# TARGET YGR230W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR230W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C E G H I M P Q S T Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.966 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.006 2 S 0.001 0.055 0.809 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.012 0.037 0.044 0.016 3 Y 0.003 0.036 0.366 0.001 0.037 0.056 0.001 0.001 0.002 0.021 0.237 0.201 0.039 4 G 0.001 0.010 0.343 0.003 0.051 0.068 0.001 0.001 0.001 0.007 0.248 0.251 0.017 5 G 0.001 0.008 0.352 0.001 0.043 0.107 0.001 0.001 0.001 0.004 0.338 0.126 0.019 6 S 0.001 0.027 0.384 0.001 0.058 0.242 0.001 0.001 0.001 0.003 0.170 0.081 0.031 7 A 0.001 0.015 0.181 0.001 0.075 0.474 0.001 0.001 0.001 0.003 0.098 0.129 0.022 8 S 0.002 0.003 0.231 0.001 0.044 0.545 0.001 0.001 0.001 0.002 0.059 0.098 0.014 9 Q 0.001 0.003 0.065 0.001 0.023 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.046 0.005 10 D 0.001 0.003 0.082 0.001 0.018 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.052 0.005 11 I 0.001 0.003 0.032 0.001 0.008 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.025 0.004 12 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 13 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 14 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 15 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 16 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 17 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 18 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.002 19 I 0.001 0.002 0.029 0.001 0.007 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.048 0.004 20 Q 0.001 0.008 0.081 0.001 0.015 0.673 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.151 0.012 21 N 0.001 0.002 0.118 0.004 0.020 0.257 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.431 0.014 22 T 0.002 0.005 0.289 0.004 0.016 0.150 0.001 0.001 0.001 0.004 0.323 0.160 0.047 23 S 0.009 0.029 0.500 0.012 0.017 0.046 0.001 0.002 0.001 0.010 0.152 0.105 0.118 24 V 0.034 0.036 0.400 0.012 0.019 0.037 0.001 0.009 0.002 0.029 0.137 0.053 0.234 25 S 0.040 0.012 0.429 0.009 0.013 0.026 0.001 0.006 0.002 0.048 0.057 0.034 0.324 26 C 0.057 0.020 0.307 0.004 0.013 0.027 0.001 0.010 0.001 0.034 0.039 0.024 0.464 27 T 0.077 0.024 0.317 0.017 0.016 0.027 0.001 0.013 0.002 0.034 0.049 0.023 0.400 28 R 0.032 0.017 0.239 0.005 0.031 0.056 0.001 0.004 0.001 0.032 0.139 0.049 0.396 29 R 0.015 0.013 0.398 0.010 0.053 0.101 0.001 0.002 0.001 0.009 0.113 0.151 0.135 30 D 0.009 0.020 0.344 0.004 0.112 0.131 0.001 0.002 0.001 0.007 0.159 0.121 0.092 31 E 0.003 0.011 0.191 0.004 0.111 0.158 0.001 0.001 0.001 0.002 0.217 0.262 0.041 32 N 0.003 0.015 0.340 0.003 0.093 0.108 0.001 0.001 0.001 0.002 0.175 0.209 0.051 33 L 0.004 0.015 0.401 0.002 0.093 0.173 0.001 0.001 0.001 0.003 0.139 0.123 0.045 34 D 0.006 0.016 0.245 0.006 0.097 0.233 0.001 0.001 0.001 0.003 0.137 0.227 0.028 35 S 0.005 0.007 0.194 0.002 0.131 0.287 0.001 0.001 0.001 0.003 0.113 0.234 0.023 36 F 0.005 0.010 0.152 0.002 0.082 0.461 0.001 0.001 0.001 0.003 0.096 0.167 0.021 37 N 0.006 0.007 0.166 0.005 0.069 0.518 0.001 0.001 0.001 0.004 0.071 0.124 0.029 38 Q 0.011 0.005 0.087 0.014 0.044 0.604 0.001 0.001 0.002 0.004 0.102 0.095 0.031 39 H 0.047 0.013 0.117 0.007 0.039 0.499 0.001 0.004 0.006 0.011 0.053 0.083 0.120 40 L 0.154 0.015 0.095 0.013 0.019 0.401 0.001 0.012 0.012 0.014 0.041 0.057 0.168 41 K 0.226 0.008 0.095 0.029 0.011 0.293 0.001 0.021 0.015 0.022 0.029 0.038 0.212 42 M 0.298 0.005 0.064 0.009 0.008 0.244 0.001 0.024 0.018 0.032 0.021 0.027 0.248 43 S 0.337 0.003 0.056 0.021 0.008 0.233 0.001 0.027 0.014 0.021 0.031 0.040 0.209 44 L 0.342 0.005 0.077 0.010 0.006 0.184 0.001 0.049 0.027 0.050 0.020 0.022 0.206 45 K 0.338 0.007 0.084 0.017 0.007 0.151 0.001 0.048 0.029 0.043 0.028 0.021 0.226 46 V 0.204 0.010 0.131 0.010 0.014 0.200 0.001 0.046 0.030 0.049 0.035 0.034 0.237 47 A 0.125 0.013 0.238 0.021 0.016 0.169 0.001 0.017 0.014 0.034 0.072 0.088 0.190 48 H 0.045 0.011 0.227 0.010 0.015 0.157 0.001 0.009 0.005 0.023 0.159 0.211 0.127 49 N 0.009 0.009 0.339 0.006 0.016 0.139 0.001 0.002 0.002 0.012 0.244 0.169 0.052 50 T 0.006 0.014 0.364 0.005 0.023 0.219 0.001 0.002 0.002 0.009 0.179 0.129 0.049 51 K 0.007 0.008 0.139 0.003 0.046 0.484 0.001 0.002 0.002 0.006 0.129 0.129 0.045 52 T 0.007 0.012 0.137 0.002 0.049 0.594 0.001 0.002 0.003 0.007 0.069 0.082 0.036 53 F 0.008 0.005 0.070 0.002 0.063 0.734 0.001 0.002 0.002 0.004 0.034 0.056 0.020 54 A 0.011 0.005 0.064 0.002 0.059 0.730 0.001 0.002 0.002 0.004 0.026 0.073 0.021 55 K 0.009 0.003 0.070 0.002 0.064 0.699 0.001 0.002 0.001 0.004 0.032 0.092 0.020 56 H 0.007 0.005 0.078 0.001 0.043 0.729 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.064 0.024 57 C 0.010 0.008 0.109 0.002 0.031 0.679 0.001 0.002 0.002 0.007 0.044 0.075 0.029 58 L 0.011 0.007 0.072 0.002 0.024 0.732 0.001 0.002 0.002 0.009 0.034 0.081 0.023 59 H 0.006 0.005 0.079 0.001 0.015 0.800 0.001 0.001 0.003 0.005 0.024 0.046 0.014 60 R 0.003 0.001 0.025 0.001 0.012 0.902 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.033 0.005 61 Q 0.002 0.001 0.022 0.001 0.011 0.913 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.026 0.005 62 V 0.003 0.003 0.026 0.001 0.014 0.897 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.030 0.009 63 F 0.006 0.002 0.028 0.001 0.016 0.878 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.045 0.008 64 K 0.007 0.002 0.049 0.001 0.017 0.810 0.001 0.001 0.002 0.004 0.025 0.067 0.012 65 N 0.003 0.001 0.056 0.001 0.022 0.764 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.103 0.010 66 T 0.003 0.004 0.157 0.001 0.020 0.628 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 0.100 0.015 67 Y 0.003 0.009 0.182 0.001 0.019 0.605 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 0.088 0.019 68 R 0.004 0.013 0.236 0.001 0.024 0.504 0.001 0.001 0.001 0.005 0.092 0.083 0.036 69 K 0.002 0.003 0.212 0.001 0.051 0.554 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 0.098 0.017 70 R 0.001 0.002 0.113 0.001 0.065 0.597 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.150 0.007 71 K 0.001 0.003 0.138 0.001 0.079 0.533 0.001 0.001 0.001 0.003 0.062 0.168 0.011 72 A 0.001 0.011 0.211 0.001 0.065 0.522 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.123 0.020 73 V 0.001 0.015 0.389 0.001 0.032 0.373 0.001 0.001 0.001 0.009 0.058 0.094 0.027 74 E 0.001 0.009 0.381 0.001 0.024 0.284 0.001 0.001 0.001 0.005 0.153 0.122 0.018 75 D 0.001 0.010 0.532 0.001 0.016 0.153 0.001 0.001 0.001 0.003 0.222 0.055 0.009 76 Q 0.001 0.003 0.127 0.001 0.052 0.502 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.261 0.004 77 R 0.001 0.003 0.096 0.001 0.073 0.474 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.293 0.004 78 K 0.001 0.009 0.158 0.001 0.094 0.475 0.001 0.001 0.001 0.002 0.081 0.170 0.009 79 N 0.001 0.010 0.253 0.001 0.050 0.421 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 0.188 0.006 80 L 0.001 0.005 0.234 0.001 0.037 0.504 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.129 0.004 81 N 0.001 0.004 0.155 0.001 0.043 0.557 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.154 0.005 82 T 0.001 0.003 0.207 0.001 0.053 0.540 0.001 0.001 0.001 0.002 0.085 0.100 0.009 83 Q 0.001 0.007 0.244 0.001 0.061 0.537 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.081 0.016 84 L 0.003 0.008 0.153 0.003 0.065 0.569 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.122 0.021 85 R 0.004 0.007 0.113 0.004 0.113 0.544 0.001 0.001 0.001 0.003 0.056 0.135 0.020 86 Q 0.004 0.015 0.154 0.005 0.100 0.454 0.001 0.001 0.001 0.009 0.089 0.137 0.032 87 K 0.003 0.010 0.213 0.004 0.058 0.406 0.001 0.001 0.001 0.010 0.093 0.172 0.031 88 F 0.002 0.033 0.420 0.003 0.022 0.198 0.001 0.001 0.002 0.022 0.138 0.106 0.053 89 A 0.001 0.035 0.634 0.003 0.010 0.064 0.001 0.001 0.001 0.025 0.125 0.055 0.047 90 S 0.001 0.013 0.772 0.002 0.008 0.036 0.001 0.001 0.001 0.012 0.094 0.046 0.016 91 P 0.001 0.005 0.139 0.002 0.057 0.172 0.001 0.001 0.001 0.003 0.158 0.457 0.006 92 S 0.001 0.005 0.172 0.002 0.100 0.118 0.001 0.001 0.001 0.005 0.178 0.411 0.008 93 D 0.002 0.019 0.331 0.004 0.138 0.154 0.001 0.001 0.001 0.011 0.245 0.073 0.021 94 N 0.007 0.026 0.251 0.004 0.115 0.283 0.001 0.003 0.005 0.030 0.115 0.106 0.055 95 L 0.022 0.042 0.145 0.005 0.082 0.244 0.001 0.008 0.010 0.037 0.096 0.211 0.097 96 L 0.018 0.040 0.245 0.006 0.050 0.260 0.001 0.011 0.011 0.031 0.067 0.187 0.073 97 S 0.004 0.037 0.504 0.005 0.017 0.129 0.001 0.002 0.001 0.010 0.196 0.057 0.038 98 P 0.002 0.017 0.415 0.003 0.036 0.157 0.001 0.001 0.001 0.005 0.207 0.119 0.038 99 C 0.003 0.017 0.246 0.003 0.076 0.309 0.001 0.001 0.001 0.003 0.108 0.193 0.041 100 S 0.006 0.015 0.181 0.002 0.118 0.473 0.001 0.001 0.001 0.003 0.082 0.084 0.033 101 R 0.008 0.010 0.100 0.001 0.130 0.524 0.001 0.002 0.001 0.003 0.085 0.099 0.037 102 K 0.008 0.010 0.125 0.001 0.096 0.535 0.001 0.002 0.001 0.003 0.059 0.121 0.039 103 L 0.003 0.008 0.217 0.002 0.068 0.460 0.001 0.001 0.001 0.002 0.105 0.105 0.029 104 N 0.001 0.006 0.171 0.002 0.060 0.465 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.171 0.016 105 D 0.001 0.002 0.088 0.001 0.055 0.562 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.195 0.007 106 H 0.001 0.007 0.164 0.001 0.049 0.557 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.141 0.021 107 K 0.003 0.013 0.141 0.002 0.073 0.551 0.001 0.001 0.001 0.002 0.061 0.122 0.030 108 S 0.006 0.014 0.158 0.004 0.082 0.506 0.001 0.001 0.001 0.004 0.062 0.128 0.034 109 K 0.010 0.010 0.129 0.004 0.108 0.494 0.001 0.002 0.001 0.003 0.070 0.113 0.055 110 L 0.012 0.010 0.126 0.003 0.081 0.473 0.001 0.002 0.001 0.004 0.063 0.162 0.062 111 F 0.011 0.018 0.123 0.007 0.054 0.379 0.001 0.002 0.001 0.003 0.096 0.251 0.054 112 S 0.012 0.022 0.224 0.006 0.046 0.290 0.001 0.001 0.001 0.005 0.112 0.217 0.064 113 A 0.008 0.019 0.409 0.003 0.040 0.160 0.001 0.001 0.001 0.003 0.136 0.158 0.062 114 K 0.003 0.015 0.329 0.005 0.045 0.077 0.001 0.001 0.001 0.002 0.230 0.245 0.049 115 S 0.001 0.025 0.303 0.003 0.019 0.034 0.001 0.001 0.001 0.002 0.471 0.112 0.031 116 Q 0.001 0.005 0.644 0.005 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.280 0.037 0.015 117 P 0.001 0.006 0.852 0.005 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 0.034 0.025 118 K 0.007 0.036 0.496 0.010 0.034 0.030 0.001 0.002 0.001 0.041 0.158 0.041 0.144 119 T 0.026 0.034 0.344 0.010 0.048 0.079 0.001 0.007 0.006 0.094 0.076 0.033 0.243 120 L 0.082 0.018 0.164 0.015 0.044 0.210 0.001 0.021 0.017 0.110 0.044 0.022 0.253 121 E 0.087 0.014 0.117 0.020 0.040 0.212 0.001 0.021 0.020 0.125 0.032 0.025 0.287 122 F 0.082 0.015 0.130 0.028 0.054 0.223 0.001 0.031 0.009 0.080 0.031 0.058 0.258 123 V 0.067 0.018 0.254 0.013 0.038 0.147 0.001 0.017 0.006 0.047 0.076 0.065 0.251 124 R 0.037 0.016 0.158 0.022 0.041 0.152 0.001 0.007 0.002 0.012 0.138 0.288 0.126 125 G 0.015 0.009 0.201 0.023 0.029 0.088 0.001 0.002 0.001 0.006 0.177 0.357 0.092 126 K 0.008 0.019 0.494 0.007 0.031 0.068 0.001 0.003 0.001 0.007 0.155 0.090 0.117 127 Q 0.005 0.047 0.448 0.003 0.032 0.068 0.001 0.002 0.001 0.007 0.149 0.099 0.142 128 N 0.003 0.059 0.425 0.008 0.032 0.063 0.001 0.002 0.001 0.009 0.204 0.105 0.089 129 I 0.001 0.012 0.606 0.008 0.016 0.017 0.001 0.001 0.001 0.004 0.229 0.048 0.060 130 P 0.001 0.009 0.629 0.006 0.022 0.019 0.001 0.001 0.001 0.005 0.129 0.143 0.038 131 R 0.001 0.037 0.467 0.002 0.040 0.030 0.001 0.001 0.001 0.007 0.234 0.129 0.051 132 K 0.001 0.028 0.601 0.003 0.021 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.237 0.047 0.049 133 P 0.001 0.008 0.411 0.003 0.041 0.023 0.001 0.001 0.001 0.005 0.154 0.334 0.021 134 N 0.002 0.013 0.423 0.001 0.028 0.015 0.001 0.001 0.001 0.005 0.157 0.326 0.030 135 V 0.003 0.108 0.661 0.001 0.012 0.020 0.001 0.002 0.001 0.008 0.095 0.026 0.063 136 D 0.001 0.030 0.886 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.010 0.035 137 I 0.001 0.002 0.952 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.012 0.006