# TARGET YGR039W # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR039W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.992 2 L 0.204 0.034 0.009 0.225 0.005 0.033 0.490 3 F 0.271 0.024 0.012 0.251 0.088 0.065 0.289 4 F 0.272 0.011 0.018 0.310 0.050 0.085 0.255 5 T 0.221 0.006 0.024 0.377 0.074 0.117 0.180 6 G 0.183 0.004 0.034 0.560 0.063 0.083 0.073 7 L 0.249 0.005 0.019 0.616 0.028 0.020 0.062 8 V 0.270 0.006 0.015 0.648 0.014 0.015 0.032 9 I 0.204 0.005 0.020 0.714 0.011 0.021 0.025 10 L 0.185 0.003 0.035 0.699 0.013 0.029 0.035 11 S 0.179 0.002 0.072 0.629 0.028 0.046 0.045 12 Y 0.220 0.006 0.088 0.514 0.045 0.070 0.057 13 L 0.203 0.015 0.073 0.446 0.069 0.100 0.094 14 L 0.145 0.011 0.044 0.243 0.141 0.229 0.187 15 G 0.033 0.005 0.023 0.081 0.190 0.472 0.195 16 G 0.027 0.006 0.029 0.056 0.234 0.333 0.314 17 K 0.070 0.015 0.067 0.113 0.177 0.174 0.385 18 K 0.124 0.013 0.082 0.204 0.158 0.191 0.230 19 D 0.246 0.012 0.068 0.219 0.102 0.126 0.226 20 W 0.515 0.013 0.033 0.226 0.045 0.032 0.135 21 L 0.703 0.008 0.016 0.172 0.020 0.015 0.066 22 L 0.778 0.007 0.023 0.129 0.012 0.014 0.037 23 I 0.775 0.005 0.032 0.127 0.013 0.018 0.030 24 M 0.691 0.006 0.035 0.150 0.024 0.030 0.063 25 Y 0.402 0.012 0.063 0.221 0.081 0.064 0.157 26 E 0.218 0.010 0.040 0.201 0.143 0.080 0.308 27 A 0.050 0.007 0.096 0.414 0.090 0.108 0.236 28 S 0.017 0.004 0.117 0.551 0.081 0.148 0.081 29 D 0.012 0.004 0.105 0.602 0.058 0.134 0.083 30 Y 0.010 0.006 0.038 0.818 0.033 0.041 0.055 31 L 0.007 0.003 0.015 0.896 0.017 0.031 0.031 32 E 0.006 0.001 0.020 0.879 0.012 0.059 0.022 33 F 0.004 0.002 0.023 0.867 0.014 0.068 0.021 34 L 0.004 0.002 0.026 0.873 0.015 0.059 0.022 35 N 0.004 0.001 0.032 0.817 0.019 0.107 0.020 36 R 0.004 0.002 0.032 0.784 0.033 0.100 0.046 37 L 0.007 0.004 0.044 0.795 0.028 0.077 0.045 38 S 0.011 0.003 0.059 0.741 0.029 0.113 0.044 39 S 0.018 0.002 0.061 0.727 0.035 0.111 0.048 40 M 0.033 0.002 0.049 0.761 0.027 0.080 0.048 41 L 0.107 0.009 0.027 0.698 0.032 0.059 0.068 42 F 0.141 0.008 0.027 0.649 0.033 0.044 0.098 43 K 0.181 0.005 0.025 0.626 0.031 0.048 0.084 44 F 0.114 0.005 0.032 0.727 0.022 0.040 0.061 45 E 0.112 0.005 0.039 0.719 0.025 0.047 0.053 46 L 0.119 0.005 0.058 0.658 0.033 0.063 0.064 47 F 0.106 0.005 0.087 0.628 0.039 0.063 0.073 48 E 0.123 0.003 0.108 0.519 0.058 0.124 0.065 49 H 0.103 0.006 0.096 0.426 0.077 0.189 0.102 50 L 0.158 0.015 0.062 0.299 0.117 0.153 0.195 51 S 0.195 0.010 0.071 0.188 0.128 0.163 0.245 52 S 0.210 0.006 0.069 0.192 0.170 0.182 0.171 53 T 0.363 0.009 0.049 0.182 0.105 0.112 0.179 54 F 0.642 0.013 0.018 0.131 0.042 0.038 0.117 55 L 0.776 0.010 0.010 0.093 0.019 0.019 0.073 56 I 0.767 0.010 0.012 0.085 0.023 0.024 0.080 57 F 0.632 0.013 0.016 0.090 0.052 0.039 0.159 58 S 0.289 0.013 0.027 0.113 0.131 0.105 0.322 59 H 0.093 0.007 0.042 0.149 0.218 0.194 0.297 60 S 0.056 0.006 0.061 0.225 0.194 0.181 0.278 61 K 0.042 0.006 0.097 0.423 0.123 0.155 0.153 62 R 0.065 0.007 0.067 0.515 0.085 0.118 0.144 63 A 0.113 0.009 0.040 0.596 0.049 0.069 0.125 64 V 0.169 0.007 0.023 0.632 0.035 0.033 0.101 65 K 0.210 0.007 0.023 0.644 0.024 0.028 0.065 66 L 0.177 0.005 0.026 0.711 0.015 0.025 0.041 67 L 0.160 0.003 0.026 0.742 0.014 0.023 0.032 68 E 0.160 0.002 0.030 0.721 0.018 0.033 0.037 69 I 0.122 0.004 0.028 0.709 0.035 0.056 0.046 70 Y 0.141 0.004 0.027 0.632 0.048 0.081 0.067 71 R 0.098 0.004 0.048 0.544 0.071 0.137 0.098 72 S 0.085 0.005 0.059 0.394 0.128 0.182 0.147 73 R 0.100 0.006 0.055 0.275 0.183 0.228 0.152 74 H 0.193 0.017 0.036 0.163 0.141 0.166 0.284 75 I 0.348 0.017 0.020 0.141 0.090 0.053 0.331 76 S 0.522 0.013 0.015 0.113 0.058 0.040 0.239 77 I 0.573 0.010 0.028 0.168 0.044 0.041 0.134 78 Y 0.614 0.010 0.031 0.154 0.044 0.035 0.112 79 N 0.597 0.006 0.039 0.157 0.052 0.027 0.123 80 V 0.659 0.007 0.034 0.161 0.031 0.025 0.084 81 F 0.674 0.010 0.027 0.175 0.024 0.027 0.062 82 L 0.636 0.010 0.032 0.180 0.030 0.039 0.075 83 L 0.481 0.013 0.032 0.172 0.071 0.072 0.159 84 R 0.240 0.019 0.027 0.140 0.199 0.108 0.266 85 H 0.101 0.011 0.016 0.063 0.219 0.051 0.540 86 P 0.017 0.004 0.210 0.206 0.103 0.297 0.163 87 K 0.024 0.004 0.288 0.190 0.091 0.317 0.087 88 Y 0.042 0.010 0.327 0.229 0.076 0.175 0.142 89 F 0.092 0.016 0.131 0.281 0.096 0.122 0.261 90 Q 0.175 0.010 0.084 0.272 0.105 0.137 0.218 91 S 0.277 0.014 0.052 0.282 0.102 0.096 0.177 92 V 0.443 0.012 0.016 0.250 0.062 0.031 0.186 93 D 0.592 0.009 0.012 0.155 0.051 0.023 0.158 94 I 0.637 0.008 0.018 0.231 0.020 0.014 0.072 95 A 0.651 0.005 0.025 0.228 0.015 0.015 0.061 96 L 0.632 0.005 0.037 0.237 0.019 0.021 0.048 97 Y 0.635 0.006 0.031 0.205 0.027 0.024 0.073 98 L 0.543 0.013 0.024 0.191 0.058 0.039 0.133 99 T 0.431 0.008 0.022 0.171 0.092 0.063 0.213 100 R 0.242 0.010 0.024 0.155 0.164 0.113 0.293 101 S 0.157 0.014 0.024 0.124 0.173 0.141 0.367 102 Q 0.057 0.013 0.010 0.047 0.009 0.090 0.774 103 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999