# TARGET YGR035W-A # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR035W-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.981 2 L 0.085 0.022 0.003 0.644 0.002 0.011 0.232 3 L 0.075 0.004 0.005 0.757 0.023 0.018 0.117 4 Y 0.073 0.002 0.006 0.833 0.011 0.019 0.056 5 L 0.091 0.001 0.005 0.836 0.021 0.014 0.033 6 Y 0.128 0.001 0.006 0.819 0.017 0.010 0.018 7 I 0.165 0.002 0.007 0.793 0.009 0.008 0.016 8 L 0.161 0.001 0.009 0.793 0.010 0.011 0.015 9 Y 0.133 0.001 0.014 0.801 0.010 0.021 0.019 10 I 0.103 0.005 0.023 0.788 0.014 0.036 0.030 11 A 0.078 0.004 0.033 0.756 0.019 0.078 0.032 12 L 0.054 0.004 0.037 0.699 0.036 0.120 0.049 13 K 0.059 0.004 0.044 0.601 0.072 0.141 0.079 14 T 0.099 0.008 0.045 0.474 0.094 0.157 0.123 15 V 0.125 0.013 0.052 0.481 0.077 0.105 0.148 16 S 0.149 0.006 0.077 0.435 0.094 0.122 0.117 17 H 0.213 0.006 0.083 0.387 0.091 0.124 0.095 18 L 0.335 0.010 0.060 0.314 0.060 0.098 0.124 19 F 0.469 0.017 0.033 0.210 0.061 0.090 0.120 20 F 0.425 0.020 0.023 0.144 0.085 0.102 0.201 21 C 0.271 0.026 0.015 0.084 0.176 0.073 0.355 22 N 0.117 0.013 0.033 0.109 0.244 0.090 0.395 23 P 0.061 0.010 0.119 0.188 0.155 0.269 0.197 24 C 0.060 0.012 0.163 0.177 0.116 0.298 0.174 25 F 0.083 0.020 0.219 0.198 0.103 0.165 0.213 26 R 0.091 0.013 0.150 0.187 0.133 0.235 0.192 27 N 0.098 0.019 0.099 0.133 0.147 0.290 0.216 28 L 0.102 0.031 0.045 0.085 0.210 0.077 0.450 29 S 0.107 0.043 0.043 0.075 0.133 0.093 0.505 30 V 0.069 0.018 0.138 0.194 0.124 0.249 0.208 31 G 0.044 0.011 0.186 0.178 0.128 0.298 0.154 32 D 0.055 0.008 0.188 0.184 0.145 0.224 0.196 33 M 0.093 0.027 0.110 0.202 0.137 0.202 0.229 34 L 0.082 0.041 0.051 0.198 0.204 0.142 0.282 35 N 0.071 0.012 0.030 0.103 0.212 0.078 0.494 36 P 0.051 0.007 0.099 0.281 0.118 0.239 0.205 37 R 0.102 0.015 0.124 0.281 0.086 0.216 0.176 38 L 0.212 0.029 0.092 0.298 0.084 0.063 0.222 39 S 0.313 0.027 0.058 0.274 0.049 0.053 0.227 40 L 0.231 0.011 0.080 0.427 0.049 0.060 0.142 41 S 0.273 0.010 0.090 0.378 0.054 0.068 0.126 42 F 0.269 0.015 0.084 0.343 0.066 0.092 0.130 43 F 0.304 0.015 0.068 0.285 0.079 0.099 0.151 44 T 0.192 0.010 0.113 0.277 0.098 0.147 0.163 45 N 0.143 0.007 0.130 0.238 0.122 0.199 0.162 46 H 0.198 0.017 0.139 0.173 0.100 0.148 0.224 47 L 0.277 0.032 0.085 0.110 0.137 0.124 0.236 48 L 0.273 0.058 0.045 0.077 0.134 0.128 0.286 49 C 0.095 0.025 0.026 0.029 0.126 0.059 0.640 50 P 0.043 0.011 0.043 0.029 0.142 0.423 0.310 51 E 0.037 0.013 0.040 0.026 0.237 0.460 0.188 52 A 0.085 0.013 0.018 0.026 0.314 0.045 0.498 53 P 0.236 0.016 0.014 0.021 0.090 0.037 0.587 54 L 0.707 0.028 0.015 0.021 0.042 0.024 0.164 55 I 0.843 0.026 0.011 0.019 0.017 0.011 0.072 56 I 0.833 0.017 0.008 0.019 0.017 0.013 0.093 57 R 0.665 0.010 0.010 0.023 0.063 0.043 0.185 58 G 0.368 0.013 0.014 0.022 0.179 0.109 0.296 59 K 0.132 0.008 0.026 0.024 0.299 0.253 0.257 60 G 0.137 0.018 0.034 0.034 0.326 0.205 0.245 61 S 0.198 0.033 0.050 0.073 0.173 0.095 0.379 62 Y 0.212 0.030 0.083 0.182 0.136 0.099 0.259 63 S 0.190 0.019 0.101 0.248 0.102 0.125 0.216 64 A 0.156 0.018 0.096 0.297 0.090 0.159 0.185 65 V 0.164 0.017 0.068 0.338 0.079 0.171 0.163 66 G 0.158 0.013 0.075 0.288 0.100 0.200 0.167 67 N 0.159 0.011 0.086 0.274 0.118 0.112 0.241 68 F 0.227 0.031 0.069 0.294 0.096 0.084 0.200 69 F 0.277 0.021 0.058 0.291 0.071 0.097 0.185 70 S 0.211 0.014 0.049 0.217 0.115 0.159 0.234 71 R 0.130 0.014 0.028 0.156 0.179 0.153 0.340 72 K 0.058 0.013 0.014 0.079 0.009 0.083 0.744 73 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997