# TARGET YGR219W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR219W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.148 0.060 0.019 0.199 0.013 0.024 0.193 0.101 0.082 0.045 2 Y 0.086 0.165 0.056 0.015 0.203 0.011 0.022 0.279 0.085 0.051 0.026 3 M 0.096 0.092 0.024 0.005 0.211 0.005 0.016 0.405 0.094 0.024 0.027 4 I 0.084 0.069 0.013 0.003 0.182 0.003 0.012 0.538 0.068 0.011 0.016 5 V 0.037 0.025 0.006 0.003 0.056 0.004 0.016 0.742 0.086 0.016 0.009 6 V 0.017 0.014 0.003 0.003 0.031 0.003 0.013 0.789 0.113 0.009 0.005 7 K 0.005 0.009 0.004 0.005 0.008 0.008 0.036 0.833 0.084 0.006 0.003 8 Y 0.012 0.009 0.004 0.001 0.017 0.003 0.025 0.825 0.076 0.020 0.006 9 L 0.006 0.005 0.002 0.002 0.006 0.003 0.011 0.785 0.159 0.018 0.004 10 Y 0.003 0.010 0.004 0.003 0.007 0.006 0.020 0.764 0.169 0.011 0.002 11 A 0.003 0.007 0.003 0.003 0.006 0.007 0.050 0.791 0.115 0.013 0.003 12 L 0.010 0.009 0.006 0.005 0.011 0.014 0.072 0.628 0.143 0.092 0.010 13 C 0.029 0.067 0.015 0.006 0.056 0.005 0.017 0.506 0.191 0.085 0.021 14 S 0.006 0.039 0.014 0.010 0.018 0.014 0.037 0.600 0.220 0.038 0.004 15 S 0.010 0.027 0.016 0.008 0.023 0.015 0.121 0.578 0.129 0.065 0.007 16 F 0.040 0.026 0.010 0.005 0.044 0.012 0.056 0.512 0.164 0.107 0.025 17 F 0.044 0.051 0.014 0.008 0.070 0.011 0.025 0.486 0.192 0.070 0.028 18 D 0.027 0.028 0.016 0.014 0.044 0.023 0.056 0.543 0.161 0.069 0.018 19 C 0.042 0.053 0.021 0.009 0.083 0.011 0.038 0.513 0.144 0.071 0.016 20 I 0.088 0.046 0.010 0.007 0.122 0.012 0.048 0.438 0.124 0.077 0.027 21 L 0.050 0.176 0.038 0.023 0.154 0.038 0.076 0.286 0.091 0.052 0.017 22 N 0.180 0.078 0.039 0.018 0.195 0.009 0.021 0.114 0.056 0.187 0.103 23 F 0.097 0.133 0.064 0.033 0.150 0.027 0.042 0.202 0.125 0.082 0.044 24 N 0.061 0.160 0.069 0.038 0.136 0.030 0.046 0.192 0.121 0.108 0.040 25 E 0.074 0.086 0.031 0.017 0.126 0.015 0.040 0.222 0.232 0.115 0.042 26 T 0.108 0.145 0.053 0.017 0.209 0.018 0.048 0.181 0.112 0.074 0.036 27 V 0.148 0.086 0.027 0.016 0.215 0.023 0.076 0.187 0.081 0.090 0.051 28 F 0.076 0.153 0.090 0.073 0.146 0.042 0.057 0.107 0.063 0.142 0.049 29 G 0.033 0.163 0.274 0.225 0.085 0.040 0.024 0.061 0.031 0.041 0.022 30 P 0.057 0.116 0.075 0.031 0.096 0.032 0.057 0.267 0.156 0.076 0.036 31 S 0.070 0.105 0.063 0.019 0.116 0.018 0.045 0.218 0.170 0.126 0.049 32 H 0.093 0.078 0.036 0.020 0.134 0.021 0.034 0.190 0.197 0.146 0.052 33 R 0.085 0.138 0.050 0.020 0.146 0.018 0.036 0.203 0.152 0.105 0.048 34 A 0.088 0.130 0.037 0.010 0.183 0.013 0.062 0.222 0.103 0.119 0.033 35 F 0.103 0.188 0.054 0.018 0.218 0.034 0.071 0.115 0.060 0.099 0.040 36 N 0.191 0.159 0.151 0.050 0.261 0.016 0.012 0.037 0.020 0.039 0.064 37 P 0.025 0.055 0.033 0.045 0.046 0.049 0.110 0.330 0.229 0.062 0.017 38 N 0.030 0.080 0.050 0.046 0.053 0.054 0.120 0.188 0.136 0.212 0.029 39 N 0.081 0.239 0.062 0.020 0.223 0.018 0.031 0.062 0.050 0.168 0.045 40 I 0.330 0.083 0.010 0.002 0.514 0.001 0.002 0.007 0.004 0.009 0.039 41 I 0.239 0.127 0.014 0.008 0.552 0.011 0.008 0.009 0.003 0.004 0.025 42 F 0.175 0.152 0.013 0.001 0.632 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.018 43 I 0.511 0.031 0.003 0.001 0.377 0.002 0.002 0.005 0.002 0.005 0.060 44 V 0.152 0.236 0.057 0.033 0.387 0.045 0.021 0.023 0.009 0.010 0.028 45 D 0.286 0.148 0.037 0.007 0.364 0.004 0.005 0.014 0.008 0.026 0.100 46 F 0.150 0.059 0.018 0.022 0.151 0.019 0.019 0.145 0.197 0.137 0.083 47 Q 0.016 0.066 0.050 0.074 0.036 0.114 0.178 0.292 0.134 0.032 0.007 48 N 0.146 0.058 0.026 0.025 0.130 0.017 0.035 0.128 0.101 0.234 0.099 49 F 0.126 0.201 0.049 0.027 0.224 0.020 0.020 0.091 0.086 0.093 0.064 50 N 0.130 0.142 0.062 0.022 0.244 0.013 0.022 0.144 0.080 0.076 0.066 51 I 0.163 0.098 0.032 0.012 0.193 0.014 0.027 0.208 0.092 0.101 0.062 52 L 0.072 0.159 0.072 0.051 0.123 0.050 0.089 0.226 0.068 0.060 0.030 53 D 0.105 0.119 0.084 0.046 0.134 0.023 0.021 0.194 0.103 0.117 0.053 54 S 0.021 0.084 0.041 0.033 0.048 0.033 0.068 0.428 0.179 0.054 0.011 55 N 0.049 0.047 0.025 0.015 0.061 0.013 0.032 0.317 0.159 0.226 0.057 56 M 0.072 0.168 0.042 0.008 0.166 0.009 0.024 0.323 0.098 0.063 0.027 57 L 0.142 0.088 0.020 0.006 0.188 0.008 0.021 0.363 0.082 0.045 0.037 58 V 0.097 0.060 0.022 0.017 0.134 0.017 0.025 0.405 0.128 0.060 0.035 59 S 0.037 0.074 0.034 0.027 0.076 0.027 0.055 0.511 0.116 0.028 0.015 60 H 0.077 0.057 0.029 0.013 0.099 0.009 0.027 0.400 0.124 0.124 0.042 61 M 0.073 0.089 0.030 0.014 0.122 0.017 0.032 0.397 0.128 0.068 0.030 62 T 0.066 0.090 0.031 0.019 0.122 0.020 0.040 0.384 0.134 0.070 0.025 63 R 0.044 0.090 0.046 0.025 0.084 0.029 0.080 0.391 0.124 0.062 0.023 64 H 0.096 0.102 0.043 0.015 0.138 0.013 0.031 0.250 0.119 0.140 0.053 65 L 0.108 0.097 0.030 0.014 0.162 0.017 0.030 0.237 0.157 0.095 0.053 66 S 0.050 0.097 0.047 0.032 0.103 0.036 0.069 0.302 0.163 0.077 0.024 67 S 0.078 0.080 0.027 0.015 0.106 0.019 0.060 0.249 0.181 0.142 0.042 68 W 0.115 0.165 0.041 0.010 0.251 0.012 0.023 0.135 0.102 0.103 0.043 69 Q 0.115 0.101 0.056 0.031 0.160 0.036 0.069 0.129 0.099 0.144 0.061 70 Y 0.099 0.280 0.153 0.028 0.234 0.010 0.019 0.062 0.036 0.049 0.029 71 P 0.111 0.177 0.060 0.019 0.198 0.021 0.052 0.161 0.095 0.066 0.039 72 T 0.086 0.219 0.075 0.016 0.242 0.020 0.057 0.138 0.068 0.058 0.020 73 W 0.313 0.076 0.012 0.005 0.415 0.005 0.011 0.045 0.016 0.033 0.068 74 V 0.190 0.156 0.013 0.005 0.568 0.009 0.009 0.023 0.005 0.006 0.016 75 L 0.289 0.057 0.006 0.002 0.598 0.003 0.003 0.014 0.003 0.004 0.022 76 V 0.378 0.052 0.006 0.004 0.474 0.005 0.005 0.014 0.004 0.007 0.051 77 L 0.204 0.182 0.021 0.010 0.487 0.011 0.010 0.026 0.007 0.009 0.032 78 T 0.246 0.153 0.034 0.005 0.457 0.004 0.007 0.021 0.007 0.018 0.049 79 I 0.259 0.136 0.036 0.017 0.362 0.017 0.019 0.059 0.022 0.020 0.052 80 R 0.189 0.127 0.045 0.033 0.253 0.046 0.050 0.096 0.043 0.050 0.068 81 T 0.133 0.203 0.071 0.031 0.281 0.024 0.032 0.106 0.046 0.038 0.034 82 T 0.249 0.109 0.024 0.008 0.346 0.008 0.016 0.087 0.041 0.053 0.059 83 V 0.174 0.177 0.040 0.024 0.305 0.029 0.028 0.106 0.043 0.033 0.041 84 S 0.180 0.172 0.075 0.024 0.263 0.017 0.029 0.111 0.037 0.039 0.055 85 M 0.110 0.084 0.050 0.049 0.115 0.053 0.062 0.226 0.119 0.082 0.052 86 H 0.053 0.186 0.101 0.098 0.114 0.060 0.060 0.135 0.079 0.085 0.028 87 N 0.093 0.098 0.059 0.050 0.131 0.031 0.044 0.165 0.113 0.150 0.066 88 R 0.112 0.117 0.048 0.026 0.155 0.023 0.039 0.155 0.106 0.142 0.077 89 C 0.155 0.197 0.053 0.021 0.305 0.016 0.022 0.097 0.049 0.047 0.039 90 T 0.197 0.130 0.039 0.015 0.271 0.013 0.027 0.105 0.067 0.078 0.057 91 M 0.143 0.171 0.068 0.030 0.242 0.022 0.029 0.150 0.063 0.043 0.040 92 R 0.134 0.185 0.079 0.023 0.218 0.018 0.026 0.134 0.058 0.067 0.058 93 C 0.160 0.156 0.060 0.020 0.271 0.016 0.021 0.135 0.064 0.049 0.048 94 S 0.072 0.107 0.047 0.025 0.132 0.024 0.042 0.262 0.162 0.094 0.032 95 Q 0.078 0.109 0.049 0.019 0.125 0.021 0.054 0.289 0.140 0.085 0.032 96 T 0.092 0.153 0.052 0.018 0.150 0.013 0.030 0.229 0.125 0.101 0.037 97 L 0.114 0.083 0.028 0.019 0.143 0.015 0.023 0.202 0.184 0.122 0.066 98 E 0.031 0.120 0.064 0.037 0.088 0.036 0.081 0.319 0.162 0.051 0.012 99 S 0.156 0.080 0.037 0.014 0.153 0.011 0.034 0.121 0.104 0.218 0.072 100 I 0.057 0.418 0.170 0.024 0.231 0.010 0.010 0.034 0.019 0.014 0.014 101 P 0.162 0.205 0.076 0.012 0.284 0.012 0.022 0.084 0.043 0.038 0.062 102 F 0.145 0.150 0.051 0.015 0.278 0.014 0.024 0.110 0.086 0.074 0.053 103 H 0.115 0.110 0.053 0.036 0.179 0.041 0.071 0.165 0.089 0.091 0.049 104 H 0.130 0.127 0.063 0.035 0.184 0.022 0.030 0.106 0.082 0.155 0.065 105 T 0.083 0.147 0.063 0.049 0.154 0.030 0.049 0.155 0.105 0.121 0.045 106 S 0.101 0.156 0.069 0.034 0.167 0.022 0.034 0.141 0.099 0.123 0.055 107 K 0.101 0.123 0.046 0.027 0.170 0.028 0.046 0.203 0.116 0.089 0.050 108 T 0.180 0.118 0.036 0.019 0.245 0.017 0.031 0.139 0.077 0.072 0.066 109 F 0.178 0.147 0.046 0.019 0.323 0.013 0.015 0.089 0.058 0.057 0.057 110 A 0.142 0.175 0.055 0.019 0.271 0.019 0.033 0.137 0.060 0.043 0.045 111 F 0.133 0.150 0.075 0.024 0.213 0.015 0.024 0.122 0.077 0.102 0.065 112 A 0.063 0.172 0.093 0.048 0.136 0.041 0.062 0.183 0.096 0.073 0.033 113 D 0.094 0.151 0.098 0.037 0.170 0.025 0.037 0.129 0.086 0.120 0.052