# TARGET YGR038W # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR038W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 T 0.090 0.072 0.005 0.046 0.003 0.012 0.772 3 E 0.120 0.027 0.012 0.055 0.121 0.036 0.629 4 L 0.094 0.016 0.040 0.088 0.127 0.116 0.519 5 D 0.068 0.015 0.040 0.076 0.226 0.107 0.468 6 Y 0.048 0.017 0.049 0.095 0.257 0.146 0.386 7 Q 0.042 0.010 0.032 0.063 0.275 0.219 0.359 8 G 0.037 0.017 0.015 0.039 0.336 0.123 0.433 9 T 0.023 0.036 0.008 0.025 0.147 0.014 0.748 10 A 0.011 0.011 0.269 0.409 0.063 0.124 0.113 11 E 0.008 0.007 0.380 0.306 0.054 0.161 0.082 12 A 0.008 0.012 0.539 0.214 0.046 0.097 0.085 13 A 0.022 0.007 0.283 0.272 0.075 0.202 0.139 14 S 0.022 0.011 0.202 0.236 0.104 0.290 0.136 15 T 0.022 0.015 0.042 0.072 0.419 0.072 0.358 16 S 0.028 0.013 0.023 0.029 0.161 0.151 0.596 17 Y 0.060 0.127 0.021 0.027 0.139 0.060 0.566 18 S 0.038 0.051 0.013 0.011 0.106 0.018 0.763 19 R 0.030 0.010 0.075 0.038 0.182 0.349 0.316 20 N 0.046 0.031 0.104 0.031 0.148 0.368 0.273 21 Q 0.042 0.049 0.144 0.014 0.147 0.127 0.477 22 T 0.055 0.013 0.084 0.015 0.221 0.200 0.412 23 D 0.115 0.019 0.067 0.012 0.308 0.166 0.314 24 L 0.212 0.043 0.020 0.013 0.246 0.035 0.432 25 K 0.337 0.035 0.008 0.011 0.082 0.017 0.510 26 P 0.455 0.046 0.007 0.009 0.055 0.012 0.415 27 F 0.383 0.041 0.011 0.006 0.071 0.012 0.476 28 P 0.184 0.018 0.014 0.007 0.111 0.026 0.639 29 S 0.132 0.043 0.016 0.007 0.133 0.052 0.618 30 A 0.098 0.020 0.039 0.015 0.267 0.134 0.427 31 G 0.075 0.008 0.031 0.010 0.359 0.125 0.391 32 S 0.088 0.057 0.030 0.017 0.231 0.040 0.537 33 A 0.070 0.024 0.144 0.113 0.201 0.141 0.307 34 S 0.066 0.028 0.192 0.106 0.140 0.227 0.240 35 S 0.064 0.022 0.269 0.120 0.154 0.210 0.161 36 S 0.109 0.019 0.121 0.118 0.188 0.219 0.227 37 I 0.188 0.026 0.053 0.069 0.169 0.149 0.347 38 K 0.346 0.036 0.026 0.035 0.092 0.122 0.342 39 T 0.337 0.068 0.019 0.032 0.081 0.053 0.410 40 T 0.289 0.030 0.010 0.013 0.209 0.038 0.410 41 E 0.179 0.010 0.003 0.007 0.373 0.014 0.415 42 P 0.232 0.073 0.002 0.004 0.077 0.012 0.599 43 V 0.252 0.061 0.004 0.004 0.059 0.018 0.603 44 K 0.132 0.039 0.012 0.007 0.323 0.068 0.418 45 D 0.047 0.022 0.027 0.020 0.259 0.079 0.547 46 H 0.016 0.013 0.169 0.075 0.134 0.363 0.230 47 R 0.034 0.009 0.142 0.072 0.174 0.409 0.160 48 R 0.085 0.024 0.158 0.070 0.234 0.242 0.186 49 R 0.116 0.041 0.034 0.044 0.275 0.072 0.418 50 R 0.158 0.045 0.034 0.029 0.182 0.102 0.450 51 S 0.311 0.027 0.026 0.019 0.188 0.084 0.346 52 S 0.445 0.016 0.032 0.016 0.136 0.086 0.269 53 S 0.502 0.014 0.023 0.016 0.086 0.060 0.300 54 I 0.646 0.017 0.021 0.022 0.065 0.044 0.185 55 I 0.692 0.027 0.011 0.022 0.046 0.023 0.179 56 S 0.509 0.012 0.015 0.021 0.054 0.025 0.364 57 H 0.423 0.021 0.019 0.015 0.094 0.075 0.353 58 V 0.224 0.037 0.012 0.013 0.267 0.062 0.386 59 E 0.115 0.015 0.003 0.004 0.250 0.016 0.597 60 P 0.041 0.007 0.097 0.104 0.256 0.165 0.329 61 E 0.046 0.023 0.167 0.130 0.186 0.152 0.295 62 T 0.049 0.030 0.158 0.169 0.085 0.067 0.442 63 F 0.026 0.012 0.168 0.399 0.071 0.097 0.227 64 E 0.015 0.006 0.130 0.331 0.085 0.292 0.141 65 D 0.013 0.013 0.123 0.301 0.113 0.234 0.203 66 E 0.009 0.008 0.142 0.381 0.131 0.121 0.208 67 N 0.021 0.007 0.178 0.298 0.100 0.278 0.118 68 D 0.027 0.008 0.168 0.239 0.098 0.307 0.152 69 Q 0.040 0.019 0.078 0.195 0.229 0.149 0.290 70 Q 0.065 0.017 0.043 0.132 0.155 0.199 0.388 71 L 0.065 0.021 0.020 0.062 0.214 0.089 0.529 72 L 0.085 0.031 0.015 0.044 0.157 0.056 0.612 73 P 0.079 0.040 0.017 0.039 0.106 0.037 0.682 74 N 0.046 0.021 0.026 0.033 0.094 0.043 0.737 75 M 0.038 0.010 0.109 0.081 0.156 0.328 0.278 76 N 0.048 0.011 0.120 0.102 0.145 0.379 0.195 77 A 0.072 0.018 0.072 0.155 0.184 0.087 0.412 78 T 0.185 0.023 0.046 0.200 0.170 0.070 0.305 79 W 0.224 0.026 0.051 0.294 0.073 0.100 0.233 80 V 0.165 0.037 0.047 0.409 0.069 0.094 0.179 81 D 0.048 0.013 0.038 0.521 0.102 0.112 0.166 82 Q 0.021 0.006 0.024 0.588 0.091 0.135 0.135 83 R 0.002 0.001 0.010 0.683 0.034 0.238 0.031 84 G 0.002 0.001 0.003 0.705 0.052 0.199 0.038 85 A 0.001 0.001 0.001 0.954 0.010 0.010 0.023 86 W 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 87 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 88 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 89 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 91 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 94 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 97 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 98 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.007 0.001 99 F 0.001 0.001 0.006 0.982 0.002 0.008 0.002 100 Y 0.001 0.001 0.037 0.929 0.002 0.029 0.002 101 N 0.001 0.001 0.040 0.736 0.006 0.214 0.002 102 L 0.002 0.002 0.065 0.593 0.018 0.305 0.016 103 F 0.012 0.020 0.037 0.085 0.467 0.082 0.298 104 P 0.006 0.004 0.033 0.014 0.150 0.666 0.128 105 G 0.009 0.006 0.024 0.003 0.093 0.781 0.084 106 V 0.078 0.061 0.013 0.006 0.103 0.059 0.680 107 T 0.080 0.026 0.009 0.006 0.162 0.046 0.671 108 T 0.023 0.008 0.030 0.104 0.432 0.241 0.163 109 E 0.057 0.016 0.047 0.211 0.118 0.295 0.256 110 W 0.123 0.014 0.024 0.557 0.042 0.060 0.179 111 S 0.136 0.007 0.006 0.734 0.017 0.014 0.086 112 W 0.039 0.003 0.006 0.891 0.009 0.008 0.044 113 T 0.011 0.001 0.004 0.959 0.005 0.007 0.012 114 L 0.004 0.001 0.002 0.974 0.003 0.008 0.009 115 T 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.003 0.003 116 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 117 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 119 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 120 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 121 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 122 G 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 123 S 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.011 0.001 124 Y 0.003 0.001 0.005 0.970 0.002 0.017 0.002 125 V 0.006 0.001 0.011 0.950 0.003 0.027 0.003 126 M 0.015 0.001 0.032 0.886 0.008 0.046 0.012 127 F 0.038 0.002 0.100 0.707 0.019 0.111 0.024 128 H 0.109 0.011 0.119 0.510 0.050 0.141 0.060 129 L 0.135 0.038 0.091 0.328 0.087 0.141 0.182 130 I 0.172 0.044 0.041 0.103 0.163 0.151 0.327 131 K 0.129 0.017 0.031 0.037 0.191 0.304 0.292 132 G 0.060 0.015 0.029 0.019 0.316 0.251 0.310 133 T 0.053 0.039 0.019 0.014 0.284 0.061 0.530 134 P 0.055 0.027 0.028 0.014 0.277 0.132 0.467 135 F 0.059 0.067 0.044 0.025 0.237 0.172 0.395 136 D 0.046 0.057 0.053 0.018 0.167 0.135 0.523 137 F 0.029 0.022 0.058 0.015 0.228 0.347 0.300 138 N 0.021 0.025 0.046 0.013 0.244 0.445 0.206 139 G 0.014 0.017 0.037 0.017 0.439 0.244 0.232 140 G 0.030 0.020 0.040 0.034 0.297 0.109 0.470 141 A 0.038 0.023 0.163 0.162 0.150 0.272 0.192 142 Y 0.050 0.022 0.178 0.154 0.121 0.240 0.234 143 D 0.076 0.013 0.129 0.147 0.144 0.208 0.282 144 N 0.201 0.016 0.058 0.153 0.153 0.161 0.259 145 L 0.377 0.027 0.018 0.121 0.103 0.039 0.314 146 T 0.519 0.046 0.007 0.129 0.040 0.017 0.242 147 M 0.249 0.010 0.043 0.517 0.043 0.029 0.110 148 W 0.245 0.003 0.085 0.535 0.029 0.034 0.067 149 E 0.228 0.003 0.083 0.568 0.028 0.036 0.053 150 Q 0.256 0.006 0.053 0.546 0.035 0.034 0.070 151 I 0.238 0.016 0.047 0.480 0.048 0.050 0.121 152 D 0.116 0.012 0.137 0.436 0.048 0.096 0.155 153 D 0.002 0.001 0.060 0.163 0.017 0.754 0.004 154 E 0.001 0.001 0.019 0.045 0.007 0.926 0.002 155 T 0.051 0.015 0.027 0.099 0.104 0.487 0.218 156 L 0.144 0.033 0.008 0.037 0.158 0.137 0.483 157 Y 0.227 0.080 0.008 0.031 0.259 0.072 0.322 158 T 0.106 0.014 0.003 0.012 0.136 0.020 0.709 159 P 0.035 0.004 0.088 0.193 0.145 0.356 0.179 160 S 0.021 0.008 0.097 0.388 0.116 0.301 0.069 161 R 0.029 0.005 0.118 0.649 0.048 0.073 0.078 162 K 0.020 0.002 0.050 0.831 0.019 0.036 0.042 163 F 0.019 0.002 0.020 0.894 0.009 0.030 0.025 164 L 0.007 0.001 0.011 0.956 0.004 0.012 0.009 165 I 0.004 0.001 0.004 0.971 0.004 0.009 0.007 166 S 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.004 0.002 167 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.002 0.004 168 P 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 169 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 170 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 171 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 172 F 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.001 173 L 0.003 0.001 0.014 0.966 0.001 0.015 0.001 174 V 0.004 0.001 0.018 0.943 0.003 0.028 0.003 175 S 0.007 0.001 0.023 0.908 0.008 0.044 0.009 176 T 0.015 0.001 0.029 0.851 0.012 0.078 0.014 177 H 0.017 0.003 0.023 0.846 0.015 0.075 0.021 178 Y 0.019 0.003 0.022 0.853 0.021 0.061 0.020 179 A 0.036 0.003 0.025 0.805 0.025 0.078 0.029 180 H 0.064 0.003 0.025 0.656 0.044 0.154 0.054 181 Y 0.028 0.004 0.017 0.569 0.066 0.271 0.045 182 D 0.040 0.007 0.010 0.393 0.137 0.218 0.194 183 L 0.007 0.001 0.019 0.859 0.022 0.064 0.028 184 K 0.005 0.001 0.017 0.918 0.010 0.040 0.010 185 L 0.006 0.001 0.018 0.936 0.007 0.025 0.007 186 F 0.006 0.001 0.010 0.953 0.005 0.018 0.006 187 S 0.005 0.001 0.004 0.968 0.003 0.012 0.008 188 W 0.002 0.001 0.005 0.977 0.003 0.010 0.003 189 N 0.001 0.001 0.003 0.974 0.004 0.014 0.003 190 C 0.002 0.001 0.002 0.982 0.002 0.008 0.003 191 F 0.002 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.002 192 L 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.006 0.001 193 T 0.003 0.001 0.003 0.980 0.001 0.011 0.001 194 T 0.008 0.001 0.005 0.971 0.002 0.011 0.002 195 F 0.015 0.001 0.006 0.964 0.002 0.008 0.004 196 G 0.019 0.001 0.014 0.939 0.004 0.020 0.004 197 A 0.042 0.001 0.017 0.858 0.011 0.057 0.014 198 V 0.056 0.004 0.021 0.797 0.022 0.059 0.041 199 V 0.099 0.013 0.043 0.643 0.043 0.059 0.100 200 P 0.075 0.003 0.053 0.384 0.091 0.225 0.169 201 K 0.065 0.019 0.055 0.200 0.154 0.309 0.198 202 L 0.045 0.055 0.038 0.187 0.279 0.084 0.312 203 P 0.007 0.003 0.172 0.149 0.108 0.409 0.151 204 V 0.005 0.001 0.199 0.077 0.077 0.596 0.045 205 T 0.025 0.013 0.302 0.064 0.062 0.424 0.110 206 H 0.085 0.018 0.131 0.047 0.119 0.281 0.319 207 R 0.170 0.009 0.064 0.038 0.197 0.295 0.227 208 L 0.429 0.021 0.048 0.037 0.127 0.119 0.220 209 R 0.691 0.037 0.013 0.018 0.042 0.033 0.167 210 I 0.778 0.028 0.004 0.011 0.015 0.013 0.151 211 S 0.695 0.016 0.006 0.011 0.045 0.029 0.199 212 I 0.573 0.031 0.011 0.016 0.082 0.071 0.216 213 P 0.198 0.028 0.026 0.017 0.159 0.263 0.310 214 G 0.081 0.027 0.046 0.015 0.243 0.358 0.231 215 I 0.116 0.060 0.055 0.017 0.224 0.244 0.284 216 T 0.127 0.043 0.041 0.021 0.307 0.169 0.292 217 G 0.138 0.027 0.037 0.065 0.358 0.113 0.261 218 R 0.188 0.015 0.078 0.184 0.207 0.111 0.217 219 A 0.370 0.026 0.069 0.168 0.096 0.064 0.206 220 Q 0.445 0.045 0.039 0.107 0.073 0.050 0.241 221 I 0.232 0.048 0.017 0.061 0.014 0.060 0.568 222 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995