# TARGET YGR206W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR206W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.009 0.796 0.001 0.023 0.066 0.001 0.001 0.005 0.043 0.034 0.006 0.017 2 N 0.001 0.029 0.665 0.001 0.028 0.133 0.001 0.001 0.010 0.043 0.067 0.007 0.015 3 N 0.002 0.020 0.359 0.001 0.018 0.249 0.001 0.001 0.005 0.223 0.099 0.015 0.010 4 N 0.002 0.015 0.383 0.001 0.011 0.342 0.001 0.001 0.003 0.152 0.070 0.004 0.019 5 V 0.001 0.003 0.039 0.001 0.013 0.900 0.001 0.001 0.001 0.017 0.023 0.001 0.003 6 E 0.001 0.001 0.031 0.001 0.018 0.919 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.002 0.002 7 E 0.001 0.001 0.024 0.001 0.027 0.915 0.001 0.001 0.002 0.009 0.016 0.002 0.004 8 L 0.001 0.002 0.014 0.001 0.017 0.935 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.003 9 L 0.001 0.002 0.015 0.001 0.035 0.890 0.001 0.001 0.001 0.009 0.042 0.001 0.001 10 R 0.002 0.001 0.026 0.002 0.029 0.770 0.001 0.001 0.001 0.025 0.136 0.002 0.004 11 R 0.002 0.004 0.061 0.001 0.023 0.715 0.001 0.001 0.002 0.034 0.143 0.002 0.012 12 I 0.003 0.008 0.240 0.001 0.011 0.474 0.001 0.001 0.005 0.171 0.030 0.046 0.010 13 P 0.002 0.010 0.355 0.004 0.038 0.411 0.001 0.001 0.004 0.033 0.077 0.004 0.060 14 L 0.007 0.015 0.149 0.006 0.095 0.520 0.002 0.001 0.007 0.047 0.121 0.016 0.014 15 Y 0.012 0.021 0.110 0.004 0.111 0.496 0.003 0.002 0.008 0.067 0.118 0.013 0.035 16 N 0.008 0.008 0.190 0.004 0.141 0.372 0.003 0.001 0.012 0.076 0.151 0.010 0.024 17 K 0.004 0.006 0.110 0.002 0.112 0.348 0.001 0.001 0.009 0.099 0.284 0.011 0.012 18 Y 0.002 0.015 0.120 0.002 0.092 0.201 0.001 0.001 0.007 0.108 0.431 0.005 0.014 19 G 0.003 0.013 0.257 0.004 0.074 0.079 0.001 0.001 0.005 0.192 0.349 0.010 0.014 20 K 0.002 0.012 0.319 0.004 0.065 0.117 0.001 0.001 0.003 0.238 0.206 0.016 0.018 21 D 0.004 0.041 0.358 0.005 0.051 0.090 0.001 0.001 0.005 0.192 0.183 0.008 0.061 22 F 0.002 0.013 0.524 0.003 0.023 0.077 0.001 0.001 0.004 0.239 0.053 0.046 0.015 23 P 0.002 0.017 0.540 0.005 0.041 0.138 0.001 0.001 0.005 0.090 0.104 0.005 0.051 24 Q 0.010 0.015 0.269 0.010 0.121 0.254 0.001 0.001 0.006 0.127 0.133 0.022 0.032 25 E 0.012 0.013 0.237 0.010 0.119 0.317 0.002 0.001 0.013 0.105 0.100 0.032 0.039 26 T 0.026 0.020 0.276 0.011 0.080 0.272 0.004 0.001 0.024 0.067 0.084 0.030 0.105 27 V 0.029 0.018 0.303 0.019 0.038 0.239 0.009 0.002 0.034 0.072 0.041 0.076 0.121 28 T 0.032 0.020 0.250 0.019 0.039 0.233 0.010 0.003 0.034 0.085 0.050 0.115 0.110 29 R 0.039 0.020 0.207 0.013 0.073 0.253 0.010 0.003 0.019 0.086 0.076 0.050 0.151 30 F 0.016 0.016 0.301 0.019 0.059 0.211 0.009 0.002 0.018 0.106 0.087 0.072 0.083 31 Q 0.014 0.033 0.329 0.017 0.045 0.151 0.006 0.001 0.011 0.137 0.099 0.044 0.113 32 M 0.003 0.009 0.542 0.013 0.030 0.091 0.001 0.001 0.005 0.186 0.028 0.059 0.034 33 P 0.003 0.012 0.365 0.006 0.127 0.149 0.001 0.001 0.005 0.085 0.187 0.007 0.053 34 E 0.016 0.015 0.219 0.005 0.209 0.130 0.002 0.001 0.006 0.089 0.262 0.021 0.026 35 F 0.013 0.014 0.297 0.003 0.157 0.128 0.003 0.001 0.012 0.150 0.140 0.037 0.046 36 K 0.011 0.041 0.362 0.010 0.084 0.116 0.004 0.001 0.016 0.144 0.113 0.018 0.081 37 L 0.003 0.010 0.503 0.004 0.052 0.131 0.001 0.001 0.010 0.167 0.035 0.063 0.020 38 P 0.002 0.011 0.526 0.006 0.113 0.121 0.001 0.001 0.006 0.060 0.106 0.007 0.043 39 A 0.004 0.028 0.275 0.004 0.159 0.147 0.001 0.001 0.007 0.114 0.224 0.013 0.023 40 L 0.004 0.030 0.323 0.005 0.101 0.172 0.001 0.001 0.008 0.196 0.117 0.013 0.030 41 Q 0.002 0.007 0.498 0.003 0.048 0.114 0.001 0.001 0.007 0.219 0.060 0.026 0.015 42 P 0.001 0.012 0.469 0.005 0.069 0.155 0.001 0.001 0.004 0.110 0.134 0.006 0.033 43 T 0.003 0.033 0.342 0.004 0.120 0.219 0.001 0.001 0.007 0.108 0.124 0.015 0.023 44 R 0.003 0.012 0.172 0.003 0.206 0.300 0.001 0.001 0.006 0.134 0.140 0.011 0.011 45 D 0.005 0.012 0.191 0.004 0.262 0.239 0.002 0.001 0.008 0.074 0.180 0.008 0.014 46 L 0.007 0.017 0.209 0.002 0.187 0.216 0.003 0.002 0.013 0.088 0.215 0.013 0.028 47 L 0.010 0.035 0.277 0.004 0.085 0.250 0.004 0.003 0.020 0.104 0.168 0.012 0.029 48 C 0.005 0.008 0.420 0.002 0.032 0.201 0.001 0.001 0.011 0.235 0.025 0.043 0.016 49 P 0.003 0.012 0.271 0.003 0.072 0.420 0.001 0.001 0.009 0.060 0.105 0.004 0.040 50 W 0.011 0.015 0.145 0.003 0.094 0.485 0.001 0.001 0.008 0.062 0.151 0.012 0.012 51 Y 0.010 0.012 0.141 0.002 0.086 0.542 0.002 0.002 0.010 0.077 0.085 0.011 0.021 52 E 0.008 0.008 0.148 0.002 0.098 0.506 0.001 0.001 0.008 0.060 0.132 0.010 0.019 53 E 0.004 0.005 0.097 0.001 0.068 0.577 0.001 0.001 0.004 0.049 0.178 0.006 0.010 54 C 0.004 0.008 0.132 0.002 0.074 0.541 0.001 0.001 0.004 0.068 0.147 0.004 0.014 55 D 0.004 0.009 0.130 0.005 0.058 0.438 0.001 0.001 0.004 0.115 0.215 0.011 0.011 56 N 0.009 0.010 0.178 0.004 0.050 0.392 0.002 0.001 0.005 0.097 0.218 0.011 0.023 57 I 0.023 0.017 0.246 0.003 0.037 0.382 0.004 0.004 0.015 0.088 0.086 0.027 0.067 58 T 0.034 0.015 0.203 0.020 0.037 0.387 0.008 0.011 0.020 0.077 0.085 0.049 0.054 59 K 0.071 0.010 0.128 0.007 0.038 0.431 0.010 0.011 0.031 0.050 0.070 0.052 0.090 60 V 0.079 0.014 0.104 0.017 0.039 0.463 0.013 0.013 0.022 0.037 0.064 0.029 0.105 61 C 0.080 0.018 0.135 0.026 0.030 0.382 0.013 0.010 0.023 0.061 0.077 0.080 0.064 62 Q 0.087 0.014 0.157 0.013 0.024 0.281 0.013 0.007 0.024 0.070 0.091 0.077 0.142 63 L 0.053 0.020 0.290 0.007 0.026 0.212 0.007 0.004 0.019 0.095 0.093 0.043 0.131 64 H 0.023 0.038 0.380 0.009 0.029 0.114 0.003 0.002 0.013 0.138 0.127 0.058 0.064 65 D 0.007 0.015 0.328 0.004 0.052 0.114 0.001 0.001 0.006 0.204 0.213 0.014 0.041 66 S 0.003 0.010 0.233 0.003 0.081 0.128 0.001 0.001 0.002 0.197 0.320 0.010 0.013 67 S 0.001 0.009 0.198 0.002 0.075 0.145 0.001 0.001 0.001 0.203 0.352 0.007 0.008 68 N 0.002 0.010 0.321 0.002 0.059 0.158 0.001 0.001 0.002 0.223 0.206 0.005 0.014 69 K 0.003 0.014 0.321 0.001 0.048 0.296 0.001 0.001 0.003 0.171 0.116 0.014 0.013 70 K 0.004 0.025 0.310 0.001 0.040 0.390 0.001 0.001 0.003 0.080 0.114 0.006 0.024 71 F 0.005 0.012 0.236 0.001 0.045 0.532 0.001 0.001 0.003 0.056 0.085 0.011 0.013 72 D 0.004 0.007 0.249 0.001 0.049 0.551 0.001 0.001 0.002 0.045 0.071 0.006 0.014 73 Q 0.005 0.005 0.089 0.001 0.052 0.738 0.001 0.001 0.002 0.033 0.061 0.005 0.008 74 W 0.008 0.005 0.056 0.001 0.037 0.790 0.001 0.001 0.002 0.027 0.060 0.005 0.008 75 Y 0.008 0.008 0.061 0.001 0.034 0.775 0.001 0.001 0.002 0.023 0.070 0.006 0.010 76 K 0.007 0.005 0.064 0.002 0.047 0.737 0.001 0.001 0.002 0.030 0.087 0.007 0.011 77 E 0.006 0.002 0.062 0.003 0.068 0.708 0.001 0.001 0.001 0.038 0.094 0.006 0.013 78 Q 0.007 0.006 0.068 0.002 0.068 0.684 0.001 0.001 0.002 0.040 0.094 0.011 0.017 79 Y 0.009 0.015 0.090 0.003 0.062 0.621 0.003 0.001 0.004 0.039 0.111 0.009 0.034 80 L 0.008 0.013 0.149 0.004 0.070 0.498 0.002 0.001 0.004 0.065 0.140 0.018 0.027 81 S 0.005 0.008 0.177 0.004 0.056 0.337 0.001 0.001 0.003 0.112 0.252 0.018 0.026 82 K 0.002 0.013 0.268 0.004 0.047 0.154 0.001 0.001 0.002 0.212 0.259 0.007 0.030 83 K 0.001 0.023 0.435 0.002 0.022 0.054 0.001 0.001 0.002 0.342 0.086 0.020 0.013 84 P 0.001 0.010 0.764 0.004 0.023 0.019 0.001 0.001 0.002 0.119 0.039 0.006 0.014 85 P 0.001 0.009 0.308 0.010 0.135 0.059 0.001 0.001 0.003 0.129 0.321 0.005 0.020 86 G 0.012 0.021 0.198 0.003 0.135 0.063 0.002 0.003 0.014 0.113 0.362 0.047 0.027 87 I 0.039 0.039 0.397 0.004 0.082 0.059 0.007 0.004 0.029 0.097 0.072 0.017 0.155 88 V 0.072 0.039 0.286 0.017 0.030 0.085 0.012 0.007 0.043 0.091 0.089 0.139 0.088 89 G 0.032 0.022 0.252 0.034 0.044 0.082 0.005 0.006 0.026 0.147 0.219 0.047 0.083 90 N 0.028 0.012 0.301 0.030 0.060 0.068 0.005 0.004 0.020 0.173 0.174 0.043 0.084 91 T 0.091 0.021 0.222 0.011 0.042 0.080 0.020 0.012 0.033 0.095 0.064 0.158 0.151 92 L 0.067 0.052 0.216 0.016 0.032 0.074 0.025 0.009 0.047 0.063 0.054 0.066 0.278 93 L 0.053 0.040 0.258 0.047 0.021 0.077 0.021 0.009 0.028 0.126 0.049 0.159 0.112 94 S 0.009 0.016 0.562 0.011 0.019 0.058 0.002 0.001 0.010 0.122 0.023 0.090 0.078 95 P 0.004 0.016 0.333 0.010 0.114 0.108 0.001 0.001 0.003 0.102 0.202 0.007 0.101 96 S 0.009 0.026 0.272 0.004 0.181 0.098 0.001 0.001 0.003 0.110 0.243 0.034 0.018 97 R 0.006 0.016 0.250 0.001 0.237 0.132 0.001 0.001 0.003 0.192 0.126 0.008 0.027 98 K 0.003 0.010 0.256 0.001 0.138 0.162 0.001 0.001 0.002 0.205 0.196 0.014 0.013 99 D 0.002 0.019 0.357 0.001 0.064 0.113 0.001 0.001 0.002 0.154 0.264 0.006 0.017 100 N 0.001 0.015 0.693 0.001 0.022 0.077 0.001 0.001 0.003 0.060 0.112 0.006 0.011 101 S 0.001 0.002 0.956 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.003