# TARGET YGR039W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR039W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.004 0.007 0.037 0.166 0.751 2 L 0.170 0.023 0.022 0.129 0.171 0.486 3 F 0.235 0.030 0.028 0.183 0.171 0.353 4 F 0.252 0.026 0.043 0.281 0.218 0.180 5 T 0.125 0.006 0.038 0.441 0.248 0.142 6 G 0.103 0.005 0.033 0.615 0.158 0.086 7 L 0.277 0.010 0.022 0.558 0.076 0.056 8 V 0.479 0.011 0.011 0.427 0.028 0.044 9 I 0.461 0.004 0.011 0.477 0.016 0.032 10 L 0.363 0.004 0.016 0.580 0.018 0.019 11 S 0.221 0.002 0.024 0.687 0.036 0.030 12 Y 0.138 0.001 0.033 0.703 0.072 0.052 13 L 0.115 0.007 0.030 0.700 0.093 0.055 14 L 0.084 0.007 0.030 0.616 0.163 0.100 15 G 0.050 0.004 0.019 0.214 0.404 0.309 16 G 0.039 0.006 0.016 0.075 0.459 0.405 17 K 0.081 0.016 0.028 0.114 0.508 0.252 18 K 0.092 0.007 0.042 0.243 0.427 0.189 19 D 0.221 0.010 0.043 0.233 0.268 0.225 20 W 0.571 0.012 0.025 0.235 0.075 0.081 21 L 0.740 0.005 0.014 0.169 0.026 0.047 22 L 0.799 0.004 0.012 0.139 0.016 0.029 23 I 0.771 0.003 0.017 0.147 0.025 0.036 24 M 0.638 0.004 0.023 0.201 0.056 0.078 25 Y 0.386 0.006 0.035 0.258 0.145 0.169 26 E 0.225 0.009 0.041 0.251 0.230 0.245 27 A 0.080 0.006 0.057 0.357 0.281 0.220 28 S 0.033 0.006 0.072 0.417 0.305 0.168 29 D 0.023 0.005 0.092 0.454 0.274 0.152 30 Y 0.017 0.005 0.064 0.706 0.124 0.085 31 L 0.015 0.002 0.048 0.789 0.087 0.059 32 E 0.010 0.002 0.043 0.830 0.064 0.051 33 F 0.008 0.002 0.030 0.894 0.035 0.031 34 L 0.007 0.002 0.032 0.886 0.039 0.034 35 N 0.004 0.001 0.036 0.863 0.047 0.048 36 R 0.004 0.001 0.035 0.851 0.051 0.058 37 L 0.005 0.002 0.034 0.833 0.063 0.063 38 S 0.008 0.002 0.046 0.796 0.081 0.066 39 S 0.012 0.001 0.044 0.806 0.072 0.065 40 M 0.030 0.002 0.034 0.789 0.072 0.073 41 L 0.061 0.005 0.026 0.773 0.063 0.073 42 F 0.118 0.009 0.025 0.693 0.061 0.094 43 K 0.105 0.004 0.021 0.727 0.049 0.093 44 F 0.089 0.003 0.032 0.736 0.049 0.090 45 E 0.099 0.004 0.036 0.723 0.056 0.082 46 L 0.083 0.004 0.046 0.734 0.056 0.077 47 F 0.105 0.006 0.081 0.653 0.084 0.072 48 E 0.131 0.005 0.102 0.539 0.134 0.088 49 H 0.161 0.007 0.087 0.407 0.189 0.149 50 L 0.158 0.013 0.067 0.366 0.216 0.179 51 S 0.185 0.009 0.067 0.246 0.274 0.218 52 S 0.216 0.004 0.072 0.260 0.254 0.194 53 T 0.431 0.005 0.039 0.206 0.160 0.159 54 F 0.701 0.008 0.014 0.134 0.065 0.078 55 L 0.743 0.005 0.008 0.117 0.053 0.074 56 I 0.736 0.008 0.009 0.108 0.058 0.081 57 F 0.574 0.007 0.015 0.125 0.133 0.147 58 S 0.292 0.007 0.023 0.152 0.311 0.215 59 H 0.095 0.007 0.043 0.228 0.417 0.212 60 S 0.066 0.008 0.039 0.348 0.357 0.182 61 K 0.061 0.005 0.046 0.536 0.244 0.108 62 R 0.074 0.007 0.034 0.647 0.137 0.102 63 A 0.100 0.006 0.024 0.756 0.059 0.054 64 V 0.120 0.003 0.018 0.784 0.035 0.040 65 K 0.160 0.004 0.021 0.737 0.031 0.047 66 L 0.125 0.003 0.022 0.791 0.021 0.038 67 L 0.122 0.002 0.023 0.795 0.023 0.036 68 E 0.144 0.002 0.027 0.767 0.029 0.031 69 I 0.112 0.003 0.025 0.765 0.044 0.051 70 Y 0.131 0.005 0.028 0.648 0.088 0.101 71 R 0.139 0.004 0.031 0.588 0.127 0.110 72 S 0.130 0.004 0.034 0.453 0.223 0.157 73 R 0.134 0.006 0.028 0.347 0.246 0.239 74 H 0.276 0.013 0.022 0.233 0.198 0.257 75 I 0.426 0.011 0.015 0.203 0.150 0.194 76 S 0.439 0.010 0.016 0.193 0.124 0.219 77 I 0.585 0.013 0.022 0.177 0.107 0.096 78 Y 0.571 0.004 0.026 0.181 0.124 0.094 79 N 0.622 0.004 0.027 0.168 0.101 0.079 80 V 0.755 0.006 0.018 0.113 0.060 0.049 81 F 0.811 0.006 0.011 0.090 0.039 0.043 82 L 0.818 0.004 0.012 0.082 0.041 0.044 83 L 0.722 0.010 0.013 0.099 0.083 0.073 84 R 0.455 0.013 0.015 0.101 0.192 0.224 85 H 0.176 0.009 0.018 0.068 0.354 0.376 86 P 0.078 0.007 0.099 0.098 0.496 0.223 87 K 0.086 0.008 0.165 0.108 0.466 0.167 88 Y 0.153 0.015 0.181 0.172 0.333 0.147 89 F 0.278 0.011 0.077 0.173 0.271 0.190 90 Q 0.327 0.011 0.038 0.230 0.195 0.199 91 S 0.476 0.016 0.022 0.195 0.131 0.161 92 V 0.507 0.010 0.017 0.209 0.105 0.151 93 D 0.585 0.007 0.017 0.162 0.076 0.153 94 I 0.604 0.005 0.026 0.243 0.045 0.078 95 A 0.709 0.005 0.016 0.185 0.033 0.051 96 L 0.698 0.003 0.014 0.203 0.032 0.049 97 Y 0.656 0.005 0.012 0.221 0.042 0.065 98 L 0.516 0.010 0.019 0.258 0.080 0.117 99 T 0.464 0.007 0.022 0.202 0.145 0.160 100 R 0.283 0.013 0.049 0.170 0.224 0.261 101 S 0.162 0.022 0.032 0.124 0.203 0.457 102 Q 0.068 0.014 0.019 0.073 0.150 0.676 103 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.973