# TARGET YGR206W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR206W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H I M P Q S T Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.002 0.931 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.011 0.004 2 N 0.001 0.018 0.743 0.001 0.015 0.076 0.001 0.001 0.001 0.007 0.072 0.060 0.010 3 N 0.001 0.009 0.349 0.001 0.029 0.189 0.001 0.001 0.001 0.007 0.295 0.109 0.013 4 N 0.001 0.015 0.338 0.001 0.026 0.329 0.001 0.001 0.001 0.004 0.189 0.085 0.011 5 V 0.001 0.003 0.099 0.001 0.024 0.787 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.051 0.003 6 E 0.001 0.002 0.035 0.002 0.027 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.035 0.002 7 E 0.001 0.001 0.040 0.001 0.040 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.031 0.004 8 L 0.001 0.002 0.025 0.001 0.038 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.034 0.003 9 L 0.002 0.003 0.028 0.001 0.101 0.802 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.040 0.004 10 R 0.002 0.003 0.031 0.003 0.100 0.696 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.121 0.007 11 R 0.003 0.003 0.056 0.001 0.091 0.591 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.195 0.014 12 I 0.002 0.013 0.388 0.001 0.024 0.310 0.001 0.001 0.001 0.016 0.176 0.031 0.038 13 P 0.002 0.013 0.500 0.007 0.032 0.247 0.001 0.001 0.002 0.026 0.051 0.067 0.050 14 L 0.007 0.024 0.217 0.003 0.102 0.368 0.001 0.003 0.007 0.033 0.064 0.120 0.050 15 Y 0.016 0.022 0.171 0.007 0.124 0.299 0.001 0.006 0.016 0.033 0.110 0.139 0.056 16 N 0.006 0.010 0.227 0.009 0.140 0.245 0.001 0.003 0.004 0.016 0.133 0.171 0.036 17 K 0.005 0.009 0.162 0.003 0.119 0.251 0.001 0.001 0.002 0.009 0.161 0.242 0.034 18 Y 0.004 0.022 0.187 0.003 0.084 0.152 0.001 0.001 0.002 0.006 0.176 0.337 0.025 19 G 0.004 0.021 0.323 0.005 0.103 0.082 0.001 0.001 0.001 0.005 0.181 0.249 0.026 20 K 0.004 0.014 0.375 0.003 0.081 0.076 0.001 0.001 0.001 0.006 0.207 0.193 0.040 21 D 0.004 0.048 0.350 0.003 0.089 0.083 0.001 0.002 0.001 0.004 0.199 0.168 0.049 22 F 0.002 0.025 0.468 0.004 0.033 0.049 0.001 0.001 0.001 0.003 0.314 0.056 0.046 23 P 0.002 0.009 0.559 0.005 0.052 0.079 0.001 0.001 0.001 0.004 0.109 0.143 0.038 24 Q 0.006 0.011 0.241 0.006 0.144 0.187 0.001 0.001 0.001 0.006 0.141 0.206 0.049 25 E 0.011 0.010 0.213 0.009 0.133 0.220 0.001 0.002 0.001 0.013 0.159 0.129 0.100 26 T 0.023 0.026 0.240 0.010 0.089 0.218 0.001 0.006 0.001 0.033 0.073 0.096 0.184 27 V 0.040 0.025 0.233 0.016 0.052 0.207 0.001 0.009 0.003 0.036 0.069 0.047 0.264 28 T 0.041 0.022 0.238 0.030 0.042 0.177 0.001 0.008 0.005 0.042 0.069 0.053 0.273 29 R 0.050 0.015 0.175 0.017 0.072 0.196 0.001 0.011 0.006 0.032 0.056 0.086 0.285 30 F 0.032 0.014 0.254 0.012 0.042 0.135 0.001 0.008 0.005 0.035 0.108 0.109 0.247 31 Q 0.024 0.036 0.332 0.014 0.036 0.094 0.001 0.010 0.002 0.023 0.124 0.110 0.194 32 M 0.005 0.018 0.537 0.008 0.025 0.044 0.001 0.002 0.001 0.013 0.175 0.036 0.136 33 P 0.004 0.011 0.516 0.012 0.059 0.062 0.001 0.001 0.001 0.012 0.113 0.122 0.088 34 E 0.007 0.013 0.232 0.009 0.149 0.105 0.001 0.002 0.001 0.011 0.131 0.268 0.070 35 F 0.009 0.020 0.303 0.004 0.079 0.105 0.001 0.003 0.001 0.023 0.195 0.113 0.143 36 K 0.008 0.034 0.429 0.006 0.055 0.108 0.001 0.004 0.001 0.026 0.109 0.082 0.137 37 L 0.003 0.020 0.523 0.005 0.032 0.079 0.001 0.001 0.001 0.018 0.154 0.039 0.124 38 P 0.003 0.022 0.583 0.012 0.057 0.072 0.001 0.001 0.001 0.010 0.069 0.078 0.093 39 A 0.005 0.022 0.311 0.004 0.105 0.115 0.001 0.001 0.001 0.012 0.151 0.184 0.088 40 L 0.008 0.023 0.382 0.006 0.059 0.098 0.001 0.002 0.001 0.009 0.218 0.110 0.084 41 Q 0.002 0.011 0.531 0.004 0.034 0.064 0.001 0.001 0.001 0.006 0.231 0.056 0.058 42 P 0.003 0.014 0.430 0.005 0.064 0.142 0.001 0.001 0.001 0.006 0.126 0.154 0.054 43 T 0.004 0.017 0.347 0.005 0.111 0.180 0.001 0.001 0.001 0.008 0.126 0.153 0.048 44 R 0.003 0.014 0.190 0.002 0.163 0.278 0.001 0.001 0.001 0.011 0.156 0.141 0.039 45 D 0.006 0.014 0.251 0.005 0.129 0.306 0.001 0.002 0.002 0.012 0.076 0.147 0.050 46 L 0.009 0.023 0.236 0.002 0.082 0.338 0.001 0.002 0.003 0.018 0.082 0.132 0.072 47 L 0.019 0.031 0.248 0.006 0.047 0.301 0.001 0.004 0.006 0.021 0.111 0.127 0.079 48 C 0.007 0.017 0.419 0.005 0.041 0.254 0.001 0.001 0.002 0.010 0.152 0.039 0.052 49 P 0.008 0.008 0.180 0.004 0.083 0.460 0.001 0.001 0.001 0.006 0.066 0.146 0.035 50 W 0.009 0.009 0.112 0.002 0.108 0.479 0.001 0.001 0.001 0.004 0.083 0.171 0.021 51 Y 0.007 0.017 0.126 0.002 0.126 0.544 0.001 0.001 0.001 0.003 0.078 0.071 0.023 52 E 0.005 0.007 0.107 0.002 0.098 0.526 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 0.179 0.019 53 E 0.005 0.006 0.140 0.001 0.068 0.550 0.001 0.001 0.001 0.004 0.054 0.152 0.019 54 C 0.002 0.010 0.205 0.001 0.055 0.506 0.001 0.001 0.001 0.003 0.101 0.090 0.024 55 D 0.002 0.007 0.146 0.009 0.063 0.402 0.001 0.001 0.001 0.003 0.135 0.214 0.018 56 N 0.005 0.007 0.173 0.003 0.055 0.344 0.001 0.001 0.001 0.004 0.137 0.228 0.041 57 I 0.012 0.021 0.237 0.003 0.050 0.430 0.001 0.003 0.002 0.009 0.075 0.068 0.089 58 T 0.031 0.015 0.171 0.033 0.055 0.452 0.001 0.005 0.005 0.015 0.053 0.049 0.117 59 K 0.040 0.007 0.094 0.024 0.055 0.504 0.001 0.006 0.005 0.024 0.062 0.051 0.128 60 V 0.051 0.009 0.094 0.010 0.043 0.501 0.001 0.008 0.009 0.028 0.042 0.058 0.147 61 C 0.061 0.015 0.156 0.013 0.028 0.382 0.001 0.011 0.010 0.047 0.056 0.040 0.180 62 Q 0.068 0.022 0.211 0.017 0.022 0.265 0.001 0.011 0.010 0.053 0.045 0.058 0.217 63 L 0.046 0.021 0.267 0.007 0.032 0.225 0.001 0.008 0.007 0.030 0.082 0.079 0.196 64 H 0.020 0.018 0.354 0.005 0.032 0.195 0.001 0.003 0.003 0.017 0.126 0.128 0.097 65 D 0.004 0.009 0.361 0.003 0.037 0.172 0.001 0.001 0.001 0.005 0.200 0.182 0.025 66 S 0.002 0.007 0.258 0.001 0.054 0.193 0.001 0.001 0.001 0.003 0.218 0.246 0.017 67 S 0.001 0.007 0.229 0.001 0.057 0.224 0.001 0.001 0.001 0.002 0.169 0.298 0.012 68 N 0.001 0.005 0.248 0.001 0.059 0.312 0.001 0.001 0.001 0.002 0.154 0.206 0.011 69 K 0.002 0.007 0.237 0.001 0.053 0.460 0.001 0.001 0.001 0.002 0.121 0.096 0.018 70 K 0.003 0.017 0.216 0.001 0.058 0.518 0.001 0.001 0.001 0.004 0.065 0.086 0.030 71 F 0.005 0.009 0.171 0.002 0.048 0.615 0.001 0.001 0.001 0.006 0.055 0.059 0.030 72 D 0.004 0.007 0.177 0.004 0.041 0.613 0.001 0.001 0.001 0.006 0.055 0.059 0.031 73 Q 0.005 0.005 0.102 0.003 0.044 0.671 0.001 0.001 0.001 0.005 0.054 0.075 0.034 74 W 0.009 0.008 0.116 0.002 0.033 0.661 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.079 0.043 75 Y 0.012 0.010 0.101 0.002 0.035 0.686 0.001 0.002 0.001 0.004 0.038 0.075 0.033 76 K 0.010 0.005 0.093 0.003 0.041 0.693 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.090 0.026 77 E 0.006 0.003 0.081 0.003 0.054 0.696 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.091 0.022 78 Q 0.005 0.007 0.091 0.001 0.047 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.083 0.026 79 Y 0.006 0.016 0.125 0.002 0.043 0.604 0.001 0.001 0.001 0.002 0.064 0.099 0.037 80 L 0.006 0.014 0.169 0.003 0.058 0.506 0.001 0.001 0.001 0.003 0.067 0.129 0.043 81 S 0.005 0.011 0.279 0.006 0.054 0.234 0.001 0.001 0.001 0.002 0.126 0.218 0.061 82 K 0.002 0.014 0.299 0.004 0.041 0.120 0.001 0.001 0.001 0.002 0.246 0.234 0.036 83 K 0.001 0.015 0.591 0.002 0.014 0.030 0.001 0.001 0.001 0.003 0.276 0.045 0.022 84 P 0.001 0.008 0.789 0.003 0.018 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.116 0.036 0.017 85 P 0.001 0.009 0.426 0.007 0.102 0.029 0.001 0.001 0.001 0.012 0.157 0.234 0.022 86 G 0.006 0.019 0.264 0.007 0.129 0.037 0.001 0.001 0.002 0.031 0.182 0.264 0.058 87 I 0.025 0.065 0.324 0.004 0.080 0.055 0.001 0.010 0.012 0.091 0.097 0.074 0.161 88 V 0.027 0.039 0.338 0.014 0.037 0.074 0.001 0.008 0.014 0.112 0.085 0.066 0.185 89 G 0.015 0.020 0.235 0.038 0.066 0.105 0.001 0.003 0.008 0.054 0.147 0.177 0.134 90 N 0.014 0.012 0.227 0.023 0.072 0.117 0.001 0.003 0.007 0.032 0.194 0.195 0.103 91 T 0.038 0.022 0.287 0.010 0.060 0.130 0.001 0.007 0.008 0.040 0.114 0.101 0.183 92 L 0.056 0.043 0.266 0.009 0.037 0.105 0.001 0.018 0.013 0.040 0.082 0.073 0.258 93 L 0.037 0.046 0.383 0.012 0.025 0.067 0.001 0.016 0.011 0.028 0.125 0.051 0.199 94 S 0.004 0.016 0.646 0.005 0.016 0.035 0.001 0.001 0.001 0.010 0.145 0.024 0.097 95 P 0.002 0.006 0.341 0.004 0.094 0.147 0.001 0.001 0.001 0.002 0.174 0.189 0.039 96 S 0.002 0.012 0.235 0.002 0.132 0.173 0.001 0.001 0.001 0.002 0.161 0.250 0.030 97 R 0.002 0.014 0.277 0.001 0.161 0.195 0.001 0.001 0.001 0.002 0.168 0.144 0.036 98 K 0.001 0.013 0.432 0.001 0.066 0.158 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.138 0.022 99 D 0.001 0.011 0.402 0.001 0.044 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.229 0.016 100 N 0.001 0.014 0.711 0.001 0.018 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.135 0.011 101 S 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001