# TARGET YGR039W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR039W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H I M P Q S T Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.004 0.909 0.002 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.012 0.023 2 L 0.011 0.056 0.547 0.003 0.024 0.064 0.001 0.006 0.006 0.052 0.060 0.042 0.128 3 F 0.034 0.016 0.248 0.009 0.054 0.176 0.001 0.019 0.024 0.105 0.078 0.065 0.172 4 F 0.035 0.018 0.251 0.018 0.060 0.251 0.001 0.017 0.016 0.086 0.063 0.056 0.127 5 T 0.024 0.008 0.186 0.044 0.046 0.287 0.001 0.006 0.013 0.069 0.085 0.118 0.114 6 G 0.034 0.008 0.127 0.056 0.034 0.368 0.001 0.005 0.010 0.052 0.102 0.114 0.089 7 L 0.100 0.016 0.179 0.008 0.010 0.307 0.001 0.021 0.038 0.078 0.030 0.013 0.199 8 V 0.172 0.016 0.059 0.017 0.005 0.384 0.001 0.040 0.069 0.062 0.021 0.009 0.147 9 I 0.183 0.009 0.032 0.031 0.005 0.465 0.001 0.027 0.058 0.036 0.009 0.008 0.137 10 L 0.137 0.003 0.026 0.055 0.011 0.616 0.001 0.016 0.027 0.014 0.011 0.013 0.071 11 S 0.114 0.002 0.022 0.019 0.018 0.704 0.001 0.013 0.011 0.009 0.012 0.015 0.059 12 Y 0.081 0.005 0.023 0.005 0.024 0.743 0.001 0.014 0.003 0.005 0.013 0.029 0.054 13 L 0.057 0.014 0.067 0.004 0.026 0.621 0.001 0.011 0.004 0.007 0.032 0.072 0.083 14 L 0.021 0.010 0.102 0.006 0.019 0.378 0.001 0.005 0.003 0.004 0.095 0.297 0.059 15 G 0.005 0.003 0.118 0.004 0.015 0.135 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.493 0.022 16 G 0.003 0.005 0.268 0.007 0.016 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.415 0.214 0.026 17 K 0.006 0.020 0.392 0.004 0.047 0.059 0.001 0.002 0.001 0.004 0.237 0.137 0.091 18 K 0.011 0.023 0.291 0.009 0.062 0.102 0.001 0.005 0.003 0.014 0.201 0.138 0.141 19 D 0.032 0.016 0.251 0.048 0.046 0.117 0.001 0.010 0.007 0.030 0.160 0.109 0.174 20 W 0.154 0.011 0.129 0.019 0.019 0.171 0.001 0.046 0.024 0.061 0.043 0.030 0.294 21 L 0.344 0.008 0.062 0.020 0.008 0.149 0.001 0.066 0.044 0.045 0.016 0.011 0.228 22 L 0.315 0.005 0.044 0.017 0.011 0.188 0.001 0.059 0.085 0.070 0.010 0.010 0.185 23 I 0.238 0.005 0.050 0.019 0.019 0.296 0.001 0.049 0.088 0.074 0.017 0.019 0.125 24 M 0.226 0.007 0.082 0.016 0.022 0.275 0.002 0.058 0.040 0.085 0.033 0.034 0.120 25 Y 0.146 0.011 0.135 0.015 0.028 0.271 0.002 0.029 0.013 0.057 0.090 0.060 0.143 26 E 0.036 0.013 0.293 0.006 0.029 0.262 0.001 0.006 0.005 0.038 0.093 0.082 0.136 27 A 0.007 0.007 0.207 0.002 0.089 0.473 0.001 0.002 0.001 0.008 0.070 0.096 0.038 28 S 0.001 0.003 0.053 0.001 0.163 0.600 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.110 0.008 29 D 0.001 0.003 0.039 0.001 0.151 0.608 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.137 0.007 30 Y 0.002 0.003 0.060 0.001 0.072 0.755 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.068 0.007 31 L 0.002 0.003 0.034 0.001 0.041 0.845 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.047 0.005 32 E 0.002 0.002 0.036 0.001 0.042 0.835 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.056 0.007 33 F 0.002 0.002 0.031 0.001 0.048 0.849 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.042 0.006 34 L 0.001 0.002 0.033 0.001 0.038 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.039 0.004 35 N 0.002 0.002 0.032 0.001 0.033 0.801 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.093 0.005 36 R 0.002 0.003 0.054 0.001 0.027 0.772 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.096 0.009 37 L 0.003 0.004 0.062 0.001 0.033 0.778 0.001 0.001 0.002 0.003 0.027 0.077 0.008 38 S 0.004 0.003 0.055 0.002 0.042 0.720 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.124 0.008 39 S 0.005 0.002 0.045 0.002 0.063 0.699 0.001 0.001 0.002 0.004 0.037 0.130 0.011 40 M 0.012 0.005 0.056 0.001 0.040 0.744 0.001 0.002 0.006 0.009 0.034 0.067 0.024 41 L 0.035 0.006 0.064 0.005 0.029 0.698 0.001 0.006 0.012 0.014 0.030 0.062 0.040 42 F 0.053 0.005 0.075 0.009 0.021 0.634 0.001 0.007 0.017 0.022 0.036 0.051 0.067 43 K 0.058 0.004 0.080 0.004 0.022 0.631 0.001 0.006 0.011 0.020 0.022 0.057 0.085 44 F 0.071 0.006 0.095 0.009 0.024 0.588 0.001 0.008 0.007 0.017 0.036 0.038 0.101 45 E 0.053 0.009 0.119 0.008 0.027 0.542 0.001 0.006 0.006 0.021 0.044 0.048 0.115 46 L 0.045 0.010 0.090 0.005 0.048 0.574 0.001 0.010 0.005 0.019 0.041 0.065 0.086 47 F 0.040 0.006 0.119 0.014 0.077 0.533 0.001 0.006 0.007 0.012 0.053 0.073 0.059 48 E 0.035 0.005 0.088 0.016 0.099 0.456 0.001 0.006 0.004 0.008 0.079 0.127 0.076 49 H 0.031 0.008 0.136 0.009 0.095 0.359 0.001 0.006 0.005 0.012 0.066 0.165 0.108 50 L 0.028 0.022 0.185 0.012 0.068 0.313 0.001 0.007 0.007 0.016 0.093 0.146 0.103 51 S 0.025 0.014 0.222 0.022 0.057 0.257 0.001 0.004 0.004 0.019 0.104 0.177 0.093 52 S 0.031 0.006 0.126 0.030 0.063 0.274 0.001 0.005 0.005 0.026 0.144 0.197 0.093 53 T 0.074 0.010 0.124 0.026 0.047 0.291 0.001 0.009 0.015 0.050 0.096 0.117 0.142 54 F 0.206 0.013 0.116 0.018 0.017 0.165 0.001 0.037 0.056 0.084 0.037 0.032 0.218 55 L 0.294 0.009 0.069 0.019 0.010 0.132 0.001 0.064 0.100 0.070 0.021 0.021 0.191 56 I 0.307 0.007 0.064 0.011 0.011 0.150 0.001 0.063 0.085 0.067 0.016 0.023 0.195 57 F 0.233 0.010 0.147 0.014 0.012 0.133 0.001 0.037 0.028 0.058 0.042 0.033 0.252 58 S 0.089 0.011 0.275 0.016 0.018 0.121 0.001 0.014 0.006 0.028 0.110 0.082 0.230 59 H 0.022 0.007 0.255 0.008 0.035 0.157 0.001 0.003 0.001 0.010 0.204 0.202 0.096 60 S 0.008 0.008 0.257 0.003 0.052 0.233 0.001 0.002 0.001 0.003 0.196 0.182 0.056 61 K 0.004 0.006 0.133 0.002 0.095 0.418 0.001 0.001 0.001 0.003 0.131 0.174 0.031 62 R 0.006 0.004 0.125 0.003 0.064 0.528 0.001 0.002 0.001 0.005 0.085 0.137 0.041 63 A 0.023 0.009 0.112 0.003 0.048 0.605 0.001 0.006 0.002 0.007 0.036 0.071 0.078 64 V 0.051 0.008 0.110 0.010 0.025 0.595 0.001 0.008 0.004 0.011 0.032 0.038 0.107 65 K 0.062 0.009 0.096 0.013 0.021 0.571 0.001 0.009 0.003 0.016 0.027 0.034 0.140 66 L 0.052 0.006 0.044 0.007 0.026 0.703 0.001 0.008 0.004 0.016 0.013 0.028 0.093 67 L 0.060 0.005 0.053 0.054 0.027 0.661 0.001 0.007 0.008 0.012 0.025 0.027 0.060 68 E 0.056 0.004 0.048 0.009 0.033 0.673 0.001 0.009 0.008 0.020 0.020 0.035 0.085 69 I 0.070 0.007 0.059 0.006 0.025 0.607 0.001 0.011 0.008 0.016 0.031 0.058 0.101 70 Y 0.051 0.008 0.114 0.011 0.021 0.545 0.001 0.009 0.009 0.015 0.043 0.080 0.094 71 R 0.021 0.010 0.130 0.007 0.027 0.498 0.001 0.005 0.003 0.008 0.068 0.141 0.083 72 S 0.011 0.007 0.147 0.013 0.052 0.364 0.001 0.002 0.002 0.006 0.135 0.201 0.061 73 R 0.007 0.005 0.129 0.010 0.052 0.318 0.001 0.001 0.001 0.005 0.182 0.237 0.053 74 H 0.031 0.012 0.220 0.010 0.043 0.259 0.001 0.010 0.004 0.017 0.102 0.159 0.134 75 I 0.070 0.019 0.283 0.014 0.020 0.117 0.001 0.028 0.024 0.046 0.066 0.039 0.272 76 S 0.090 0.019 0.226 0.024 0.020 0.097 0.001 0.028 0.019 0.067 0.049 0.042 0.317 77 I 0.162 0.011 0.088 0.015 0.036 0.222 0.001 0.051 0.019 0.079 0.028 0.046 0.241 78 Y 0.131 0.007 0.100 0.100 0.039 0.231 0.001 0.031 0.023 0.076 0.043 0.055 0.163 79 N 0.114 0.006 0.083 0.073 0.043 0.244 0.001 0.030 0.014 0.084 0.046 0.043 0.218 80 V 0.153 0.009 0.089 0.024 0.027 0.235 0.001 0.036 0.021 0.075 0.031 0.023 0.277 81 F 0.240 0.014 0.062 0.017 0.021 0.198 0.001 0.054 0.032 0.052 0.024 0.023 0.262 82 L 0.201 0.010 0.068 0.020 0.032 0.224 0.001 0.063 0.030 0.059 0.022 0.042 0.228 83 L 0.125 0.015 0.172 0.033 0.026 0.135 0.001 0.034 0.015 0.039 0.064 0.072 0.269 84 R 0.046 0.017 0.222 0.017 0.029 0.106 0.001 0.012 0.004 0.016 0.221 0.122 0.188 85 H 0.004 0.012 0.527 0.005 0.018 0.043 0.001 0.001 0.001 0.007 0.238 0.046 0.099 86 P 0.004 0.008 0.294 0.008 0.190 0.124 0.001 0.001 0.001 0.006 0.105 0.205 0.053 87 K 0.005 0.008 0.100 0.004 0.245 0.143 0.001 0.001 0.001 0.006 0.122 0.328 0.036 88 Y 0.016 0.012 0.137 0.005 0.262 0.197 0.001 0.008 0.002 0.011 0.081 0.190 0.078 89 F 0.025 0.017 0.270 0.007 0.116 0.212 0.001 0.006 0.002 0.019 0.099 0.075 0.152 90 Q 0.025 0.012 0.238 0.057 0.062 0.192 0.001 0.006 0.004 0.018 0.115 0.118 0.152 91 S 0.035 0.010 0.181 0.021 0.059 0.217 0.001 0.010 0.005 0.027 0.087 0.129 0.217 92 V 0.077 0.013 0.203 0.026 0.021 0.175 0.001 0.015 0.013 0.047 0.079 0.039 0.292 93 D 0.105 0.011 0.185 0.040 0.011 0.189 0.001 0.018 0.017 0.055 0.046 0.027 0.296 94 I 0.183 0.009 0.083 0.025 0.017 0.269 0.001 0.037 0.033 0.078 0.021 0.023 0.222 95 A 0.206 0.006 0.076 0.038 0.021 0.240 0.001 0.036 0.070 0.064 0.027 0.020 0.196 96 L 0.180 0.004 0.069 0.025 0.030 0.319 0.001 0.042 0.033 0.062 0.028 0.032 0.176 97 Y 0.165 0.006 0.080 0.022 0.024 0.284 0.001 0.047 0.020 0.054 0.033 0.038 0.227 98 L 0.106 0.014 0.153 0.012 0.020 0.199 0.001 0.029 0.007 0.045 0.054 0.038 0.324 99 T 0.049 0.011 0.296 0.013 0.022 0.161 0.001 0.008 0.002 0.028 0.095 0.054 0.259 100 R 0.023 0.010 0.305 0.004 0.029 0.126 0.001 0.004 0.001 0.011 0.220 0.101 0.167 101 S 0.011 0.017 0.353 0.002 0.032 0.109 0.001 0.002 0.001 0.006 0.189 0.163 0.115 102 Q 0.001 0.021 0.678 0.002 0.018 0.060 0.001 0.002 0.001 0.007 0.046 0.103 0.063 103 T 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.005