# TARGET YGR029W # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR029W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 K 0.026 0.014 0.042 0.179 0.002 0.072 0.666 3 A 0.017 0.007 0.103 0.123 0.146 0.181 0.423 4 I 0.026 0.018 0.141 0.102 0.120 0.133 0.460 5 D 0.034 0.015 0.177 0.124 0.125 0.193 0.331 6 K 0.042 0.021 0.125 0.117 0.163 0.206 0.326 7 M 0.035 0.054 0.079 0.098 0.189 0.142 0.404 8 T 0.030 0.024 0.019 0.040 0.326 0.166 0.394 9 D 0.014 0.024 0.010 0.018 0.380 0.135 0.419 10 N 0.012 0.026 0.007 0.019 0.337 0.029 0.570 11 P 0.007 0.012 0.167 0.192 0.133 0.143 0.346 12 P 0.006 0.008 0.332 0.213 0.077 0.182 0.182 13 Q 0.005 0.008 0.498 0.175 0.037 0.123 0.154 14 E 0.011 0.013 0.380 0.146 0.073 0.179 0.198 15 G 0.030 0.026 0.277 0.109 0.103 0.252 0.203 16 L 0.042 0.024 0.194 0.071 0.205 0.130 0.333 17 S 0.073 0.025 0.109 0.070 0.172 0.258 0.293 18 G 0.106 0.016 0.095 0.060 0.149 0.252 0.321 19 R 0.148 0.012 0.065 0.034 0.191 0.094 0.456 20 K 0.272 0.012 0.043 0.028 0.108 0.061 0.475 21 I 0.519 0.053 0.024 0.023 0.067 0.021 0.293 22 I 0.554 0.059 0.010 0.016 0.055 0.011 0.296 23 Y 0.439 0.092 0.010 0.011 0.057 0.023 0.368 24 D 0.140 0.042 0.022 0.008 0.107 0.085 0.596 25 E 0.012 0.007 0.022 0.005 0.206 0.597 0.151 26 D 0.004 0.007 0.011 0.003 0.274 0.603 0.099 27 G 0.005 0.006 0.002 0.001 0.721 0.051 0.214 28 K 0.016 0.030 0.002 0.005 0.389 0.018 0.540 29 P 0.073 0.182 0.019 0.029 0.118 0.035 0.544 30 C 0.121 0.065 0.073 0.039 0.100 0.065 0.537 31 R 0.153 0.050 0.138 0.059 0.188 0.119 0.293 32 S 0.144 0.038 0.108 0.079 0.122 0.166 0.342 33 C 0.104 0.029 0.075 0.103 0.143 0.280 0.267 34 N 0.119 0.021 0.037 0.074 0.182 0.150 0.418 35 T 0.103 0.026 0.018 0.068 0.166 0.077 0.542 36 L 0.093 0.023 0.046 0.374 0.111 0.089 0.264 37 L 0.083 0.018 0.075 0.455 0.099 0.091 0.178 38 D 0.095 0.015 0.075 0.505 0.072 0.089 0.149 39 F 0.054 0.007 0.095 0.672 0.041 0.060 0.072 40 Q 0.073 0.004 0.078 0.664 0.036 0.081 0.063 41 Y 0.061 0.008 0.066 0.632 0.038 0.136 0.059 42 V 0.080 0.009 0.035 0.467 0.127 0.121 0.160 43 T 0.135 0.016 0.033 0.293 0.110 0.125 0.288 44 G 0.167 0.021 0.032 0.242 0.142 0.071 0.326 45 K 0.148 0.026 0.057 0.311 0.081 0.103 0.273 46 I 0.139 0.034 0.055 0.224 0.097 0.112 0.338 47 S 0.073 0.019 0.089 0.165 0.136 0.213 0.304 48 N 0.014 0.004 0.050 0.099 0.137 0.609 0.087 49 G 0.012 0.005 0.050 0.061 0.139 0.584 0.149 50 L 0.038 0.021 0.033 0.051 0.232 0.086 0.539 51 K 0.041 0.022 0.053 0.088 0.164 0.388 0.244 52 N 0.045 0.013 0.079 0.077 0.159 0.422 0.206 53 L 0.115 0.035 0.063 0.089 0.135 0.110 0.453 54 S 0.212 0.038 0.052 0.101 0.098 0.120 0.378 55 S 0.253 0.026 0.065 0.120 0.114 0.101 0.322 56 N 0.187 0.019 0.110 0.156 0.093 0.155 0.281 57 G 0.218 0.015 0.103 0.142 0.115 0.112 0.296 58 K 0.263 0.046 0.076 0.159 0.120 0.058 0.277 59 L 0.203 0.039 0.056 0.152 0.136 0.063 0.351 60 A 0.131 0.016 0.061 0.112 0.110 0.178 0.392 61 G 0.111 0.022 0.050 0.139 0.161 0.228 0.288 62 T 0.078 0.015 0.037 0.141 0.203 0.259 0.267 63 G 0.065 0.008 0.032 0.120 0.259 0.233 0.282 64 A 0.087 0.032 0.039 0.212 0.196 0.091 0.343 65 L 0.099 0.066 0.044 0.254 0.105 0.085 0.346 66 T 0.080 0.026 0.056 0.359 0.091 0.139 0.249 67 G 0.056 0.012 0.057 0.324 0.121 0.210 0.220 68 E 0.035 0.009 0.090 0.378 0.134 0.174 0.180 69 A 0.029 0.011 0.115 0.379 0.102 0.118 0.246 70 S 0.033 0.015 0.149 0.405 0.092 0.119 0.188 71 E 0.038 0.007 0.127 0.306 0.100 0.228 0.194 72 L 0.024 0.017 0.093 0.269 0.139 0.200 0.257 73 M 0.020 0.028 0.046 0.095 0.206 0.059 0.546 74 P 0.016 0.010 0.132 0.092 0.125 0.308 0.316 75 G 0.009 0.006 0.152 0.070 0.115 0.514 0.134 76 S 0.013 0.017 0.186 0.057 0.183 0.246 0.298 77 R 0.039 0.022 0.108 0.065 0.216 0.210 0.339 78 T 0.059 0.034 0.099 0.056 0.172 0.209 0.373 79 Y 0.052 0.075 0.091 0.053 0.213 0.093 0.422 80 R 0.048 0.035 0.066 0.038 0.133 0.133 0.547 81 K 0.052 0.033 0.082 0.036 0.166 0.283 0.347 82 V 0.039 0.066 0.057 0.034 0.201 0.192 0.411 83 D 0.021 0.036 0.020 0.013 0.298 0.060 0.552 84 P 0.025 0.026 0.025 0.022 0.227 0.146 0.531 85 P 0.024 0.056 0.033 0.033 0.231 0.151 0.471 86 D 0.019 0.034 0.032 0.044 0.177 0.053 0.642 87 V 0.006 0.007 0.359 0.277 0.072 0.175 0.104 88 E 0.007 0.003 0.413 0.200 0.059 0.268 0.049 89 Q 0.007 0.011 0.418 0.155 0.086 0.258 0.064 90 L 0.016 0.038 0.061 0.218 0.263 0.146 0.258 91 G 0.021 0.010 0.011 0.168 0.197 0.081 0.511 92 R 0.003 0.002 0.032 0.785 0.048 0.076 0.054 93 S 0.004 0.002 0.013 0.924 0.010 0.026 0.022 94 S 0.003 0.001 0.009 0.961 0.004 0.015 0.008 95 W 0.002 0.001 0.003 0.984 0.004 0.003 0.004 96 T 0.004 0.001 0.002 0.985 0.002 0.003 0.005 97 L 0.002 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.002 98 L 0.005 0.001 0.002 0.979 0.002 0.009 0.002 99 H 0.005 0.001 0.005 0.976 0.002 0.010 0.003 100 S 0.005 0.001 0.006 0.973 0.003 0.010 0.002 101 V 0.002 0.001 0.009 0.971 0.003 0.010 0.005 102 A 0.003 0.001 0.022 0.942 0.003 0.024 0.005 103 A 0.006 0.002 0.035 0.810 0.014 0.119 0.015 104 S 0.005 0.003 0.033 0.684 0.029 0.219 0.029 105 Y 0.006 0.007 0.022 0.239 0.209 0.167 0.350 106 P 0.004 0.004 0.015 0.050 0.207 0.294 0.427 107 A 0.007 0.016 0.025 0.035 0.344 0.265 0.307 108 Q 0.009 0.013 0.010 0.016 0.369 0.046 0.536 109 P 0.004 0.007 0.008 0.018 0.100 0.036 0.827 110 T 0.006 0.015 0.006 0.046 0.079 0.018 0.829 111 D 0.002 0.004 0.077 0.608 0.075 0.104 0.131 112 Q 0.001 0.002 0.082 0.651 0.028 0.137 0.100 113 Q 0.001 0.002 0.061 0.679 0.025 0.066 0.166 114 K 0.002 0.002 0.015 0.883 0.018 0.030 0.051 115 G 0.002 0.001 0.008 0.920 0.014 0.029 0.025 116 E 0.001 0.001 0.008 0.932 0.007 0.034 0.017 117 M 0.001 0.001 0.003 0.976 0.004 0.009 0.007 118 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.007 0.002 119 Q 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.016 0.001 120 F 0.001 0.001 0.004 0.972 0.002 0.019 0.002 121 L 0.001 0.001 0.007 0.972 0.003 0.014 0.002 122 N 0.001 0.001 0.024 0.936 0.003 0.032 0.003 123 I 0.001 0.001 0.034 0.882 0.006 0.072 0.005 124 F 0.002 0.002 0.078 0.786 0.018 0.085 0.028 125 S 0.003 0.001 0.223 0.510 0.019 0.229 0.016 126 H 0.005 0.001 0.233 0.267 0.039 0.440 0.016 127 I 0.012 0.004 0.143 0.259 0.127 0.363 0.091 128 Y 0.042 0.093 0.015 0.050 0.307 0.099 0.395 129 P 0.028 0.038 0.004 0.017 0.274 0.042 0.597 130 C 0.024 0.009 0.008 0.117 0.192 0.034 0.617 131 N 0.001 0.001 0.037 0.919 0.012 0.027 0.005 132 W 0.001 0.001 0.040 0.926 0.005 0.025 0.003 133 C 0.001 0.001 0.026 0.952 0.002 0.016 0.003 134 A 0.001 0.001 0.008 0.970 0.004 0.011 0.006 135 K 0.001 0.001 0.004 0.957 0.004 0.028 0.005 136 D 0.001 0.001 0.003 0.942 0.004 0.043 0.007 137 F 0.001 0.001 0.002 0.973 0.007 0.010 0.007 138 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.003 0.005 0.003 139 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.008 0.001 140 Y 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.011 0.002 141 I 0.001 0.001 0.006 0.970 0.003 0.018 0.002 142 R 0.001 0.001 0.014 0.861 0.006 0.114 0.005 143 E 0.001 0.001 0.014 0.661 0.033 0.267 0.023 144 N 0.005 0.016 0.012 0.176 0.273 0.123 0.394 145 A 0.006 0.019 0.032 0.044 0.163 0.162 0.573 146 P 0.009 0.016 0.073 0.038 0.168 0.203 0.492 147 Q 0.013 0.014 0.114 0.031 0.141 0.268 0.419 148 V 0.025 0.027 0.044 0.026 0.244 0.128 0.506 149 E 0.019 0.041 0.016 0.020 0.380 0.082 0.442 150 S 0.012 0.042 0.005 0.053 0.329 0.017 0.541 151 R 0.001 0.001 0.025 0.908 0.012 0.021 0.032 152 E 0.001 0.001 0.015 0.948 0.005 0.024 0.008 153 E 0.001 0.001 0.008 0.971 0.002 0.014 0.004 154 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.003 155 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 156 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 157 W 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 158 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 159 C 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 160 E 0.001 0.001 0.001 0.964 0.002 0.032 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.933 0.004 0.057 0.005 162 H 0.001 0.001 0.001 0.931 0.008 0.050 0.009 163 N 0.001 0.001 0.002 0.911 0.018 0.033 0.036 164 K 0.001 0.001 0.004 0.947 0.011 0.015 0.021 165 V 0.001 0.001 0.003 0.965 0.008 0.010 0.012 166 N 0.002 0.001 0.007 0.948 0.007 0.021 0.015 167 K 0.002 0.001 0.009 0.943 0.007 0.031 0.008 168 K 0.002 0.001 0.010 0.892 0.009 0.078 0.008 169 L 0.002 0.002 0.007 0.358 0.032 0.582 0.017 170 R 0.003 0.003 0.004 0.027 0.142 0.613 0.208 171 K 0.015 0.013 0.007 0.014 0.171 0.035 0.745 172 P 0.056 0.050 0.039 0.032 0.142 0.082 0.599 173 K 0.050 0.016 0.100 0.029 0.157 0.123 0.525 174 F 0.067 0.038 0.072 0.037 0.270 0.074 0.442 175 D 0.035 0.016 0.031 0.027 0.127 0.035 0.728 176 C 0.010 0.003 0.219 0.200 0.094 0.274 0.200 177 N 0.009 0.006 0.187 0.215 0.124 0.323 0.134 178 F 0.017 0.014 0.153 0.259 0.184 0.127 0.246 179 W 0.020 0.012 0.096 0.485 0.065 0.091 0.231 180 E 0.037 0.008 0.090 0.543 0.067 0.105 0.148 181 K 0.072 0.018 0.100 0.561 0.043 0.082 0.123 182 R 0.074 0.018 0.061 0.575 0.060 0.073 0.139 183 W 0.101 0.014 0.056 0.442 0.085 0.088 0.214 184 K 0.065 0.015 0.061 0.432 0.102 0.112 0.213 185 D 0.047 0.008 0.076 0.369 0.105 0.221 0.174 186 G 0.033 0.008 0.070 0.265 0.121 0.296 0.207 187 W 0.032 0.017 0.053 0.137 0.141 0.145 0.475 188 D 0.025 0.016 0.047 0.113 0.021 0.140 0.638 189 E 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.003 0.985