# TARGET YGR034W # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR034W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 131 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.617 0.217 0.108 0.044 0.011 0.003 0.001 2 L 0.509 0.171 0.112 0.112 0.067 0.024 0.004 3 N 0.472 0.237 0.120 0.089 0.057 0.022 0.003 4 Y 0.461 0.185 0.132 0.110 0.077 0.031 0.004 5 C 0.542 0.267 0.114 0.054 0.017 0.005 0.001 6 K 0.554 0.214 0.120 0.075 0.028 0.008 0.001 7 T 0.579 0.206 0.105 0.067 0.032 0.009 0.001 8 M 0.672 0.198 0.078 0.036 0.013 0.003 0.001 9 Y 0.637 0.210 0.089 0.047 0.015 0.003 0.001 10 V 0.485 0.218 0.135 0.106 0.044 0.010 0.001 11 S 0.532 0.238 0.119 0.077 0.028 0.006 0.001 12 S 0.645 0.202 0.090 0.046 0.014 0.003 0.001 13 D 0.727 0.179 0.058 0.026 0.008 0.002 0.001 14 R 0.731 0.154 0.060 0.036 0.013 0.004 0.001 15 R 0.604 0.221 0.104 0.050 0.017 0.004 0.001 16 K 0.670 0.217 0.077 0.027 0.008 0.001 0.001 17 A 0.628 0.239 0.086 0.036 0.010 0.002 0.001 18 R 0.560 0.197 0.105 0.090 0.039 0.008 0.001 19 K 0.603 0.256 0.101 0.033 0.006 0.001 0.001 20 A 0.720 0.188 0.059 0.025 0.008 0.001 0.001 21 Y 0.613 0.221 0.092 0.048 0.021 0.006 0.001 22 F 0.657 0.170 0.092 0.061 0.017 0.003 0.001 23 T 0.788 0.168 0.036 0.007 0.001 0.001 0.001 24 A 0.726 0.154 0.068 0.039 0.012 0.002 0.001 25 P 0.810 0.124 0.038 0.022 0.006 0.001 0.001 26 S 0.821 0.134 0.034 0.009 0.002 0.001 0.001 27 S 0.843 0.127 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 28 E 0.686 0.188 0.075 0.037 0.012 0.002 0.001 29 R 0.635 0.199 0.091 0.051 0.020 0.005 0.001 30 R 0.715 0.192 0.067 0.021 0.004 0.001 0.001 31 V 0.766 0.169 0.046 0.015 0.003 0.001 0.001 32 L 0.651 0.163 0.090 0.062 0.027 0.006 0.001 33 L 0.677 0.166 0.078 0.055 0.019 0.004 0.001 34 S 0.697 0.203 0.066 0.026 0.007 0.001 0.001 35 A 0.537 0.233 0.123 0.067 0.031 0.008 0.001 36 P 0.501 0.268 0.130 0.065 0.025 0.010 0.001 37 L 0.315 0.220 0.186 0.176 0.083 0.018 0.001 38 S 0.436 0.215 0.136 0.114 0.074 0.024 0.002 39 K 0.535 0.291 0.113 0.049 0.011 0.001 0.001 40 E 0.577 0.308 0.092 0.021 0.003 0.001 0.001 41 L 0.231 0.235 0.236 0.226 0.068 0.005 0.001 42 R 0.321 0.248 0.204 0.177 0.047 0.003 0.001 43 A 0.685 0.264 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.651 0.276 0.059 0.013 0.002 0.001 0.001 45 Y 0.228 0.238 0.269 0.201 0.058 0.006 0.001 46 G 0.611 0.286 0.080 0.019 0.004 0.001 0.001 47 I 0.232 0.274 0.237 0.197 0.055 0.006 0.001 48 K 0.465 0.332 0.141 0.049 0.011 0.002 0.001 49 A 0.189 0.318 0.230 0.167 0.080 0.016 0.001 50 L 0.054 0.094 0.165 0.309 0.272 0.100 0.006 51 P 0.139 0.330 0.269 0.179 0.065 0.016 0.001 52 I 0.019 0.076 0.165 0.337 0.308 0.090 0.005 53 R 0.127 0.339 0.297 0.176 0.054 0.007 0.001 54 R 0.188 0.309 0.260 0.194 0.044 0.004 0.001 55 D 0.557 0.356 0.070 0.015 0.002 0.001 0.001 56 D 0.324 0.375 0.184 0.094 0.022 0.002 0.001 57 E 0.135 0.408 0.301 0.128 0.025 0.003 0.001 58 V 0.013 0.034 0.086 0.258 0.408 0.193 0.009 59 L 0.019 0.113 0.261 0.322 0.218 0.065 0.003 60 V 0.011 0.027 0.081 0.195 0.332 0.329 0.024 61 V 0.014 0.063 0.136 0.280 0.345 0.154 0.008 62 R 0.071 0.211 0.285 0.252 0.139 0.041 0.002 63 G 0.278 0.313 0.206 0.140 0.055 0.008 0.001 64 S 0.458 0.353 0.140 0.040 0.009 0.001 0.001 65 K 0.315 0.247 0.226 0.167 0.039 0.006 0.001 66 K 0.796 0.161 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 67 G 0.731 0.204 0.051 0.012 0.002 0.001 0.001 68 Q 0.684 0.216 0.071 0.025 0.004 0.001 0.001 69 E 0.473 0.299 0.123 0.073 0.028 0.004 0.001 70 G 0.431 0.332 0.173 0.055 0.008 0.001 0.001 71 K 0.322 0.437 0.184 0.050 0.007 0.001 0.001 72 I 0.057 0.166 0.195 0.316 0.221 0.044 0.001 73 S 0.097 0.231 0.311 0.265 0.086 0.010 0.001 74 S 0.240 0.472 0.190 0.077 0.018 0.003 0.001 75 V 0.112 0.207 0.255 0.295 0.113 0.016 0.001 76 Y 0.104 0.221 0.237 0.271 0.142 0.024 0.001 77 R 0.340 0.337 0.169 0.107 0.039 0.006 0.001 78 L 0.502 0.335 0.121 0.037 0.004 0.001 0.001 79 K 0.427 0.392 0.130 0.041 0.009 0.001 0.001 80 F 0.060 0.234 0.262 0.280 0.138 0.025 0.001 81 A 0.012 0.120 0.296 0.361 0.171 0.038 0.002 82 V 0.002 0.005 0.016 0.074 0.269 0.536 0.097 83 Q 0.002 0.025 0.110 0.276 0.340 0.217 0.030 84 V 0.002 0.005 0.016 0.065 0.213 0.512 0.188 85 D 0.011 0.082 0.167 0.259 0.260 0.185 0.036 86 K 0.019 0.092 0.161 0.240 0.256 0.200 0.033 87 V 0.009 0.030 0.069 0.184 0.343 0.329 0.037 88 T 0.052 0.176 0.207 0.256 0.214 0.088 0.007 89 K 0.119 0.214 0.238 0.227 0.133 0.063 0.007 90 E 0.194 0.298 0.237 0.173 0.076 0.020 0.002 91 K 0.220 0.285 0.238 0.164 0.074 0.019 0.001 92 V 0.468 0.259 0.137 0.089 0.036 0.009 0.001 93 N 0.684 0.219 0.067 0.023 0.006 0.001 0.001 94 G 0.435 0.277 0.159 0.093 0.029 0.006 0.001 95 A 0.447 0.276 0.150 0.089 0.032 0.006 0.001 96 S 0.483 0.282 0.131 0.072 0.025 0.006 0.001 97 V 0.229 0.215 0.200 0.203 0.117 0.032 0.003 98 P 0.216 0.287 0.218 0.158 0.088 0.029 0.004 99 I 0.093 0.168 0.193 0.248 0.189 0.095 0.015 100 N 0.116 0.201 0.204 0.228 0.157 0.079 0.014 101 L 0.059 0.072 0.095 0.175 0.268 0.258 0.073 102 H 0.076 0.161 0.199 0.241 0.190 0.109 0.024 103 P 0.051 0.084 0.122 0.215 0.262 0.205 0.061 104 S 0.047 0.110 0.160 0.229 0.207 0.170 0.076 105 K 0.054 0.147 0.178 0.214 0.192 0.160 0.055 106 L 0.011 0.021 0.052 0.131 0.257 0.380 0.149 107 V 0.010 0.028 0.070 0.173 0.272 0.363 0.084 108 I 0.015 0.019 0.058 0.143 0.281 0.388 0.096 109 T 0.015 0.035 0.071 0.178 0.348 0.306 0.047 110 K 0.085 0.234 0.337 0.221 0.100 0.022 0.001 111 L 0.080 0.169 0.242 0.286 0.181 0.040 0.001 112 H 0.496 0.348 0.116 0.032 0.006 0.001 0.001 113 L 0.231 0.195 0.265 0.233 0.069 0.006 0.001 114 D 0.860 0.119 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 115 K 0.881 0.099 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 116 D 0.828 0.132 0.030 0.009 0.001 0.001 0.001 117 R 0.461 0.302 0.155 0.069 0.013 0.001 0.001 118 K 0.417 0.348 0.166 0.060 0.009 0.001 0.001 119 A 0.481 0.341 0.126 0.042 0.009 0.001 0.001 120 L 0.308 0.306 0.229 0.124 0.030 0.003 0.001 121 I 0.234 0.210 0.211 0.238 0.096 0.011 0.001 122 Q 0.573 0.321 0.086 0.018 0.002 0.001 0.001 123 R 0.304 0.233 0.226 0.169 0.062 0.006 0.001 124 K 0.650 0.223 0.080 0.035 0.010 0.001 0.001 125 G 0.784 0.149 0.047 0.016 0.003 0.001 0.001 126 G 0.847 0.124 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 127 K 0.704 0.191 0.068 0.029 0.007 0.001 0.001 128 L 0.736 0.169 0.062 0.027 0.006 0.001 0.001 129 E 0.806 0.142 0.037 0.012 0.003 0.001 0.001