# TARGET YGR030C # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR030C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 I 0.138 0.047 0.009 0.081 0.004 0.032 0.688 3 N 0.186 0.017 0.017 0.087 0.160 0.093 0.440 4 G 0.241 0.008 0.028 0.124 0.158 0.111 0.331 5 V 0.405 0.020 0.019 0.145 0.111 0.036 0.265 6 Y 0.499 0.035 0.017 0.133 0.043 0.025 0.247 7 Y 0.318 0.017 0.049 0.249 0.059 0.064 0.245 8 N 0.236 0.009 0.070 0.299 0.092 0.121 0.173 9 E 0.148 0.011 0.106 0.373 0.099 0.120 0.143 10 I 0.143 0.021 0.089 0.372 0.087 0.103 0.186 11 S 0.134 0.012 0.102 0.298 0.107 0.134 0.213 12 R 0.110 0.009 0.111 0.298 0.126 0.180 0.165 13 D 0.099 0.015 0.093 0.257 0.122 0.171 0.243 14 L 0.130 0.025 0.061 0.197 0.161 0.120 0.306 15 D 0.130 0.026 0.035 0.119 0.128 0.139 0.424 16 I 0.092 0.026 0.051 0.192 0.160 0.125 0.354 17 S 0.063 0.013 0.045 0.204 0.162 0.137 0.376 18 S 0.032 0.007 0.065 0.357 0.161 0.185 0.193 19 S 0.036 0.006 0.048 0.492 0.109 0.135 0.175 20 T 0.041 0.008 0.045 0.643 0.070 0.083 0.111 21 Q 0.053 0.010 0.039 0.713 0.041 0.058 0.086 22 C 0.055 0.010 0.040 0.748 0.022 0.049 0.076 23 L 0.053 0.004 0.036 0.804 0.022 0.034 0.046 24 R 0.103 0.004 0.046 0.727 0.020 0.048 0.051 25 F 0.077 0.006 0.054 0.685 0.036 0.087 0.054 26 L 0.101 0.008 0.052 0.605 0.048 0.092 0.095 27 K 0.069 0.005 0.084 0.564 0.052 0.130 0.097 28 E 0.061 0.004 0.075 0.546 0.068 0.153 0.094 29 T 0.087 0.008 0.071 0.478 0.077 0.150 0.129 30 V 0.135 0.037 0.035 0.386 0.110 0.079 0.217 31 I 0.134 0.017 0.030 0.325 0.093 0.046 0.357 32 P 0.077 0.007 0.089 0.415 0.071 0.112 0.229 33 S 0.064 0.011 0.125 0.407 0.079 0.140 0.175 34 L 0.060 0.017 0.171 0.390 0.080 0.122 0.159 35 A 0.051 0.012 0.139 0.330 0.108 0.181 0.179 36 N 0.035 0.012 0.091 0.215 0.136 0.350 0.162 37 N 0.018 0.010 0.048 0.097 0.246 0.355 0.227 38 G 0.020 0.012 0.031 0.043 0.260 0.314 0.319 39 N 0.034 0.016 0.027 0.027 0.269 0.214 0.412 40 N 0.059 0.020 0.031 0.033 0.296 0.147 0.414 41 S 0.114 0.021 0.048 0.067 0.187 0.112 0.452 42 T 0.263 0.026 0.054 0.089 0.152 0.085 0.329 43 S 0.430 0.025 0.045 0.079 0.085 0.050 0.285 44 I 0.580 0.033 0.031 0.073 0.050 0.024 0.209 45 Q 0.585 0.024 0.034 0.085 0.042 0.029 0.201 46 Y 0.514 0.025 0.051 0.099 0.053 0.061 0.198 47 H 0.327 0.015 0.062 0.102 0.105 0.185 0.205 48 G 0.295 0.019 0.045 0.059 0.149 0.184 0.249 49 I 0.296 0.040 0.031 0.060 0.121 0.057 0.395 50 S 0.237 0.036 0.037 0.073 0.110 0.080 0.426 51 K 0.101 0.016 0.073 0.143 0.155 0.258 0.256 52 N 0.055 0.012 0.073 0.157 0.180 0.270 0.253 53 D 0.039 0.010 0.072 0.229 0.215 0.232 0.203 54 N 0.044 0.015 0.055 0.266 0.152 0.210 0.258 55 I 0.052 0.018 0.048 0.387 0.098 0.101 0.295 56 K 0.056 0.014 0.055 0.448 0.077 0.111 0.239 57 K 0.056 0.011 0.076 0.524 0.085 0.114 0.134 58 S 0.048 0.016 0.078 0.533 0.065 0.105 0.155 59 V 0.034 0.013 0.078 0.569 0.064 0.094 0.147 60 N 0.036 0.007 0.085 0.525 0.068 0.125 0.153 61 K 0.027 0.006 0.082 0.560 0.071 0.129 0.125 62 L 0.031 0.006 0.068 0.578 0.062 0.106 0.149 63 D 0.039 0.007 0.089 0.506 0.069 0.130 0.160 64 K 0.046 0.006 0.081 0.527 0.099 0.124 0.117 65 Q 0.061 0.010 0.051 0.561 0.071 0.112 0.134 66 I 0.080 0.019 0.028 0.431 0.110 0.069 0.262 67 N 0.088 0.024 0.023 0.353 0.077 0.085 0.350 68 M 0.037 0.007 0.054 0.559 0.071 0.106 0.165 69 A 0.034 0.004 0.069 0.539 0.087 0.131 0.137 70 D 0.032 0.006 0.099 0.473 0.097 0.161 0.132 71 R 0.037 0.008 0.074 0.422 0.148 0.143 0.168 72 S 0.053 0.017 0.070 0.285 0.120 0.212 0.243 73 L 0.045 0.008 0.050 0.183 0.135 0.396 0.183 74 G 0.085 0.013 0.035 0.080 0.118 0.369 0.299 75 L 0.200 0.022 0.044 0.068 0.129 0.060 0.476 76 Q 0.465 0.017 0.038 0.055 0.079 0.035 0.312 77 Q 0.566 0.008 0.035 0.056 0.085 0.028 0.222 78 V 0.813 0.010 0.014 0.040 0.026 0.014 0.084 79 V 0.884 0.004 0.007 0.037 0.012 0.007 0.049 80 C 0.884 0.005 0.006 0.039 0.010 0.006 0.050 81 I 0.826 0.006 0.010 0.057 0.016 0.014 0.070 82 F 0.713 0.010 0.017 0.063 0.042 0.036 0.120 83 S 0.386 0.013 0.027 0.086 0.123 0.106 0.259 84 Y 0.147 0.016 0.021 0.092 0.271 0.116 0.338 85 G 0.029 0.007 0.042 0.178 0.288 0.122 0.334 86 P 0.013 0.008 0.122 0.304 0.141 0.260 0.151 87 H 0.013 0.008 0.120 0.477 0.075 0.192 0.114 88 I 0.009 0.003 0.065 0.750 0.043 0.050 0.081 89 Q 0.011 0.002 0.054 0.821 0.019 0.044 0.049 90 K 0.014 0.002 0.048 0.808 0.023 0.060 0.044 91 M 0.025 0.004 0.035 0.850 0.013 0.043 0.030 92 L 0.034 0.003 0.024 0.837 0.022 0.045 0.035 93 S 0.036 0.003 0.019 0.836 0.017 0.056 0.034 94 I 0.021 0.002 0.018 0.894 0.015 0.025 0.025 95 L 0.042 0.002 0.020 0.880 0.010 0.022 0.024 96 E 0.063 0.002 0.029 0.806 0.015 0.052 0.033 97 I 0.075 0.004 0.029 0.717 0.054 0.072 0.049 98 F 0.094 0.005 0.027 0.666 0.052 0.070 0.086 99 K 0.073 0.007 0.039 0.583 0.065 0.127 0.105 100 K 0.039 0.004 0.043 0.400 0.083 0.342 0.090 101 G 0.061 0.008 0.047 0.226 0.113 0.388 0.156 102 Y 0.153 0.055 0.039 0.164 0.116 0.104 0.369 103 I 0.176 0.042 0.044 0.190 0.114 0.100 0.334 104 K 0.106 0.011 0.050 0.194 0.137 0.241 0.261 105 N 0.072 0.007 0.033 0.151 0.218 0.299 0.221 106 N 0.077 0.007 0.029 0.116 0.217 0.216 0.338 107 K 0.156 0.015 0.055 0.172 0.164 0.159 0.281 108 K 0.282 0.026 0.059 0.185 0.099 0.089 0.261 109 I 0.378 0.027 0.057 0.193 0.070 0.052 0.222 110 Y 0.430 0.021 0.048 0.200 0.055 0.057 0.190 111 Q 0.367 0.018 0.057 0.179 0.074 0.077 0.228 112 W 0.267 0.016 0.093 0.209 0.092 0.106 0.217 113 N 0.265 0.007 0.095 0.170 0.116 0.146 0.201 114 K 0.295 0.014 0.079 0.153 0.114 0.152 0.194 115 L 0.325 0.018 0.038 0.118 0.129 0.087 0.285 116 T 0.393 0.018 0.032 0.094 0.107 0.071 0.285 117 S 0.432 0.016 0.032 0.111 0.097 0.067 0.245 118 F 0.470 0.017 0.030 0.119 0.095 0.049 0.220 119 D 0.468 0.019 0.021 0.101 0.059 0.035 0.297 120 I 0.365 0.031 0.033 0.160 0.064 0.047 0.302 121 K 0.255 0.020 0.041 0.209 0.093 0.082 0.300 122 R 0.128 0.011 0.069 0.306 0.130 0.150 0.207 123 E 0.060 0.009 0.050 0.322 0.151 0.225 0.183 124 G 0.044 0.011 0.036 0.266 0.171 0.191 0.280 125 R 0.039 0.010 0.048 0.302 0.128 0.133 0.339 126 N 0.038 0.010 0.053 0.424 0.121 0.161 0.192 127 E 0.036 0.008 0.061 0.535 0.087 0.114 0.160 128 L 0.044 0.014 0.052 0.523 0.080 0.086 0.200 129 Q 0.046 0.008 0.057 0.584 0.053 0.080 0.171 130 E 0.035 0.005 0.088 0.610 0.054 0.097 0.111 131 E 0.039 0.005 0.078 0.555 0.075 0.143 0.105 132 R 0.069 0.010 0.078 0.438 0.068 0.195 0.142 133 L 0.107 0.016 0.045 0.295 0.111 0.111 0.316 134 K 0.143 0.020 0.036 0.238 0.106 0.122 0.334 135 V 0.188 0.010 0.011 0.109 0.175 0.028 0.479 136 P 0.358 0.006 0.008 0.053 0.071 0.029 0.474 137 I 0.754 0.013 0.009 0.047 0.033 0.015 0.129 138 L 0.884 0.004 0.007 0.031 0.014 0.007 0.052 139 V 0.907 0.004 0.007 0.025 0.008 0.005 0.044 140 T 0.907 0.003 0.005 0.021 0.012 0.004 0.048 141 L 0.831 0.011 0.006 0.016 0.025 0.010 0.099 142 V 0.640 0.011 0.008 0.024 0.081 0.027 0.208 143 S 0.312 0.011 0.011 0.025 0.189 0.070 0.381 144 D 0.103 0.008 0.049 0.101 0.213 0.211 0.315 145 S 0.096 0.009 0.131 0.191 0.166 0.246 0.161 146 E 0.164 0.010 0.126 0.248 0.160 0.118 0.174 147 I 0.310 0.020 0.086 0.280 0.070 0.070 0.163 148 I 0.396 0.023 0.059 0.274 0.045 0.052 0.151 149 D 0.383 0.016 0.051 0.254 0.046 0.064 0.186 150 L 0.270 0.015 0.062 0.314 0.083 0.088 0.166 151 N 0.252 0.018 0.056 0.264 0.090 0.110 0.210 152 L 0.157 0.010 0.090 0.315 0.078 0.094 0.256 153 H 0.120 0.012 0.098 0.326 0.112 0.134 0.198 154 S 0.152 0.008 0.088 0.316 0.126 0.148 0.162 155 F 0.140 0.017 0.061 0.265 0.145 0.132 0.239 156 T 0.139 0.020 0.027 0.194 0.152 0.129 0.340 157 K 0.059 0.014 0.012 0.084 0.007 0.101 0.724 158 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998