# This file is the result of combining several RDB files, specifically # YGR038C-A.t2k.dssp-ebghstl.rdb (weight 1.53986) # YGR038C-A.t2k.stride-ebghtl.rdb (weight 1.24869) # YGR038C-A.t2k.str2.rdb (weight 1.54758) # YGR038C-A.t2k.alpha.rdb (weight 0.659012) # These files were combined by translating their predictions into EHL # predictions with tables generated by compare-real, and then combining # those predictions with weights proportional to their mutual information # with the EHL alphabet. The comments from the individual files follow. # # Comments from YGR038C-A.t2k.dssp-ebghstl.rdb # ============================================ # TARGET YGR038C-A # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR038C-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # # ============================================ # Comments from YGR038C-A.t2k.stride-ebghtl.rdb # ============================================ # TARGET YGR038C-A # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR038C-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # # ============================================ # Comments from YGR038C-A.t2k.str2.rdb # ============================================ # TARGET YGR038C-A # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR038C-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # # ============================================ # Comments from YGR038C-A.t2k.alpha.rdb # ============================================ # TARGET YGR038C-A # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR038C-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # # ============================================ Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.1878 0.1705 0.6418 2 E 0.2213 0.4503 0.3285 3 S 0.2307 0.4749 0.2943 4 Q 0.2241 0.5087 0.2672 5 Q 0.2442 0.4755 0.2803 6 L 0.2063 0.4549 0.3389 7 S 0.1703 0.3671 0.4626 8 Q 0.1436 0.2898 0.5666 9 H 0.1354 0.0996 0.7650 10 S 0.0993 0.0483 0.8525 11 H 0.0941 0.1197 0.7862 12 I 0.1390 0.1562 0.7049 13 S 0.1704 0.1478 0.6818 14 H 0.1869 0.1078 0.7053 15 G 0.2331 0.0714 0.6955 16 S 0.3774 0.0737 0.5490 17 A 0.4947 0.0820 0.4234 18 C 0.6775 0.0642 0.2583 19 A 0.7461 0.0518 0.2020 20 S 0.7898 0.0355 0.1748 21 V 0.6988 0.0524 0.2487 22 T 0.5117 0.0568 0.4316 23 S 0.2593 0.1421 0.5985 24 K 0.1616 0.2623 0.5762 25 E 0.2173 0.2371 0.5457 26 V 0.2231 0.1453 0.6316 27 H 0.2044 0.0791 0.7165 28 T 0.1535 0.0941 0.7524 29 N 0.1311 0.0857 0.7831 30 Q 0.1467 0.0707 0.7826 31 D 0.1188 0.0379 0.8433 32 P 0.0964 0.2114 0.6922 33 L 0.1873 0.2116 0.6011 34 D 0.3259 0.1920 0.4822 35 V 0.3724 0.1181 0.5095 36 S 0.3195 0.0823 0.5982 37 A 0.1561 0.3991 0.4448 38 S 0.1082 0.3886 0.5031 39 K 0.1118 0.3636 0.5246 40 I 0.1090 0.4090 0.4820 41 Q 0.1001 0.4461 0.4538 42 E 0.1579 0.4682 0.3739 43 Y 0.1701 0.4408 0.3892 44 D 0.1560 0.3513 0.4928 45 K 0.0965 0.3247 0.5789 46 A 0.1043 0.2104 0.6853 47 S 0.1378 0.1395 0.7227 48 T 0.1698 0.1249 0.7053 49 K 0.2338 0.1473 0.6189 50 A 0.1554 0.1751 0.6695 51 N 0.1177 0.1332 0.7492 52 S 0.1275 0.0982 0.7743 53 Q 0.1727 0.0777 0.7496 54 Q 0.1513 0.0717 0.7770 55 T 0.1393 0.0652 0.7955 56 T 0.1476 0.0589 0.7936 57 T 0.1339 0.0301 0.8360 58 P 0.1586 0.0715 0.7699 59 A 0.1832 0.1243 0.6925 60 S 0.2092 0.1672 0.6236 61 S 0.2428 0.1356 0.6216 62 A 0.3137 0.0977 0.5886 63 V 0.3355 0.0605 0.6040 64 P 0.1979 0.0616 0.7405 65 E 0.1703 0.1024 0.7273 66 N 0.1514 0.0587 0.7899 67 P 0.0723 0.1089 0.8188 68 H 0.1133 0.0785 0.8082 69 H 0.2223 0.0762 0.7015 70 A 0.1725 0.0684 0.7591 71 S 0.1440 0.0515 0.8045 72 P 0.1005 0.1442 0.7553 73 Q 0.0908 0.1514 0.7578 74 P 0.0881 0.2395 0.6724 75 A 0.0832 0.2111 0.7057 76 S 0.1132 0.1239 0.7629 77 V 0.0848 0.0403 0.8750 78 P 0.0997 0.0339 0.8664 79 P 0.1220 0.0420 0.8360 80 P 0.0725 0.0912 0.8363 81 Q 0.0720 0.1175 0.8105 82 N 0.0867 0.0976 0.8157 83 G 0.0683 0.0763 0.8555 84 P 0.0684 0.2228 0.7088 85 Y 0.0715 0.3747 0.5537 86 P 0.0548 0.4779 0.4673 87 Q 0.0723 0.4583 0.4694 88 Q 0.1014 0.3631 0.5355 89 C 0.1305 0.2288 0.6407 90 M 0.1719 0.1283 0.6998 91 M 0.1967 0.0858 0.7175 92 T 0.1527 0.0641 0.7832 93 Q 0.0825 0.1779 0.7397 94 N 0.0666 0.2042 0.7291 95 Q 0.0943 0.2063 0.6994 96 A 0.1806 0.1671 0.6523 97 N 0.1074 0.1070 0.7856 98 P 0.0426 0.1921 0.7653 99 S 0.0510 0.1306 0.8184 100 G 0.0533 0.1256 0.8211 101 W 0.1287 0.0980 0.7733 102 S 0.1689 0.1510 0.6801 103 F 0.1639 0.1908 0.6453 104 Y 0.1647 0.1734 0.6619 105 G 0.1799 0.1152 0.7048 106 H 0.1514 0.0578 0.7909 107 P 0.1196 0.0883 0.7920 108 S 0.1204 0.1068 0.7728 109 M 0.1408 0.1020 0.7572 110 I 0.1088 0.0674 0.8238 111 P 0.0896 0.0671 0.8434 112 Y 0.1158 0.0405 0.8437 113 T 0.1061 0.0383 0.8556 114 P 0.0389 0.4007 0.5604 115 Y 0.0481 0.3883 0.5636 116 Q 0.1248 0.4009 0.4743 117 M 0.2105 0.2075 0.5821 118 S 0.1560 0.1221 0.7219 119 P 0.0892 0.2755 0.6353 120 M 0.1107 0.3047 0.5846 121 Y 0.1697 0.2445 0.5858 122 F 0.1957 0.0903 0.7140 123 P 0.1018 0.0370 0.8611 124 P 0.0805 0.0909 0.8286 125 G 0.0653 0.1168 0.8179 126 P 0.0558 0.1727 0.7715 127 Q 0.0724 0.1215 0.8061 128 S 0.1210 0.0569 0.8221 129 Q 0.1575 0.0501 0.7924 130 F 0.1794 0.0480 0.7726 131 P 0.1142 0.0788 0.8069 132 Q 0.1492 0.1004 0.7504 133 Y 0.2396 0.0798 0.6806 134 P 0.2789 0.0986 0.6225 135 S 0.1503 0.1106 0.7390 136 S 0.1033 0.1287 0.7680 137 V 0.0934 0.0800 0.8266 138 G 0.0901 0.0345 0.8754 139 T 0.1567 0.0264 0.8169 140 P 0.3370 0.0275 0.6356 141 L 0.2337 0.0313 0.7350 142 S 0.2672 0.0427 0.6901 143 T 0.2261 0.0380 0.7358 144 P 0.1876 0.0624 0.7500 145 S 0.1786 0.0382 0.7833 146 P 0.1107 0.1247 0.7646 147 E 0.1144 0.1187 0.7669 148 S 0.1480 0.1133 0.7387 149 G 0.1375 0.1119 0.7506 150 N 0.1456 0.0887 0.7657 151 T 0.1135 0.1335 0.7530 152 F 0.1159 0.1198 0.7643 153 T 0.1114 0.1075 0.7811 154 D 0.1150 0.0732 0.8118 155 S 0.1309 0.1436 0.7254 156 S 0.1051 0.2524 0.6425 157 S 0.1471 0.2471 0.6058 158 A 0.1837 0.1647 0.6517 159 D 0.1522 0.1401 0.7076 160 S 0.0865 0.2758 0.6377 161 D 0.0745 0.2261 0.6994 162 M 0.1355 0.2060 0.6585 163 T 0.2121 0.1232 0.6647 164 S 0.1871 0.1259 0.6871 165 T 0.1656 0.0894 0.7450 166 K 0.1084 0.1240 0.7676 167 K 0.1602 0.1287 0.7112 168 Y 0.2859 0.0859 0.6282 169 V 0.3072 0.0461 0.6467 170 R 0.1826 0.0235 0.7939 171 P 0.1534 0.0237 0.8229 172 P 0.1168 0.0674 0.8158 173 P 0.1290 0.1369 0.7342 174 M 0.2515 0.1839 0.5646 175 L 0.2448 0.1058 0.6494 176 T 0.1776 0.0673 0.7551 177 S 0.0985 0.0326 0.8689 178 P 0.0248 0.3443 0.6309 179 N 0.0202 0.3520 0.6279 180 D 0.0332 0.3858 0.5810 181 F 0.0237 0.7050 0.2712 182 P 0.0065 0.9013 0.0922 183 N 0.0062 0.9343 0.0595 184 W 0.0053 0.9510 0.0436 185 V 0.0047 0.9580 0.0372 186 K 0.0047 0.9602 0.0351 187 T 0.0047 0.9600 0.0354 188 Y 0.0047 0.9595 0.0358 189 I 0.0047 0.9591 0.0362 190 K 0.0047 0.9566 0.0387 191 F 0.0047 0.9494 0.0459 192 L 0.0049 0.9323 0.0628 193 Q 0.0061 0.8474 0.1465 194 N 0.0086 0.6573 0.3341 195 S 0.0284 0.3525 0.6191 196 N 0.0474 0.1545 0.7981 197 L 0.0596 0.2657 0.6747 198 G 0.0349 0.4067 0.5585 199 G 0.0750 0.3744 0.5505 200 I 0.2191 0.1694 0.6116 201 I 0.3040 0.0397 0.6563 202 P 0.2219 0.0274 0.7507 203 T 0.0836 0.0877 0.8288 204 V 0.0343 0.1589 0.8068 205 N 0.0525 0.0727 0.8748 206 G 0.0448 0.0556 0.8996 207 K 0.1893 0.0356 0.7751 208 P 0.3798 0.0371 0.5831 209 V 0.2292 0.0733 0.6975 210 R 0.2037 0.0818 0.7145 211 Q 0.1766 0.0610 0.7623 212 I 0.1329 0.0617 0.8054 213 T 0.0688 0.0678 0.8635 214 D 0.0097 0.8365 0.1538 215 D 0.0061 0.8870 0.1069 216 E 0.0055 0.9310 0.0636 217 L 0.0050 0.9450 0.0500 218 T 0.0053 0.9404 0.0543 219 F 0.0056 0.9393 0.0550 220 L 0.0052 0.9460 0.0488 221 Y 0.0051 0.9434 0.0514 222 N 0.0056 0.9350 0.0593 223 T 0.0055 0.9286 0.0659 224 F 0.0113 0.9152 0.0736 225 Q 0.0146 0.8922 0.0932 226 I 0.0191 0.8090 0.1719 227 F 0.0426 0.6503 0.3070 228 A 0.0761 0.1954 0.7286 229 P 0.0630 0.1486 0.7884 230 S 0.0115 0.6638 0.3247 231 Q 0.0159 0.6840 0.3001 232 F 0.0325 0.6332 0.3343 233 L 0.0618 0.3548 0.5834 234 P 0.0161 0.8022 0.1817 235 T 0.0077 0.9002 0.0921 236 W 0.0078 0.9045 0.0877 237 V 0.0088 0.9136 0.0776 238 K 0.0080 0.9097 0.0823 239 D 0.0098 0.8652 0.1251 240 I 0.0114 0.7906 0.1981 241 L 0.0275 0.6465 0.3261 242 S 0.0377 0.4459 0.5164 243 V 0.0539 0.3354 0.6107 244 D 0.0661 0.2251 0.7088 245 Y 0.0071 0.9200 0.0729 246 T 0.0049 0.9514 0.0437 247 D 0.0050 0.9541 0.0409 248 I 0.0047 0.9572 0.0380 249 M 0.0047 0.9587 0.0366 250 K 0.0047 0.9570 0.0383 251 I 0.0048 0.9526 0.0426 252 L 0.0049 0.9518 0.0434 253 S 0.0049 0.9447 0.0504 254 K 0.0059 0.9228 0.0713 255 S 0.0063 0.9123 0.0815 256 I 0.0094 0.8873 0.1034 257 E 0.0107 0.8589 0.1304 258 K 0.0159 0.8118 0.1723 259 M 0.0486 0.6705 0.2808 260 Q 0.0596 0.5025 0.4379 261 S 0.0527 0.3289 0.6184 262 D 0.0341 0.2415 0.7244 263 T 0.0317 0.2150 0.7533 264 Q 0.0498 0.2069 0.7433 265 E 0.0237 0.6852 0.2912 266 A 0.0128 0.8495 0.1377 267 N 0.0146 0.8851 0.1003 268 D 0.0161 0.9018 0.0822 269 I 0.0192 0.9217 0.0591 270 V 0.0302 0.9090 0.0607 271 T 0.0267 0.8952 0.0782 272 L 0.0195 0.8873 0.0931 273 A 0.0288 0.7789 0.1923 274 N 0.0425 0.4730 0.4845 275 L 0.1529 0.2650 0.5821 276 Q 0.3067 0.1457 0.5476 277 Y 0.3083 0.0966 0.5951 278 N 0.1306 0.0712 0.7982 279 G 0.0866 0.0817 0.8317 280 S 0.1808 0.0710 0.7482 281 T 0.2510 0.0433 0.7057 282 P 0.1330 0.0404 0.8267 283 A 0.0249 0.6796 0.2956 284 D 0.0079 0.8692 0.1229 285 A 0.0069 0.8986 0.0945 286 F 0.0059 0.9290 0.0651 287 E 0.0057 0.9470 0.0473 288 T 0.0063 0.9506 0.0432 289 K 0.0062 0.9476 0.0462 290 V 0.0063 0.9483 0.0454 291 T 0.0058 0.9486 0.0456 292 N 0.0053 0.9444 0.0503 293 I 0.0050 0.9492 0.0458 294 I 0.0058 0.9484 0.0458 295 D 0.0057 0.9366 0.0577 296 R 0.0085 0.9247 0.0668 297 L 0.0112 0.9053 0.0834 298 N 0.0112 0.8621 0.1267 299 N 0.0173 0.7234 0.2593 300 N 0.0469 0.3104 0.6427 301 G 0.0432 0.0367 0.9201 302 I 0.1031 0.0143 0.8827 303 H 0.1572 0.0194 0.8233 304 I 0.0790 0.5076 0.4133 305 N 0.0512 0.5394 0.4094 306 N 0.0308 0.6997 0.2694 307 K 0.0748 0.7955 0.1298 308 V 0.1216 0.7846 0.0938 309 A 0.0655 0.8614 0.0731 310 C 0.0530 0.8803 0.0667 311 Q 0.0442 0.8960 0.0598 312 L 0.0338 0.8991 0.0671 313 I 0.0257 0.8905 0.0838 314 M 0.0277 0.8537 0.1186 315 R 0.0306 0.6975 0.2720 316 G 0.0366 0.3898 0.5736 317 L 0.0651 0.1207 0.8142 318 S 0.0499 0.1383 0.8118 319 G 0.0469 0.1863 0.7668 320 E 0.1054 0.2435 0.6511 321 Y 0.3107 0.2163 0.4730 322 K 0.4266 0.2664 0.3071 323 F 0.4222 0.3258 0.2520 324 L 0.3118 0.4393 0.2489 325 R 0.2984 0.4447 0.2569 326 Y 0.2245 0.5027 0.2728 327 T 0.2202 0.3864 0.3934 328 R 0.2333 0.2926 0.4740 329 H 0.2309 0.2348 0.5343 330 R 0.2776 0.2168 0.5056 331 H 0.3475 0.1715 0.4810 332 L 0.4489 0.1275 0.4236 333 N 0.5083 0.0679 0.4238 334 M 0.5610 0.0440 0.3950 335 T 0.4482 0.0635 0.4882 336 V 0.0183 0.8772 0.1046 337 A 0.0061 0.9183 0.0756 338 E 0.0056 0.9260 0.0684 339 L 0.0052 0.9283 0.0665 340 F 0.0054 0.9325 0.0621 341 L 0.0060 0.9255 0.0685 342 D 0.0051 0.9359 0.0590 343 I 0.0057 0.9389 0.0554 344 H 0.0057 0.9352 0.0591 345 A 0.0060 0.9256 0.0683 346 I 0.0077 0.9068 0.0855 347 Y 0.0133 0.8823 0.1044 348 E 0.0110 0.8765 0.1125 349 E 0.0115 0.8599 0.1286 350 Q 0.0193 0.8203 0.1604 351 Q 0.0299 0.7722 0.1979 352 G 0.0353 0.7351 0.2296 353 S 0.0501 0.5972 0.3526 354 R 0.0592 0.4319 0.5088 355 N 0.0724 0.2621 0.6656 356 S 0.0801 0.1482 0.7717 357 K 0.0833 0.1061 0.8106 358 P 0.0867 0.1433 0.7699 359 N 0.0859 0.1841 0.7300 360 Y 0.0909 0.1836 0.7254 361 R 0.1107 0.1279 0.7614 362 R 0.1158 0.1197 0.7646 363 N 0.1065 0.0679 0.8257 364 P 0.0728 0.2446 0.6825 365 S 0.0634 0.2785 0.6581 366 D 0.0777 0.3218 0.6006 367 E 0.1108 0.2476 0.6416 368 K 0.1305 0.1817 0.6878 369 N 0.1184 0.1404 0.7413 370 D 0.1354 0.1185 0.7461 371 S 0.1522 0.1001 0.7478 372 R 0.2219 0.1153 0.6629 373 S 0.2837 0.1084 0.6079 374 Y 0.2620 0.0956 0.6423 375 T 0.2051 0.0980 0.6968 376 N 0.2036 0.0925 0.7039 377 T 0.2610 0.0998 0.6392 378 T 0.3210 0.0918 0.5873 379 K 0.3752 0.0678 0.5570 380 P 0.4691 0.0752 0.4558 381 K 0.6531 0.0528 0.2941 382 V 0.7829 0.0285 0.1886 383 I 0.7213 0.0307 0.2480 384 A 0.5454 0.0343 0.4203 385 R 0.2794 0.0845 0.6361 386 N 0.1839 0.1114 0.7046 387 P 0.1706 0.1405 0.6889 388 Q 0.2247 0.1053 0.6700 389 K 0.2926 0.0737 0.6337 390 T 0.1964 0.0952 0.7084 391 N 0.1081 0.0917 0.8001 392 N 0.0675 0.0885 0.8441 393 S 0.1076 0.0832 0.8092 394 K 0.0986 0.1665 0.7349 395 S 0.1276 0.3014 0.5710 396 K 0.1827 0.4242 0.3931 397 T 0.2913 0.3971 0.3117 398 A 0.3442 0.3559 0.2998 399 R 0.3922 0.3188 0.2891 400 A 0.3429 0.2522 0.4048 401 H 0.3088 0.1623 0.5289 402 N 0.3117 0.0993 0.5889 403 V 0.3027 0.1183 0.5790 404 S 0.3091 0.1183 0.5726 405 T 0.2100 0.1112 0.6788 406 S 0.1274 0.1260 0.7466 407 N 0.0811 0.1226 0.7963 408 N 0.0707 0.0988 0.8304 409 S 0.1125 0.0695 0.8180 410 P 0.0977 0.1201 0.7822 411 S 0.1007 0.1187 0.7806 412 T 0.1236 0.1614 0.7150 413 D 0.1559 0.1580 0.6860 414 N 0.1409 0.2232 0.6359 415 D 0.1688 0.2523 0.5789 416 S 0.2884 0.1992 0.5124 417 I 0.3350 0.1513 0.5137 418 S 0.2362 0.1025 0.6613 419 K 0.1440 0.1139 0.7422 420 S 0.1284 0.0815 0.7902 421 T 0.1218 0.1200 0.7582 422 T 0.1499 0.1281 0.7220 423 E 0.2174 0.1388 0.6438 424 P 0.2980 0.1582 0.5438 425 I 0.4450 0.1829 0.3721 426 Q 0.4912 0.1560 0.3528 427 L 0.3506 0.1741 0.4753 428 N 0.1465 0.1306 0.7229 429 N 0.1098 0.0547 0.8355 430 K 0.0655 0.1737 0.7608 431 H 0.1294 0.1555 0.7151 432 D 0.3002 0.1537 0.5461 433 L 0.4153 0.0990 0.4857 434 H 0.4452 0.0669 0.4879 435 L 0.4197 0.0425 0.5377 436 R 0.2221 0.0240 0.7539 437 P 0.1262 0.1736 0.7002 438 G 0.1047 0.1406 0.7547 439 T 0.1440 0.1155 0.7405 440 Y 0.0508 0.0385 0.9107