# TARGET YGR230W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR230W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.020 0.872 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.006 0.032 0.010 0.018 0.022 2 S 0.001 0.070 0.810 0.002 0.009 0.014 0.001 0.001 0.015 0.025 0.018 0.005 0.031 3 Y 0.003 0.027 0.320 0.004 0.052 0.053 0.001 0.001 0.010 0.190 0.289 0.028 0.022 4 G 0.004 0.008 0.287 0.005 0.039 0.043 0.001 0.001 0.007 0.223 0.353 0.009 0.021 5 G 0.004 0.020 0.460 0.003 0.034 0.068 0.001 0.001 0.005 0.277 0.087 0.015 0.026 6 S 0.007 0.047 0.402 0.002 0.034 0.175 0.001 0.001 0.007 0.159 0.112 0.016 0.038 7 A 0.004 0.021 0.241 0.002 0.050 0.355 0.001 0.001 0.005 0.133 0.156 0.011 0.020 8 S 0.002 0.008 0.266 0.002 0.044 0.451 0.001 0.001 0.003 0.081 0.126 0.003 0.012 9 Q 0.001 0.003 0.083 0.001 0.031 0.742 0.001 0.001 0.002 0.075 0.055 0.005 0.003 10 D 0.001 0.003 0.039 0.001 0.018 0.874 0.001 0.001 0.001 0.025 0.033 0.001 0.004 11 I 0.003 0.003 0.020 0.001 0.011 0.920 0.001 0.001 0.001 0.011 0.024 0.003 0.003 12 V 0.004 0.001 0.014 0.001 0.007 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.002 0.003 13 T 0.007 0.001 0.008 0.001 0.007 0.955 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.002 0.005 14 K 0.003 0.001 0.005 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.002 15 L 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.003 16 I 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 17 R 0.002 0.001 0.006 0.001 0.006 0.951 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.001 0.002 18 K 0.003 0.001 0.018 0.001 0.011 0.872 0.001 0.001 0.001 0.013 0.073 0.002 0.005 19 I 0.002 0.006 0.082 0.001 0.024 0.686 0.001 0.001 0.002 0.054 0.126 0.004 0.012 20 Q 0.002 0.012 0.117 0.004 0.033 0.367 0.001 0.001 0.002 0.159 0.277 0.015 0.012 21 N 0.001 0.005 0.164 0.004 0.025 0.140 0.001 0.001 0.003 0.179 0.456 0.005 0.016 22 T 0.002 0.010 0.458 0.003 0.010 0.047 0.001 0.001 0.007 0.258 0.167 0.017 0.020 23 S 0.006 0.029 0.652 0.004 0.007 0.017 0.002 0.001 0.028 0.106 0.048 0.038 0.062 24 V 0.028 0.027 0.433 0.005 0.020 0.028 0.008 0.008 0.046 0.123 0.041 0.072 0.160 25 S 0.066 0.031 0.336 0.012 0.023 0.042 0.008 0.012 0.046 0.073 0.048 0.163 0.139 26 C 0.077 0.030 0.343 0.015 0.026 0.051 0.006 0.009 0.028 0.082 0.064 0.072 0.195 27 T 0.062 0.024 0.359 0.017 0.017 0.057 0.003 0.004 0.021 0.153 0.064 0.090 0.128 28 R 0.025 0.027 0.425 0.009 0.025 0.061 0.001 0.001 0.011 0.179 0.066 0.069 0.100 29 R 0.017 0.027 0.339 0.013 0.050 0.100 0.001 0.001 0.005 0.158 0.132 0.035 0.123 30 D 0.011 0.026 0.338 0.023 0.112 0.110 0.001 0.001 0.003 0.154 0.148 0.029 0.043 31 E 0.006 0.011 0.226 0.006 0.114 0.138 0.001 0.001 0.001 0.266 0.181 0.026 0.023 32 N 0.005 0.025 0.315 0.002 0.089 0.150 0.001 0.001 0.002 0.155 0.202 0.014 0.041 33 L 0.007 0.025 0.260 0.001 0.101 0.274 0.001 0.001 0.001 0.124 0.173 0.009 0.023 34 D 0.008 0.012 0.215 0.003 0.078 0.356 0.001 0.001 0.001 0.109 0.189 0.015 0.012 35 S 0.010 0.012 0.179 0.002 0.093 0.406 0.001 0.001 0.001 0.097 0.173 0.004 0.022 36 F 0.016 0.017 0.125 0.002 0.055 0.482 0.001 0.001 0.001 0.102 0.171 0.013 0.014 37 N 0.015 0.013 0.156 0.004 0.069 0.444 0.001 0.001 0.002 0.087 0.179 0.008 0.023 38 Q 0.024 0.009 0.111 0.011 0.068 0.429 0.001 0.002 0.003 0.103 0.195 0.020 0.024 39 H 0.043 0.010 0.141 0.008 0.062 0.443 0.003 0.004 0.006 0.063 0.143 0.016 0.058 40 L 0.093 0.025 0.112 0.006 0.028 0.456 0.006 0.007 0.017 0.073 0.056 0.048 0.073 41 K 0.106 0.012 0.118 0.027 0.023 0.451 0.009 0.009 0.020 0.048 0.057 0.038 0.083 42 M 0.163 0.008 0.092 0.017 0.016 0.398 0.010 0.016 0.029 0.054 0.036 0.076 0.083 43 S 0.267 0.010 0.068 0.007 0.015 0.397 0.011 0.024 0.023 0.019 0.023 0.035 0.102 44 L 0.332 0.008 0.053 0.006 0.020 0.355 0.014 0.018 0.024 0.020 0.021 0.062 0.066 45 K 0.296 0.007 0.066 0.014 0.021 0.341 0.014 0.020 0.018 0.018 0.032 0.069 0.083 46 V 0.137 0.012 0.074 0.016 0.044 0.462 0.010 0.011 0.016 0.030 0.056 0.025 0.106 47 A 0.068 0.007 0.129 0.017 0.051 0.448 0.006 0.004 0.010 0.064 0.112 0.051 0.032 48 H 0.038 0.011 0.153 0.003 0.035 0.390 0.004 0.002 0.009 0.102 0.190 0.018 0.046 49 N 0.010 0.014 0.211 0.001 0.026 0.367 0.001 0.001 0.006 0.122 0.205 0.012 0.024 50 T 0.004 0.008 0.159 0.002 0.023 0.512 0.001 0.001 0.003 0.103 0.167 0.008 0.011 51 K 0.003 0.003 0.111 0.001 0.025 0.665 0.001 0.001 0.002 0.078 0.095 0.009 0.007 52 T 0.002 0.006 0.081 0.001 0.025 0.770 0.001 0.001 0.002 0.043 0.058 0.002 0.011 53 F 0.004 0.004 0.049 0.001 0.022 0.838 0.001 0.001 0.002 0.021 0.050 0.004 0.005 54 A 0.005 0.003 0.054 0.002 0.028 0.818 0.001 0.001 0.002 0.026 0.051 0.004 0.007 55 K 0.005 0.002 0.050 0.001 0.035 0.795 0.001 0.001 0.002 0.023 0.075 0.005 0.006 56 H 0.006 0.002 0.052 0.001 0.024 0.812 0.001 0.001 0.002 0.032 0.059 0.004 0.005 57 C 0.007 0.005 0.064 0.001 0.018 0.798 0.001 0.001 0.002 0.029 0.062 0.005 0.008 58 L 0.008 0.005 0.064 0.001 0.014 0.811 0.001 0.001 0.002 0.023 0.056 0.006 0.008 59 H 0.005 0.002 0.051 0.001 0.012 0.865 0.001 0.001 0.002 0.020 0.033 0.003 0.006 60 R 0.003 0.002 0.030 0.001 0.014 0.895 0.001 0.001 0.002 0.017 0.028 0.002 0.004 61 Q 0.005 0.001 0.023 0.001 0.012 0.909 0.001 0.001 0.003 0.009 0.029 0.004 0.003 62 V 0.004 0.002 0.021 0.001 0.011 0.910 0.001 0.001 0.003 0.008 0.033 0.002 0.005 63 F 0.004 0.002 0.037 0.001 0.012 0.879 0.001 0.001 0.003 0.013 0.039 0.004 0.004 64 K 0.003 0.002 0.029 0.001 0.014 0.872 0.001 0.001 0.002 0.016 0.051 0.003 0.006 65 N 0.004 0.002 0.051 0.001 0.017 0.785 0.001 0.001 0.001 0.029 0.101 0.003 0.005 66 T 0.003 0.004 0.111 0.001 0.017 0.638 0.001 0.001 0.004 0.059 0.147 0.007 0.009 67 Y 0.006 0.010 0.177 0.002 0.020 0.576 0.002 0.001 0.005 0.072 0.096 0.011 0.024 68 R 0.007 0.013 0.238 0.002 0.020 0.521 0.001 0.001 0.006 0.080 0.043 0.041 0.026 69 K 0.005 0.010 0.169 0.004 0.032 0.631 0.001 0.001 0.005 0.052 0.051 0.008 0.031 70 R 0.006 0.007 0.141 0.006 0.081 0.594 0.001 0.001 0.006 0.056 0.074 0.009 0.017 71 K 0.008 0.007 0.136 0.002 0.080 0.573 0.002 0.001 0.010 0.051 0.097 0.019 0.015 72 A 0.010 0.011 0.129 0.002 0.061 0.613 0.002 0.001 0.007 0.034 0.091 0.005 0.034 73 V 0.006 0.012 0.224 0.003 0.036 0.448 0.001 0.001 0.009 0.118 0.098 0.033 0.012 74 E 0.004 0.018 0.210 0.001 0.022 0.373 0.001 0.001 0.006 0.163 0.170 0.008 0.024 75 D 0.001 0.010 0.483 0.001 0.023 0.225 0.001 0.001 0.003 0.157 0.085 0.003 0.009 76 Q 0.001 0.002 0.129 0.001 0.059 0.460 0.001 0.001 0.001 0.085 0.258 0.002 0.002 77 R 0.001 0.003 0.072 0.001 0.117 0.444 0.001 0.001 0.001 0.049 0.308 0.001 0.003 78 K 0.001 0.007 0.123 0.001 0.113 0.491 0.001 0.001 0.002 0.121 0.133 0.004 0.004 79 N 0.003 0.014 0.250 0.001 0.052 0.463 0.001 0.001 0.004 0.050 0.148 0.003 0.011 80 L 0.011 0.014 0.190 0.001 0.034 0.492 0.002 0.001 0.004 0.066 0.161 0.008 0.017 81 N 0.008 0.010 0.192 0.003 0.035 0.517 0.002 0.001 0.003 0.064 0.135 0.013 0.017 82 T 0.013 0.009 0.158 0.001 0.044 0.595 0.002 0.001 0.003 0.071 0.065 0.012 0.027 83 Q 0.011 0.009 0.115 0.002 0.054 0.669 0.002 0.001 0.003 0.037 0.060 0.009 0.028 84 L 0.011 0.009 0.067 0.007 0.075 0.682 0.002 0.001 0.002 0.033 0.077 0.012 0.024 85 R 0.010 0.008 0.082 0.020 0.131 0.553 0.002 0.001 0.002 0.041 0.105 0.014 0.031 86 Q 0.007 0.004 0.105 0.012 0.125 0.493 0.002 0.001 0.002 0.084 0.096 0.033 0.036 87 K 0.017 0.018 0.156 0.014 0.079 0.393 0.005 0.001 0.005 0.046 0.087 0.025 0.154 88 F 0.018 0.043 0.249 0.007 0.035 0.253 0.011 0.001 0.015 0.078 0.091 0.095 0.105 89 A 0.017 0.095 0.441 0.008 0.008 0.085 0.006 0.001 0.012 0.094 0.059 0.033 0.141 90 S 0.001 0.016 0.815 0.002 0.004 0.022 0.001 0.001 0.005 0.075 0.016 0.013 0.030 91 P 0.001 0.003 0.109 0.002 0.027 0.087 0.001 0.001 0.001 0.153 0.606 0.003 0.009 92 S 0.001 0.007 0.070 0.002 0.048 0.078 0.001 0.001 0.001 0.148 0.637 0.003 0.005 93 D 0.001 0.005 0.250 0.004 0.090 0.107 0.001 0.001 0.001 0.326 0.198 0.009 0.009 94 N 0.003 0.032 0.388 0.011 0.072 0.109 0.001 0.001 0.005 0.120 0.213 0.004 0.041 95 L 0.025 0.104 0.189 0.003 0.109 0.115 0.010 0.002 0.009 0.085 0.215 0.068 0.067 96 L 0.035 0.078 0.199 0.009 0.084 0.199 0.011 0.003 0.006 0.089 0.156 0.017 0.113 97 S 0.009 0.016 0.411 0.003 0.028 0.233 0.001 0.001 0.003 0.171 0.033 0.060 0.032 98 P 0.001 0.005 0.070 0.001 0.052 0.591 0.001 0.001 0.001 0.069 0.192 0.001 0.018 99 C 0.002 0.004 0.052 0.002 0.042 0.641 0.001 0.001 0.001 0.077 0.170 0.005 0.004 100 S 0.005 0.005 0.028 0.001 0.056 0.825 0.001 0.001 0.001 0.025 0.040 0.002 0.012 101 R 0.008 0.002 0.029 0.001 0.037 0.868 0.001 0.001 0.002 0.011 0.031 0.005 0.004 102 K 0.007 0.002 0.021 0.001 0.046 0.828 0.001 0.001 0.002 0.011 0.064 0.004 0.011 103 L 0.004 0.005 0.040 0.001 0.030 0.817 0.001 0.001 0.001 0.027 0.061 0.002 0.010 104 N 0.002 0.003 0.045 0.002 0.030 0.736 0.001 0.001 0.001 0.033 0.138 0.005 0.004 105 D 0.002 0.002 0.038 0.001 0.028 0.689 0.001 0.001 0.001 0.039 0.195 0.001 0.004 106 H 0.004 0.005 0.093 0.002 0.035 0.525 0.001 0.001 0.001 0.066 0.255 0.005 0.008 107 K 0.006 0.007 0.148 0.002 0.055 0.564 0.001 0.001 0.001 0.075 0.113 0.013 0.016 108 S 0.010 0.011 0.145 0.002 0.058 0.603 0.001 0.001 0.002 0.062 0.061 0.011 0.033 109 K 0.010 0.011 0.134 0.003 0.070 0.592 0.001 0.001 0.003 0.056 0.064 0.026 0.030 110 L 0.015 0.013 0.122 0.005 0.059 0.580 0.002 0.001 0.003 0.045 0.099 0.011 0.045 111 F 0.019 0.013 0.156 0.007 0.083 0.422 0.003 0.001 0.004 0.083 0.154 0.026 0.031 112 S 0.014 0.013 0.189 0.003 0.097 0.310 0.002 0.001 0.003 0.102 0.211 0.021 0.035 113 A 0.016 0.011 0.245 0.002 0.081 0.249 0.001 0.001 0.003 0.119 0.215 0.021 0.035 114 K 0.005 0.014 0.300 0.004 0.061 0.164 0.001 0.001 0.002 0.182 0.219 0.014 0.033 115 S 0.002 0.015 0.313 0.008 0.035 0.077 0.001 0.001 0.001 0.322 0.198 0.011 0.018 116 Q 0.001 0.007 0.406 0.006 0.023 0.070 0.001 0.001 0.001 0.368 0.090 0.016 0.012 117 P 0.002 0.021 0.616 0.005 0.024 0.098 0.001 0.001 0.004 0.089 0.077 0.005 0.059 118 K 0.014 0.044 0.437 0.003 0.023 0.131 0.002 0.001 0.013 0.108 0.079 0.121 0.024 119 T 0.013 0.057 0.368 0.002 0.023 0.168 0.004 0.003 0.031 0.098 0.046 0.009 0.179 120 L 0.010 0.008 0.172 0.008 0.085 0.565 0.004 0.002 0.009 0.037 0.059 0.018 0.024 121 E 0.011 0.005 0.096 0.008 0.111 0.625 0.004 0.002 0.006 0.029 0.069 0.014 0.019 122 F 0.007 0.008 0.077 0.002 0.218 0.468 0.004 0.001 0.008 0.022 0.145 0.008 0.032 123 V 0.018 0.019 0.174 0.006 0.068 0.369 0.008 0.002 0.022 0.103 0.130 0.025 0.056 124 R 0.005 0.022 0.167 0.008 0.035 0.233 0.003 0.001 0.009 0.093 0.366 0.033 0.026 125 G 0.002 0.008 0.210 0.008 0.024 0.087 0.001 0.001 0.004 0.145 0.473 0.007 0.032 126 K 0.002 0.011 0.521 0.009 0.041 0.069 0.001 0.001 0.003 0.164 0.110 0.033 0.035 127 Q 0.003 0.066 0.403 0.006 0.045 0.078 0.004 0.001 0.014 0.111 0.102 0.022 0.146 128 N 0.003 0.039 0.553 0.014 0.036 0.047 0.003 0.001 0.010 0.147 0.070 0.034 0.044 129 I 0.001 0.016 0.584 0.005 0.015 0.028 0.001 0.001 0.014 0.241 0.029 0.042 0.024 130 P 0.001 0.011 0.766 0.007 0.020 0.017 0.001 0.001 0.006 0.055 0.052 0.004 0.060 131 R 0.003 0.086 0.520 0.011 0.045 0.036 0.001 0.001 0.010 0.166 0.073 0.025 0.024 132 K 0.001 0.022 0.604 0.003 0.042 0.025 0.001 0.001 0.011 0.206 0.024 0.033 0.026 133 P 0.001 0.009 0.415 0.006 0.109 0.048 0.001 0.001 0.006 0.187 0.175 0.006 0.037 134 N 0.002 0.021 0.444 0.003 0.072 0.051 0.001 0.001 0.008 0.184 0.178 0.017 0.018 135 V 0.002 0.038 0.504 0.001 0.034 0.058 0.001 0.001 0.008 0.212 0.086 0.020 0.036 136 D 0.001 0.030 0.803 0.001 0.012 0.036 0.001 0.001 0.011 0.031 0.045 0.006 0.026 137 I 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003