# TARGET YGR230W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR230W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.132 0.197 0.074 0.031 0.272 0.018 0.024 0.059 0.057 0.082 0.055 2 S 0.166 0.147 0.121 0.045 0.221 0.033 0.039 0.060 0.041 0.063 0.065 3 Y 0.072 0.114 0.097 0.092 0.110 0.083 0.095 0.128 0.082 0.086 0.040 4 G 0.035 0.090 0.093 0.154 0.062 0.068 0.050 0.078 0.071 0.241 0.058 5 G 0.038 0.116 0.172 0.197 0.069 0.059 0.024 0.074 0.051 0.143 0.056 6 S 0.063 0.159 0.105 0.024 0.126 0.016 0.026 0.212 0.129 0.094 0.047 7 A 0.031 0.077 0.044 0.011 0.050 0.009 0.022 0.410 0.206 0.112 0.029 8 S 0.033 0.062 0.027 0.010 0.061 0.009 0.023 0.509 0.155 0.095 0.016 9 Q 0.007 0.026 0.012 0.007 0.017 0.009 0.022 0.722 0.150 0.024 0.005 10 D 0.009 0.013 0.006 0.002 0.015 0.003 0.019 0.814 0.086 0.023 0.008 11 I 0.004 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.008 0.866 0.079 0.021 0.002 12 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.903 0.073 0.007 0.001 13 T 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.919 0.060 0.002 0.001 14 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.929 0.044 0.004 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.904 0.071 0.010 0.001 16 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.809 0.157 0.013 0.001 17 R 0.002 0.010 0.004 0.004 0.005 0.007 0.027 0.826 0.109 0.006 0.001 18 K 0.009 0.011 0.005 0.002 0.020 0.005 0.049 0.696 0.137 0.060 0.007 19 I 0.086 0.019 0.006 0.005 0.070 0.009 0.047 0.511 0.134 0.075 0.038 20 Q 0.008 0.037 0.014 0.017 0.031 0.076 0.191 0.448 0.142 0.033 0.004 21 N 0.139 0.040 0.012 0.015 0.102 0.008 0.015 0.111 0.086 0.365 0.107 22 T 0.061 0.301 0.088 0.028 0.235 0.022 0.029 0.067 0.057 0.088 0.023 23 S 0.233 0.130 0.028 0.007 0.394 0.005 0.013 0.051 0.027 0.047 0.065 24 V 0.262 0.121 0.020 0.011 0.383 0.013 0.013 0.048 0.032 0.033 0.063 25 S 0.172 0.144 0.040 0.022 0.381 0.021 0.026 0.052 0.024 0.047 0.070 26 C 0.258 0.130 0.032 0.010 0.325 0.009 0.009 0.047 0.038 0.067 0.075 27 T 0.106 0.232 0.093 0.033 0.259 0.016 0.026 0.084 0.049 0.059 0.043 28 R 0.120 0.197 0.115 0.033 0.217 0.021 0.028 0.138 0.056 0.037 0.037 29 R 0.050 0.098 0.053 0.029 0.082 0.031 0.054 0.344 0.141 0.081 0.035 30 D 0.104 0.097 0.050 0.020 0.195 0.015 0.024 0.232 0.129 0.089 0.045 31 E 0.016 0.055 0.030 0.032 0.033 0.056 0.093 0.404 0.203 0.064 0.013 32 N 0.113 0.079 0.041 0.016 0.141 0.010 0.017 0.164 0.079 0.242 0.098 33 L 0.077 0.089 0.016 0.007 0.119 0.009 0.014 0.292 0.217 0.122 0.039 34 D 0.033 0.061 0.044 0.020 0.059 0.019 0.044 0.479 0.157 0.062 0.022 35 S 0.031 0.052 0.023 0.011 0.047 0.008 0.038 0.530 0.152 0.090 0.018 36 F 0.027 0.059 0.024 0.011 0.049 0.021 0.049 0.528 0.136 0.084 0.013 37 N 0.067 0.042 0.019 0.013 0.070 0.012 0.026 0.459 0.133 0.111 0.049 38 Q 0.024 0.040 0.018 0.008 0.041 0.012 0.040 0.604 0.148 0.050 0.015 39 H 0.045 0.073 0.023 0.011 0.073 0.010 0.035 0.509 0.125 0.079 0.016 40 L 0.071 0.103 0.026 0.006 0.167 0.008 0.022 0.429 0.109 0.045 0.014 41 K 0.175 0.044 0.014 0.009 0.135 0.012 0.038 0.341 0.087 0.075 0.069 42 M 0.108 0.179 0.054 0.028 0.252 0.022 0.025 0.228 0.043 0.039 0.023 43 S 0.165 0.126 0.023 0.008 0.347 0.009 0.019 0.205 0.044 0.029 0.026 44 L 0.202 0.084 0.018 0.011 0.314 0.013 0.013 0.221 0.068 0.024 0.031 45 K 0.129 0.095 0.026 0.011 0.235 0.015 0.030 0.336 0.062 0.025 0.038 46 V 0.194 0.073 0.020 0.009 0.226 0.013 0.029 0.283 0.063 0.040 0.050 47 A 0.074 0.098 0.050 0.043 0.161 0.045 0.074 0.297 0.082 0.051 0.025 48 H 0.060 0.139 0.078 0.070 0.113 0.075 0.063 0.199 0.081 0.089 0.033 49 N 0.128 0.077 0.040 0.030 0.136 0.017 0.025 0.153 0.094 0.204 0.097 50 T 0.072 0.183 0.065 0.019 0.129 0.014 0.024 0.244 0.123 0.094 0.032 51 K 0.038 0.070 0.031 0.016 0.074 0.022 0.051 0.500 0.134 0.044 0.020 52 T 0.046 0.072 0.028 0.011 0.061 0.012 0.026 0.548 0.119 0.055 0.022 53 F 0.026 0.025 0.017 0.011 0.031 0.010 0.017 0.591 0.163 0.086 0.024 54 A 0.019 0.052 0.018 0.006 0.039 0.006 0.014 0.685 0.131 0.022 0.009 55 K 0.016 0.022 0.010 0.006 0.028 0.007 0.024 0.706 0.128 0.042 0.009 56 H 0.021 0.026 0.010 0.007 0.042 0.009 0.026 0.664 0.139 0.046 0.009 57 C 0.019 0.025 0.010 0.006 0.032 0.007 0.031 0.730 0.102 0.029 0.010 58 L 0.016 0.026 0.009 0.005 0.023 0.008 0.033 0.720 0.093 0.057 0.009 59 H 0.017 0.026 0.010 0.005 0.027 0.007 0.020 0.745 0.099 0.036 0.008 60 R 0.010 0.022 0.011 0.006 0.017 0.008 0.016 0.785 0.103 0.017 0.006 61 Q 0.013 0.014 0.007 0.003 0.020 0.005 0.015 0.825 0.070 0.020 0.008 62 V 0.011 0.009 0.003 0.002 0.012 0.004 0.014 0.846 0.077 0.018 0.004 63 F 0.012 0.016 0.006 0.005 0.019 0.006 0.013 0.766 0.118 0.032 0.006 64 K 0.008 0.043 0.016 0.015 0.020 0.018 0.046 0.703 0.099 0.027 0.005 65 N 0.033 0.048 0.023 0.015 0.055 0.016 0.047 0.502 0.103 0.134 0.026 66 T 0.053 0.082 0.032 0.011 0.097 0.013 0.034 0.441 0.121 0.086 0.032 67 Y 0.062 0.069 0.026 0.011 0.090 0.014 0.031 0.436 0.118 0.101 0.042 68 R 0.057 0.183 0.067 0.015 0.120 0.012 0.025 0.374 0.080 0.045 0.020 69 K 0.034 0.056 0.024 0.012 0.057 0.020 0.041 0.564 0.134 0.043 0.015 70 R 0.026 0.087 0.043 0.021 0.062 0.022 0.043 0.505 0.139 0.039 0.015 71 K 0.051 0.057 0.040 0.013 0.062 0.009 0.018 0.394 0.149 0.157 0.051 72 A 0.038 0.096 0.036 0.013 0.080 0.014 0.033 0.449 0.135 0.088 0.018 73 V 0.056 0.135 0.054 0.013 0.145 0.011 0.029 0.393 0.099 0.050 0.015 74 E 0.024 0.099 0.047 0.033 0.056 0.060 0.083 0.368 0.103 0.097 0.029 75 D 0.187 0.106 0.051 0.013 0.279 0.006 0.015 0.194 0.053 0.040 0.056 76 Q 0.010 0.027 0.018 0.007 0.015 0.007 0.016 0.549 0.255 0.086 0.011 77 R 0.030 0.049 0.018 0.008 0.051 0.013 0.040 0.560 0.135 0.084 0.012 78 K 0.020 0.137 0.050 0.030 0.047 0.027 0.050 0.469 0.093 0.059 0.016 79 N 0.075 0.049 0.034 0.015 0.095 0.023 0.066 0.421 0.066 0.115 0.042 80 L 0.056 0.123 0.056 0.018 0.093 0.018 0.019 0.416 0.108 0.069 0.024 81 N 0.062 0.037 0.019 0.017 0.070 0.017 0.023 0.536 0.102 0.086 0.032 82 T 0.034 0.065 0.026 0.014 0.053 0.010 0.020 0.602 0.110 0.051 0.016 83 Q 0.033 0.046 0.020 0.007 0.064 0.008 0.025 0.656 0.098 0.033 0.010 84 L 0.055 0.048 0.014 0.010 0.072 0.014 0.030 0.563 0.135 0.045 0.016 85 R 0.075 0.042 0.016 0.014 0.098 0.027 0.065 0.413 0.142 0.079 0.028 86 Q 0.099 0.117 0.038 0.024 0.180 0.023 0.038 0.257 0.127 0.064 0.033 87 K 0.092 0.108 0.067 0.038 0.176 0.040 0.056 0.216 0.100 0.068 0.039 88 F 0.133 0.134 0.046 0.016 0.239 0.016 0.038 0.138 0.069 0.110 0.062 89 A 0.098 0.237 0.093 0.040 0.239 0.028 0.023 0.049 0.038 0.101 0.053 90 S 0.043 0.326 0.380 0.049 0.140 0.007 0.006 0.021 0.009 0.009 0.010 91 P 0.021 0.037 0.032 0.020 0.028 0.019 0.046 0.420 0.299 0.060 0.018 92 S 0.020 0.110 0.071 0.046 0.054 0.038 0.067 0.247 0.178 0.149 0.020 93 D 0.043 0.100 0.038 0.036 0.079 0.028 0.059 0.195 0.162 0.209 0.051 94 N 0.036 0.088 0.045 0.021 0.069 0.016 0.042 0.248 0.172 0.206 0.056 95 L 0.068 0.089 0.026 0.011 0.118 0.018 0.081 0.312 0.149 0.095 0.034 96 L 0.088 0.172 0.095 0.025 0.168 0.010 0.021 0.085 0.065 0.210 0.061 97 S 0.038 0.306 0.186 0.040 0.145 0.025 0.050 0.141 0.046 0.012 0.011 98 P 0.033 0.107 0.044 0.010 0.071 0.009 0.033 0.317 0.180 0.162 0.037 99 C 0.126 0.061 0.020 0.005 0.206 0.008 0.024 0.296 0.126 0.086 0.043 100 S 0.016 0.038 0.017 0.006 0.035 0.009 0.019 0.543 0.240 0.064 0.014 101 R 0.016 0.035 0.014 0.004 0.027 0.006 0.034 0.682 0.129 0.042 0.010 102 K 0.016 0.045 0.015 0.005 0.030 0.005 0.018 0.704 0.112 0.044 0.007 103 L 0.016 0.022 0.008 0.004 0.029 0.006 0.019 0.681 0.164 0.039 0.011 104 N 0.010 0.025 0.019 0.013 0.021 0.011 0.032 0.711 0.128 0.025 0.006 105 D 0.007 0.012 0.006 0.006 0.011 0.012 0.060 0.720 0.111 0.049 0.006 106 H 0.043 0.057 0.028 0.010 0.071 0.008 0.016 0.487 0.122 0.123 0.034 107 K 0.024 0.041 0.015 0.007 0.036 0.010 0.024 0.638 0.144 0.048 0.014 108 S 0.033 0.065 0.014 0.006 0.070 0.008 0.033 0.579 0.127 0.052 0.013 109 K 0.035 0.074 0.029 0.018 0.065 0.019 0.067 0.537 0.102 0.040 0.013 110 L 0.084 0.048 0.022 0.011 0.084 0.021 0.040 0.404 0.126 0.116 0.044 111 F 0.069 0.102 0.043 0.041 0.098 0.023 0.031 0.294 0.131 0.114 0.053 112 S 0.035 0.138 0.096 0.050 0.086 0.022 0.033 0.258 0.124 0.133 0.025 113 A 0.060 0.130 0.061 0.016 0.131 0.011 0.030 0.259 0.142 0.129 0.030 114 K 0.062 0.127 0.068 0.022 0.122 0.023 0.073 0.283 0.108 0.085 0.026 115 S 0.036 0.243 0.231 0.066 0.096 0.029 0.052 0.114 0.050 0.066 0.017 116 Q 0.048 0.398 0.258 0.016 0.145 0.006 0.013 0.059 0.025 0.017 0.015 117 P 0.080 0.329 0.098 0.006 0.232 0.009 0.018 0.110 0.069 0.029 0.021 118 K 0.079 0.120 0.069 0.020 0.157 0.025 0.062 0.242 0.112 0.075 0.040 119 T 0.163 0.181 0.058 0.016 0.225 0.015 0.022 0.127 0.060 0.085 0.047 120 L 0.139 0.172 0.043 0.015 0.273 0.009 0.010 0.128 0.094 0.068 0.050 121 E 0.105 0.164 0.053 0.010 0.245 0.010 0.024 0.225 0.104 0.033 0.026 122 F 0.196 0.139 0.047 0.010 0.250 0.007 0.018 0.193 0.054 0.039 0.049 123 V 0.144 0.079 0.044 0.038 0.182 0.058 0.066 0.212 0.057 0.071 0.048 124 R 0.034 0.131 0.119 0.238 0.073 0.089 0.062 0.138 0.054 0.046 0.016 125 G 0.032 0.067 0.087 0.117 0.049 0.023 0.019 0.110 0.082 0.342 0.073 126 K 0.074 0.229 0.099 0.024 0.169 0.018 0.035 0.150 0.087 0.084 0.030 127 Q 0.128 0.199 0.072 0.016 0.285 0.010 0.029 0.115 0.051 0.053 0.042 128 N 0.136 0.157 0.082 0.046 0.210 0.026 0.044 0.077 0.054 0.103 0.066 129 I 0.065 0.376 0.240 0.023 0.206 0.006 0.009 0.022 0.016 0.020 0.017 130 P 0.112 0.327 0.124 0.010 0.243 0.008 0.019 0.055 0.041 0.027 0.034 131 R 0.085 0.288 0.158 0.025 0.203 0.016 0.041 0.053 0.046 0.050 0.034 132 K 0.059 0.309 0.306 0.054 0.146 0.023 0.025 0.029 0.019 0.014 0.017 133 P 0.078 0.199 0.076 0.042 0.171 0.050 0.077 0.127 0.087 0.045 0.046 134 N 0.139 0.082 0.032 0.013 0.225 0.013 0.026 0.073 0.111 0.206 0.079 135 V 0.139 0.208 0.050 0.014 0.334 0.010 0.013 0.041 0.050 0.085 0.056 136 D 0.217 0.131 0.043 0.009 0.393 0.007 0.012 0.042 0.030 0.045 0.071 137 I 0.092 0.129 0.055 0.024 0.154 0.015 0.022 0.137 0.156 0.153 0.064