# This file is the result of combining several RDB files, specifically # YGR212W.t2k.dssp-ebghstl.rdb (weight 1.53986) # YGR212W.t2k.stride-ebghtl.rdb (weight 1.24869) # YGR212W.t2k.str2.rdb (weight 1.54758) # YGR212W.t2k.alpha.rdb (weight 0.659012) # These files were combined by translating their predictions into EHL # predictions with tables generated by compare-real, and then combining # those predictions with weights proportional to their mutual information # with the EHL alphabet. The comments from the individual files follow. # # Comments from YGR212W.t2k.dssp-ebghstl.rdb # ============================================ # TARGET YGR212W # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR212W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # # ============================================ # Comments from YGR212W.t2k.stride-ebghtl.rdb # ============================================ # TARGET YGR212W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR212W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # # ============================================ # Comments from YGR212W.t2k.str2.rdb # ============================================ # TARGET YGR212W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR212W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # # ============================================ # Comments from YGR212W.t2k.alpha.rdb # ============================================ # TARGET YGR212W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR212W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # # ============================================ Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.0665 0.1027 0.8308 2 N 0.1318 0.2159 0.6523 3 L 0.1475 0.3201 0.5324 4 K 0.1691 0.3742 0.4567 5 L 0.1210 0.5974 0.2816 6 S 0.1101 0.6355 0.2544 7 A 0.1079 0.6649 0.2272 8 I 0.1160 0.6967 0.1873 9 E 0.1055 0.6993 0.1952 10 S 0.1002 0.6985 0.2013 11 Y 0.1109 0.6725 0.2165 12 F 0.1775 0.5749 0.2476 13 F 0.1785 0.5050 0.3165 14 H 0.1470 0.4321 0.4208 15 R 0.0951 0.4854 0.4194 16 S 0.0998 0.4175 0.4827 17 R 0.1414 0.3817 0.4769 18 L 0.2096 0.2801 0.5103 19 N 0.2543 0.1806 0.5652 20 L 0.2421 0.2748 0.4831 21 H 0.2594 0.2615 0.4791 22 S 0.3256 0.2541 0.4203 23 C 0.4649 0.1857 0.3494 24 F 0.5494 0.1524 0.2981 25 Y 0.6156 0.1366 0.2479 26 V 0.5379 0.1510 0.3111 27 G 0.5571 0.0971 0.3458 28 I 0.6064 0.0839 0.3097 29 K 0.5856 0.0856 0.3288 30 L 0.3165 0.2553 0.4283 31 N 0.1677 0.2591 0.5732 32 E 0.1196 0.2496 0.6308 33 L 0.1206 0.1567 0.7227 34 P 0.0806 0.2003 0.7191 35 K 0.0692 0.3346 0.5962 36 K 0.0522 0.5606 0.3872 37 S 0.0549 0.6443 0.3008 38 Q 0.0890 0.6790 0.2320 39 L 0.1038 0.7341 0.1622 40 I 0.1021 0.7664 0.1315 41 A 0.1199 0.7502 0.1300 42 A 0.1561 0.6809 0.1630 43 L 0.2174 0.5796 0.2029 44 K 0.3010 0.4887 0.2103 45 Y 0.4209 0.3700 0.2091 46 T 0.5450 0.2787 0.1763 47 V 0.6169 0.2266 0.1565 48 I 0.5506 0.2316 0.2178 49 Q 0.4348 0.2561 0.3091 50 H 0.3066 0.2822 0.4112 51 E 0.2610 0.2957 0.4433 52 R 0.3194 0.2810 0.3996 53 L 0.3665 0.2633 0.3702 54 T 0.3974 0.2520 0.3506 55 C 0.3111 0.3561 0.3328 56 N 0.2936 0.3877 0.3187 57 V 0.2934 0.4476 0.2590 58 F 0.2521 0.4652 0.2827 59 Y 0.0992 0.6265 0.2743 60 D 0.0426 0.6978 0.2596 61 E 0.0252 0.7506 0.2242 62 L 0.0295 0.7232 0.2472 63 K 0.0337 0.6408 0.3255 64 K 0.0229 0.6705 0.3066 65 E 0.0206 0.6856 0.2937 66 N 0.0245 0.6268 0.3487 67 F 0.0230 0.6889 0.2881 68 L 0.0206 0.7833 0.1961 69 Q 0.0154 0.7795 0.2051 70 N 0.0201 0.7301 0.2498 71 I 0.0309 0.6669 0.3022 72 L 0.0426 0.5987 0.3586 73 E 0.0537 0.4749 0.4713 74 P 0.0490 0.5464 0.4046 75 L 0.0854 0.5103 0.4043 76 K 0.1090 0.4676 0.4234 77 F 0.1277 0.4901 0.3822 78 C 0.1278 0.4713 0.4009 79 D 0.1467 0.4504 0.4028 80 L 0.1813 0.5237 0.2950 81 V 0.2539 0.4588 0.2873 82 E 0.2691 0.4230 0.3078 83 Y 0.2181 0.3974 0.3845 84 R 0.1558 0.3830 0.4612 85 H 0.1180 0.3797 0.5023 86 D 0.0969 0.3576 0.5455 87 W 0.0511 0.5674 0.3814 88 D 0.0390 0.5747 0.3864 89 Q 0.0388 0.5802 0.3810 90 L 0.0580 0.4508 0.4912 91 G 0.0600 0.3043 0.6357 92 E 0.0861 0.4100 0.5039 93 T 0.1300 0.4765 0.3935 94 E 0.1832 0.4806 0.3362 95 I 0.1729 0.5579 0.2692 96 N 0.1714 0.5643 0.2643 97 H 0.2012 0.5783 0.2205 98 I 0.2435 0.5678 0.1887 99 F 0.2961 0.4896 0.2143 100 Q 0.2997 0.4295 0.2708 101 R 0.2697 0.3899 0.3404 102 Y 0.2742 0.2727 0.4531 103 N 0.2897 0.1547 0.5556 104 F 0.2991 0.1473 0.5536 105 S 0.2897 0.1401 0.5702 106 Y 0.1796 0.1945 0.6259 107 N 0.1141 0.1368 0.7491 108 E 0.0630 0.1445 0.7925 109 N 0.0736 0.0938 0.8326 110 K 0.1539 0.0612 0.7849 111 P 0.2952 0.0786 0.6262 112 L 0.5313 0.1226 0.3461 113 W 0.6567 0.1063 0.2370 114 K 0.7434 0.0849 0.1717 115 I 0.8333 0.0470 0.1198 116 L 0.8467 0.0359 0.1174 117 I 0.8200 0.0233 0.1567 118 L 0.5842 0.0218 0.3940 119 P 0.2097 0.1084 0.6819 120 N 0.0965 0.1052 0.7983 121 Q 0.0923 0.2042 0.7035 122 N 0.1450 0.1854 0.6696 123 Q 0.3680 0.1809 0.4510 124 M 0.6329 0.1110 0.2561 125 L 0.7326 0.0920 0.1754 126 L 0.7713 0.0737 0.1550 127 L 0.6807 0.0991 0.2203 128 T 0.5137 0.1435 0.3428 129 D 0.3578 0.2323 0.4099 130 H 0.4421 0.2021 0.3558 131 V 0.6028 0.1622 0.2350 132 L 0.5236 0.1877 0.2887 133 M 0.3318 0.2392 0.4290 134 D 0.1344 0.2360 0.6296 135 G 0.0976 0.2141 0.6884 136 M 0.1908 0.2804 0.5288 137 S 0.2735 0.3387 0.3879 138 A 0.2699 0.5014 0.2287 139 I 0.2466 0.5849 0.1685 140 H 0.2394 0.6067 0.1539 141 V 0.1581 0.7118 0.1301 142 W 0.1017 0.7787 0.1196 143 E 0.0767 0.8154 0.1079 144 T 0.0612 0.8147 0.1241 145 F 0.0580 0.7788 0.1632 146 M 0.0555 0.7438 0.2007 147 E 0.0424 0.6162 0.3415 148 G 0.0467 0.4004 0.5529 149 L 0.1079 0.3015 0.5906 150 Q 0.1710 0.2647 0.5643 151 M 0.1627 0.2601 0.5772 152 Q 0.1521 0.1721 0.6758 153 Q 0.1973 0.0967 0.7060 154 P 0.2940 0.0781 0.6279 155 V 0.3812 0.0827 0.5361 156 E 0.5089 0.0682 0.4229 157 I 0.4022 0.1168 0.4810 158 D 0.3075 0.1424 0.5501 159 E 0.2894 0.2106 0.5000 160 T 0.3978 0.1740 0.4282 161 I 0.4383 0.1353 0.4264 162 Y 0.3588 0.1108 0.5304 163 S 0.2121 0.1056 0.6823 164 P 0.1044 0.2640 0.6316 165 S 0.1185 0.2385 0.6430 166 L 0.1148 0.2375 0.6477 167 N 0.0998 0.1756 0.7246 168 S 0.0843 0.2619 0.6538 169 S 0.0879 0.3081 0.6040 170 T 0.1100 0.4139 0.4762 171 E 0.1622 0.4420 0.3958 172 K 0.2498 0.4357 0.3145 173 I 0.3138 0.3913 0.2949 174 M 0.3095 0.3293 0.3612 175 S 0.2728 0.2663 0.4609 176 A 0.2152 0.1994 0.5854 177 P 0.1954 0.1885 0.6162 178 L 0.1958 0.2358 0.5685 179 Y 0.1607 0.2081 0.6312 180 G 0.1118 0.1396 0.7487 181 D 0.1126 0.1140 0.7734 182 W 0.1603 0.0713 0.7684 183 P 0.1512 0.0726 0.7762 184 I 0.1577 0.0877 0.7546 185 P 0.1348 0.1418 0.7235 186 W 0.1007 0.3532 0.5461 187 N 0.0946 0.5127 0.3926 188 W 0.0628 0.7565 0.1806 189 H 0.0556 0.8224 0.1220 190 I 0.0543 0.8484 0.0974 191 V 0.0359 0.8832 0.0809 192 R 0.0269 0.8964 0.0768 193 Q 0.0275 0.8885 0.0840 194 L 0.0270 0.8773 0.0957 195 V 0.0424 0.8409 0.1167 196 S 0.0369 0.7998 0.1633 197 R 0.0386 0.7495 0.2119 198 L 0.0698 0.6640 0.2662 199 H 0.0911 0.5600 0.3489 200 Y 0.1276 0.4797 0.3927 201 W 0.1694 0.3863 0.4444 202 F 0.2100 0.2104 0.5796 203 P 0.1525 0.3090 0.5385 204 Q 0.1674 0.3954 0.4372 205 T 0.3137 0.3543 0.3320 206 V 0.4266 0.2881 0.2853 207 V 0.4059 0.2629 0.3312 208 K 0.2842 0.2614 0.4543 209 N 0.1473 0.2239 0.6287 210 N 0.1277 0.1915 0.6808 211 R 0.1520 0.2653 0.5827 212 N 0.2577 0.2471 0.4951 213 L 0.3756 0.3070 0.3174 214 I 0.5039 0.2471 0.2490 215 Q 0.4675 0.2790 0.2535 216 F 0.3828 0.3203 0.2970 217 A 0.2582 0.3330 0.4088 218 N 0.1992 0.2581 0.5427 219 Y 0.2020 0.2028 0.5951 220 S 0.1883 0.1955 0.6162 221 F 0.1455 0.1566 0.6979 222 P 0.0877 0.2904 0.6219 223 K 0.0391 0.5677 0.3931 224 D 0.0462 0.5974 0.3564 225 L 0.0578 0.5826 0.3596 226 L 0.0671 0.4586 0.4743 227 D 0.0686 0.2972 0.6342 228 D 0.0764 0.1763 0.7473 229 K 0.1022 0.0833 0.8145 230 P 0.0872 0.1170 0.7958 231 S 0.0718 0.1378 0.7905 232 D 0.0693 0.1260 0.8047 233 G 0.0917 0.1061 0.8022 234 T 0.2306 0.0956 0.6737 235 Q 0.4299 0.0873 0.4829 236 K 0.5477 0.0849 0.3674 237 Y 0.6194 0.0678 0.3128 238 K 0.6901 0.0506 0.2593 239 V 0.6598 0.0530 0.2872 240 K 0.5274 0.0760 0.3966 241 N 0.3984 0.0677 0.5339 242 T 0.2736 0.0981 0.6282 243 N 0.2467 0.0883 0.6650 244 H 0.3389 0.0878 0.5733 245 Q 0.4843 0.0849 0.4308 246 W 0.5960 0.0824 0.3216 247 E 0.6604 0.0810 0.2586 248 F 0.6509 0.0849 0.2643 249 R 0.5879 0.0764 0.3357 250 L 0.4293 0.0679 0.5028 251 S 0.1898 0.0475 0.7627 252 P 0.0781 0.3653 0.5566 253 T 0.0603 0.4219 0.5178 254 H 0.0817 0.4470 0.4713 255 L 0.0326 0.7206 0.2468 256 N 0.0213 0.7835 0.1953 257 D 0.0228 0.8197 0.1575 258 I 0.0212 0.8584 0.1204 259 L 0.0275 0.8541 0.1184 260 Q 0.0302 0.8256 0.1442 261 E 0.0341 0.7832 0.1827 262 C 0.0700 0.6565 0.2735 263 K 0.0724 0.5250 0.4026 264 A 0.0559 0.4342 0.5099 265 N 0.0538 0.2737 0.6725 266 N 0.0657 0.2311 0.7032 267 T 0.1034 0.3310 0.5656 268 S 0.1493 0.3867 0.4640 269 L 0.1101 0.6121 0.2778 270 T 0.1093 0.6628 0.2279 271 S 0.1063 0.6705 0.2232 272 L 0.1260 0.6699 0.2041 273 L 0.1230 0.6172 0.2598 274 G 0.1440 0.5198 0.3362 275 A 0.1949 0.5405 0.2646 276 L 0.2898 0.4909 0.2193 277 V 0.3359 0.4374 0.2267 278 C 0.2790 0.4075 0.3135 279 T 0.1826 0.4349 0.3825 280 S 0.1507 0.4614 0.3879 281 F 0.0639 0.7167 0.2194 282 E 0.0667 0.7340 0.1993 283 K 0.0830 0.7165 0.2005 284 I 0.0907 0.7123 0.1970 285 A 0.1111 0.6542 0.2346 286 A 0.0974 0.6325 0.2701 287 H 0.1198 0.5210 0.3592 288 E 0.1322 0.4219 0.4459 289 Y 0.1552 0.3238 0.5210 290 T 0.1418 0.2338 0.6244 291 G 0.1206 0.1740 0.7054 292 S 0.2441 0.1897 0.5662 293 F 0.4733 0.1595 0.3672 294 L 0.5599 0.1388 0.3012 295 K 0.6199 0.1151 0.2651 296 I 0.5307 0.1216 0.3477 297 E 0.4542 0.1102 0.4356 298 L 0.3086 0.1021 0.5893 299 P 0.2498 0.1377 0.6125 300 M 0.1702 0.2734 0.5563 301 N 0.1731 0.2534 0.5735 302 I 0.1300 0.2778 0.5922 303 R 0.0884 0.2762 0.6354 304 K 0.0913 0.2529 0.6558 305 P 0.1015 0.3655 0.5331 306 F 0.1190 0.4862 0.3948 307 E 0.1486 0.5230 0.3284 308 R 0.1992 0.4838 0.3170 309 V 0.2710 0.4285 0.3004 310 L 0.3433 0.2857 0.3710 311 K 0.3322 0.1684 0.4995 312 L 0.2150 0.0619 0.7231 313 P 0.1205 0.0749 0.8046 314 S 0.0615 0.1809 0.7576 315 D 0.0534 0.2454 0.7011 316 D 0.0710 0.2612 0.6677 317 K 0.1550 0.2986 0.5464 318 L 0.2900 0.2416 0.4684 319 A 0.3212 0.2337 0.4451 320 V 0.3318 0.2602 0.4080 321 G 0.2719 0.2428 0.4853 322 N 0.4029 0.2073 0.3898 323 F 0.6461 0.1787 0.1752 324 I 0.7200 0.1546 0.1254 325 A 0.7468 0.1496 0.1036 326 V 0.7297 0.1646 0.1057 327 I 0.6873 0.1830 0.1298 328 E 0.6326 0.2051 0.1623 329 F 0.4754 0.2697 0.2549 330 N 0.3293 0.2910 0.3797 331 H 0.1850 0.4135 0.4015 332 K 0.1632 0.4638 0.3730 333 L 0.1369 0.4995 0.3636 334 H 0.1256 0.4213 0.4531 335 Q 0.0785 0.4267 0.4949 336 N 0.0790 0.3660 0.5549 337 R 0.0798 0.3402 0.5800 338 G 0.1088 0.2815 0.6097 339 I 0.1343 0.4913 0.3744 340 W 0.1156 0.6148 0.2696 341 D 0.0895 0.6605 0.2500 342 I 0.0452 0.7876 0.1672 343 A 0.0276 0.8408 0.1316 344 S 0.0245 0.8437 0.1318 345 Q 0.0245 0.8431 0.1323 346 I 0.0290 0.8517 0.1194 347 Q 0.0246 0.8570 0.1184 348 R 0.0250 0.8479 0.1271 349 A 0.0296 0.8183 0.1522 350 I 0.0545 0.7191 0.2264 351 R 0.0595 0.5890 0.3515 352 S 0.0577 0.4701 0.4722 353 S 0.0471 0.3860 0.5669 354 S 0.0482 0.3997 0.5522 355 E 0.0331 0.5858 0.3811 356 D 0.0359 0.6210 0.3431 357 K 0.0619 0.6487 0.2894 358 I 0.0842 0.6662 0.2496 359 I 0.0967 0.6296 0.2737 360 D 0.0957 0.5961 0.3082 361 K 0.0837 0.5869 0.3295 362 V 0.1211 0.5155 0.3634 363 N 0.1375 0.4305 0.4319 364 E 0.1468 0.5345 0.3187 365 V 0.2609 0.4685 0.2706 366 K 0.3657 0.4067 0.2275 367 L 0.3442 0.4810 0.1748 368 L 0.3332 0.4940 0.1728 369 E 0.3937 0.4349 0.1714 370 V 0.3765 0.4279 0.1956 371 I 0.3260 0.3808 0.2931 372 S 0.2383 0.3706 0.3911 373 S 0.1237 0.4750 0.4014 374 Q 0.1152 0.5320 0.3528 375 Q 0.1567 0.5107 0.3326 376 Y 0.1932 0.4603 0.3465 377 I 0.1928 0.4659 0.3414 378 E 0.1673 0.4603 0.3724 379 D 0.1560 0.4111 0.4329 380 K 0.2436 0.3087 0.4476 381 I 0.3952 0.2038 0.4010 382 S 0.3770 0.1636 0.4594 383 L 0.2398 0.1877 0.5725 384 N 0.1429 0.1374 0.7197 385 N 0.1086 0.0823 0.8091 386 G 0.1030 0.0467 0.8502 387 P 0.1350 0.0894 0.7757 388 S 0.1787 0.1119 0.7095 389 S 0.2381 0.1249 0.6371 390 T 0.4009 0.0908 0.5083 391 F 0.5839 0.0680 0.3481 392 E 0.6744 0.0557 0.2699 393 V 0.6455 0.0704 0.2842 394 T 0.5142 0.1087 0.3771 395 N 0.3911 0.1501 0.4588 396 L 0.2756 0.1841 0.5403 397 G 0.2826 0.1568 0.5606 398 F 0.3053 0.2661 0.4287 399 Q 0.3258 0.3359 0.3382 400 T 0.2578 0.3665 0.3756 401 F 0.1608 0.4938 0.3454 402 K 0.1112 0.5540 0.3348 403 D 0.0768 0.5913 0.3319 404 A 0.0673 0.5625 0.3702 405 C 0.0913 0.3817 0.5270 406 N 0.0810 0.2379 0.6811 407 T 0.1003 0.2135 0.6863 408 S 0.1448 0.1354 0.7198 409 L 0.2190 0.0820 0.6990 410 P 0.3160 0.0878 0.5962 411 F 0.6115 0.0900 0.2985 412 Y 0.7661 0.0602 0.1738 413 I 0.8061 0.0468 0.1471 414 V 0.7355 0.0621 0.2024 415 D 0.6150 0.0734 0.3116 416 A 0.3807 0.1926 0.4267 417 T 0.3312 0.1914 0.4774 418 F 0.2295 0.1965 0.5739 419 N 0.1485 0.1368 0.7147 420 E 0.1115 0.1457 0.7429 421 P 0.0845 0.2338 0.6818 422 Q 0.0950 0.2308 0.6742 423 G 0.1437 0.1708 0.6855 424 I 0.2749 0.2016 0.5235 425 S 0.3714 0.2077 0.4208 426 S 0.4720 0.2041 0.3238 427 I 0.6030 0.1536 0.2434 428 F 0.6723 0.0930 0.2347 429 S 0.7185 0.0616 0.2200 430 L 0.7243 0.0570 0.2187 431 S 0.7749 0.0425 0.1826 432 V 0.8223 0.0314 0.1462 433 I 0.7725 0.0314 0.1961 434 S 0.6624 0.0310 0.3066 435 T 0.3574 0.0323 0.6103 436 P 0.1145 0.0855 0.7999 437 G 0.0767 0.0806 0.8427 438 N 0.1070 0.0793 0.8137 439 G 0.2193 0.0691 0.7116 440 L 0.5488 0.0571 0.3941 441 H 0.6847 0.0508 0.2645 442 C 0.7414 0.0468 0.2119 443 C 0.7186 0.0567 0.2247 444 I 0.6479 0.0701 0.2820 445 S 0.5251 0.0678 0.4072 446 Y 0.3074 0.0582 0.6344 447 P 0.1178 0.2414 0.6408 448 N 0.0782 0.3290 0.5928 449 T 0.1173 0.4089 0.4738 450 L 0.1381 0.4999 0.3619 451 T 0.1343 0.5695 0.2962 452 K 0.1587 0.5522 0.2890 453 V 0.1544 0.5007 0.3449 454 L 0.1306 0.4621 0.4073 455 E 0.0928 0.4277 0.4795 456 P 0.0501 0.5897 0.3602 457 H 0.0581 0.6384 0.3035 458 W 0.0441 0.7625 0.1933 459 Q 0.0343 0.8004 0.1653 460 Y 0.0314 0.7924 0.1762 461 M 0.0307 0.8046 0.1647 462 K 0.0214 0.8154 0.1632 463 D 0.0229 0.7845 0.1926 464 Y 0.0330 0.7410 0.2260 465 L 0.0658 0.5872 0.3470 466 N 0.0739 0.4128 0.5133 467 L 0.0621 0.2838 0.6542 468 Y 0.0398 0.0489 0.9113