# TARGET YGR035W-A # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR035W-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.757 0.113 0.066 0.035 0.018 0.009 0.001 2 L 0.574 0.133 0.079 0.082 0.073 0.049 0.011 3 L 0.500 0.133 0.067 0.087 0.094 0.088 0.031 4 Y 0.471 0.168 0.077 0.081 0.075 0.088 0.039 5 L 0.379 0.094 0.080 0.110 0.118 0.129 0.090 6 Y 0.371 0.105 0.079 0.088 0.105 0.145 0.107 7 I 0.460 0.075 0.070 0.082 0.101 0.146 0.066 8 L 0.257 0.076 0.085 0.125 0.153 0.214 0.089 9 Y 0.197 0.080 0.099 0.120 0.178 0.259 0.066 10 I 0.141 0.077 0.082 0.150 0.233 0.253 0.065 11 A 0.263 0.126 0.118 0.152 0.164 0.155 0.021 12 L 0.290 0.132 0.104 0.171 0.174 0.118 0.012 13 K 0.398 0.220 0.153 0.122 0.079 0.026 0.002 14 T 0.417 0.222 0.135 0.121 0.070 0.032 0.003 15 V 0.203 0.140 0.147 0.199 0.188 0.108 0.015 16 S 0.261 0.208 0.166 0.165 0.124 0.066 0.010 17 H 0.163 0.149 0.145 0.178 0.187 0.147 0.032 18 L 0.085 0.066 0.084 0.143 0.214 0.300 0.108 19 F 0.073 0.069 0.093 0.163 0.216 0.277 0.108 20 F 0.074 0.071 0.091 0.148 0.219 0.272 0.125 21 C 0.080 0.092 0.113 0.176 0.225 0.227 0.085 22 N 0.131 0.191 0.206 0.212 0.150 0.087 0.022 23 P 0.139 0.191 0.186 0.198 0.158 0.101 0.028 24 C 0.081 0.108 0.138 0.218 0.237 0.181 0.037 25 F 0.081 0.090 0.123 0.200 0.249 0.213 0.045 26 R 0.210 0.254 0.197 0.171 0.103 0.053 0.012 27 N 0.223 0.221 0.186 0.163 0.116 0.072 0.018 28 L 0.101 0.111 0.150 0.215 0.230 0.158 0.035 29 S 0.233 0.239 0.190 0.160 0.104 0.060 0.014 30 V 0.187 0.151 0.151 0.183 0.167 0.125 0.036 31 G 0.254 0.201 0.161 0.157 0.123 0.083 0.021 32 D 0.280 0.242 0.179 0.140 0.091 0.053 0.016 33 M 0.198 0.165 0.153 0.178 0.158 0.115 0.033 34 L 0.172 0.141 0.143 0.192 0.194 0.129 0.029 35 N 0.251 0.221 0.193 0.162 0.103 0.056 0.014 36 P 0.262 0.212 0.163 0.162 0.117 0.068 0.016 37 R 0.220 0.223 0.197 0.169 0.110 0.063 0.017 38 L 0.101 0.100 0.127 0.198 0.241 0.187 0.046 39 S 0.129 0.166 0.170 0.198 0.172 0.130 0.035 40 L 0.098 0.086 0.100 0.172 0.226 0.243 0.076 41 S 0.135 0.167 0.177 0.196 0.169 0.123 0.034 42 F 0.077 0.093 0.120 0.185 0.225 0.228 0.072 43 F 0.069 0.068 0.092 0.169 0.253 0.267 0.081 44 T 0.147 0.186 0.183 0.196 0.156 0.106 0.025 45 N 0.187 0.219 0.177 0.168 0.133 0.091 0.025 46 H 0.114 0.145 0.161 0.197 0.188 0.152 0.042 47 L 0.084 0.086 0.111 0.177 0.219 0.254 0.069 48 L 0.104 0.097 0.116 0.180 0.229 0.220 0.055 49 C 0.112 0.124 0.146 0.200 0.213 0.165 0.041 50 P 0.225 0.219 0.190 0.186 0.113 0.054 0.013 51 E 0.276 0.272 0.188 0.129 0.080 0.043 0.011 52 A 0.102 0.156 0.182 0.238 0.192 0.109 0.021 53 P 0.123 0.178 0.195 0.208 0.165 0.110 0.021 54 L 0.049 0.059 0.088 0.164 0.253 0.320 0.067 55 I 0.048 0.077 0.125 0.213 0.256 0.235 0.045 56 I 0.055 0.068 0.102 0.189 0.278 0.255 0.053 57 R 0.143 0.208 0.231 0.219 0.132 0.058 0.009 58 G 0.255 0.223 0.177 0.177 0.113 0.047 0.007 59 K 0.352 0.310 0.175 0.099 0.044 0.017 0.003 60 G 0.298 0.235 0.175 0.154 0.095 0.039 0.005 61 S 0.274 0.254 0.189 0.155 0.086 0.036 0.006 62 Y 0.257 0.178 0.163 0.185 0.141 0.066 0.009 63 S 0.304 0.254 0.193 0.141 0.076 0.028 0.004 64 A 0.288 0.190 0.172 0.171 0.118 0.054 0.008 65 V 0.283 0.192 0.160 0.170 0.125 0.060 0.009 66 G 0.359 0.209 0.165 0.138 0.086 0.037 0.005 67 N 0.300 0.238 0.183 0.144 0.089 0.039 0.006 68 F 0.275 0.188 0.167 0.171 0.128 0.063 0.008 69 F 0.271 0.198 0.188 0.187 0.113 0.040 0.004 70 S 0.466 0.281 0.144 0.075 0.027 0.006 0.001 71 R 0.525 0.234 0.120 0.083 0.032 0.006 0.001 72 K 0.698 0.187 0.072 0.032 0.009 0.002 0.001 73 K 0.774 0.156 0.047 0.018 0.005 0.001 0.001