# TARGET YGR035W-A # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR035W-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.002 0.002 0.277 0.078 0.630 2 L 0.024 0.007 0.007 0.753 0.033 0.176 3 L 0.028 0.004 0.013 0.859 0.023 0.073 4 Y 0.034 0.002 0.026 0.891 0.014 0.032 5 L 0.053 0.002 0.021 0.868 0.015 0.040 6 Y 0.067 0.003 0.018 0.871 0.014 0.028 7 I 0.102 0.003 0.020 0.830 0.019 0.024 8 L 0.113 0.002 0.014 0.824 0.022 0.025 9 Y 0.095 0.002 0.019 0.810 0.036 0.038 10 I 0.074 0.002 0.020 0.821 0.045 0.037 11 A 0.053 0.004 0.016 0.839 0.050 0.039 12 L 0.046 0.003 0.019 0.821 0.060 0.052 13 K 0.077 0.005 0.022 0.625 0.122 0.149 14 T 0.113 0.007 0.025 0.474 0.156 0.226 15 V 0.178 0.009 0.032 0.445 0.182 0.154 16 S 0.193 0.007 0.058 0.391 0.200 0.152 17 H 0.296 0.005 0.078 0.362 0.149 0.110 18 L 0.502 0.009 0.053 0.244 0.108 0.085 19 F 0.584 0.009 0.028 0.179 0.105 0.094 20 F 0.593 0.016 0.015 0.120 0.123 0.131 21 C 0.331 0.023 0.013 0.105 0.210 0.317 22 N 0.150 0.013 0.022 0.077 0.435 0.303 23 P 0.110 0.012 0.069 0.118 0.485 0.205 24 C 0.151 0.027 0.078 0.119 0.441 0.184 25 F 0.168 0.026 0.097 0.100 0.474 0.135 26 R 0.138 0.016 0.068 0.110 0.422 0.246 27 N 0.142 0.018 0.064 0.125 0.383 0.269 28 L 0.196 0.030 0.042 0.147 0.317 0.268 29 S 0.184 0.036 0.026 0.138 0.265 0.352 30 V 0.111 0.016 0.097 0.290 0.286 0.201 31 G 0.058 0.011 0.189 0.254 0.339 0.149 32 D 0.060 0.007 0.253 0.249 0.318 0.112 33 M 0.094 0.020 0.143 0.324 0.265 0.154 34 L 0.063 0.027 0.059 0.351 0.237 0.263 35 N 0.049 0.007 0.039 0.163 0.400 0.342 36 P 0.037 0.005 0.097 0.312 0.325 0.225 37 R 0.106 0.018 0.103 0.254 0.330 0.189 38 L 0.161 0.014 0.092 0.275 0.289 0.169 39 S 0.200 0.015 0.060 0.248 0.191 0.286 40 L 0.188 0.013 0.107 0.440 0.131 0.121 41 S 0.269 0.010 0.107 0.388 0.132 0.094 42 F 0.327 0.007 0.087 0.341 0.139 0.100 43 F 0.380 0.016 0.047 0.257 0.179 0.121 44 T 0.269 0.009 0.057 0.290 0.242 0.132 45 N 0.171 0.006 0.060 0.186 0.377 0.201 46 H 0.270 0.010 0.055 0.120 0.324 0.220 47 L 0.472 0.042 0.024 0.079 0.190 0.194 48 L 0.374 0.044 0.012 0.071 0.162 0.337 49 C 0.181 0.022 0.018 0.040 0.372 0.367 50 P 0.071 0.008 0.058 0.050 0.522 0.292 51 E 0.053 0.012 0.080 0.038 0.541 0.276 52 A 0.091 0.023 0.054 0.031 0.493 0.308 53 P 0.161 0.008 0.038 0.028 0.267 0.498 54 L 0.426 0.022 0.043 0.049 0.159 0.301 55 I 0.616 0.028 0.036 0.054 0.119 0.148 56 I 0.676 0.016 0.020 0.061 0.107 0.120 57 R 0.556 0.010 0.017 0.047 0.185 0.185 58 G 0.228 0.010 0.018 0.057 0.393 0.294 59 K 0.127 0.012 0.017 0.039 0.507 0.298 60 G 0.090 0.014 0.014 0.036 0.486 0.360 61 S 0.160 0.032 0.026 0.066 0.363 0.352 62 Y 0.230 0.022 0.057 0.182 0.256 0.253 63 S 0.230 0.014 0.082 0.281 0.214 0.180 64 A 0.230 0.016 0.091 0.324 0.202 0.137 65 V 0.204 0.011 0.068 0.333 0.202 0.182 66 G 0.169 0.008 0.076 0.272 0.242 0.234 67 N 0.197 0.011 0.090 0.305 0.200 0.197 68 F 0.249 0.022 0.096 0.303 0.178 0.151 69 F 0.298 0.013 0.084 0.276 0.165 0.164 70 S 0.225 0.013 0.101 0.221 0.199 0.240 71 R 0.121 0.015 0.060 0.197 0.179 0.427 72 K 0.050 0.013 0.018 0.115 0.111 0.693 73 K 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.970