0.209 0.225 0.114 56 L 0.061 0.084 0.094 0.143 0.196 0.298 0.126 57 Q 0.066 0.147 0.200 0.255 0.176 0.114 0.042 58 M 0.062 0.114 0.160 0.219 0.218 0.182 0.044 59 S 0.102 0.221 0.249 0.216 0.136 0.061 0.015 60 W 0.045 0.068 0.112 0.224 0.307 0.219 0.027 61 T 0.135 0.330 0.267 0.167 0.076 0.021 0.003 62 D 0.041 0.094 0.175 0.292 0.258 0.122 0.016 63 H 0.098 0.340 0.287 0.160 0.072 0.035 0.008 64 Y 0.013 0.074 0.229 0.351 0.244 0.079 0.010 65 L 0.008 0.012 0.026 0.109 0.354 0.434 0.057 66 Q 0.037 0.213 0.283 0.251 0.150 0.058 0.009 67 W 0.015 0.047 0.121 0.305 0.355 0.146 0.012 68 N 0.079 0.314 0.332 0.193 0.065 0.016 0.001 69 V 0.136 0.231 0.274 0.250 0.094 0.014 0.001 70 S 0.508 0.291 0.126 0.053 0.018 0.003 0.001 71 E 0.649 0.245 0.077 0.023 0.005 0.001 0.001 72 Y 0.141 0.182 0.284 0.277 0.100 0.016 0.001 73 P 0.501 0.342 0.112 0.035 0.008 0.002 0.001 74 G 0.245 0.294 0.244 0.148 0.058 0.011 0.001 75 V 0.042 0.060 0.134 0.302 0.325 0.130 0.007 76 K 0.130 0.308 0.289 0.173 0.073 0.024 0.003 77 T 0.073 0.160 0.232 0.246 0.184 0.092 0.011 78 V 0.017 0.039 0.073 0.192 0.353 0.296 0.030 79 R 0.030 0.121 0.211 0.267 0.225 0.128 0.018 80 F 0.035 0.096 0.188 0.319 0.256 0.098 0.007 81 P 0.238 0.372 0.236 0.107 0.037 0.008 0.001 82 D 0.393 0.309 0.187 0.084 0.023 0.004 0.001 83 G 0.469 0.336 0.139 0.043 0.012 0.002 0.001 84 Q 0.187 0.321 0.261 0.160 0.057 0.013 0.001 85 I 0.014 0.054 0.135 0.311 0.326 0.149 0.012 86 W 0.010 0.064 0.151 0.283 0.309 0.165 0.018 87 K 0.014 0.111 0.272 0.332 0.185 0.069 0.018 88 P 0.001 0.003 0.011 0.059 0.220 0.521 0.186 89 D 0.004 0.031 0.100 0.212 0.317 0.258 0.078 90 I 0.002 0.007 0.022 0.066 0.180 0.498 0.225 91 L 0.002 0.009 0.018 0.045 0.143 0.474 0.309 92 L 0.001 0.003 0.008 0.034 0.139 0.478 0.337 93 Y 0.002 0.012 0.040 0.137 0.279 0.367 0.163 94 N 0.008 0.047 0.108 0.218 0.308 0.265 0.046 95 S 0.056 0.178 0.225 0.238 0.175 0.107 0.021 96 A 0.053 0.129 0.220 0.292 0.220 0.078 0.007 97 D 0.407 0.308 0.156 0.079 0.036 0.012 0.002 98 E 0.355 0.275 0.183 0.118 0.052 0.015 0.002 99 R 0.381 0.286 0.168 0.098 0.046 0.020 0.003 100 F 0.136 0.148 0.196 0.252 0.177 0.080 0.010 101 D 0.242 0.270 0.217 0.150 0.078 0.036 0.007 102 A 0.241 0.222 0.181 0.173 0.117 0.056 0.010 103 T 0.161 0.143 0.151 0.186 0.199 0.131 0.029 104 F 0.104 0.161 0.214 0.247 0.174 0.084 0.015 105 H 0.112 0.207 0.219 0.210 0.151 0.081 0.021 106 T 0.063 0.198 0.227 0.219 0.168 0.101 0.024 107 N 0.017 0.074 0.184 0.297 0.264 0.132 0.031 108 V 0.010 0.023 0.039 0.087 0.215 0.453 0.172 109 L 0.006 0.040 0.105 0.227 0.297 0.258 0.066 110 V 0.002 0.004 0.012 0.059 0.244 0.526 0.153 111 N 0.014 0.114 0.269 0.335 0.210 0.052 0.006 112 S 0.050 0.243 0.291 0.238 0.129 0.044 0.006 113 S 0.148 0.420 0.264 0.122 0.034 0.009 0.002 114 G 0.031 0.101 0.206 0.309 0.245 0.100 0.008 115 H 0.018 0.145 0.356 0.308 0.134 0.034 0.004 116 C 0.005 0.009 0.022 0.104 0.319 0.460 0.081 117 Q 0.011 0.093 0.248 0.334 0.221 0.080 0.013 118 Y 0.026 0.076 0.101 0.199 0.277 0.274 0.048 119 L 0.046 0.182 0.277 0.272 0.154 0.055 0.012 120 P 0.059 0.205 0.251 0.243 0.143 0.076 0.023 121 P 0.089 0.255 0.272 0.220 0.104 0.047 0.013 122 G 0.043 0.092 0.144 0.222 0.265 0.201 0.034 123 I 0.036 0.181 0.323 0.284 0.131 0.037 0.008 124 F 0.017 0.022 0.038 0.132 0.299 0.404 0.088 125 K 0.062 0.192 0.280 0.261 0.149 0.045 0.012 126 S 0.080 0.126 0.164 0.228 0.196 0.169 0.036 127 S 0.140 0.203 0.244 0.212 0.117 0.062 0.022 128 C 0.078 0.120 0.163 0.223 0.204 0.160 0.052 129 Y 0.198 0.243 0.193 0.171 0.109 0.062 0.024 130 I 0.088 0.108 0.132 0.188 0.209 0.192 0.082 131 D 0.138 0.194 0.192 0.191 0.143 0.105 0.037 132 V 0.131 0.096 0.129 0.184 0.221 0.190 0.049 133 R 0.249 0.239 0.191 0.158 0.091 0.054 0.018 134 W 0.215 0.184 0.145 0.156 0.143 0.116 0.041 135 F 0.121 0.086 0.101 0.157 0.212 0.216 0.106 136 P 0.162 0.174 0.154 0.183 0.144 0.127 0.056 137 F 0.200 0.179 0.170 0.161 0.127 0.108 0.054 138 D 0.166 0.192 0.173 0.163 0.139 0.122 0.047 139 V 0.223 0.266 0.195 0.145 0.090 0.052 0.028 140 Q 0.108 0.155 0.139 0.193 0.197 0.158 0.050 141 H 0.198 0.318 0.246 0.150 0.060 0.019 0.008 142 C 0.061 0.092 0.141 0.268 0.259 0.155 0.024 143 K 0.082 0.289 0.351 0.193 0.067 0.016 0.003 144 L 0.018 0.025 0.058 0.177 0.348 0.321 0.052 145 K 0.067 0.151 0.261 0.292 0.164 0.055 0.011 146 F 0.085 0.102 0.104 0.160 0.230 0.263 0.056 147 G 0.087 0.145 0.217 0.260 0.151 0.106 0.034 148 S 0.096 0.141 0.166 0.192 0.171 0.164 0.070 149 W 0.094 0.102 0.105 0.151 0.201 0.245 0.102 150 S 0.077 0.122 0.158 0.211 0.216 0.177 0.039 151 Y 0.102 0.111 0.128 0.203 0.244 0.176 0.036 152 G 0.172 0.301 0.247 0.170 0.078 0.028 0.004 153 G 0.131 0.224 0.238 0.206 0.140 0.052 0.009 154 W 0.118 0.271 0.248 0.202 0.106 0.046 0.009 155 S 0.058 0.241 0.310 0.249 0.107 0.030 0.006 156 L 0.008 0.018 0.048 0.176 0.357 0.349 0.044 157 D 0.006 0.092 0.284 0.360 0.193 0.059 0.006 158 L 0.005 0.013 0.030 0.114 0.342 0.441 0.055 159 Q 0.011 0.107 0.277 0.359 0.193 0.050 0.003 160 M 0.016 0.060 0.165 0.317 0.319 0.116 0.008 161 Q 0.195 0.385 0.277 0.107 0.029 0.007 0.001 162 E 0.371 0.357 0.175 0.075 0.019 0.003 0.001 163 A 0.212 0.186 0.210 0.224 0.131 0.035 0.002 164 D 0.441 0.319 0.145 0.066 0.023 0.006 0.001 165 I 0.225 0.183 0.209 0.225 0.125 0.031 0.002 166 S 0.522 0.292 0.121 0.049 0.013 0.003 0.001 167 G 0.466 0.309 0.134 0.062 0.022 0.006 0.001 168 Y 0.222 0.262 0.232 0.177 0.081 0.024 0.002 169 I 0.082 0.140 0.212 0.272 0.214 0.073 0.007 170 P 0.230 0.298 0.226 0.142 0.068 0.029 0.006 171 N 0.128 0.234 0.223 0.206 0.136 0.059 0.013 172 G 0.057 0.121 0.181 0.240 0.217 0.150 0.033 173 E 0.028 0.146 0.261 0.287 0.169 0.087 0.022 174 W 0.005 0.014 0.036 0.120 0.296 0.423 0.107 175 D 0.012 0.088 0.221 0.321 0.241 0.100 0.017 176 L 0.009 0.015 0.035 0.116 0.284 0.438 0.103 177 V 0.045 0.167 0.258 0.285 0.164 0.071 0.010 178 G 0.101 0.259 0.275 0.207 0.105 0.046 0.007 179 I 0.066 0.105 0.173 0.272 0.257 0.114 0.013 180 P 0.223 0.305 0.237 0.145 0.064 0.022 0.003 181 G 0.169 0.160 0.170 0.219 0.180 0.092 0.010 182 K 0.332 0.312 0.185 0.104 0.046 0.019 0.003 183 R 0.223 0.263 0.229 0.176 0.081 0.024 0.003 184 S 0.250 0.236 0.191 0.177 0.104 0.038 0.005 185 E 0.317 0.282 0.205 0.119 0.055 0.019 0.003 186 R 0.247 0.290 0.234 0.147 0.061 0.018 0.002 187 F 0.209 0.260 0.210 0.175 0.100 0.042 0.005 188 Y 0.174 0.190 0.221 0.223 0.141 0.045 0.005 189 E 0.379 0.328 0.159 0.081 0.034 0.016 0.003 190 C 0.114 0.176 0.218 0.256 0.166 0.063 0.006 191 C 0.105 0.150 0.207 0.270 0.193 0.068 0.006 192 K 0.442 0.312 0.162 0.064 0.017 0.003 0.001 193 E 0.512 0.297 0.125 0.049 0.014 0.003 0.001 194 P 0.496 0.324 0.119 0.044 0.013 0.003 0.001 195 Y 0.052 0.152 0.286 0.314 0.164 0.030 0.002 196 P 0.150 0.314 0.247 0.167 0.082 0.035 0.005 197 D 0.037 0.238 0.328 0.247 0.118 0.029 0.004 198 V 0.010 0.024 0.062 0.218 0.388 0.275 0.023 199 T 0.018 0.186 0.381 0.294 0.100 0.020 0.002 200 F 0.015 0.035 0.061 0.192 0.318 0.341 0.038 201 T 0.016 0.106 0.305 0.354 0.169 0.044 0.006 202 V 0.030 0.039 0.064 0.175 0.287 0.351 0.054 203 T 0.072 0.204 0.327 0.258 0.097 0.036 0.005 204 M 0.210 0.153 0.128 0.167 0.177 0.150 0.015 205 R 0.304 0.314 0.219 0.120 0.033 0.008 0.001 206 R 0.328 0.289 0.182 0.131 0.057 0.014 0.001 207 R 0.640 0.215 0.098 0.037 0.009 0.001 0.001 208 T 0.762 0.167 0.052 0.015 0.003 0.001 0.001