# TARGET YGR030C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR030C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.005 0.005 0.027 0.160 0.779 2 I 0.098 0.042 0.025 0.057 0.345 0.432 3 N 0.129 0.011 0.029 0.065 0.398 0.369 4 G 0.243 0.008 0.046 0.083 0.370 0.250 5 V 0.511 0.032 0.017 0.064 0.200 0.177 6 Y 0.614 0.030 0.011 0.053 0.107 0.185 7 Y 0.473 0.018 0.035 0.091 0.173 0.210 8 N 0.359 0.010 0.048 0.096 0.252 0.234 9 E 0.371 0.016 0.064 0.113 0.239 0.197 10 I 0.360 0.026 0.047 0.136 0.207 0.225 11 S 0.318 0.017 0.082 0.160 0.254 0.170 12 R 0.193 0.009 0.123 0.221 0.289 0.166 13 D 0.165 0.012 0.106 0.222 0.297 0.198 14 L 0.178 0.019 0.066 0.221 0.297 0.219 15 D 0.161 0.017 0.028 0.142 0.278 0.373 16 I 0.141 0.017 0.043 0.214 0.287 0.298 17 S 0.096 0.015 0.037 0.190 0.347 0.315 18 S 0.076 0.011 0.055 0.329 0.316 0.213 19 S 0.052 0.006 0.049 0.508 0.211 0.173 20 T 0.049 0.004 0.043 0.713 0.115 0.077 21 Q 0.050 0.007 0.041 0.779 0.073 0.050 22 C 0.058 0.008 0.037 0.805 0.044 0.047 23 L 0.053 0.003 0.074 0.785 0.048 0.037 24 R 0.051 0.002 0.072 0.797 0.043 0.035 25 F 0.082 0.004 0.064 0.748 0.055 0.046 26 L 0.095 0.005 0.038 0.737 0.053 0.071 27 K 0.139 0.005 0.070 0.622 0.078 0.086 28 E 0.119 0.002 0.066 0.634 0.088 0.091 29 T 0.189 0.007 0.039 0.510 0.114 0.141 30 V 0.223 0.022 0.020 0.385 0.104 0.246 31 I 0.190 0.011 0.037 0.350 0.138 0.272 32 P 0.125 0.006 0.091 0.448 0.142 0.188 33 S 0.119 0.010 0.119 0.373 0.196 0.183 34 L 0.163 0.014 0.106 0.288 0.247 0.182 35 A 0.157 0.017 0.079 0.214 0.319 0.213 36 N 0.103 0.018 0.060 0.159 0.392 0.268 37 N 0.061 0.013 0.046 0.065 0.544 0.272 38 G 0.040 0.010 0.036 0.037 0.571 0.306 39 N 0.075 0.018 0.033 0.023 0.552 0.299 40 N 0.123 0.019 0.025 0.023 0.437 0.374 41 S 0.280 0.023 0.022 0.025 0.285 0.365 42 T 0.502 0.024 0.019 0.028 0.171 0.256 43 S 0.680 0.014 0.017 0.025 0.107 0.157 44 I 0.759 0.009 0.017 0.025 0.082 0.108 45 Q 0.804 0.006 0.015 0.022 0.069 0.084 46 Y 0.792 0.009 0.020 0.027 0.074 0.078 47 H 0.651 0.005 0.014 0.026 0.138 0.165 48 G 0.637 0.011 0.011 0.019 0.145 0.177 49 I 0.573 0.035 0.011 0.023 0.161 0.197 50 S 0.386 0.034 0.018 0.042 0.326 0.194 51 K 0.168 0.014 0.049 0.107 0.469 0.193 52 N 0.076 0.007 0.055 0.143 0.569 0.150 53 D 0.052 0.007 0.055 0.217 0.516 0.154 54 N 0.084 0.020 0.044 0.319 0.296 0.236 55 I 0.112 0.021 0.050 0.437 0.197 0.184 56 K 0.131 0.011 0.056 0.418 0.187 0.197 57 K 0.119 0.012 0.065 0.495 0.153 0.156 58 S 0.120 0.013 0.052 0.498 0.137 0.179 59 V 0.094 0.006 0.071 0.583 0.123 0.122 60 N 0.077 0.005 0.073 0.559 0.145 0.140 61 K 0.075 0.007 0.086 0.568 0.143 0.122 62 L 0.054 0.007 0.056 0.624 0.134 0.125 63 D 0.059 0.006 0.081 0.552 0.172 0.130 64 K 0.041 0.004 0.079 0.615 0.150 0.112 65 Q 0.073 0.010 0.070 0.559 0.141 0.147 66 I 0.122 0.013 0.055 0.501 0.151 0.158 67 N 0.143 0.010 0.031 0.321 0.193 0.301 68 M 0.113 0.009 0.062 0.426 0.220 0.170 69 A 0.076 0.009 0.063 0.415 0.265 0.173 70 D 0.074 0.006 0.080 0.377 0.305 0.158 71 R 0.062 0.009 0.081 0.415 0.282 0.152 72 S 0.092 0.013 0.068 0.356 0.289 0.183 73 L 0.074 0.008 0.076 0.389 0.284 0.170 74 G 0.120 0.013 0.041 0.143 0.304 0.379 75 L 0.258 0.012 0.068 0.099 0.305 0.258 76 Q 0.444 0.010 0.051 0.062 0.208 0.226 77 Q 0.766 0.006 0.021 0.035 0.076 0.097 78 V 0.905 0.003 0.005 0.022 0.024 0.040 79 V 0.925 0.002 0.002 0.022 0.013 0.036 80 C 0.929 0.002 0.002 0.023 0.013 0.031 81 I 0.882 0.004 0.004 0.035 0.027 0.048 82 F 0.739 0.007 0.009 0.041 0.089 0.115 83 S 0.433 0.014 0.014 0.059 0.250 0.229 84 Y 0.124 0.015 0.018 0.092 0.318 0.433 85 G 0.032 0.007 0.020 0.104 0.470 0.367 86 P 0.013 0.004 0.095 0.309 0.409 0.171 87 H 0.017 0.008 0.117 0.541 0.228 0.089 88 I 0.012 0.003 0.085 0.779 0.095 0.026 89 Q 0.012 0.002 0.055 0.845 0.056 0.030 90 K 0.016 0.003 0.050 0.867 0.039 0.024 91 M 0.021 0.003 0.023 0.912 0.024 0.017 92 L 0.021 0.001 0.014 0.927 0.018 0.019 93 S 0.027 0.002 0.012 0.911 0.018 0.029 94 I 0.018 0.001 0.009 0.949 0.010 0.013 95 L 0.023 0.001 0.011 0.940 0.013 0.012 96 E 0.027 0.001 0.014 0.921 0.020 0.016 97 I 0.030 0.002 0.020 0.874 0.039 0.035 98 F 0.038 0.002 0.017 0.818 0.062 0.064 99 K 0.049 0.003 0.022 0.745 0.100 0.081 100 K 0.043 0.003 0.022 0.619 0.153 0.160 101 G 0.071 0.005 0.020 0.184 0.315 0.404 102 Y 0.205 0.017 0.023 0.104 0.306 0.346 103 I 0.311 0.031 0.022 0.091 0.309 0.235 104 K 0.195 0.013 0.029 0.132 0.436 0.195 105 N 0.119 0.007 0.031 0.139 0.506 0.197 106 N 0.103 0.006 0.037 0.142 0.522 0.190 107 K 0.217 0.014 0.042 0.168 0.360 0.198 108 K 0.483 0.017 0.028 0.138 0.149 0.184 109 I 0.656 0.014 0.021 0.110 0.083 0.116 110 Y 0.677 0.012 0.017 0.102 0.078 0.114 111 Q 0.660 0.009 0.019 0.120 0.083 0.108 112 W 0.478 0.007 0.052 0.191 0.145 0.128 113 N 0.374 0.007 0.074 0.182 0.209 0.155 114 K 0.348 0.008 0.072 0.181 0.222 0.168 115 L 0.343 0.016 0.052 0.161 0.206 0.223 116 T 0.326 0.018 0.040 0.135 0.209 0.272 117 S 0.363 0.009 0.044 0.156 0.183 0.245 118 F 0.420 0.016 0.036 0.160 0.152 0.216 119 D 0.398 0.017 0.033 0.150 0.166 0.237 120 I 0.384 0.016 0.039 0.166 0.167 0.228 121 K 0.263 0.016 0.035 0.185 0.213 0.289 122 R 0.150 0.012 0.041 0.249 0.298 0.250 123 E 0.059 0.007 0.037 0.297 0.335 0.265 124 G 0.033 0.008 0.024 0.254 0.338 0.343 125 R 0.034 0.010 0.041 0.326 0.348 0.242 126 N 0.033 0.009 0.042 0.429 0.260 0.227 127 E 0.033 0.009 0.065 0.520 0.217 0.156 128 L 0.031 0.009 0.049 0.572 0.177 0.163 129 Q 0.035 0.006 0.054 0.541 0.191 0.174 130 E 0.029 0.004 0.073 0.633 0.151 0.109 131 E 0.036 0.004 0.058 0.586 0.150 0.165 132 R 0.063 0.006 0.069 0.466 0.187 0.208 133 L 0.102 0.009 0.037 0.372 0.188 0.291 134 K 0.133 0.012 0.025 0.274 0.156 0.399 135 V 0.266 0.011 0.015 0.217 0.122 0.369 136 P 0.342 0.003 0.016 0.154 0.099 0.385 137 I 0.662 0.006 0.015 0.147 0.043 0.127 138 L 0.831 0.005 0.011 0.088 0.019 0.045 139 V 0.871 0.003 0.008 0.060 0.017 0.041 140 T 0.873 0.002 0.007 0.046 0.021 0.052 141 L 0.810 0.008 0.007 0.046 0.041 0.088 142 V 0.645 0.010 0.007 0.057 0.113 0.168 143 S 0.305 0.007 0.011 0.047 0.335 0.294 144 D 0.124 0.011 0.057 0.093 0.497 0.218 145 S 0.134 0.009 0.091 0.109 0.476 0.181 146 E 0.261 0.009 0.101 0.146 0.313 0.170 147 I 0.462 0.020 0.053 0.130 0.152 0.183 148 I 0.531 0.018 0.037 0.131 0.116 0.168 149 D 0.542 0.014 0.035 0.129 0.126 0.154 150 L 0.390 0.011 0.039 0.153 0.173 0.234 151 N 0.280 0.012 0.032 0.125 0.256 0.295 152 L 0.188 0.011 0.093 0.211 0.303 0.193 153 H 0.141 0.013 0.113 0.201 0.343 0.189 154 S 0.211 0.012 0.124 0.196 0.291 0.165 155 F 0.199 0.018 0.085 0.186 0.230 0.281 156 T 0.146 0.029 0.039 0.160 0.165 0.461 157 K 0.068 0.017 0.021 0.130 0.119 0.645 158 Q 0.002 0.002 0.001 0.009 0.022 0.965