# TARGET YGR035W-A # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR035W-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.096 0.041 0.009 0.086 0.009 0.024 0.512 0.119 0.050 0.014 2 L 0.055 0.038 0.009 0.003 0.090 0.003 0.012 0.658 0.096 0.018 0.017 3 L 0.021 0.022 0.006 0.004 0.044 0.006 0.019 0.782 0.079 0.011 0.005 4 Y 0.017 0.011 0.003 0.002 0.036 0.003 0.013 0.839 0.065 0.007 0.003 5 L 0.023 0.010 0.002 0.002 0.036 0.002 0.012 0.840 0.065 0.004 0.004 6 Y 0.008 0.011 0.002 0.001 0.023 0.002 0.018 0.866 0.061 0.005 0.003 7 I 0.017 0.007 0.001 0.001 0.022 0.002 0.015 0.858 0.066 0.007 0.005 8 L 0.006 0.008 0.002 0.002 0.011 0.008 0.037 0.836 0.081 0.007 0.002 9 Y 0.012 0.005 0.002 0.002 0.015 0.006 0.033 0.789 0.116 0.014 0.007 10 I 0.013 0.018 0.007 0.004 0.021 0.012 0.046 0.733 0.122 0.019 0.006 11 A 0.025 0.034 0.010 0.003 0.040 0.006 0.033 0.649 0.140 0.049 0.012 12 L 0.023 0.039 0.009 0.004 0.041 0.012 0.032 0.554 0.224 0.052 0.010 13 K 0.015 0.050 0.021 0.014 0.037 0.023 0.083 0.568 0.151 0.030 0.007 14 T 0.061 0.045 0.014 0.006 0.064 0.015 0.063 0.422 0.143 0.137 0.029 15 V 0.080 0.053 0.013 0.010 0.113 0.014 0.027 0.369 0.191 0.086 0.046 16 S 0.026 0.044 0.018 0.020 0.045 0.040 0.072 0.504 0.169 0.047 0.014 17 H 0.056 0.048 0.019 0.011 0.095 0.015 0.044 0.353 0.185 0.143 0.030 18 L 0.117 0.094 0.023 0.017 0.211 0.020 0.041 0.239 0.137 0.066 0.036 19 F 0.093 0.084 0.024 0.021 0.178 0.028 0.083 0.240 0.122 0.085 0.040 20 F 0.110 0.122 0.053 0.023 0.190 0.015 0.045 0.142 0.078 0.161 0.063 21 C 0.067 0.219 0.106 0.058 0.147 0.026 0.034 0.085 0.075 0.135 0.048 22 N 0.047 0.243 0.201 0.038 0.166 0.010 0.016 0.120 0.100 0.039 0.020 23 P 0.018 0.039 0.022 0.008 0.032 0.015 0.064 0.450 0.286 0.051 0.013 24 C 0.036 0.055 0.017 0.006 0.078 0.013 0.069 0.353 0.219 0.133 0.022 25 F 0.090 0.053 0.021 0.011 0.097 0.009 0.018 0.216 0.198 0.217 0.072 26 R 0.015 0.064 0.031 0.021 0.044 0.059 0.170 0.389 0.152 0.047 0.008 27 N 0.129 0.067 0.021 0.010 0.143 0.006 0.024 0.152 0.106 0.259 0.083 28 L 0.106 0.250 0.074 0.021 0.247 0.016 0.031 0.093 0.055 0.068 0.038 29 S 0.156 0.185 0.102 0.031 0.205 0.020 0.030 0.115 0.042 0.054 0.062 30 V 0.055 0.109 0.057 0.054 0.086 0.038 0.054 0.253 0.159 0.097 0.038 31 G 0.030 0.080 0.075 0.102 0.056 0.050 0.046 0.215 0.161 0.150 0.037 32 D 0.054 0.093 0.049 0.021 0.091 0.016 0.043 0.268 0.184 0.142 0.038 33 M 0.061 0.114 0.052 0.014 0.137 0.012 0.044 0.288 0.135 0.113 0.030 34 L 0.072 0.148 0.053 0.032 0.143 0.045 0.071 0.162 0.103 0.130 0.041 35 N 0.124 0.195 0.105 0.026 0.263 0.010 0.016 0.086 0.065 0.071 0.040 36 P 0.034 0.092 0.046 0.014 0.067 0.012 0.037 0.352 0.255 0.072 0.020 37 R 0.057 0.085 0.034 0.007 0.102 0.012 0.060 0.303 0.195 0.118 0.027 38 L 0.126 0.170 0.043 0.011 0.219 0.012 0.024 0.179 0.087 0.080 0.048 39 S 0.133 0.194 0.059 0.014 0.258 0.012 0.023 0.147 0.052 0.063 0.046 40 L 0.151 0.081 0.021 0.011 0.226 0.008 0.010 0.247 0.145 0.063 0.037 41 S 0.070 0.085 0.030 0.014 0.153 0.014 0.039 0.428 0.115 0.030 0.022 42 F 0.105 0.077 0.021 0.011 0.143 0.013 0.043 0.383 0.092 0.078 0.034 43 F 0.100 0.081 0.035 0.025 0.142 0.027 0.045 0.317 0.095 0.089 0.045 44 T 0.058 0.092 0.044 0.053 0.103 0.051 0.066 0.314 0.135 0.059 0.026 45 N 0.044 0.060 0.042 0.045 0.068 0.044 0.076 0.250 0.160 0.168 0.041 46 H 0.098 0.152 0.052 0.019 0.177 0.011 0.026 0.154 0.116 0.137 0.058 47 L 0.142 0.125 0.027 0.010 0.268 0.014 0.041 0.157 0.093 0.077 0.047 48 L 0.120 0.177 0.071 0.031 0.233 0.022 0.042 0.070 0.049 0.125 0.061 49 C 0.119 0.274 0.149 0.034 0.269 0.009 0.011 0.037 0.029 0.036 0.033 50 P 0.031 0.141 0.062 0.024 0.088 0.025 0.071 0.304 0.188 0.052 0.014 51 E 0.071 0.047 0.038 0.021 0.068 0.023 0.082 0.138 0.137 0.309 0.064 52 A 0.046 0.367 0.223 0.049 0.163 0.019 0.019 0.045 0.027 0.028 0.014 53 P 0.136 0.238 0.066 0.013 0.308 0.011 0.025 0.078 0.044 0.036 0.045 54 L 0.187 0.173 0.026 0.004 0.467 0.005 0.009 0.046 0.028 0.026 0.029 55 I 0.246 0.118 0.020 0.004 0.460 0.006 0.014 0.044 0.015 0.020 0.054 56 I 0.263 0.131 0.037 0.016 0.355 0.017 0.021 0.049 0.018 0.029 0.064 57 R 0.086 0.160 0.100 0.118 0.136 0.060 0.071 0.095 0.052 0.079 0.043 58 G 0.068 0.127 0.156 0.151 0.113 0.055 0.030 0.074 0.050 0.118 0.058 59 K 0.039 0.126 0.087 0.128 0.067 0.076 0.113 0.138 0.091 0.102 0.032 60 G 0.047 0.111 0.150 0.159 0.075 0.053 0.040 0.078 0.053 0.157 0.076 61 S 0.113 0.178 0.059 0.022 0.200 0.019 0.031 0.149 0.105 0.080 0.044 62 Y 0.171 0.097 0.034 0.015 0.206 0.013 0.019 0.141 0.122 0.108 0.074 63 S 0.079 0.154 0.090 0.040 0.148 0.027 0.053 0.226 0.097 0.051 0.035 64 A 0.115 0.072 0.037 0.019 0.113 0.023 0.047 0.309 0.115 0.106 0.045 65 V 0.060 0.125 0.068 0.056 0.095 0.040 0.059 0.274 0.108 0.081 0.033 66 G 0.038 0.113 0.085 0.094 0.073 0.050 0.039 0.234 0.121 0.118 0.035 67 N 0.073 0.076 0.045 0.021 0.101 0.016 0.039 0.337 0.144 0.102 0.046 68 F 0.071 0.073 0.029 0.014 0.098 0.017 0.042 0.383 0.147 0.089 0.036 69 F 0.071 0.116 0.039 0.019 0.146 0.017 0.035 0.277 0.142 0.101 0.037 70 S 0.081 0.130 0.063 0.028 0.128 0.022 0.046 0.240 0.126 0.100 0.035 71 R 0.067 0.129 0.063 0.023 0.123 0.017 0.044 0.235 0.140 0.122 0.038 72 K 0.060 0.159 0.088 0.028 0.124 0.023 0.045 0.231 0.122 0.085 0.035 73 K 0.067 0.144 0.084 0.031 0.124 0.033 0.066 0.203 0.099 0.107 0.041