# TARGET YGR029W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR029W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.066 0.018 0.010 0.118 0.008 0.015 0.305 0.247 0.101 0.031 2 K 0.025 0.050 0.022 0.027 0.042 0.032 0.072 0.453 0.217 0.046 0.014 3 A 0.068 0.055 0.023 0.016 0.100 0.012 0.048 0.306 0.156 0.179 0.038 4 I 0.127 0.076 0.045 0.041 0.122 0.021 0.034 0.157 0.117 0.186 0.073 5 D 0.038 0.216 0.102 0.056 0.135 0.067 0.082 0.171 0.094 0.026 0.013 6 K 0.124 0.085 0.035 0.017 0.148 0.009 0.017 0.094 0.107 0.248 0.116 7 M 0.110 0.144 0.064 0.031 0.201 0.031 0.051 0.114 0.079 0.125 0.051 8 T 0.054 0.116 0.039 0.036 0.156 0.050 0.100 0.198 0.108 0.107 0.036 9 D 0.149 0.054 0.027 0.020 0.163 0.007 0.011 0.047 0.055 0.340 0.127 10 N 0.042 0.322 0.230 0.044 0.178 0.010 0.014 0.055 0.035 0.053 0.017 11 P 0.049 0.361 0.261 0.027 0.145 0.008 0.012 0.065 0.029 0.024 0.019 12 P 0.057 0.126 0.051 0.011 0.107 0.017 0.067 0.317 0.173 0.047 0.027 13 Q 0.072 0.132 0.126 0.023 0.108 0.021 0.034 0.188 0.114 0.132 0.049 14 E 0.056 0.170 0.054 0.030 0.138 0.049 0.084 0.220 0.114 0.064 0.021 15 G 0.087 0.082 0.064 0.043 0.126 0.021 0.024 0.124 0.096 0.237 0.095 16 L 0.126 0.092 0.026 0.024 0.149 0.040 0.054 0.129 0.119 0.174 0.067 17 S 0.118 0.143 0.063 0.037 0.254 0.024 0.040 0.108 0.065 0.096 0.052 18 G 0.143 0.065 0.034 0.056 0.121 0.036 0.050 0.094 0.105 0.190 0.104 19 R 0.046 0.302 0.204 0.076 0.180 0.021 0.026 0.050 0.040 0.036 0.018 20 K 0.142 0.218 0.078 0.020 0.312 0.011 0.020 0.060 0.043 0.042 0.054 21 I 0.202 0.143 0.034 0.008 0.394 0.006 0.020 0.042 0.032 0.062 0.056 22 I 0.158 0.250 0.079 0.011 0.357 0.008 0.015 0.026 0.014 0.035 0.048 23 Y 0.083 0.345 0.140 0.023 0.284 0.011 0.012 0.031 0.018 0.026 0.028 24 D 0.095 0.203 0.171 0.049 0.132 0.023 0.025 0.089 0.086 0.079 0.048 25 E 0.036 0.106 0.082 0.055 0.064 0.071 0.137 0.245 0.123 0.062 0.020 26 D 0.030 0.111 0.059 0.091 0.050 0.046 0.083 0.105 0.110 0.267 0.046 27 G 0.026 0.108 0.206 0.216 0.043 0.036 0.021 0.033 0.039 0.213 0.059 28 K 0.026 0.346 0.325 0.043 0.087 0.016 0.030 0.067 0.031 0.018 0.011 29 P 0.072 0.299 0.182 0.023 0.154 0.016 0.026 0.070 0.058 0.056 0.044 30 C 0.091 0.209 0.081 0.022 0.225 0.018 0.037 0.124 0.111 0.045 0.037 31 R 0.068 0.100 0.060 0.015 0.116 0.017 0.042 0.180 0.222 0.138 0.045 32 S 0.077 0.125 0.058 0.024 0.121 0.034 0.072 0.166 0.136 0.138 0.049 33 C 0.093 0.200 0.063 0.020 0.226 0.018 0.035 0.092 0.087 0.119 0.046 34 N 0.072 0.102 0.049 0.037 0.097 0.036 0.059 0.138 0.165 0.176 0.070 35 T 0.062 0.277 0.145 0.021 0.177 0.008 0.017 0.096 0.070 0.091 0.035 36 L 0.077 0.111 0.050 0.018 0.107 0.010 0.018 0.220 0.190 0.152 0.047 37 L 0.022 0.122 0.117 0.040 0.063 0.037 0.074 0.381 0.105 0.026 0.013 38 D 0.055 0.137 0.051 0.010 0.091 0.008 0.021 0.365 0.140 0.094 0.029 39 F 0.024 0.019 0.008 0.004 0.041 0.004 0.009 0.449 0.328 0.100 0.014 40 Q 0.012 0.036 0.013 0.005 0.027 0.008 0.030 0.633 0.206 0.024 0.005 41 Y 0.032 0.031 0.009 0.007 0.053 0.012 0.057 0.509 0.155 0.118 0.018 42 V 0.077 0.062 0.021 0.014 0.129 0.018 0.061 0.365 0.114 0.109 0.032 43 T 0.121 0.111 0.051 0.026 0.168 0.017 0.031 0.189 0.113 0.113 0.059 44 G 0.055 0.257 0.149 0.024 0.184 0.011 0.016 0.173 0.063 0.044 0.025 45 K 0.088 0.138 0.055 0.016 0.130 0.021 0.060 0.321 0.098 0.041 0.032 46 I 0.114 0.126 0.076 0.024 0.179 0.019 0.037 0.202 0.086 0.085 0.052 47 S 0.045 0.139 0.060 0.049 0.103 0.040 0.054 0.249 0.144 0.093 0.025 48 N 0.037 0.112 0.082 0.063 0.081 0.041 0.059 0.230 0.145 0.123 0.025 49 G 0.063 0.069 0.040 0.026 0.066 0.018 0.025 0.151 0.124 0.325 0.093 50 L 0.147 0.176 0.052 0.013 0.266 0.009 0.014 0.128 0.082 0.064 0.050 51 K 0.032 0.086 0.050 0.049 0.064 0.077 0.121 0.304 0.138 0.061 0.017 52 N 0.146 0.078 0.042 0.016 0.165 0.008 0.015 0.123 0.097 0.222 0.089 53 L 0.113 0.164 0.037 0.014 0.202 0.012 0.019 0.197 0.106 0.088 0.048 54 S 0.098 0.117 0.042 0.015 0.177 0.021 0.050 0.272 0.090 0.080 0.038 55 S 0.183 0.124 0.026 0.012 0.233 0.015 0.026 0.206 0.084 0.054 0.037 56 N 0.089 0.050 0.019 0.034 0.108 0.033 0.050 0.301 0.157 0.102 0.056 57 G 0.089 0.146 0.069 0.031 0.146 0.015 0.026 0.214 0.101 0.111 0.052 58 K 0.083 0.216 0.126 0.030 0.176 0.011 0.021 0.165 0.065 0.071 0.035 59 L 0.075 0.246 0.110 0.038 0.188 0.025 0.030 0.153 0.069 0.040 0.026 60 A 0.052 0.138 0.112 0.051 0.094 0.024 0.054 0.256 0.130 0.061 0.028 61 G 0.059 0.080 0.070 0.037 0.081 0.034 0.058 0.256 0.116 0.171 0.039 62 T 0.026 0.211 0.098 0.058 0.074 0.066 0.114 0.198 0.085 0.054 0.015 63 G 0.073 0.049 0.063 0.062 0.065 0.019 0.010 0.069 0.069 0.360 0.160 64 A 0.091 0.207 0.079 0.022 0.193 0.016 0.027 0.183 0.093 0.056 0.033 65 L 0.145 0.113 0.068 0.022 0.219 0.016 0.032 0.177 0.060 0.093 0.056 66 T 0.043 0.144 0.063 0.051 0.096 0.042 0.079 0.266 0.106 0.089 0.021 67 G 0.066 0.116 0.118 0.062 0.112 0.029 0.023 0.187 0.074 0.157 0.055 68 E 0.062 0.101 0.036 0.017 0.092 0.019 0.032 0.352 0.156 0.089 0.043 69 A 0.088 0.071 0.042 0.016 0.147 0.010 0.025 0.310 0.139 0.107 0.045 70 S 0.049 0.115 0.041 0.026 0.088 0.024 0.054 0.310 0.169 0.099 0.024 71 E 0.048 0.168 0.083 0.025 0.119 0.014 0.038 0.238 0.119 0.118 0.030 72 L 0.067 0.196 0.143 0.036 0.109 0.018 0.044 0.179 0.083 0.086 0.037 73 M 0.051 0.272 0.267 0.035 0.134 0.014 0.023 0.101 0.041 0.037 0.024 74 P 0.041 0.222 0.099 0.033 0.108 0.041 0.079 0.219 0.103 0.039 0.017 75 G 0.049 0.119 0.073 0.034 0.100 0.026 0.045 0.163 0.151 0.190 0.049 76 S 0.109 0.083 0.038 0.022 0.147 0.020 0.035 0.143 0.131 0.197 0.075 77 R 0.093 0.154 0.052 0.015 0.193 0.011 0.026 0.148 0.135 0.128 0.046 78 T 0.076 0.116 0.067 0.034 0.140 0.024 0.056 0.160 0.122 0.157 0.047 79 Y 0.081 0.225 0.154 0.044 0.166 0.021 0.030 0.090 0.062 0.087 0.040 80 R 0.063 0.270 0.159 0.035 0.175 0.019 0.030 0.097 0.063 0.052 0.036 81 K 0.061 0.118 0.067 0.031 0.123 0.038 0.095 0.173 0.131 0.121 0.041 82 V 0.085 0.140 0.099 0.037 0.156 0.021 0.038 0.081 0.083 0.205 0.056 83 D 0.042 0.289 0.218 0.052 0.130 0.023 0.031 0.072 0.056 0.062 0.025 84 P 0.064 0.253 0.197 0.020 0.178 0.009 0.023 0.106 0.066 0.057 0.028 85 P 0.077 0.247 0.080 0.011 0.163 0.018 0.054 0.128 0.087 0.090 0.045 86 D 0.073 0.421 0.120 0.007 0.250 0.005 0.008 0.039 0.029 0.029 0.019 87 V 0.037 0.036 0.018 0.013 0.049 0.012 0.020 0.318 0.383 0.086 0.028 88 E 0.016 0.064 0.048 0.019 0.033 0.033 0.097 0.420 0.209 0.050 0.011 89 Q 0.029 0.043 0.029 0.011 0.046 0.013 0.051 0.406 0.184 0.155 0.034 90 L 0.019 0.112 0.082 0.048 0.048 0.024 0.037 0.325 0.158 0.128 0.021 91 G 0.014 0.093 0.209 0.139 0.036 0.040 0.033 0.243 0.101 0.078 0.015 92 R 0.009 0.036 0.019 0.005 0.022 0.010 0.038 0.650 0.171 0.032 0.008 93 S 0.010 0.018 0.010 0.001 0.017 0.001 0.009 0.778 0.131 0.020 0.006 94 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.859 0.126 0.008 0.001 95 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.083 0.001 0.001 96 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.948 0.045 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.946 0.048 0.001 0.001 98 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.929 0.062 0.002 0.001 99 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.914 0.067 0.003 0.001 100 S 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.038 0.866 0.068 0.009 0.002 101 V 0.007 0.012 0.005 0.004 0.016 0.012 0.063 0.763 0.101 0.014 0.002 102 A 0.028 0.013 0.002 0.002 0.036 0.008 0.055 0.627 0.163 0.048 0.017 103 A 0.025 0.044 0.007 0.005 0.071 0.012 0.081 0.566 0.132 0.048 0.008 104 S 0.040 0.064 0.023 0.014 0.085 0.035 0.134 0.256 0.110 0.215 0.024 105 Y 0.101 0.335 0.140 0.013 0.253 0.005 0.009 0.045 0.030 0.032 0.038 106 P 0.047 0.241 0.074 0.012 0.142 0.012 0.035 0.226 0.140 0.055 0.016 107 A 0.055 0.114 0.059 0.014 0.114 0.049 0.136 0.171 0.131 0.128 0.029 108 Q 0.089 0.359 0.158 0.011 0.267 0.006 0.011 0.028 0.018 0.028 0.026 109 P 0.089 0.272 0.087 0.020 0.173 0.021 0.038 0.090 0.071 0.089 0.051 110 T 0.027 0.462 0.244 0.014 0.143 0.007 0.007 0.050 0.024 0.017 0.007 111 D 0.047 0.037 0.025 0.009 0.051 0.012 0.019 0.504 0.196 0.060 0.039 112 Q 0.016 0.075 0.049 0.011 0.029 0.013 0.024 0.568 0.128 0.065 0.022 113 Q 0.026 0.119 0.045 0.007 0.051 0.004 0.007 0.549 0.114 0.065 0.014 114 K 0.004 0.016 0.007 0.003 0.010 0.005 0.009 0.779 0.150 0.015 0.002 115 G 0.002 0.007 0.004 0.004 0.004 0.006 0.016 0.861 0.085 0.010 0.002 116 E 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.863 0.082 0.030 0.003 117 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.888 0.095 0.011 0.001 118 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.912 0.080 0.001 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.046 0.001 0.001 120 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.913 0.077 0.006 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.880 0.112 0.004 0.001 122 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.893 0.090 0.002 0.001 123 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.844 0.094 0.026 0.001 124 F 0.006 0.005 0.002 0.001 0.010 0.001 0.014 0.654 0.271 0.033 0.004 125 S 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.042 0.595 0.328 0.019 0.001 126 H 0.004 0.008 0.002 0.002 0.012 0.008 0.122 0.514 0.229 0.095 0.004 127 I 0.052 0.054 0.026 0.014 0.073 0.033 0.130 0.132 0.141 0.316 0.030 128 Y 0.044 0.398 0.219 0.026 0.160 0.007 0.023 0.052 0.028 0.022 0.020 129 P 0.040 0.206 0.125 0.048 0.076 0.029 0.027 0.096 0.092 0.196 0.065 130 C 0.034 0.179 0.117 0.028 0.219 0.012 0.021 0.202 0.144 0.032 0.013 131 N 0.003 0.009 0.008 0.005 0.006 0.008 0.025 0.631 0.265 0.032 0.007 132 W 0.003 0.011 0.005 0.001 0.007 0.004 0.034 0.661 0.168 0.101 0.006 133 C 0.008 0.017 0.005 0.001 0.013 0.002 0.006 0.690 0.185 0.066 0.007 134 A 0.002 0.014 0.004 0.001 0.007 0.001 0.012 0.775 0.165 0.017 0.002 135 K 0.001 0.007 0.003 0.002 0.004 0.009 0.073 0.827 0.062 0.009 0.002 136 D 0.007 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.010 0.866 0.066 0.026 0.006 137 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.881 0.100 0.013 0.001 138 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.919 0.070 0.002 0.001 139 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.932 0.052 0.003 0.001 140 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.872 0.099 0.011 0.001 141 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.708 0.239 0.031 0.003 142 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.063 0.716 0.196 0.016 0.001 143 E 0.005 0.016 0.005 0.004 0.012 0.012 0.250 0.388 0.139 0.163 0.004 144 N 0.071 0.341 0.205 0.011 0.185 0.005 0.015 0.034 0.029 0.065 0.039 145 A 0.089 0.170 0.122 0.034 0.106 0.014 0.025 0.084 0.132 0.116 0.109 146 P 0.037 0.228 0.055 0.009 0.162 0.018 0.033 0.155 0.242 0.049 0.014 147 Q 0.087 0.051 0.019 0.004 0.127 0.013 0.033 0.076 0.172 0.343 0.074 148 V 0.187 0.186 0.025 0.003 0.275 0.006 0.016 0.047 0.052 0.124 0.078 149 E 0.032 0.086 0.039 0.029 0.094 0.061 0.092 0.112 0.100 0.313 0.043 150 S 0.007 0.478 0.470 0.005 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 151 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.772 0.208 0.011 0.001 152 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.929 0.064 0.001 0.001 153 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.075 0.009 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.062 0.001 0.001 155 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.054 0.001 0.001 156 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.035 0.001 0.001 157 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.024 0.001 0.001 158 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.048 0.001 0.001 159 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.942 0.051 0.001 0.001 160 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.933 0.040 0.002 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.933 0.039 0.004 0.001 162 H 0.002 0.017 0.005 0.002 0.004 0.006 0.012 0.809 0.117 0.025 0.002 163 N 0.005 0.021 0.006 0.002 0.010 0.003 0.008 0.775 0.135 0.029 0.004 164 K 0.002 0.005 0.002 0.002 0.003 0.003 0.033 0.832 0.078 0.037 0.002 165 V 0.009 0.035 0.015 0.002 0.030 0.005 0.021 0.764 0.093 0.022 0.004 166 N 0.007 0.005 0.002 0.002 0.016 0.002 0.007 0.845 0.085 0.023 0.005 167 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.059 0.792 0.130 0.006 0.001 168 K 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.009 0.168 0.742 0.063 0.010 0.001 169 L 0.001 0.860 0.107 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 170 R 0.050 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.365 0.566 171 K 0.015 0.399 0.445 0.018 0.084 0.007 0.006 0.008 0.005 0.008 0.006 172 P 0.089 0.379 0.084 0.019 0.268 0.006 0.009 0.031 0.022 0.028 0.064 173 K 0.062 0.186 0.184 0.026 0.160 0.036 0.113 0.107 0.072 0.040 0.015 174 F 0.038 0.447 0.164 0.011 0.162 0.015 0.027 0.034 0.019 0.056 0.027 175 D 0.194 0.102 0.024 0.002 0.568 0.001 0.002 0.018 0.023 0.018 0.048 176 C 0.018 0.048 0.025 0.007 0.058 0.009 0.028 0.341 0.394 0.065 0.007 177 N 0.012 0.021 0.009 0.005 0.020 0.021 0.212 0.350 0.150 0.187 0.012 178 F 0.093 0.262 0.055 0.009 0.205 0.008 0.020 0.143 0.073 0.100 0.033 179 W 0.059 0.099 0.046 0.025 0.088 0.015 0.030 0.267 0.175 0.123 0.072 180 E 0.054 0.144 0.102 0.022 0.145 0.017 0.034 0.266 0.119 0.074 0.022 181 K 0.124 0.138 0.038 0.008 0.186 0.009 0.032 0.281 0.095 0.048 0.039 182 R 0.088 0.155 0.037 0.013 0.262 0.013 0.045 0.236 0.073 0.050 0.027 183 W 0.125 0.145 0.081 0.022 0.182 0.021 0.033 0.177 0.085 0.074 0.054 184 K 0.063 0.107 0.093 0.054 0.108 0.048 0.090 0.253 0.087 0.065 0.032 185 D 0.029 0.263 0.121 0.077 0.088 0.050 0.077 0.120 0.071 0.084 0.022 186 G 0.033 0.078 0.126 0.136 0.046 0.028 0.019 0.074 0.068 0.293 0.097 187 W 0.084 0.123 0.051 0.017 0.176 0.015 0.031 0.200 0.165 0.097 0.042 188 D 0.029 0.120 0.100 0.045 0.065 0.031 0.048 0.267 0.167 0.098 0.030 189 E 0.069 0.098 0.039 0.014 0.130 0.019 0.061 0.221 0.136 0.175 0.038