# TARGET YGR034W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR034W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 131 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.157 0.180 0.049 0.018 0.361 0.010 0.021 0.049 0.043 0.063 0.049 2 L 0.240 0.136 0.019 0.004 0.480 0.005 0.007 0.017 0.017 0.026 0.049 3 N 0.270 0.114 0.046 0.016 0.356 0.010 0.011 0.017 0.024 0.049 0.088 4 Y 0.166 0.174 0.056 0.036 0.224 0.018 0.016 0.048 0.085 0.102 0.076 5 C 0.080 0.255 0.115 0.015 0.244 0.009 0.034 0.084 0.076 0.062 0.027 6 K 0.114 0.167 0.082 0.034 0.185 0.042 0.061 0.065 0.068 0.114 0.069 7 T 0.077 0.332 0.116 0.017 0.367 0.004 0.005 0.022 0.025 0.014 0.020 8 M 0.017 0.024 0.014 0.009 0.029 0.016 0.047 0.302 0.478 0.053 0.010 9 Y 0.075 0.062 0.025 0.003 0.105 0.005 0.031 0.189 0.201 0.249 0.055 10 V 0.148 0.129 0.021 0.010 0.185 0.017 0.030 0.096 0.090 0.178 0.095 11 S 0.074 0.167 0.060 0.021 0.236 0.016 0.033 0.211 0.119 0.042 0.021 12 S 0.015 0.015 0.013 0.025 0.016 0.044 0.065 0.360 0.247 0.177 0.023 13 D 0.116 0.179 0.096 0.012 0.259 0.004 0.014 0.180 0.045 0.059 0.036 14 R 0.024 0.056 0.015 0.008 0.027 0.006 0.013 0.571 0.190 0.073 0.018 15 R 0.014 0.049 0.027 0.009 0.038 0.009 0.025 0.667 0.131 0.024 0.006 16 K 0.016 0.030 0.011 0.006 0.021 0.008 0.030 0.738 0.104 0.025 0.010 17 A 0.027 0.018 0.012 0.008 0.031 0.013 0.042 0.633 0.112 0.087 0.017 18 R 0.028 0.051 0.013 0.005 0.047 0.005 0.011 0.655 0.146 0.028 0.012 19 K 0.021 0.026 0.011 0.007 0.036 0.014 0.032 0.604 0.187 0.052 0.011 20 A 0.034 0.047 0.024 0.019 0.056 0.022 0.069 0.498 0.142 0.067 0.022 21 Y 0.039 0.043 0.018 0.018 0.062 0.030 0.091 0.443 0.161 0.075 0.019 22 F 0.047 0.110 0.038 0.024 0.133 0.027 0.049 0.249 0.175 0.116 0.031 23 T 0.114 0.067 0.050 0.029 0.118 0.014 0.019 0.072 0.077 0.341 0.099 24 A 0.023 0.351 0.337 0.038 0.099 0.009 0.014 0.066 0.031 0.023 0.008 25 P 0.047 0.248 0.141 0.023 0.134 0.016 0.028 0.193 0.087 0.058 0.025 26 S 0.032 0.073 0.027 0.012 0.098 0.018 0.050 0.394 0.232 0.049 0.013 27 S 0.028 0.022 0.016 0.009 0.039 0.011 0.033 0.453 0.170 0.187 0.033 28 E 0.048 0.082 0.015 0.003 0.078 0.009 0.052 0.470 0.126 0.099 0.018 29 R 0.070 0.034 0.011 0.009 0.081 0.011 0.026 0.471 0.157 0.096 0.034 30 R 0.026 0.100 0.028 0.016 0.076 0.018 0.080 0.493 0.118 0.035 0.011 31 V 0.089 0.055 0.014 0.006 0.137 0.008 0.050 0.435 0.101 0.070 0.035 32 L 0.062 0.045 0.016 0.027 0.082 0.064 0.098 0.386 0.104 0.077 0.039 33 L 0.064 0.085 0.025 0.022 0.136 0.033 0.073 0.365 0.108 0.054 0.034 34 S 0.058 0.039 0.023 0.019 0.048 0.011 0.011 0.083 0.113 0.528 0.068 35 A 0.012 0.389 0.303 0.049 0.078 0.010 0.009 0.068 0.052 0.023 0.006 36 P 0.043 0.337 0.095 0.008 0.095 0.007 0.030 0.208 0.091 0.058 0.026 37 L 0.047 0.135 0.074 0.012 0.078 0.024 0.038 0.306 0.097 0.150 0.040 38 S 0.047 0.496 0.169 0.005 0.098 0.002 0.001 0.127 0.023 0.014 0.018 39 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.833 0.147 0.007 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.061 0.002 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.051 0.003 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.923 0.056 0.011 0.001 43 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.825 0.117 0.019 0.004 44 Q 0.002 0.032 0.012 0.006 0.011 0.016 0.159 0.679 0.060 0.022 0.001 45 Y 0.009 0.601 0.239 0.014 0.067 0.006 0.014 0.016 0.008 0.022 0.005 46 G 0.153 0.022 0.016 0.018 0.050 0.006 0.011 0.025 0.023 0.386 0.290 47 I 0.212 0.166 0.020 0.005 0.379 0.009 0.014 0.057 0.038 0.048 0.051 48 K 0.132 0.131 0.048 0.069 0.357 0.032 0.025 0.060 0.032 0.060 0.055 49 A 0.258 0.147 0.079 0.023 0.284 0.010 0.013 0.030 0.029 0.063 0.064 50 L 0.025 0.577 0.171 0.005 0.202 0.002 0.001 0.004 0.004 0.005 0.004 51 P 0.255 0.229 0.037 0.001 0.434 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.036 52 I 0.186 0.319 0.043 0.002 0.379 0.005 0.006 0.010 0.005 0.011 0.035 53 R 0.062 0.236 0.405 0.110 0.137 0.014 0.003 0.011 0.004 0.005 0.012 54 R 0.002 0.006 0.009 0.053 0.004 0.215 0.411 0.240 0.054 0.004 0.001 55 D 0.018 0.012 0.013 0.051 0.011 0.014 0.019 0.052 0.105 0.614 0.093 56 D 0.050 0.455 0.055 0.011 0.340 0.007 0.008 0.009 0.008 0.043 0.015 57 E 0.253 0.036 0.003 0.001 0.664 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.032 58 V 0.210 0.051 0.002 0.001 0.726 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 59 L 0.119 0.081 0.003 0.001 0.789 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 60 V 0.464 0.033 0.003 0.001 0.421 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 61 V 0.299 0.041 0.011 0.045 0.182 0.086 0.075 0.025 0.016 0.065 0.154 62 R 0.032 0.203 0.111 0.242 0.100 0.076 0.067 0.026 0.024 0.097 0.022 63 G 0.086 0.107 0.095 0.170 0.103 0.030 0.017 0.032 0.053 0.195 0.112 64 S 0.050 0.238 0.173 0.048 0.107 0.026 0.046 0.098 0.110 0.074 0.031 65 K 0.145 0.125 0.127 0.050 0.140 0.054 0.071 0.098 0.062 0.066 0.062 66 K 0.034 0.144 0.115 0.172 0.080 0.111 0.129 0.083 0.059 0.055 0.018 67 G 0.035 0.050 0.079 0.212 0.051 0.123 0.036 0.078 0.063 0.206 0.067 68 Q 0.126 0.079 0.072 0.032 0.191 0.044 0.052 0.145 0.075 0.149 0.034 69 E 0.099 0.147 0.082 0.147 0.137 0.073 0.083 0.043 0.028 0.094 0.065 70 G 0.097 0.129 0.133 0.126 0.171 0.008 0.006 0.013 0.013 0.138 0.164 71 K 0.019 0.557 0.188 0.001 0.225 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 72 I 0.652 0.019 0.002 0.001 0.296 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 73 S 0.012 0.049 0.010 0.063 0.058 0.581 0.196 0.016 0.003 0.008 0.003 74 S 0.278 0.128 0.014 0.001 0.528 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.038 75 V 0.339 0.110 0.012 0.002 0.432 0.006 0.003 0.007 0.003 0.018 0.068 76 Y 0.124 0.246 0.050 0.005 0.543 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.021 77 R 0.074 0.117 0.066 0.073 0.092 0.048 0.061 0.249 0.152 0.042 0.027 78 L 0.009 0.021 0.030 0.060 0.018 0.096 0.352 0.239 0.132 0.037 0.005 79 K 0.078 0.169 0.036 0.031 0.144 0.078 0.106 0.125 0.119 0.075 0.039 80 F 0.131 0.085 0.023 0.028 0.225 0.013 0.024 0.042 0.044 0.209 0.178 81 A 0.166 0.092 0.006 0.001 0.712 0.001 0.002 0.004 0.002 0.005 0.011 82 V 0.257 0.031 0.001 0.001 0.702 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 83 Q 0.325 0.059 0.006 0.001 0.575 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.027 84 V 0.413 0.074 0.022 0.018 0.309 0.011 0.006 0.007 0.004 0.017 0.121 85 D 0.029 0.073 0.040 0.204 0.048 0.238 0.238 0.049 0.024 0.041 0.017 86 K 0.152 0.131 0.070 0.039 0.253 0.016 0.019 0.026 0.025 0.130 0.139 87 V 0.319 0.119 0.014 0.007 0.448 0.008 0.006 0.015 0.010 0.013 0.041 88 T 0.271 0.095 0.022 0.012 0.476 0.014 0.016 0.013 0.007 0.026 0.047 89 K 0.346 0.124 0.021 0.007 0.375 0.004 0.004 0.013 0.012 0.024 0.071 90 E 0.168 0.291 0.060 0.010 0.375 0.009 0.010 0.018 0.010 0.018 0.031 91 K 0.288 0.155 0.104 0.020 0.252 0.012 0.009 0.022 0.010 0.027 0.100 92 V 0.009 0.031 0.049 0.298 0.017 0.316 0.168 0.062 0.027 0.015 0.006 93 N 0.013 0.053 0.091 0.475 0.020 0.071 0.048 0.055 0.047 0.105 0.023 94 G 0.063 0.105 0.046 0.027 0.099 0.022 0.031 0.072 0.124 0.328 0.084 95 A 0.117 0.283 0.059 0.005 0.483 0.003 0.005 0.010 0.010 0.010 0.017 96 S 0.314 0.096 0.014 0.004 0.477 0.004 0.005 0.005 0.005 0.012 0.064 97 V 0.163 0.230 0.060 0.005 0.485 0.003 0.004 0.006 0.005 0.011 0.029 98 P 0.322 0.107 0.046 0.012 0.292 0.015 0.018 0.017 0.025 0.038 0.108 99 I 0.070 0.335 0.166 0.050 0.234 0.026 0.031 0.022 0.022 0.019 0.025 100 N 0.164 0.244 0.099 0.013 0.322 0.010 0.015 0.017 0.023 0.045 0.049 101 L 0.202 0.225 0.041 0.006 0.422 0.008 0.011 0.010 0.011 0.020 0.042 102 H 0.144 0.272 0.108 0.010 0.395 0.004 0.005 0.004 0.005 0.015 0.038 103 P 0.166 0.078 0.023 0.019 0.228 0.013 0.015 0.109 0.205 0.071 0.073 104 S 0.017 0.043 0.027 0.044 0.047 0.089 0.153 0.316 0.200 0.058 0.007 105 K 0.077 0.028 0.009 0.018 0.100 0.014 0.060 0.110 0.083 0.425 0.075 106 L 0.269 0.129 0.008 0.002 0.515 0.001 0.003 0.017 0.007 0.013 0.036 107 V 0.068 0.240 0.036 0.003 0.616 0.003 0.004 0.010 0.003 0.005 0.011 108 I 0.514 0.024 0.004 0.001 0.361 0.001 0.001 0.009 0.002 0.006 0.078 109 T 0.074 0.132 0.040 0.103 0.160 0.149 0.135 0.070 0.028 0.073 0.037 110 K 0.119 0.265 0.149 0.017 0.338 0.002 0.003 0.017 0.011 0.029 0.050 111 L 0.063 0.098 0.036 0.013 0.113 0.020 0.051 0.322 0.194 0.061 0.028 112 H 0.040 0.145 0.096 0.047 0.074 0.053 0.162 0.178 0.083 0.095 0.025 113 L 0.045 0.240 0.071 0.037 0.122 0.048 0.100 0.194 0.104 0.031 0.009 114 D 0.051 0.032 0.045 0.058 0.036 0.032 0.039 0.070 0.093 0.406 0.137 115 K 0.069 0.289 0.151 0.041 0.196 0.028 0.025 0.052 0.051 0.066 0.033 116 D 0.145 0.120 0.037 0.031 0.175 0.032 0.076 0.107 0.085 0.101 0.091 117 R 0.112 0.258 0.094 0.027 0.253 0.021 0.040 0.048 0.037 0.078 0.032 118 K 0.368 0.109 0.012 0.003 0.421 0.004 0.006 0.014 0.007 0.013 0.045 119 A 0.341 0.084 0.017 0.014 0.437 0.012 0.007 0.012 0.005 0.012 0.060 120 L 0.266 0.128 0.032 0.024 0.438 0.012 0.008 0.015 0.006 0.017 0.055 121 I 0.168 0.209 0.034 0.002 0.544 0.002 0.002 0.006 0.002 0.008 0.023 122 Q 0.121 0.296 0.021 0.001 0.535 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.016 123 R 0.297 0.230 0.175 0.010 0.187 0.004 0.003 0.018 0.005 0.005 0.066 124 K 0.030 0.073 0.285 0.198 0.043 0.109 0.040 0.146 0.045 0.016 0.014 125 G 0.005 0.303 0.170 0.347 0.022 0.040 0.025 0.049 0.019 0.015 0.004 126 G 0.005 0.010 0.015 0.019 0.005 0.005 0.003 0.018 0.020 0.786 0.113 127 K 0.033 0.416 0.171 0.026 0.124 0.020 0.033 0.081 0.036 0.047 0.014 128 L 0.197 0.243 0.072 0.008 0.318 0.006 0.010 0.050 0.021 0.025 0.048 129 E 0.072 0.234 0.155 0.066 0.160 0.053 0.074 0.096 0.037 0.024 0.029