# TARGET YGR230W # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR230W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.044 0.063 0.008 0.027 0.006 0.039 0.813 3 Y 0.040 0.026 0.022 0.038 0.323 0.151 0.400 4 G 0.035 0.008 0.032 0.044 0.222 0.220 0.441 5 G 0.019 0.010 0.030 0.080 0.326 0.088 0.447 6 S 0.012 0.015 0.038 0.167 0.261 0.070 0.437 7 A 0.006 0.005 0.091 0.488 0.093 0.154 0.163 8 S 0.004 0.002 0.058 0.678 0.034 0.133 0.091 9 Q 0.002 0.002 0.027 0.854 0.038 0.036 0.042 10 D 0.003 0.002 0.010 0.927 0.014 0.016 0.028 11 I 0.002 0.001 0.005 0.962 0.005 0.012 0.012 12 V 0.002 0.001 0.003 0.973 0.002 0.012 0.007 13 T 0.003 0.001 0.003 0.974 0.003 0.013 0.004 14 K 0.004 0.001 0.004 0.972 0.003 0.013 0.004 15 L 0.003 0.001 0.006 0.969 0.004 0.012 0.006 16 I 0.005 0.001 0.009 0.960 0.004 0.016 0.006 17 R 0.010 0.001 0.020 0.892 0.009 0.060 0.008 18 K 0.015 0.001 0.026 0.804 0.020 0.118 0.016 19 I 0.034 0.007 0.024 0.701 0.061 0.109 0.064 20 Q 0.053 0.008 0.030 0.453 0.120 0.193 0.142 21 N 0.071 0.005 0.027 0.179 0.226 0.266 0.228 22 T 0.129 0.009 0.021 0.105 0.280 0.139 0.318 23 S 0.244 0.023 0.012 0.046 0.159 0.074 0.442 24 V 0.405 0.028 0.020 0.061 0.118 0.059 0.309 25 S 0.452 0.034 0.022 0.048 0.080 0.053 0.310 26 C 0.304 0.019 0.044 0.057 0.087 0.075 0.413 27 T 0.270 0.029 0.050 0.069 0.167 0.102 0.313 28 R 0.184 0.024 0.065 0.101 0.184 0.114 0.329 29 R 0.091 0.015 0.069 0.107 0.190 0.159 0.369 30 D 0.067 0.018 0.071 0.085 0.167 0.141 0.451 31 E 0.047 0.014 0.099 0.104 0.197 0.303 0.237 32 N 0.038 0.016 0.076 0.103 0.164 0.291 0.313 33 L 0.027 0.018 0.088 0.143 0.217 0.153 0.354 34 D 0.029 0.012 0.067 0.194 0.204 0.177 0.318 35 S 0.036 0.011 0.080 0.327 0.145 0.197 0.205 36 F 0.030 0.007 0.061 0.530 0.093 0.159 0.120 37 N 0.045 0.010 0.057 0.548 0.084 0.093 0.164 38 Q 0.065 0.004 0.062 0.605 0.071 0.092 0.101 39 H 0.102 0.007 0.034 0.647 0.036 0.098 0.076 40 L 0.174 0.010 0.019 0.596 0.036 0.053 0.110 41 K 0.337 0.010 0.015 0.437 0.033 0.046 0.122 42 M 0.400 0.010 0.023 0.394 0.034 0.026 0.112 43 S 0.487 0.006 0.030 0.345 0.027 0.024 0.082 44 L 0.466 0.008 0.033 0.341 0.029 0.021 0.103 45 K 0.553 0.011 0.034 0.263 0.028 0.023 0.086 46 V 0.578 0.010 0.034 0.204 0.040 0.037 0.097 47 A 0.383 0.011 0.042 0.239 0.084 0.086 0.154 48 H 0.137 0.010 0.038 0.198 0.159 0.239 0.220 49 N 0.072 0.008 0.025 0.101 0.244 0.285 0.265 50 T 0.094 0.013 0.021 0.121 0.215 0.133 0.403 51 K 0.098 0.015 0.032 0.229 0.210 0.105 0.311 52 T 0.097 0.017 0.038 0.332 0.130 0.098 0.290 53 F 0.066 0.014 0.063 0.567 0.071 0.088 0.131 54 A 0.061 0.007 0.074 0.579 0.053 0.090 0.136 55 K 0.053 0.006 0.089 0.585 0.059 0.103 0.106 56 H 0.072 0.005 0.054 0.630 0.061 0.066 0.112 57 C 0.058 0.009 0.038 0.631 0.053 0.077 0.133 58 L 0.042 0.008 0.025 0.697 0.048 0.070 0.109 59 H 0.026 0.005 0.024 0.745 0.037 0.061 0.102 60 R 0.016 0.002 0.018 0.847 0.030 0.040 0.048 61 Q 0.027 0.002 0.020 0.841 0.020 0.040 0.051 62 V 0.028 0.004 0.017 0.826 0.028 0.042 0.055 63 F 0.039 0.007 0.015 0.789 0.030 0.055 0.064 64 K 0.020 0.003 0.019 0.766 0.038 0.101 0.052 65 N 0.011 0.002 0.018 0.686 0.040 0.188 0.056 66 T 0.015 0.005 0.018 0.522 0.087 0.174 0.178 67 Y 0.030 0.012 0.032 0.401 0.117 0.137 0.271 68 R 0.049 0.012 0.046 0.367 0.115 0.078 0.334 69 K 0.046 0.012 0.069 0.395 0.106 0.111 0.261 70 R 0.039 0.008 0.120 0.419 0.085 0.160 0.169 71 K 0.042 0.010 0.129 0.375 0.092 0.159 0.192 72 A 0.058 0.017 0.123 0.303 0.101 0.138 0.260 73 V 0.061 0.016 0.088 0.267 0.103 0.176 0.288 74 E 0.043 0.015 0.067 0.277 0.187 0.139 0.273 75 D 0.020 0.011 0.052 0.185 0.171 0.077 0.484 76 Q 0.011 0.005 0.094 0.360 0.100 0.233 0.198 77 R 0.011 0.005 0.112 0.333 0.095 0.273 0.171 78 K 0.015 0.008 0.083 0.354 0.173 0.153 0.213 79 N 0.022 0.019 0.049 0.406 0.100 0.122 0.282 80 L 0.017 0.012 0.054 0.512 0.080 0.122 0.203 81 N 0.020 0.009 0.052 0.551 0.052 0.176 0.141 82 T 0.024 0.006 0.056 0.634 0.069 0.110 0.101 83 Q 0.033 0.009 0.051 0.677 0.055 0.078 0.096 84 L 0.025 0.006 0.059 0.736 0.037 0.058 0.079 85 R 0.041 0.006 0.133 0.592 0.048 0.088 0.093 86 Q 0.042 0.004 0.142 0.501 0.067 0.171 0.074 87 K 0.047 0.018 0.140 0.349 0.075 0.284 0.087 88 F 0.047 0.039 0.034 0.091 0.260 0.257 0.272 89 A 0.024 0.051 0.005 0.019 0.483 0.082 0.336 90 S 0.015 0.029 0.002 0.011 0.206 0.019 0.718 91 P 0.002 0.004 0.204 0.339 0.059 0.344 0.047 92 S 0.004 0.006 0.247 0.271 0.056 0.370 0.047 93 D 0.009 0.004 0.333 0.176 0.093 0.337 0.048 94 N 0.020 0.012 0.101 0.250 0.138 0.341 0.138 95 L 0.043 0.062 0.057 0.146 0.176 0.282 0.234 96 L 0.075 0.079 0.028 0.185 0.173 0.145 0.315 97 S 0.035 0.011 0.021 0.255 0.222 0.092 0.363 98 P 0.010 0.012 0.066 0.529 0.044 0.297 0.042 99 C 0.009 0.008 0.079 0.527 0.026 0.299 0.052 100 S 0.010 0.004 0.090 0.656 0.040 0.140 0.060 101 R 0.025 0.005 0.060 0.658 0.052 0.120 0.080 102 K 0.032 0.024 0.049 0.544 0.055 0.179 0.118 103 L 0.012 0.011 0.045 0.725 0.037 0.087 0.084 104 N 0.005 0.002 0.066 0.746 0.034 0.107 0.038 105 D 0.002 0.001 0.046 0.806 0.022 0.101 0.022 106 H 0.002 0.003 0.036 0.804 0.021 0.103 0.031 107 K 0.007 0.004 0.024 0.775 0.031 0.113 0.045 108 S 0.016 0.003 0.035 0.737 0.043 0.084 0.082 109 K 0.020 0.003 0.046 0.711 0.056 0.077 0.086 110 L 0.039 0.009 0.057 0.611 0.046 0.125 0.113 111 F 0.032 0.007 0.079 0.466 0.063 0.211 0.141 112 S 0.030 0.009 0.086 0.341 0.094 0.292 0.148 113 A 0.026 0.008 0.072 0.222 0.144 0.249 0.280 114 K 0.035 0.017 0.038 0.119 0.228 0.170 0.392 115 S 0.037 0.019 0.010 0.040 0.295 0.093 0.505 116 Q 0.038 0.015 0.005 0.018 0.319 0.035 0.570 117 P 0.042 0.011 0.038 0.049 0.207 0.108 0.544 118 K 0.076 0.027 0.114 0.102 0.173 0.139 0.368 119 T 0.184 0.032 0.135 0.135 0.091 0.072 0.352 120 L 0.266 0.018 0.114 0.199 0.074 0.071 0.258 121 E 0.349 0.024 0.091 0.217 0.060 0.074 0.185 122 F 0.313 0.031 0.100 0.201 0.068 0.103 0.184 123 V 0.236 0.020 0.085 0.203 0.095 0.203 0.158 124 R 0.095 0.009 0.081 0.131 0.123 0.436 0.124 125 G 0.056 0.008 0.062 0.060 0.176 0.433 0.206 126 K 0.128 0.032 0.061 0.040 0.168 0.115 0.456 127 Q 0.151 0.033 0.064 0.041 0.160 0.111 0.439 128 N 0.093 0.039 0.052 0.042 0.188 0.083 0.503 129 I 0.038 0.026 0.023 0.019 0.151 0.035 0.708 130 P 0.031 0.009 0.029 0.018 0.116 0.120 0.676 131 R 0.031 0.029 0.052 0.024 0.180 0.100 0.583 132 K 0.020 0.035 0.032 0.019 0.259 0.035 0.601 133 P 0.026 0.012 0.040 0.022 0.149 0.179 0.571 134 N 0.026 0.014 0.030 0.018 0.228 0.165 0.521 135 V 0.025 0.048 0.013 0.019 0.260 0.039 0.596 136 D 0.018 0.022 0.004 0.013 0.003 0.031 0.908 137 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999