# TARGET YGR230W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR230W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.011 0.007 0.026 0.156 0.780 2 S 0.035 0.046 0.022 0.041 0.462 0.394 3 Y 0.036 0.019 0.021 0.032 0.588 0.305 4 G 0.025 0.012 0.021 0.040 0.607 0.294 5 G 0.027 0.025 0.015 0.047 0.531 0.355 6 S 0.026 0.035 0.022 0.121 0.396 0.400 7 A 0.019 0.031 0.048 0.325 0.313 0.264 8 S 0.022 0.018 0.043 0.480 0.204 0.234 9 Q 0.010 0.003 0.020 0.855 0.062 0.051 10 D 0.005 0.002 0.010 0.918 0.030 0.035 11 I 0.002 0.001 0.004 0.981 0.006 0.006 12 V 0.005 0.001 0.004 0.979 0.006 0.005 13 T 0.003 0.001 0.003 0.984 0.005 0.005 14 K 0.005 0.001 0.005 0.980 0.006 0.003 15 L 0.003 0.001 0.003 0.983 0.006 0.005 16 I 0.004 0.001 0.009 0.969 0.011 0.007 17 R 0.004 0.001 0.012 0.951 0.020 0.012 18 K 0.006 0.001 0.023 0.890 0.044 0.036 19 I 0.019 0.004 0.032 0.742 0.109 0.094 20 Q 0.038 0.009 0.047 0.374 0.261 0.271 21 N 0.069 0.008 0.024 0.103 0.340 0.456 22 T 0.109 0.006 0.012 0.038 0.308 0.528 23 S 0.256 0.020 0.006 0.016 0.181 0.521 24 V 0.482 0.030 0.005 0.019 0.115 0.350 25 S 0.522 0.009 0.006 0.025 0.084 0.354 26 C 0.571 0.015 0.007 0.026 0.079 0.302 27 T 0.490 0.012 0.009 0.027 0.127 0.335 28 R 0.347 0.029 0.021 0.036 0.187 0.380 29 R 0.136 0.023 0.033 0.058 0.267 0.484 30 D 0.065 0.027 0.068 0.067 0.491 0.283 31 E 0.022 0.015 0.104 0.128 0.530 0.200 32 N 0.020 0.014 0.056 0.096 0.549 0.263 33 L 0.020 0.011 0.089 0.306 0.435 0.140 34 D 0.016 0.008 0.076 0.451 0.318 0.130 35 S 0.017 0.011 0.098 0.576 0.239 0.060 36 F 0.015 0.009 0.062 0.704 0.159 0.051 37 N 0.019 0.004 0.052 0.746 0.130 0.050 38 Q 0.030 0.005 0.057 0.722 0.141 0.046 39 H 0.069 0.014 0.066 0.608 0.152 0.091 40 L 0.126 0.012 0.058 0.573 0.131 0.099 41 K 0.173 0.006 0.055 0.506 0.118 0.143 42 M 0.223 0.010 0.040 0.514 0.087 0.126 43 S 0.296 0.012 0.027 0.391 0.109 0.165 44 L 0.382 0.012 0.025 0.324 0.096 0.162 45 K 0.327 0.010 0.034 0.269 0.143 0.217 46 V 0.290 0.011 0.048 0.287 0.172 0.192 47 A 0.213 0.011 0.055 0.321 0.194 0.205 48 H 0.208 0.023 0.047 0.254 0.246 0.221 49 N 0.126 0.016 0.037 0.285 0.247 0.288 50 T 0.067 0.012 0.023 0.276 0.227 0.396 51 K 0.026 0.005 0.028 0.626 0.169 0.148 52 T 0.018 0.004 0.026 0.684 0.141 0.128 53 F 0.013 0.003 0.027 0.830 0.082 0.044 54 A 0.016 0.002 0.029 0.822 0.084 0.047 55 K 0.021 0.003 0.027 0.785 0.096 0.068 56 H 0.015 0.002 0.020 0.797 0.087 0.078 57 C 0.021 0.004 0.015 0.797 0.073 0.089 58 L 0.022 0.005 0.020 0.796 0.067 0.089 59 H 0.026 0.004 0.026 0.821 0.054 0.069 60 R 0.018 0.002 0.037 0.863 0.041 0.040 61 Q 0.021 0.002 0.040 0.858 0.044 0.035 62 V 0.025 0.003 0.036 0.861 0.041 0.034 63 F 0.031 0.004 0.032 0.829 0.049 0.054 64 K 0.029 0.003 0.033 0.807 0.066 0.062 65 N 0.031 0.001 0.030 0.718 0.102 0.118 66 T 0.050 0.005 0.021 0.644 0.118 0.163 67 Y 0.079 0.016 0.022 0.527 0.138 0.219 68 R 0.091 0.011 0.030 0.492 0.143 0.234 69 K 0.076 0.006 0.070 0.495 0.167 0.185 70 R 0.053 0.006 0.095 0.499 0.167 0.180 71 K 0.057 0.007 0.101 0.377 0.205 0.252 72 A 0.060 0.013 0.061 0.346 0.204 0.316 73 V 0.054 0.016 0.054 0.419 0.222 0.235 74 E 0.045 0.007 0.038 0.418 0.241 0.251 75 D 0.035 0.005 0.030 0.304 0.348 0.277 76 Q 0.019 0.005 0.044 0.455 0.290 0.186 77 R 0.017 0.007 0.047 0.465 0.296 0.168 78 K 0.010 0.004 0.041 0.592 0.225 0.128 79 N 0.011 0.009 0.022 0.537 0.163 0.258 80 L 0.008 0.008 0.015 0.724 0.110 0.135 81 N 0.007 0.002 0.014 0.711 0.104 0.163 82 T 0.008 0.002 0.019 0.818 0.073 0.079 83 Q 0.014 0.005 0.025 0.796 0.082 0.079 84 L 0.017 0.003 0.023 0.828 0.059 0.071 85 R 0.021 0.003 0.053 0.774 0.080 0.069 86 Q 0.022 0.005 0.058 0.690 0.096 0.129 87 K 0.021 0.005 0.050 0.535 0.105 0.283 88 F 0.024 0.018 0.015 0.323 0.106 0.514 89 A 0.026 0.033 0.014 0.200 0.150 0.577 90 S 0.029 0.043 0.009 0.100 0.439 0.380 91 P 0.021 0.011 0.018 0.051 0.591 0.307 92 S 0.016 0.014 0.021 0.024 0.703 0.222 93 D 0.026 0.016 0.063 0.029 0.750 0.116 94 N 0.048 0.029 0.078 0.052 0.528 0.266 95 L 0.062 0.052 0.069 0.082 0.358 0.376 96 L 0.073 0.069 0.022 0.136 0.280 0.420 97 S 0.046 0.029 0.009 0.149 0.233 0.534 98 P 0.037 0.019 0.027 0.364 0.250 0.303 99 C 0.023 0.008 0.035 0.368 0.266 0.301 100 S 0.039 0.015 0.084 0.380 0.230 0.251 101 R 0.044 0.016 0.165 0.489 0.171 0.115 102 K 0.053 0.025 0.140 0.421 0.184 0.177 103 L 0.057 0.012 0.146 0.467 0.189 0.129 104 N 0.027 0.005 0.085 0.556 0.230 0.096 105 D 0.005 0.001 0.088 0.753 0.120 0.033 106 H 0.015 0.006 0.048 0.766 0.116 0.048 107 K 0.031 0.007 0.036 0.753 0.107 0.067 108 S 0.045 0.007 0.026 0.729 0.082 0.111 109 K 0.051 0.007 0.033 0.746 0.083 0.080 110 L 0.054 0.005 0.034 0.709 0.103 0.095 111 F 0.043 0.006 0.041 0.708 0.105 0.097 112 S 0.020 0.003 0.053 0.661 0.146 0.118 113 A 0.022 0.004 0.063 0.562 0.191 0.159 114 K 0.020 0.011 0.049 0.507 0.228 0.185 115 S 0.016 0.012 0.061 0.306 0.332 0.273 116 Q 0.012 0.003 0.025 0.126 0.345 0.489 117 P 0.025 0.008 0.031 0.103 0.338 0.494 118 K 0.063 0.026 0.021 0.111 0.326 0.453 119 T 0.096 0.018 0.030 0.186 0.218 0.451 120 L 0.079 0.007 0.137 0.523 0.135 0.120 121 E 0.112 0.012 0.137 0.525 0.118 0.097 122 F 0.102 0.007 0.110 0.542 0.130 0.109 123 V 0.104 0.010 0.054 0.442 0.256 0.132 124 R 0.070 0.010 0.039 0.314 0.351 0.216 125 G 0.045 0.008 0.033 0.113 0.478 0.324 126 K 0.073 0.016 0.057 0.070 0.449 0.335 127 Q 0.109 0.070 0.042 0.056 0.308 0.415 128 N 0.085 0.055 0.041 0.054 0.298 0.466 129 I 0.030 0.034 0.022 0.017 0.563 0.334 130 P 0.028 0.009 0.033 0.017 0.538 0.375 131 R 0.032 0.023 0.052 0.018 0.606 0.269 132 K 0.052 0.030 0.026 0.013 0.556 0.323 133 P 0.106 0.019 0.016 0.010 0.268 0.581 134 N 0.094 0.032 0.017 0.015 0.246 0.594 135 V 0.091 0.059 0.014 0.021 0.213 0.602 136 D 0.045 0.032 0.006 0.023 0.090 0.803 137 I 0.003 0.003 0.003 0.011 0.039 0.943