# TARGET YGR030C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR030C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H I M P Q S T Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.921 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.012 0.012 2 I 0.002 0.055 0.755 0.002 0.014 0.040 0.001 0.001 0.002 0.026 0.042 0.027 0.036 3 N 0.007 0.014 0.322 0.021 0.045 0.126 0.001 0.002 0.009 0.047 0.223 0.141 0.043 4 G 0.017 0.012 0.246 0.020 0.056 0.170 0.001 0.004 0.016 0.054 0.186 0.144 0.076 5 V 0.037 0.021 0.277 0.005 0.030 0.224 0.001 0.011 0.035 0.073 0.095 0.043 0.148 6 Y 0.053 0.058 0.222 0.009 0.022 0.208 0.001 0.012 0.046 0.077 0.059 0.032 0.202 7 Y 0.060 0.013 0.191 0.018 0.047 0.305 0.001 0.010 0.041 0.058 0.062 0.045 0.149 8 N 0.064 0.008 0.181 0.032 0.066 0.307 0.001 0.006 0.012 0.025 0.113 0.083 0.103 9 E 0.059 0.011 0.181 0.006 0.072 0.354 0.001 0.008 0.004 0.019 0.080 0.098 0.108 10 I 0.041 0.028 0.223 0.009 0.060 0.301 0.001 0.009 0.003 0.016 0.096 0.090 0.123 11 S 0.026 0.016 0.259 0.014 0.074 0.277 0.001 0.005 0.005 0.018 0.081 0.097 0.127 12 R 0.010 0.007 0.166 0.013 0.081 0.327 0.001 0.002 0.002 0.012 0.136 0.180 0.063 13 D 0.011 0.011 0.233 0.008 0.077 0.258 0.001 0.003 0.002 0.017 0.115 0.192 0.073 14 L 0.011 0.028 0.341 0.006 0.041 0.183 0.001 0.004 0.002 0.024 0.162 0.078 0.120 15 D 0.011 0.027 0.400 0.006 0.035 0.153 0.001 0.004 0.005 0.036 0.086 0.091 0.145 16 I 0.009 0.020 0.314 0.004 0.051 0.234 0.001 0.004 0.004 0.021 0.116 0.134 0.089 17 S 0.006 0.013 0.383 0.006 0.045 0.184 0.001 0.002 0.002 0.011 0.131 0.166 0.052 18 S 0.003 0.008 0.265 0.004 0.047 0.216 0.001 0.001 0.001 0.004 0.204 0.217 0.030 19 S 0.004 0.007 0.247 0.003 0.048 0.388 0.001 0.001 0.001 0.004 0.112 0.161 0.026 20 T 0.005 0.005 0.138 0.003 0.047 0.593 0.001 0.001 0.001 0.004 0.091 0.084 0.027 21 Q 0.008 0.011 0.112 0.002 0.035 0.673 0.001 0.001 0.001 0.006 0.051 0.065 0.034 22 C 0.012 0.012 0.081 0.002 0.031 0.739 0.001 0.004 0.003 0.008 0.028 0.037 0.044 23 L 0.017 0.006 0.073 0.005 0.030 0.768 0.001 0.003 0.003 0.006 0.021 0.031 0.037 24 R 0.022 0.004 0.049 0.006 0.032 0.762 0.001 0.005 0.003 0.009 0.024 0.036 0.047 25 F 0.017 0.004 0.053 0.003 0.035 0.751 0.001 0.003 0.003 0.008 0.023 0.048 0.051 26 L 0.025 0.006 0.086 0.010 0.033 0.676 0.001 0.005 0.002 0.007 0.040 0.057 0.052 27 K 0.019 0.006 0.077 0.007 0.039 0.662 0.001 0.003 0.002 0.007 0.043 0.089 0.047 28 E 0.014 0.005 0.083 0.006 0.040 0.613 0.001 0.002 0.002 0.006 0.062 0.118 0.048 29 T 0.023 0.013 0.142 0.004 0.027 0.532 0.001 0.004 0.003 0.011 0.057 0.104 0.080 30 V 0.026 0.027 0.184 0.005 0.020 0.470 0.001 0.008 0.003 0.014 0.081 0.065 0.097 31 I 0.014 0.012 0.270 0.020 0.027 0.414 0.001 0.003 0.002 0.011 0.082 0.040 0.105 32 P 0.010 0.005 0.181 0.021 0.059 0.511 0.001 0.002 0.002 0.008 0.055 0.066 0.080 33 S 0.012 0.010 0.127 0.012 0.080 0.529 0.001 0.002 0.002 0.007 0.060 0.091 0.066 34 L 0.014 0.029 0.148 0.009 0.084 0.471 0.001 0.004 0.003 0.009 0.067 0.084 0.077 35 A 0.011 0.033 0.229 0.007 0.065 0.331 0.001 0.003 0.003 0.011 0.094 0.141 0.071 36 N 0.006 0.012 0.185 0.005 0.056 0.196 0.001 0.001 0.002 0.006 0.132 0.353 0.044 37 N 0.003 0.010 0.179 0.003 0.039 0.089 0.001 0.001 0.001 0.003 0.268 0.384 0.020 38 G 0.003 0.017 0.279 0.006 0.034 0.032 0.001 0.001 0.001 0.003 0.332 0.265 0.027 39 N 0.004 0.021 0.314 0.006 0.044 0.029 0.001 0.001 0.001 0.005 0.286 0.257 0.033 40 N 0.006 0.029 0.338 0.009 0.044 0.036 0.001 0.001 0.002 0.006 0.280 0.196 0.053 41 S 0.014 0.030 0.383 0.014 0.066 0.054 0.001 0.002 0.004 0.013 0.176 0.128 0.116 42 T 0.027 0.020 0.293 0.019 0.057 0.114 0.001 0.005 0.006 0.018 0.179 0.103 0.158 43 S 0.089 0.026 0.212 0.027 0.050 0.108 0.001 0.013 0.014 0.026 0.069 0.059 0.306 44 I 0.158 0.022 0.153 0.015 0.029 0.108 0.001 0.023 0.027 0.047 0.041 0.027 0.350 45 Q 0.199 0.024 0.161 0.026 0.025 0.107 0.001 0.030 0.029 0.065 0.031 0.032 0.271 46 Y 0.140 0.027 0.161 0.025 0.039 0.118 0.001 0.018 0.021 0.071 0.060 0.047 0.272 47 H 0.078 0.017 0.191 0.074 0.041 0.086 0.001 0.009 0.012 0.047 0.124 0.149 0.171 48 G 0.049 0.017 0.230 0.026 0.044 0.056 0.001 0.008 0.008 0.042 0.171 0.183 0.165 49 I 0.051 0.061 0.361 0.005 0.025 0.050 0.001 0.010 0.007 0.029 0.115 0.059 0.228 50 S 0.019 0.049 0.535 0.004 0.021 0.040 0.001 0.005 0.007 0.030 0.087 0.057 0.146 51 K 0.009 0.017 0.244 0.005 0.043 0.107 0.001 0.002 0.004 0.012 0.166 0.346 0.044 52 N 0.003 0.005 0.188 0.004 0.050 0.138 0.001 0.001 0.002 0.004 0.236 0.353 0.016 53 D 0.002 0.007 0.265 0.002 0.062 0.210 0.001 0.001 0.001 0.003 0.248 0.179 0.021 54 N 0.004 0.019 0.254 0.001 0.051 0.364 0.001 0.001 0.001 0.004 0.121 0.146 0.034 55 I 0.006 0.021 0.206 0.001 0.048 0.531 0.001 0.002 0.002 0.007 0.066 0.061 0.047 56 K 0.005 0.011 0.174 0.004 0.057 0.609 0.001 0.001 0.002 0.006 0.043 0.059 0.029 57 K 0.003 0.003 0.104 0.003 0.059 0.658 0.001 0.001 0.001 0.005 0.071 0.071 0.021 58 S 0.003 0.008 0.162 0.001 0.049 0.623 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 0.067 0.024 59 V 0.003 0.008 0.118 0.001 0.055 0.699 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.051 0.017 60 N 0.004 0.005 0.098 0.003 0.055 0.681 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.096 0.016 61 K 0.004 0.003 0.122 0.001 0.068 0.628 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.101 0.020 62 L 0.003 0.006 0.159 0.001 0.049 0.629 0.001 0.001 0.001 0.002 0.061 0.075 0.015 63 D 0.002 0.004 0.126 0.002 0.063 0.652 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.085 0.013 64 K 0.001 0.003 0.077 0.002 0.055 0.669 0.001 0.001 0.001 0.005 0.068 0.107 0.012 65 Q 0.004 0.008 0.118 0.001 0.053 0.625 0.001 0.001 0.002 0.010 0.050 0.102 0.027 66 I 0.005 0.014 0.179 0.001 0.030 0.592 0.001 0.002 0.002 0.013 0.069 0.059 0.034 67 N 0.006 0.010 0.247 0.004 0.027 0.517 0.001 0.001 0.003 0.012 0.052 0.081 0.039 68 M 0.003 0.004 0.146 0.001 0.058 0.620 0.001 0.001 0.001 0.007 0.055 0.084 0.020 69 A 0.004 0.006 0.130 0.003 0.067 0.573 0.001 0.001 0.001 0.003 0.063 0.132 0.016 70 D 0.003 0.005 0.168 0.002 0.109 0.429 0.001 0.001 0.001 0.004 0.083 0.177 0.018 71 R 0.003 0.006 0.146 0.001 0.092 0.401 0.001 0.001 0.001 0.003 0.111 0.219 0.017 72 S 0.005 0.017 0.227 0.003 0.092 0.279 0.001 0.001 0.003 0.004 0.147 0.190 0.032 73 L 0.007 0.009 0.174 0.004 0.074 0.201 0.001 0.001 0.003 0.006 0.119 0.369 0.032 74 G 0.015 0.012 0.239 0.008 0.053 0.150 0.001 0.003 0.003 0.013 0.113 0.335 0.056 75 L 0.030 0.014 0.317 0.010 0.075 0.177 0.001 0.006 0.006 0.026 0.093 0.108 0.139 76 Q 0.059 0.009 0.194 0.111 0.046 0.160 0.001 0.007 0.008 0.039 0.135 0.082 0.149 77 Q 0.129 0.010 0.112 0.027 0.023 0.135 0.001 0.032 0.024 0.176 0.037 0.030 0.265 78 V 0.208 0.006 0.052 0.027 0.006 0.096 0.001 0.047 0.071 0.191 0.015 0.013 0.268 79 V 0.276 0.003 0.036 0.096 0.004 0.102 0.001 0.066 0.103 0.127 0.010 0.006 0.170 80 C 0.279 0.004 0.040 0.013 0.005 0.127 0.001 0.065 0.097 0.131 0.006 0.008 0.225 81 I 0.217 0.006 0.047 0.014 0.009 0.134 0.001 0.101 0.127 0.121 0.014 0.019 0.190 82 F 0.153 0.009 0.137 0.036 0.018 0.159 0.001 0.049 0.042 0.094 0.045 0.054 0.204 83 S 0.076 0.013 0.272 0.012 0.020 0.133 0.001 0.018 0.006 0.043 0.115 0.141 0.151 84 Y 0.014 0.009 0.291 0.005 0.020 0.108 0.001 0.005 0.003 0.012 0.288 0.190 0.055 85 G 0.001 0.006 0.406 0.003 0.021 0.091 0.001 0.001 0.001 0.003 0.370 0.073 0.025 86 P 0.001 0.005 0.174 0.002 0.076 0.369 0.001 0.001 0.001 0.002 0.138 0.214 0.019 87 H 0.002 0.008 0.128 0.001 0.099 0.467 0.001 0.001 0.001 0.003 0.089 0.181 0.021 88 I 0.002 0.005 0.066 0.001 0.084 0.739 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.050 0.013 89 Q 0.002 0.003 0.059 0.002 0.059 0.776 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.061 0.009 90 K 0.002 0.002 0.057 0.001 0.055 0.771 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.068 0.014 91 M 0.002 0.004 0.049 0.001 0.035 0.825 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.047 0.014 92 L 0.003 0.003 0.034 0.002 0.025 0.860 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.037 0.009 93 S 0.004 0.004 0.041 0.001 0.020 0.855 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.037 0.013 94 I 0.003 0.002 0.015 0.001 0.018 0.915 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.024 0.008 95 L 0.004 0.002 0.015 0.002 0.013 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.004 96 E 0.005 0.001 0.014 0.001 0.014 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.021 0.006 97 I 0.009 0.003 0.020 0.001 0.014 0.884 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.039 0.013 98 F 0.011 0.004 0.034 0.002 0.010 0.847 0.001 0.003 0.002 0.002 0.018 0.056 0.011 99 K 0.009 0.005 0.065 0.002 0.013 0.692 0.001 0.002 0.001 0.002 0.036 0.150 0.022 100 K 0.003 0.002 0.044 0.004 0.024 0.435 0.001 0.001 0.001 0.002 0.067 0.405 0.011 101 G 0.005 0.005 0.121 0.007 0.029 0.257 0.001 0.001 0.001 0.004 0.157 0.382 0.031 102 Y 0.018 0.042 0.356 0.004 0.030 0.175 0.001 0.008 0.002 0.014 0.118 0.097 0.138 103 I 0.030 0.087 0.280 0.004 0.026 0.131 0.001 0.018 0.005 0.025 0.085 0.053 0.257 104 K 0.020 0.017 0.351 0.017 0.027 0.120 0.001 0.006 0.003 0.016 0.108 0.109 0.207 105 N 0.006 0.004 0.171 0.014 0.034 0.153 0.001 0.002 0.001 0.005 0.183 0.352 0.076 106 N 0.006 0.006 0.225 0.020 0.045 0.125 0.001 0.001 0.001 0.004 0.184 0.321 0.063 107 K 0.019 0.014 0.287 0.014 0.049 0.162 0.001 0.004 0.001 0.009 0.151 0.115 0.175 108 K 0.053 0.028 0.228 0.006 0.035 0.161 0.001 0.014 0.005 0.025 0.061 0.050 0.333 109 I 0.104 0.034 0.166 0.024 0.035 0.151 0.001 0.029 0.012 0.032 0.037 0.031 0.345 110 Y 0.106 0.017 0.169 0.040 0.042 0.172 0.001 0.022 0.010 0.030 0.049 0.046 0.297 111 Q 0.094 0.021 0.186 0.019 0.049 0.183 0.001 0.018 0.007 0.031 0.057 0.061 0.274 112 W 0.056 0.013 0.189 0.033 0.093 0.187 0.001 0.008 0.005 0.016 0.099 0.093 0.209 113 N 0.034 0.010 0.179 0.052 0.087 0.157 0.001 0.004 0.002 0.013 0.146 0.175 0.141 114 K 0.038 0.022 0.196 0.019 0.079 0.139 0.001 0.009 0.002 0.013 0.122 0.186 0.175 115 L 0.037 0.029 0.355 0.011 0.037 0.090 0.001 0.006 0.004 0.019 0.124 0.071 0.217 116 T 0.035 0.031 0.350 0.018 0.029 0.107 0.001 0.006 0.003 0.025 0.105 0.075 0.214 117 S 0.040 0.012 0.224 0.019 0.048 0.195 0.001 0.008 0.005 0.028 0.095 0.122 0.202 118 F 0.038 0.011 0.235 0.024 0.041 0.249 0.001 0.006 0.005 0.026 0.118 0.064 0.181 119 D 0.042 0.016 0.298 0.010 0.031 0.213 0.001 0.006 0.005 0.035 0.054 0.042 0.248 120 I 0.040 0.022 0.244 0.006 0.041 0.297 0.001 0.009 0.006 0.032 0.062 0.048 0.193 121 K 0.042 0.019 0.277 0.011 0.048 0.260 0.001 0.009 0.007 0.032 0.083 0.060 0.151 122 R 0.017 0.011 0.227 0.003 0.060 0.337 0.001 0.003 0.001 0.013 0.125 0.097 0.106 123 E 0.007 0.007 0.218 0.006 0.050 0.320 0.001 0.001 0.001 0.006 0.119 0.223 0.043 124 G 0.004 0.008 0.344 0.002 0.042 0.235 0.001 0.001 0.001 0.004 0.139 0.186 0.034 125 R 0.004 0.010 0.266 0.001 0.053 0.366 0.001 0.001 0.001 0.003 0.119 0.143 0.034 126 N 0.003 0.013 0.270 0.002 0.060 0.346 0.001 0.001 0.001 0.004 0.128 0.134 0.039 127 E 0.005 0.014 0.215 0.001 0.066 0.455 0.001 0.001 0.001 0.003 0.090 0.114 0.035 128 L 0.007 0.008 0.185 0.001 0.049 0.525 0.001 0.001 0.001 0.004 0.076 0.114 0.029 129 Q 0.007 0.011 0.213 0.003 0.072 0.497 0.001 0.001 0.001 0.004 0.068 0.089 0.034 130 E 0.005 0.005 0.108 0.003 0.130 0.540 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 0.116 0.032 131 E 0.004 0.004 0.111 0.010 0.114 0.485 0.001 0.001 0.001 0.004 0.078 0.161 0.029 132 R 0.010 0.011 0.156 0.007 0.125 0.378 0.001 0.004 0.002 0.008 0.056 0.185 0.056 133 L 0.012 0.020 0.294 0.016 0.050 0.166 0.001 0.006 0.007 0.024 0.158 0.124 0.122 134 K 0.014 0.023 0.337 0.021 0.034 0.085 0.001 0.009 0.005 0.035 0.119 0.165 0.153 135 V 0.008 0.009 0.438 0.023 0.010 0.026 0.001 0.006 0.005 0.078 0.180 0.028 0.190 136 P 0.012 0.006 0.462 0.122 0.006 0.011 0.001 0.009 0.011 0.105 0.066 0.023 0.167 137 I 0.069 0.008 0.083 0.016 0.003 0.009 0.001 0.077 0.127 0.405 0.017 0.005 0.181 138 L 0.097 0.002 0.027 0.013 0.001 0.007 0.001 0.121 0.242 0.338 0.009 0.003 0.139 139 V 0.087 0.001 0.024 0.017 0.003 0.010 0.001 0.117 0.255 0.360 0.005 0.003 0.120 140 T 0.085 0.002 0.040 0.032 0.004 0.013 0.001 0.080 0.130 0.420 0.012 0.005 0.176 141 L 0.072 0.008 0.112 0.031 0.007 0.017 0.001 0.075 0.075 0.320 0.026 0.018 0.239 142 V 0.061 0.014 0.225 0.034 0.009 0.017 0.001 0.037 0.048 0.186 0.084 0.032 0.254 143 S 0.027 0.015 0.370 0.018 0.013 0.034 0.001 0.012 0.012 0.086 0.137 0.073 0.204 144 D 0.008 0.007 0.248 0.020 0.065 0.101 0.001 0.003 0.003 0.014 0.228 0.213 0.091 145 S 0.008 0.006 0.182 0.021 0.093 0.148 0.001 0.002 0.003 0.014 0.210 0.218 0.093 146 E 0.037 0.017 0.151 0.012 0.089 0.206 0.001 0.015 0.003 0.015 0.117 0.117 0.220 147 I 0.084 0.017 0.158 0.009 0.046 0.252 0.001 0.026 0.017 0.037 0.045 0.045 0.265 148 I 0.096 0.014 0.164 0.033 0.030 0.278 0.001 0.030 0.021 0.045 0.051 0.043 0.195 149 D 0.055 0.014 0.194 0.019 0.037 0.287 0.001 0.012 0.009 0.041 0.043 0.052 0.237 150 L 0.032 0.012 0.179 0.019 0.044 0.354 0.001 0.008 0.006 0.029 0.087 0.090 0.140 151 N 0.021 0.012 0.260 0.016 0.040 0.309 0.001 0.004 0.004 0.022 0.088 0.105 0.118 152 L 0.018 0.010 0.223 0.009 0.077 0.340 0.001 0.006 0.002 0.011 0.097 0.099 0.108 153 H 0.019 0.018 0.196 0.012 0.094 0.280 0.001 0.005 0.002 0.009 0.112 0.125 0.128 154 S 0.010 0.009 0.222 0.004 0.113 0.258 0.001 0.003 0.001 0.007 0.147 0.145 0.082 155 F 0.015 0.013 0.282 0.001 0.062 0.238 0.001 0.002 0.001 0.005 0.168 0.130 0.082 156 T 0.012 0.026 0.338 0.001 0.042 0.196 0.001 0.003 0.001 0.007 0.132 0.138 0.106 157 K 0.002 0.024 0.657 0.002 0.018 0.091 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.103 0.067 158 Q 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004