# TARGET YGR030C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR030C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.016 0.770 0.004 0.011 0.059 0.001 0.002 0.014 0.029 0.020 0.015 0.057 2 I 0.014 0.048 0.588 0.008 0.019 0.101 0.003 0.005 0.041 0.036 0.037 0.034 0.066 3 N 0.022 0.018 0.271 0.033 0.030 0.148 0.003 0.011 0.038 0.190 0.122 0.060 0.053 4 G 0.045 0.007 0.261 0.025 0.037 0.151 0.007 0.011 0.047 0.132 0.159 0.041 0.077 5 V 0.121 0.020 0.234 0.004 0.020 0.161 0.029 0.023 0.056 0.049 0.039 0.091 0.153 6 Y 0.153 0.033 0.159 0.006 0.014 0.149 0.037 0.046 0.076 0.027 0.040 0.112 0.147 7 Y 0.099 0.012 0.202 0.018 0.024 0.218 0.017 0.038 0.054 0.055 0.066 0.065 0.133 8 N 0.064 0.008 0.195 0.027 0.030 0.302 0.012 0.012 0.022 0.093 0.090 0.081 0.062 9 E 0.042 0.016 0.151 0.006 0.065 0.363 0.006 0.003 0.013 0.082 0.129 0.026 0.096 10 I 0.043 0.022 0.163 0.008 0.043 0.399 0.007 0.006 0.016 0.083 0.086 0.052 0.073 11 S 0.029 0.024 0.234 0.012 0.059 0.331 0.005 0.003 0.009 0.067 0.121 0.032 0.073 12 R 0.015 0.008 0.160 0.016 0.061 0.311 0.002 0.001 0.004 0.137 0.212 0.037 0.037 13 D 0.012 0.013 0.237 0.009 0.069 0.280 0.002 0.001 0.003 0.109 0.200 0.020 0.046 14 L 0.011 0.033 0.264 0.004 0.065 0.229 0.002 0.001 0.007 0.178 0.114 0.038 0.052 15 D 0.010 0.037 0.477 0.006 0.046 0.128 0.003 0.001 0.010 0.073 0.130 0.026 0.054 16 I 0.009 0.022 0.363 0.005 0.064 0.194 0.001 0.001 0.009 0.120 0.164 0.011 0.036 17 S 0.005 0.017 0.425 0.003 0.043 0.134 0.001 0.001 0.005 0.169 0.158 0.019 0.021 18 S 0.002 0.011 0.332 0.001 0.045 0.166 0.001 0.001 0.003 0.228 0.186 0.008 0.018 19 S 0.002 0.009 0.238 0.001 0.028 0.344 0.001 0.001 0.003 0.202 0.154 0.006 0.013 20 T 0.004 0.008 0.145 0.001 0.031 0.641 0.001 0.001 0.003 0.073 0.074 0.006 0.013 21 Q 0.011 0.005 0.098 0.002 0.020 0.753 0.001 0.001 0.004 0.038 0.042 0.014 0.013 22 C 0.015 0.006 0.068 0.002 0.021 0.796 0.001 0.001 0.003 0.020 0.033 0.007 0.028 23 L 0.010 0.004 0.031 0.002 0.026 0.875 0.002 0.001 0.002 0.013 0.018 0.005 0.012 24 R 0.012 0.001 0.031 0.003 0.033 0.855 0.002 0.001 0.002 0.012 0.032 0.009 0.007 25 F 0.011 0.002 0.027 0.001 0.043 0.812 0.002 0.001 0.003 0.013 0.068 0.004 0.013 26 L 0.012 0.007 0.046 0.004 0.039 0.760 0.002 0.001 0.003 0.024 0.079 0.007 0.015 27 K 0.008 0.003 0.044 0.007 0.062 0.710 0.002 0.001 0.002 0.028 0.110 0.011 0.011 28 E 0.015 0.002 0.060 0.006 0.067 0.660 0.002 0.001 0.002 0.047 0.109 0.011 0.018 29 T 0.017 0.012 0.094 0.003 0.043 0.561 0.003 0.001 0.008 0.054 0.115 0.030 0.059 30 V 0.023 0.034 0.177 0.008 0.018 0.445 0.005 0.001 0.012 0.058 0.078 0.021 0.117 31 I 0.012 0.013 0.314 0.019 0.010 0.337 0.003 0.001 0.010 0.099 0.027 0.116 0.039 32 P 0.009 0.012 0.328 0.015 0.031 0.319 0.002 0.001 0.009 0.070 0.058 0.019 0.127 33 S 0.022 0.023 0.191 0.009 0.068 0.444 0.002 0.003 0.009 0.063 0.093 0.033 0.041 34 L 0.015 0.018 0.143 0.005 0.110 0.447 0.002 0.003 0.008 0.085 0.108 0.017 0.040 35 A 0.012 0.014 0.152 0.006 0.125 0.343 0.001 0.003 0.008 0.087 0.201 0.020 0.028 36 N 0.007 0.013 0.166 0.005 0.091 0.198 0.001 0.002 0.005 0.141 0.340 0.011 0.021 37 N 0.003 0.011 0.198 0.003 0.051 0.093 0.001 0.001 0.003 0.235 0.381 0.009 0.013 38 G 0.003 0.014 0.275 0.004 0.035 0.044 0.001 0.001 0.003 0.307 0.286 0.012 0.016 39 N 0.006 0.028 0.378 0.004 0.036 0.044 0.001 0.002 0.004 0.276 0.170 0.018 0.034 40 N 0.013 0.034 0.363 0.011 0.038 0.053 0.001 0.003 0.006 0.251 0.147 0.033 0.046 41 S 0.030 0.025 0.370 0.011 0.045 0.098 0.003 0.006 0.014 0.156 0.120 0.034 0.089 42 T 0.073 0.021 0.250 0.029 0.036 0.134 0.006 0.021 0.023 0.145 0.098 0.082 0.083 43 S 0.106 0.023 0.233 0.021 0.032 0.131 0.012 0.025 0.041 0.078 0.059 0.073 0.166 44 I 0.157 0.027 0.193 0.013 0.022 0.104 0.022 0.045 0.047 0.052 0.025 0.122 0.171 45 Q 0.164 0.027 0.182 0.026 0.026 0.092 0.022 0.052 0.056 0.040 0.041 0.104 0.168 46 Y 0.162 0.020 0.176 0.027 0.037 0.082 0.017 0.022 0.045 0.064 0.058 0.111 0.179 47 H 0.087 0.015 0.194 0.056 0.044 0.078 0.009 0.014 0.029 0.119 0.166 0.095 0.094 48 G 0.058 0.016 0.237 0.026 0.044 0.047 0.005 0.006 0.022 0.160 0.212 0.068 0.099 49 I 0.053 0.039 0.405 0.004 0.021 0.044 0.007 0.008 0.020 0.114 0.042 0.098 0.144 50 S 0.022 0.073 0.500 0.004 0.023 0.050 0.004 0.005 0.019 0.085 0.053 0.037 0.124 51 K 0.011 0.010 0.235 0.009 0.056 0.170 0.001 0.002 0.004 0.156 0.295 0.024 0.028 52 N 0.007 0.009 0.186 0.007 0.076 0.215 0.001 0.001 0.002 0.120 0.347 0.008 0.022 53 D 0.008 0.010 0.198 0.004 0.074 0.278 0.001 0.001 0.002 0.195 0.194 0.019 0.015 54 N 0.017 0.018 0.261 0.004 0.045 0.301 0.001 0.002 0.007 0.117 0.164 0.017 0.045 55 I 0.032 0.032 0.259 0.002 0.036 0.381 0.003 0.007 0.014 0.068 0.065 0.027 0.074 56 K 0.036 0.023 0.201 0.015 0.037 0.457 0.004 0.006 0.011 0.060 0.078 0.036 0.036 57 K 0.024 0.006 0.151 0.003 0.039 0.542 0.003 0.002 0.008 0.080 0.075 0.033 0.034 58 S 0.021 0.013 0.188 0.003 0.036 0.532 0.002 0.003 0.009 0.043 0.090 0.015 0.046 59 V 0.022 0.017 0.162 0.002 0.039 0.568 0.002 0.003 0.005 0.058 0.077 0.021 0.024 60 N 0.023 0.012 0.178 0.006 0.037 0.519 0.002 0.002 0.005 0.077 0.088 0.023 0.028 61 K 0.015 0.005 0.137 0.002 0.055 0.578 0.001 0.001 0.004 0.054 0.117 0.009 0.022 62 L 0.011 0.007 0.115 0.002 0.042 0.618 0.001 0.002 0.003 0.062 0.111 0.012 0.013 63 D 0.009 0.008 0.126 0.002 0.066 0.575 0.001 0.002 0.003 0.054 0.130 0.008 0.015 64 K 0.008 0.006 0.116 0.004 0.055 0.540 0.001 0.002 0.005 0.086 0.154 0.012 0.012 65 Q 0.011 0.009 0.157 0.003 0.039 0.541 0.002 0.002 0.008 0.049 0.141 0.009 0.027 66 I 0.020 0.029 0.224 0.002 0.024 0.465 0.003 0.004 0.013 0.083 0.067 0.030 0.036 67 N 0.014 0.024 0.293 0.005 0.021 0.414 0.003 0.004 0.013 0.075 0.069 0.024 0.042 68 M 0.009 0.007 0.147 0.002 0.056 0.549 0.001 0.002 0.005 0.063 0.128 0.007 0.022 69 A 0.009 0.007 0.120 0.004 0.062 0.529 0.001 0.003 0.005 0.063 0.174 0.013 0.012 70 D 0.008 0.011 0.154 0.002 0.110 0.407 0.001 0.003 0.005 0.077 0.192 0.010 0.021 71 R 0.009 0.009 0.148 0.004 0.077 0.379 0.001 0.003 0.005 0.127 0.208 0.015 0.017 72 S 0.013 0.016 0.196 0.005 0.086 0.309 0.001 0.002 0.005 0.092 0.230 0.015 0.028 73 L 0.020 0.020 0.191 0.007 0.069 0.230 0.002 0.004 0.005 0.137 0.261 0.019 0.034 74 G 0.019 0.013 0.259 0.023 0.051 0.145 0.002 0.002 0.007 0.160 0.256 0.029 0.035 75 L 0.043 0.018 0.306 0.008 0.063 0.176 0.006 0.005 0.017 0.123 0.082 0.027 0.125 76 Q 0.098 0.015 0.178 0.051 0.033 0.185 0.012 0.013 0.026 0.119 0.079 0.116 0.075 77 Q 0.141 0.015 0.156 0.019 0.025 0.154 0.026 0.019 0.078 0.063 0.059 0.077 0.168 78 V 0.268 0.010 0.097 0.024 0.006 0.093 0.049 0.046 0.106 0.023 0.011 0.062 0.206 79 V 0.343 0.005 0.067 0.057 0.005 0.082 0.072 0.059 0.077 0.013 0.006 0.111 0.103 80 C 0.416 0.006 0.038 0.010 0.006 0.055 0.096 0.047 0.080 0.010 0.005 0.107 0.124 81 I 0.313 0.009 0.061 0.026 0.019 0.104 0.092 0.076 0.073 0.016 0.019 0.039 0.155 82 F 0.227 0.011 0.121 0.018 0.027 0.108 0.050 0.028 0.067 0.048 0.052 0.157 0.087 83 S 0.078 0.017 0.220 0.007 0.034 0.100 0.020 0.005 0.035 0.113 0.178 0.046 0.147 84 Y 0.014 0.016 0.341 0.007 0.022 0.090 0.002 0.001 0.011 0.224 0.198 0.018 0.055 85 G 0.002 0.006 0.401 0.003 0.028 0.182 0.001 0.001 0.002 0.253 0.096 0.011 0.015 86 P 0.001 0.003 0.084 0.001 0.056 0.589 0.001 0.001 0.001 0.085 0.173 0.002 0.005 87 H 0.002 0.004 0.072 0.001 0.051 0.679 0.001 0.001 0.001 0.055 0.125 0.005 0.005 88 I 0.002 0.003 0.033 0.001 0.028 0.879 0.001 0.001 0.002 0.018 0.026 0.001 0.007 89 Q 0.004 0.002 0.030 0.002 0.022 0.897 0.001 0.001 0.002 0.010 0.024 0.003 0.003 90 K 0.006 0.002 0.020 0.001 0.025 0.892 0.001 0.001 0.002 0.011 0.031 0.004 0.006 91 M 0.004 0.002 0.011 0.001 0.017 0.927 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 0.001 0.005 92 L 0.006 0.001 0.014 0.001 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.004 0.003 93 S 0.006 0.002 0.014 0.001 0.009 0.929 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.003 0.004 94 I 0.009 0.001 0.010 0.001 0.007 0.935 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.001 0.005 95 L 0.009 0.001 0.010 0.001 0.010 0.934 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.003 0.003 96 E 0.008 0.001 0.011 0.001 0.011 0.927 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.003 0.004 97 I 0.006 0.001 0.013 0.001 0.010 0.911 0.001 0.001 0.001 0.009 0.040 0.002 0.006 98 F 0.005 0.005 0.033 0.001 0.014 0.835 0.001 0.001 0.002 0.020 0.072 0.004 0.008 99 K 0.007 0.006 0.047 0.002 0.023 0.717 0.001 0.001 0.003 0.029 0.144 0.008 0.012 100 K 0.003 0.002 0.052 0.003 0.038 0.466 0.001 0.001 0.002 0.048 0.378 0.003 0.005 101 G 0.004 0.003 0.124 0.004 0.052 0.195 0.001 0.001 0.004 0.118 0.472 0.011 0.012 102 Y 0.018 0.023 0.347 0.003 0.062 0.178 0.003 0.003 0.010 0.106 0.136 0.039 0.071 103 I 0.035 0.055 0.307 0.004 0.036 0.160 0.005 0.005 0.020 0.088 0.068 0.050 0.167 104 K 0.026 0.026 0.328 0.033 0.029 0.135 0.003 0.003 0.013 0.124 0.126 0.091 0.064 105 N 0.016 0.010 0.216 0.018 0.031 0.131 0.002 0.001 0.005 0.171 0.305 0.029 0.065 106 N 0.019 0.008 0.282 0.011 0.040 0.130 0.002 0.001 0.004 0.167 0.262 0.029 0.047 107 K 0.038 0.017 0.310 0.009 0.036 0.144 0.005 0.004 0.012 0.149 0.125 0.076 0.075 108 K 0.073 0.023 0.295 0.009 0.027 0.163 0.013 0.011 0.029 0.055 0.047 0.075 0.180 109 I 0.131 0.030 0.191 0.023 0.027 0.224 0.017 0.016 0.029 0.045 0.039 0.066 0.163 110 Y 0.149 0.014 0.173 0.027 0.028 0.227 0.017 0.008 0.016 0.054 0.050 0.142 0.094 111 Q 0.179 0.014 0.155 0.011 0.034 0.213 0.015 0.008 0.014 0.051 0.052 0.073 0.182 112 W 0.117 0.017 0.173 0.022 0.057 0.224 0.010 0.008 0.012 0.073 0.091 0.062 0.135 113 N 0.074 0.010 0.187 0.037 0.065 0.182 0.006 0.004 0.009 0.130 0.136 0.093 0.068 114 K 0.086 0.012 0.181 0.019 0.062 0.187 0.006 0.003 0.011 0.109 0.135 0.063 0.129 115 L 0.099 0.016 0.230 0.016 0.045 0.177 0.008 0.004 0.013 0.094 0.096 0.058 0.146 116 T 0.082 0.021 0.276 0.025 0.027 0.141 0.007 0.003 0.017 0.111 0.084 0.127 0.078 117 S 0.072 0.017 0.264 0.017 0.029 0.187 0.008 0.004 0.022 0.101 0.086 0.038 0.155 118 F 0.066 0.014 0.248 0.012 0.025 0.237 0.007 0.008 0.023 0.112 0.062 0.116 0.072 119 D 0.059 0.024 0.318 0.008 0.021 0.216 0.006 0.008 0.028 0.061 0.048 0.067 0.135 120 I 0.053 0.023 0.241 0.008 0.048 0.321 0.007 0.009 0.020 0.063 0.059 0.042 0.104 121 K 0.032 0.015 0.264 0.014 0.055 0.327 0.004 0.004 0.016 0.089 0.089 0.045 0.048 122 R 0.016 0.012 0.209 0.004 0.070 0.398 0.002 0.001 0.011 0.092 0.125 0.017 0.045 123 E 0.006 0.005 0.162 0.001 0.046 0.391 0.001 0.001 0.004 0.097 0.260 0.014 0.013 124 G 0.004 0.009 0.256 0.002 0.034 0.230 0.001 0.001 0.003 0.126 0.308 0.011 0.016 125 R 0.005 0.010 0.378 0.001 0.038 0.302 0.001 0.001 0.002 0.115 0.115 0.012 0.020 126 N 0.014 0.016 0.268 0.002 0.042 0.420 0.001 0.001 0.003 0.108 0.082 0.019 0.025 127 E 0.015 0.013 0.186 0.002 0.063 0.524 0.001 0.001 0.002 0.068 0.087 0.013 0.025 128 L 0.015 0.007 0.136 0.003 0.073 0.582 0.002 0.001 0.002 0.045 0.105 0.009 0.022 129 Q 0.012 0.008 0.143 0.005 0.079 0.540 0.001 0.001 0.002 0.059 0.114 0.019 0.016 130 E 0.005 0.006 0.138 0.005 0.094 0.527 0.001 0.001 0.002 0.078 0.107 0.009 0.028 131 E 0.006 0.009 0.127 0.003 0.076 0.489 0.001 0.001 0.003 0.081 0.167 0.017 0.018 132 R 0.012 0.014 0.171 0.005 0.081 0.358 0.004 0.002 0.007 0.073 0.204 0.012 0.058 133 L 0.012 0.013 0.286 0.026 0.051 0.201 0.007 0.002 0.013 0.141 0.145 0.061 0.043 134 K 0.013 0.015 0.329 0.036 0.025 0.085 0.006 0.002 0.019 0.160 0.151 0.026 0.133 135 V 0.013 0.012 0.447 0.022 0.008 0.043 0.006 0.003 0.045 0.185 0.032 0.140 0.046 136 P 0.022 0.005 0.514 0.023 0.004 0.018 0.014 0.007 0.086 0.067 0.017 0.021 0.203 137 I 0.135 0.008 0.113 0.014 0.002 0.013 0.086 0.069 0.292 0.014 0.006 0.180 0.069 138 L 0.210 0.005 0.040 0.012 0.001 0.014 0.138 0.135 0.240 0.006 0.003 0.030 0.166 139 V 0.294 0.003 0.045 0.033 0.001 0.010 0.164 0.097 0.147 0.006 0.003 0.120 0.077 140 T 0.278 0.002 0.061 0.011 0.001 0.007 0.113 0.064 0.114 0.008 0.002 0.173 0.168 141 L 0.135 0.010 0.099 0.020 0.004 0.010 0.094 0.031 0.130 0.018 0.009 0.057 0.382 142 V 0.073 0.014 0.282 0.060 0.010 0.017 0.038 0.015 0.079 0.090 0.035 0.152 0.134 143 S 0.032 0.020 0.341 0.026 0.016 0.019 0.007 0.002 0.029 0.130 0.063 0.094 0.221 144 D 0.011 0.010 0.269 0.025 0.073 0.060 0.002 0.001 0.006 0.173 0.251 0.028 0.090 145 S 0.012 0.006 0.143 0.022 0.103 0.105 0.002 0.001 0.005 0.189 0.350 0.026 0.038 146 E 0.045 0.012 0.227 0.008 0.075 0.166 0.006 0.003 0.015 0.142 0.110 0.113 0.077 147 I 0.075 0.028 0.205 0.006 0.029 0.160 0.013 0.007 0.032 0.043 0.033 0.019 0.351 148 I 0.135 0.020 0.155 0.097 0.011 0.127 0.019 0.010 0.028 0.043 0.023 0.276 0.056 149 D 0.159 0.013 0.138 0.031 0.017 0.154 0.022 0.011 0.025 0.048 0.027 0.072 0.283 150 L 0.106 0.016 0.159 0.027 0.056 0.251 0.018 0.014 0.023 0.066 0.064 0.075 0.126 151 N 0.076 0.026 0.204 0.017 0.063 0.219 0.019 0.013 0.032 0.070 0.085 0.086 0.091 152 L 0.057 0.020 0.162 0.013 0.121 0.235 0.012 0.003 0.015 0.066 0.116 0.028 0.152 153 H 0.055 0.010 0.190 0.014 0.101 0.209 0.011 0.002 0.015 0.093 0.150 0.100 0.051 154 S 0.044 0.017 0.195 0.007 0.104 0.217 0.006 0.001 0.011 0.146 0.138 0.034 0.080 155 F 0.025 0.019 0.243 0.004 0.055 0.224 0.004 0.001 0.010 0.188 0.118 0.048 0.062 156 T 0.009 0.030 0.403 0.002 0.028 0.151 0.004 0.001 0.009 0.140 0.140 0.028 0.055 157 K 0.002 0.018 0.718 0.001 0.010 0.082 0.001 0.001 0.010 0.036 0.078 0.013 0.032 158 Q 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004