# TARGET YGR207C # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR207C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.630 0.213 0.102 0.041 0.012 0.002 0.001 2 S 0.599 0.174 0.098 0.082 0.037 0.010 0.001 3 A 0.642 0.183 0.079 0.056 0.028 0.010 0.002 4 K 0.708 0.179 0.068 0.029 0.011 0.004 0.001 5 Q 0.585 0.207 0.098 0.065 0.031 0.011 0.002 6 Q 0.410 0.183 0.133 0.124 0.088 0.054 0.008 7 L 0.300 0.169 0.160 0.171 0.125 0.067 0.009 8 R 0.207 0.189 0.179 0.193 0.151 0.072 0.009 9 I 0.099 0.077 0.072 0.117 0.234 0.320 0.081 10 L 0.067 0.043 0.063 0.150 0.199 0.305 0.174 11 V 0.089 0.080 0.093 0.153 0.208 0.264 0.113 12 P 0.076 0.052 0.076 0.130 0.220 0.324 0.123 13 V 0.044 0.031 0.048 0.107 0.217 0.416 0.138 14 K 0.077 0.077 0.138 0.235 0.235 0.201 0.037 15 R 0.034 0.087 0.141 0.210 0.311 0.192 0.025 16 V 0.078 0.164 0.227 0.241 0.196 0.088 0.006 17 V 0.095 0.135 0.187 0.329 0.185 0.064 0.004 18 D 0.333 0.340 0.184 0.090 0.039 0.012 0.001 19 F 0.420 0.204 0.157 0.145 0.061 0.012 0.001 20 Q 0.707 0.182 0.064 0.031 0.012 0.004 0.001 21 I 0.575 0.207 0.120 0.066 0.026 0.006 0.001 22 K 0.349 0.334 0.199 0.088 0.026 0.004 0.001 23 P 0.042 0.104 0.210 0.353 0.240 0.050 0.002 24 R 0.138 0.435 0.307 0.097 0.020 0.002 0.001 25 V 0.048 0.075 0.155 0.386 0.281 0.055 0.001 26 N 0.413 0.417 0.129 0.037 0.004 0.001 0.001 27 K 0.568 0.266 0.117 0.040 0.007 0.001 0.001 28 T 0.772 0.175 0.040 0.012 0.002 0.001 0.001 29 L 0.591 0.288 0.089 0.026 0.005 0.001 0.001 30 T 0.206 0.248 0.223 0.205 0.099 0.019 0.001 31 G 0.193 0.339 0.261 0.150 0.046 0.010 0.001 32 I 0.049 0.076 0.128 0.282 0.324 0.133 0.009 33 E 0.095 0.286 0.308 0.217 0.080 0.014 0.001 34 T 0.073 0.164 0.244 0.323 0.159 0.035 0.002 35 S 0.361 0.384 0.151 0.068 0.027 0.007 0.001 36 G 0.236 0.365 0.229 0.119 0.041 0.009 0.001 37 I 0.034 0.076 0.156 0.311 0.305 0.111 0.007 38 K 0.141 0.298 0.259 0.187 0.085 0.028 0.003 39 F 0.075 0.131 0.158 0.212 0.241 0.157 0.026 40 S 0.043 0.094 0.174 0.283 0.234 0.145 0.028 41 I 0.015 0.017 0.033 0.092 0.230 0.440 0.172 42 N 0.066 0.120 0.141 0.200 0.227 0.183 0.062 43 P 0.137 0.202 0.191 0.186 0.151 0.104 0.028 44 F 0.058 0.090 0.117 0.200 0.247 0.217 0.071 45 D 0.061 0.084 0.103 0.175 0.222 0.262 0.092 46 D 0.098 0.151 0.150 0.202 0.208 0.151 0.039 47 I 0.033 0.090 0.160 0.233 0.241 0.173 0.071 48 A 0.007 0.015 0.025 0.067 0.209 0.442 0.235 49 V 0.005 0.016 0.032 0.079 0.171 0.404 0.293 50 E 0.022 0.075 0.138 0.209 0.184 0.244 0.128 51 E 0.016 0.069 0.116 0.213 0.232 0.241 0.112 52 A 0.003 0.007 0.016 0.065 0.204 0.480 0.226 53 I 0.008 0.028 0.059 0.155 0.304 0.362 0.084 54 R 0.018 0.120 0.238 0.293 0.226 0.094 0.011 55 I 0.011 0.028 0.080 0.235 0.384 0.247 0.015 56 K 0.040 0.168 0.234 0.300 0.196 0.058 0.003 57 E 0.300 0.324 0.209 0.117 0.042 0.008 0.001 58 K 0.491 0.350 0.114 0.036 0.007 0.001 0.001 59 N 0.402 0.252 0.180 0.124 0.036 0.005 0.001 60 K 0.711 0.214 0.053 0.018 0.004 0.001 0.001 61 S 0.509 0.267 0.130 0.067 0.023 0.004 0.001 62 L 0.451 0.308 0.158 0.069 0.013 0.001 0.001 63 V 0.233 0.282 0.198 0.154 0.111 0.022 0.001 64 E 0.032 0.148 0.261 0.380 0.153 0.026 0.001 65 S 0.010 0.118 0.248 0.363 0.210 0.049 0.002 66 T 0.001 0.002 0.007 0.044 0.224 0.568 0.156 67 H 0.001 0.009 0.046 0.169 0.356 0.339 0.081 68 A 0.001 0.001 0.003 0.014 0.061 0.394 0.527 69 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.055 0.395 0.534 70 S 0.001 0.001 0.004 0.018 0.070 0.453 0.455 71 I 0.001 0.003 0.010 0.037 0.166 0.519 0.264 72 G 0.005 0.051 0.123 0.285 0.331 0.174 0.031 73 S 0.023 0.170 0.319 0.294 0.140 0.047 0.007 74 A 0.360 0.400 0.152 0.061 0.020 0.005 0.001 75 K 0.118 0.378 0.319 0.137 0.040 0.007 0.001 76 A 0.004 0.016 0.067 0.240 0.453 0.211 0.008 77 Q 0.015 0.187 0.363 0.285 0.125 0.025 0.001 78 D 0.119 0.555 0.243 0.067 0.014 0.003 0.001 79 I 0.002 0.020 0.129 0.364 0.374 0.106 0.005 80 L 0.001 0.004 0.012 0.068 0.339 0.517 0.059 81 R 0.010 0.135 0.315 0.345 0.155 0.036 0.004 82 N 0.045 0.250 0.364 0.237 0.085 0.018 0.001 83 C 0.006 0.017 0.036 0.128 0.376 0.386 0.052 84 L 0.014 0.037 0.084 0.203 0.291 0.299 0.073 85 A 0.076 0.201 0.205 0.249 0.159 0.090 0.020 86 K 0.036 0.110 0.157 0.251 0.267 0.135 0.045 87 G 0.013 0.028 0.044 0.106 0.209 0.342 0.256 88 I 0.008 0.021 0.041 0.091 0.184 0.376 0.280 89 D 0.016 0.049 0.102 0.206 0.268 0.246 0.112 90 T 0.020 0.062 0.090 0.162 0.221 0.295 0.150 91 C 0.006 0.007 0.015 0.045 0.130 0.416 0.381 92 S 0.004 0.012 0.034 0.089 0.158 0.386 0.317 93 L 0.012 0.038 0.075 0.181 0.277 0.307 0.110 94 I 0.006 0.012 0.022 0.078 0.291 0.452 0.138 95 D 0.029 0.127 0.229 0.325 0.204 0.073 0.013 96 S 0.107 0.236 0.276 0.225 0.110 0.039 0.008 97 V 0.381 0.357 0.142 0.072 0.034 0.012 0.002 98 G 0.240 0.270 0.225 0.167 0.072 0.023 0.003 99 K 0.097 0.107 0.178 0.244 0.239 0.121 0.013 100 E 0.218 0.276 0.227 0.161 0.083 0.030 0.004 101 N 0.176 0.276 0.218 0.180 0.104 0.039 0.006 102 I 0.024 0.077 0.147 0.256 0.296 0.168 0.033 103 E 0.007 0.031 0.072 0.164 0.283 0.323 0.121 104 P 0.002 0.006 0.015 0.052 0.186 0.452 0.287 105 L 0.003 0.015 0.041 0.136 0.321 0.359 0.126 106 A 0.001 0.004 0.016 0.079 0.172 0.374 0.354 107 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.236 0.739 108 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.228 0.749 109 K 0.001 0.002 0.016 0.103 0.266 0.482 0.131 110 I 0.001 0.001 0.003 0.031 0.189 0.468 0.308 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.155 0.841 112 K 0.001 0.001 0.009 0.088 0.284 0.512 0.106 113 A 0.001 0.046 0.197 0.353 0.308 0.089 0.007 114 V 0.001 0.001 0.013 0.111 0.343 0.492 0.039 115 V 0.001 0.004 0.016 0.105 0.488 0.370 0.017 116 E 0.087 0.452 0.337 0.108 0.015 0.002 0.001 117 K 0.221 0.508 0.180 0.073 0.017 0.002 0.001 118 K 0.013 0.113 0.318 0.408 0.138 0.010 0.001 119 G 0.145 0.609 0.204 0.038 0.004 0.001 0.001 120 S 0.002 0.011 0.053 0.232 0.471 0.221 0.010 121 N 0.001 0.022 0.132 0.393 0.347 0.102 0.004 122 L 0.001 0.001 0.006 0.026 0.137 0.605 0.224 123 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.287 0.674 124 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.041 0.276 0.669 125 M 0.001 0.002 0.008 0.025 0.083 0.313 0.568 126 G 0.003 0.015 0.034 0.086 0.173 0.391 0.298 127 K 0.015 0.046 0.094 0.206 0.274 0.265 0.100 128 Q 0.052 0.106 0.184 0.214 0.263 0.142 0.039 129 A 0.040 0.060 0.094 0.150 0.224 0.325 0.107 130 I 0.076 0.104 0.129 0.231 0.247 0.173 0.040 131 D 0.226 0.233 0.197 0.146 0.113 0.069 0.016 132 D 0.305 0.239 0.157 0.148 0.095 0.045 0.012 133 D 0.343 0.220 0.150 0.123 0.086 0.057 0.022 134 C 0.227 0.148 0.137 0.160 0.147 0.127 0.054 135 N 0.204 0.181 0.153 0.165 0.159 0.099 0.040 136 N 0.088 0.124 0.141 0.198 0.212 0.161 0.076 137 T 0.053 0.073 0.087 0.143 0.200 0.283 0.162 138 G 0.046 0.082 0.106 0.173 0.197 0.240 0.156 139 Q 0.040 0.103 0.149 0.228 0.221 0.171 0.088 140 M 0.028 0.046 0.074 0.176 0.305 0.275 0.095 141 L 0.009 0.011 0.017 0.050 0.141 0.467 0.305 142 A 0.016 0.034 0.065 0.177 0.280 0.317 0.111 143 G 0.038 0.166 0.262 0.291 0.161 0.070 0.011 144 L 0.018 0.051 0.096 0.199 0.344 0.256 0.036 145 L 0.005 0.018 0.044 0.133 0.304 0.400 0.097 146 N 0.040 0.189 0.259 0.246 0.159 0.095 0.012 147 W 0.007 0.019 0.055 0.142 0.273 0.387 0.116 148 P 0.006 0.026 0.058 0.185 0.321 0.310 0.094 149 Q 0.002 0.006 0.022 0.061 0.182 0.440 0.288 150 A 0.001 0.003 0.007 0.022 0.070 0.378 0.519 151 T 0.002 0.011 0.026 0.093 0.206 0.386 0.275 152 N 0.002 0.011 0.040 0.112 0.237 0.392 0.205 153 A 0.004 0.009 0.018 0.058 0.197 0.529 0.186 154 A 0.010 0.061 0.129 0.266 0.314 0.196 0.025 155 K 0.008 0.091 0.256 0.295 0.246 0.099 0.005 156 V 0.005 0.016 0.054 0.219 0.430 0.264 0.013 157 E 0.126 0.336 0.262 0.186 0.069 0.019 0.001 158 F 0.293 0.437 0.193 0.063 0.013 0.002 0.001 159 L 0.106 0.214 0.272 0.283 0.110 0.015 0.001 160 D 0.642 0.253 0.079 0.023 0.003 0.001 0.001 161 N 0.753 0.209 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 162 G 0.325 0.406 0.185 0.071 0.012 0.001 0.001 163 R 0.092 0.462 0.308 0.114 0.021 0.002 0.001 164 V 0.001 0.008 0.043 0.197 0.459 0.281 0.011 165 Q 0.005 0.078 0.350 0.420 0.133 0.014 0.001 166 V 0.001 0.006 0.026 0.145 0.488 0.316 0.017 167 T 0.020 0.222 0.376 0.274 0.093 0.015 0.001 168 R 0.035 0.128 0.183 0.326 0.249 0.076 0.004 169 E 0.175 0.470 0.237 0.085 0.025 0.006 0.001 170 I 0.100 0.207 0.250 0.283 0.132 0.027 0.001 171 D 0.347 0.292 0.186 0.117 0.047 0.011 0.001 172 D 0.604 0.264 0.082 0.034 0.012 0.003 0.001 173 G 0.408 0.278 0.166 0.104 0.037 0.007 0.001 174 E 0.208 0.346 0.239 0.147 0.048 0.011 0.001 175 E 0.158 0.296 0.224 0.192 0.101 0.026 0.003 176 V 0.076 0.253 0.289 0.236 0.111 0.032 0.002 177 I 0.014 0.037 0.087 0.252 0.374 0.222 0.014 178 E 0.055 0.219 0.295 0.281 0.124 0.024 0.001 179 A 0.027 0.089 0.110 0.226 0.366 0.173 0.010 180 S 0.034 0.265 0.402 0.245 0.046 0.007 0.001 181 L 0.003 0.019 0.057 0.198 0.407 0.293 0.022 182 P 0.004 0.054 0.184 0.330 0.275 0.137 0.016 183 M 0.001 0.005 0.014 0.058 0.186 0.548 0.188 184 V 0.001 0.001 0.004 0.017 0.076 0.445 0.455 185 I 0.001 0.002 0.006 0.021 0.072 0.394 0.504 186 T 0.003 0.011 0.034 0.095 0.205 0.384 0.268 187 T 0.003 0.012 0.027 0.077 0.226 0.441 0.214 188 D 0.018 0.091 0.178 0.284 0.255 0.143 0.032 189 L 0.050 0.164 0.223 0.254 0.212 0.083 0.015 190 R 0.148 0.256 0.237 0.182 0.103 0.062 0.013 191 L 0.048 0.053 0.088 0.202 0.277 0.269 0.063 192 N 0.084 0.100 0.130 0.161 0.209 0.245 0.071 193 T 0.061 0.064 0.088 0.152 0.212 0.284 0.139 194 P 0.045 0.049 0.068 0.112 0.191 0.337 0.199 195 R 0.033 0.057 0.085 0.160 0.232 0.290 0.143 196 Y 0.045 0.103 0.160 0.203 0.227 0.199 0.062 197 V 0.159 0.211 0.182 0.191 0.157 0.085 0.016 198 G 0.146 0.241 0.237 0.207 0.110 0.050 0.009 199 L 0.131 0.129 0.139 0.216 0.233 0.137 0.015 200 P 0.328 0.347 0.192 0.092 0.032 0.008 0.001 201 K 0.288 0.329 0.216 0.111 0.041 0.013 0.001 202 L 0.064 0.131 0.205 0.303 0.227 0.068 0.003 203 M 0.074 0.185 0.253 0.263 0.176 0.047 0.002 204 K 0.206 0.460 0.246 0.072 0.014 0.003 0.001 205 A 0.103 0.171 0.245 0.306 0.152 0.023 0.001 206 K 0.271 0.368 0.218 0.106 0.031 0.005 0.001 207 K 0.414 0.358 0.151 0.058 0.015 0.003 0.001 208 K 0.274 0.301 0.230 0.143 0.043 0.007 0.001 209 P 0.410 0.315 0.154 0.080 0.033 0.008 0.001 210 I 0.100 0.162 0.240 0.310 0.159 0.027 0.001 211 E 0.365 0.322 0.175 0.094 0.034 0.009 0.001 212 K 0.300 0.369 0.195 0.100 0.030 0.005 0.001 213 L 0.062 0.113 0.196 0.310 0.245 0.070 0.004 214 D 0.305 0.353 0.202 0.102 0.031 0.006 0.001 215 I 0.125 0.130 0.192 0.289 0.201 0.058 0.005 216 A 0.355 0.333 0.180 0.095 0.030 0.007 0.001 217 K 0.304 0.302 0.212 0.121 0.049 0.013 0.001 218 D 0.095 0.129 0.179 0.285 0.228 0.079 0.004 219 F 0.259 0.378 0.222 0.100 0.034 0.008 0.001 220 P 0.093 0.103 0.181 0.301 0.240 0.076 0.006 221 E 0.338 0.362 0.192 0.082 0.022 0.004 0.001 222 I 0.256 0.264 0.221 0.167 0.076 0.015 0.001 223 N 0.454 0.322 0.145 0.060 0.016 0.003 0.001 224 I 0.295 0.231 0.190 0.182 0.084 0.017 0.001 225 E 0.448 0.323 0.149 0.061 0.016 0.003 0.001 226 P 0.466 0.297 0.129 0.073 0.028 0.007 0.001 227 Q 0.219 0.291 0.225 0.168 0.076 0.020 0.002 228 L 0.201 0.231 0.221 0.205 0.109 0.031 0.003 229 K 0.216 0.330 0.237 0.142 0.055 0.017 0.002 230 I 0.088 0.166 0.222 0.264 0.188 0.068 0.005 231 V 0.043 0.081 0.154 0.287 0.307 0.119 0.008 232 S 0.200 0.336 0.247 0.143 0.057 0.015 0.001 233 M 0.163 0.255 0.250 0.208 0.098 0.025 0.002 234 E 0.133 0.228 0.249 0.233 0.122 0.034 0.002 235 E 0.202 0.291 0.249 0.167 0.074 0.016 0.001 236 P 0.331 0.266 0.198 0.142 0.053 0.009 0.001 237 K 0.656 0.230 0.075 0.030 0.007 0.001 0.001 238 T 0.649 0.223 0.084 0.035 0.008 0.001 0.001 239 K 0.560 0.235 0.119 0.065 0.019 0.003 0.001 240 S 0.652 0.217 0.081 0.037 0.011 0.002 0.001 241 P 0.641 0.215 0.090 0.040 0.012 0.002 0.001 242 G 0.575 0.255 0.101 0.051 0.015 0.003 0.001 243 V 0.210 0.223 0.251 0.203 0.093 0.019 0.001 244 K 0.363 0.288 0.188 0.118 0.037 0.005 0.001 245 L 0.366 0.262 0.182 0.136 0.046 0.007 0.001 246 N 0.712 0.194 0.061 0.024 0.007 0.001 0.001 247 S 0.422 0.357 0.142 0.061 0.016 0.002 0.001 248 V 0.104 0.203 0.254 0.273 0.136 0.029 0.002 249 D 0.359 0.394 0.190 0.049 0.008 0.001 0.001 250 E 0.489 0.415 0.081 0.013 0.002 0.001 0.001 251 L 0.042 0.092 0.198 0.322 0.282 0.061 0.002 252 I 0.051 0.104 0.205 0.362 0.241 0.036 0.001 253 E 0.341 0.511 0.124 0.021 0.003 0.001 0.001 254 K 0.170 0.280 0.368 0.160 0.020 0.002 0.001 255 L 0.165 0.112 0.103 0.217 0.314 0.088 0.002 256 K 0.338 0.268 0.242 0.119 0.029 0.003 0.001 257 E 0.735 0.199 0.051 0.013 0.002 0.001 0.001 258 V 0.578 0.261 0.109 0.039 0.011 0.002 0.001 259 K 0.648 0.195 0.095 0.048 0.012 0.002 0.001 260 A 0.743 0.159 0.060 0.028 0.009 0.002 0.001 261 I 0.714 0.164 0.062 0.039 0.017 0.004 0.001