# TARGET YGR034W # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR034W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 131 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 L 0.160 0.057 0.008 0.014 0.005 0.014 0.741 3 N 0.256 0.035 0.012 0.014 0.105 0.027 0.551 4 Y 0.312 0.006 0.018 0.013 0.102 0.063 0.485 5 C 0.323 0.024 0.023 0.012 0.134 0.069 0.415 6 K 0.262 0.155 0.010 0.013 0.128 0.024 0.408 7 T 0.041 0.006 0.007 0.003 0.088 0.018 0.837 8 M 0.013 0.003 0.027 0.009 0.214 0.648 0.087 9 Y 0.021 0.018 0.044 0.014 0.143 0.663 0.097 10 V 0.074 0.077 0.030 0.020 0.258 0.110 0.430 11 S 0.113 0.058 0.010 0.020 0.158 0.080 0.562 12 S 0.057 0.033 0.011 0.035 0.362 0.118 0.384 13 D 0.029 0.027 0.012 0.080 0.213 0.071 0.569 14 R 0.006 0.007 0.076 0.580 0.074 0.128 0.130 15 R 0.004 0.003 0.068 0.745 0.044 0.074 0.063 16 K 0.004 0.002 0.071 0.807 0.021 0.063 0.032 17 A 0.005 0.003 0.035 0.819 0.025 0.062 0.051 18 R 0.009 0.005 0.036 0.802 0.025 0.055 0.068 19 K 0.008 0.002 0.072 0.788 0.025 0.074 0.030 20 A 0.007 0.002 0.065 0.779 0.022 0.103 0.023 21 Y 0.006 0.006 0.068 0.729 0.029 0.124 0.037 22 F 0.014 0.008 0.039 0.516 0.098 0.214 0.112 23 T 0.009 0.011 0.029 0.233 0.176 0.350 0.192 24 A 0.009 0.012 0.011 0.100 0.404 0.069 0.396 25 P 0.008 0.007 0.030 0.087 0.136 0.172 0.560 26 S 0.011 0.012 0.101 0.168 0.178 0.304 0.226 27 S 0.032 0.014 0.119 0.205 0.172 0.190 0.268 28 E 0.063 0.020 0.124 0.332 0.096 0.095 0.271 29 R 0.171 0.020 0.085 0.323 0.074 0.075 0.252 30 R 0.246 0.013 0.076 0.283 0.094 0.079 0.209 31 V 0.319 0.012 0.059 0.321 0.084 0.073 0.132 32 L 0.477 0.024 0.042 0.236 0.050 0.059 0.111 33 L 0.464 0.014 0.035 0.227 0.048 0.070 0.143 34 S 0.315 0.011 0.034 0.186 0.114 0.105 0.235 35 A 0.169 0.008 0.035 0.207 0.178 0.075 0.328 36 P 0.140 0.026 0.050 0.167 0.122 0.118 0.378 37 L 0.087 0.048 0.035 0.244 0.155 0.074 0.358 38 S 0.024 0.006 0.011 0.233 0.094 0.027 0.605 39 K 0.002 0.001 0.018 0.922 0.017 0.022 0.019 40 E 0.001 0.001 0.011 0.949 0.013 0.014 0.012 41 L 0.001 0.001 0.009 0.960 0.007 0.012 0.010 42 R 0.002 0.001 0.009 0.953 0.007 0.018 0.012 43 A 0.002 0.001 0.014 0.899 0.007 0.066 0.011 44 Q 0.001 0.001 0.019 0.758 0.017 0.184 0.020 45 Y 0.002 0.002 0.022 0.252 0.071 0.576 0.075 46 G 0.005 0.003 0.024 0.030 0.109 0.648 0.181 47 I 0.049 0.020 0.046 0.023 0.158 0.101 0.604 48 K 0.109 0.017 0.037 0.018 0.223 0.091 0.505 49 A 0.265 0.014 0.021 0.012 0.108 0.082 0.498 50 L 0.312 0.003 0.003 0.005 0.076 0.004 0.596 51 P 0.708 0.010 0.002 0.003 0.015 0.003 0.259 52 I 0.725 0.028 0.002 0.003 0.008 0.002 0.233 53 R 0.504 0.009 0.010 0.004 0.018 0.020 0.435 54 R 0.030 0.002 0.038 0.003 0.041 0.868 0.018 55 D 0.007 0.001 0.014 0.001 0.047 0.924 0.008 56 D 0.198 0.006 0.005 0.001 0.250 0.063 0.479 57 E 0.787 0.011 0.001 0.001 0.032 0.005 0.165 58 V 0.972 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 59 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 60 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 61 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.025 62 R 0.808 0.005 0.001 0.001 0.044 0.018 0.123 63 G 0.289 0.008 0.024 0.007 0.235 0.144 0.293 64 S 0.160 0.017 0.047 0.011 0.263 0.220 0.281 65 K 0.172 0.037 0.080 0.013 0.197 0.293 0.208 66 K 0.067 0.027 0.068 0.010 0.198 0.532 0.099 67 G 0.047 0.007 0.046 0.005 0.214 0.522 0.160 68 Q 0.109 0.013 0.035 0.006 0.237 0.222 0.378 69 E 0.289 0.023 0.022 0.007 0.190 0.258 0.211 70 G 0.487 0.009 0.007 0.004 0.180 0.053 0.261 71 K 0.701 0.013 0.002 0.002 0.027 0.003 0.252 72 I 0.933 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.052 73 S 0.955 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.037 74 S 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 75 V 0.966 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 76 Y 0.865 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.118 77 R 0.426 0.004 0.122 0.040 0.106 0.177 0.126 78 L 0.139 0.007 0.198 0.023 0.197 0.362 0.075 79 K 0.197 0.004 0.137 0.013 0.229 0.310 0.111 80 F 0.380 0.004 0.016 0.003 0.179 0.089 0.328 81 A 0.908 0.004 0.001 0.001 0.021 0.006 0.060 82 V 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 83 Q 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 84 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 85 D 0.923 0.003 0.002 0.001 0.020 0.016 0.036 86 K 0.804 0.003 0.006 0.001 0.035 0.030 0.121 87 V 0.872 0.002 0.004 0.001 0.035 0.022 0.065 88 T 0.918 0.004 0.002 0.001 0.016 0.005 0.053 89 K 0.932 0.004 0.002 0.001 0.015 0.004 0.042 90 E 0.935 0.005 0.001 0.001 0.010 0.004 0.044 91 K 0.909 0.010 0.002 0.002 0.012 0.008 0.056 92 V 0.530 0.004 0.011 0.005 0.118 0.198 0.134 93 N 0.252 0.004 0.011 0.002 0.240 0.381 0.111 94 G 0.519 0.009 0.011 0.003 0.108 0.050 0.300 95 A 0.825 0.010 0.002 0.001 0.019 0.008 0.135 96 S 0.860 0.006 0.002 0.002 0.019 0.006 0.105 97 V 0.867 0.007 0.003 0.002 0.026 0.007 0.088 98 P 0.768 0.012 0.004 0.003 0.043 0.008 0.163 99 I 0.607 0.010 0.008 0.003 0.104 0.009 0.259 100 N 0.628 0.009 0.007 0.002 0.055 0.011 0.289 101 L 0.674 0.016 0.004 0.001 0.050 0.011 0.243 102 H 0.472 0.028 0.005 0.001 0.051 0.012 0.431 103 P 0.161 0.014 0.135 0.014 0.187 0.205 0.284 104 S 0.072 0.012 0.167 0.008 0.297 0.211 0.232 105 K 0.100 0.007 0.168 0.010 0.245 0.289 0.181 106 L 0.606 0.006 0.015 0.006 0.044 0.072 0.251 107 V 0.926 0.005 0.002 0.002 0.013 0.004 0.048 108 I 0.976 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 109 T 0.948 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 110 K 0.812 0.005 0.003 0.003 0.015 0.004 0.157 111 L 0.321 0.005 0.121 0.035 0.083 0.258 0.177 112 H 0.149 0.009 0.121 0.019 0.168 0.405 0.130 113 L 0.095 0.017 0.089 0.026 0.277 0.287 0.210 114 D 0.029 0.012 0.021 0.008 0.310 0.268 0.351 115 K 0.069 0.014 0.018 0.013 0.377 0.115 0.395 116 D 0.148 0.011 0.023 0.014 0.210 0.220 0.375 117 R 0.395 0.011 0.024 0.012 0.199 0.082 0.278 118 K 0.674 0.021 0.017 0.010 0.064 0.013 0.201 119 A 0.799 0.016 0.014 0.011 0.019 0.007 0.132 120 L 0.904 0.003 0.007 0.009 0.010 0.005 0.063 121 I 0.925 0.004 0.005 0.010 0.007 0.004 0.045 122 Q 0.924 0.008 0.003 0.012 0.007 0.004 0.043 123 R 0.794 0.007 0.008 0.024 0.016 0.010 0.141 124 K 0.471 0.010 0.023 0.056 0.091 0.060 0.290 125 G 0.082 0.004 0.031 0.040 0.246 0.505 0.094 126 G 0.047 0.002 0.023 0.012 0.250 0.500 0.166 127 K 0.227 0.043 0.011 0.014 0.148 0.045 0.512 128 L 0.160 0.059 0.004 0.011 0.007 0.029 0.730 129 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999