# TARGET YGR029W # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR029W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.446 0.232 0.156 0.109 0.044 0.013 0.001 2 K 0.632 0.232 0.085 0.035 0.012 0.003 0.001 3 A 0.517 0.206 0.116 0.093 0.051 0.016 0.002 4 I 0.360 0.205 0.166 0.143 0.086 0.035 0.005 5 D 0.409 0.242 0.160 0.113 0.054 0.018 0.003 6 K 0.487 0.294 0.130 0.060 0.021 0.006 0.001 7 M 0.246 0.143 0.166 0.215 0.164 0.059 0.006 8 T 0.430 0.277 0.143 0.088 0.043 0.017 0.002 9 D 0.337 0.249 0.203 0.132 0.058 0.019 0.003 10 N 0.350 0.241 0.166 0.136 0.075 0.028 0.004 11 P 0.305 0.224 0.170 0.169 0.097 0.032 0.004 12 P 0.437 0.247 0.156 0.100 0.045 0.013 0.002 13 Q 0.379 0.269 0.175 0.116 0.047 0.012 0.002 14 E 0.437 0.265 0.133 0.103 0.046 0.013 0.002 15 G 0.338 0.278 0.175 0.116 0.061 0.027 0.006 16 L 0.164 0.143 0.170 0.226 0.183 0.098 0.016 17 S 0.268 0.235 0.194 0.155 0.097 0.045 0.007 18 G 0.227 0.224 0.188 0.176 0.116 0.059 0.009 19 R 0.117 0.164 0.191 0.234 0.189 0.095 0.010 20 K 0.068 0.117 0.168 0.233 0.237 0.153 0.024 21 I 0.043 0.054 0.082 0.167 0.261 0.308 0.085 22 I 0.055 0.053 0.076 0.146 0.246 0.345 0.077 23 Y 0.082 0.126 0.162 0.228 0.213 0.158 0.031 24 D 0.164 0.209 0.212 0.191 0.142 0.070 0.013 25 E 0.251 0.199 0.194 0.186 0.110 0.050 0.010 26 D 0.517 0.242 0.111 0.069 0.037 0.019 0.005 27 G 0.387 0.278 0.173 0.096 0.046 0.017 0.003 28 K 0.320 0.286 0.188 0.129 0.056 0.019 0.003 29 P 0.214 0.240 0.194 0.182 0.119 0.045 0.007 30 C 0.135 0.138 0.161 0.204 0.219 0.125 0.018 31 R 0.178 0.212 0.218 0.217 0.116 0.049 0.009 32 S 0.276 0.208 0.162 0.154 0.111 0.072 0.017 33 C 0.122 0.113 0.124 0.178 0.224 0.192 0.046 34 N 0.215 0.196 0.174 0.177 0.136 0.080 0.021 35 T 0.268 0.266 0.196 0.143 0.080 0.039 0.009 36 L 0.145 0.141 0.185 0.238 0.180 0.095 0.017 37 L 0.386 0.276 0.159 0.095 0.051 0.026 0.006 38 D 0.286 0.305 0.203 0.118 0.058 0.025 0.005 39 F 0.105 0.082 0.119 0.228 0.277 0.166 0.022 40 Q 0.210 0.219 0.224 0.201 0.102 0.039 0.005 41 Y 0.313 0.290 0.191 0.111 0.064 0.028 0.004 42 V 0.213 0.200 0.212 0.207 0.122 0.042 0.004 43 T 0.256 0.165 0.158 0.191 0.151 0.072 0.007 44 G 0.451 0.253 0.145 0.090 0.043 0.016 0.002 45 K 0.487 0.285 0.133 0.064 0.023 0.007 0.001 46 I 0.300 0.212 0.185 0.168 0.101 0.031 0.002 47 S 0.445 0.253 0.160 0.098 0.035 0.009 0.001 48 N 0.699 0.200 0.062 0.027 0.009 0.003 0.001 49 G 0.510 0.266 0.134 0.062 0.021 0.005 0.001 50 L 0.226 0.171 0.200 0.225 0.138 0.037 0.003 51 K 0.483 0.310 0.134 0.054 0.015 0.003 0.001 52 N 0.400 0.310 0.159 0.090 0.032 0.008 0.001 53 L 0.177 0.211 0.221 0.233 0.122 0.033 0.003 54 S 0.237 0.304 0.236 0.141 0.061 0.019 0.002 55 S 0.114 0.145 0.183 0.253 0.206 0.089 0.010 56 N 0.143 0.205 0.237 0.226 0.136 0.048 0.004 57 G 0.143 0.203 0.188 0.201 0.168 0.086 0.011 58 K 0.124 0.255 0.276 0.207 0.098 0.037 0.004 59 L 0.049 0.070 0.126 0.265 0.307 0.171 0.012 60 A 0.193 0.318 0.247 0.147 0.069 0.023 0.002 61 G 0.238 0.207 0.204 0.200 0.114 0.035 0.003 62 T 0.529 0.270 0.116 0.057 0.021 0.006 0.001 63 G 0.538 0.263 0.122 0.054 0.018 0.005 0.001 64 A 0.436 0.281 0.150 0.088 0.035 0.010 0.001 65 L 0.302 0.282 0.201 0.131 0.063 0.020 0.001 66 T 0.185 0.176 0.196 0.231 0.155 0.053 0.004 67 G 0.390 0.297 0.165 0.094 0.039 0.014 0.001 68 E 0.257 0.248 0.205 0.171 0.087 0.027 0.003 69 A 0.246 0.220 0.185 0.166 0.127 0.051 0.004 70 S 0.304 0.255 0.197 0.149 0.069 0.025 0.002 71 E 0.471 0.272 0.134 0.076 0.034 0.013 0.001 72 L 0.336 0.296 0.187 0.115 0.050 0.015 0.001 73 M 0.177 0.179 0.203 0.240 0.152 0.047 0.003 74 P 0.392 0.266 0.173 0.108 0.047 0.013 0.001 75 G 0.528 0.246 0.121 0.068 0.029 0.008 0.001 76 S 0.464 0.248 0.134 0.096 0.044 0.012 0.001 77 R 0.341 0.205 0.179 0.163 0.084 0.026 0.002 78 T 0.486 0.282 0.125 0.069 0.028 0.009 0.001 79 Y 0.267 0.236 0.199 0.168 0.099 0.029 0.002 80 R 0.287 0.185 0.182 0.197 0.114 0.032 0.002 81 K 0.459 0.255 0.137 0.089 0.044 0.015 0.001 82 V 0.341 0.249 0.163 0.141 0.077 0.026 0.003 83 D 0.248 0.246 0.190 0.170 0.103 0.039 0.004 84 P 0.256 0.210 0.197 0.179 0.107 0.045 0.006 85 P 0.294 0.225 0.164 0.170 0.108 0.034 0.003 86 D 0.334 0.271 0.182 0.132 0.063 0.017 0.002 87 V 0.258 0.258 0.212 0.177 0.073 0.018 0.002 88 E 0.381 0.342 0.146 0.083 0.036 0.010 0.002 89 Q 0.167 0.266 0.253 0.189 0.092 0.028 0.005 90 L 0.070 0.094 0.130 0.221 0.272 0.189 0.024 91 G 0.156 0.204 0.181 0.190 0.164 0.093 0.012 92 R 0.137 0.180 0.166 0.188 0.171 0.129 0.028 93 S 0.070 0.112 0.134 0.214 0.239 0.176 0.056 94 S 0.022 0.068 0.074 0.163 0.205 0.282 0.187 95 W 0.028 0.041 0.061 0.125 0.219 0.319 0.208 96 T 0.016 0.028 0.061 0.122 0.215 0.300 0.258 97 L 0.009 0.014 0.031 0.053 0.114 0.310 0.469 98 L 0.009 0.014 0.032 0.081 0.119 0.255 0.491 99 H 0.014 0.020 0.047 0.070 0.133 0.368 0.347 100 S 0.015 0.017 0.037 0.097 0.197 0.348 0.290 101 V 0.041 0.047 0.077 0.087 0.140 0.348 0.259 102 A 0.094 0.074 0.097 0.223 0.221 0.229 0.062 103 A 0.124 0.108 0.140 0.159 0.244 0.196 0.029 104 S 0.101 0.166 0.191 0.267 0.199 0.070 0.005 105 Y 0.130 0.162 0.200 0.246 0.198 0.059 0.003 106 P 0.299 0.259 0.204 0.164 0.061 0.013 0.001 107 A 0.604 0.244 0.097 0.042 0.012 0.002 0.001 108 Q 0.574 0.256 0.106 0.046 0.015 0.003 0.001 109 P 0.509 0.210 0.144 0.096 0.034 0.007 0.001 110 T 0.614 0.241 0.092 0.039 0.011 0.002 0.001 111 D 0.464 0.261 0.144 0.092 0.032 0.005 0.001 112 Q 0.561 0.257 0.110 0.050 0.017 0.004 0.001 113 Q 0.381 0.280 0.168 0.116 0.045 0.009 0.001 114 K 0.178 0.291 0.268 0.177 0.070 0.015 0.001 115 G 0.481 0.348 0.118 0.040 0.011 0.002 0.001 116 E 0.112 0.264 0.313 0.216 0.074 0.018 0.003 117 M 0.013 0.025 0.050 0.173 0.404 0.309 0.027 118 K 0.022 0.129 0.300 0.327 0.180 0.041 0.002 119 Q 0.081 0.212 0.262 0.262 0.132 0.048 0.004 120 F 0.019 0.028 0.039 0.107 0.276 0.445 0.087 121 L 0.008 0.011 0.026 0.098 0.282 0.456 0.118 122 N 0.055 0.179 0.261 0.266 0.159 0.067 0.013 123 I 0.052 0.094 0.145 0.239 0.272 0.172 0.027 124 F 0.016 0.019 0.024 0.066 0.173 0.478 0.223 125 S 0.044 0.095 0.142 0.245 0.243 0.186 0.044 126 H 0.087 0.178 0.194 0.217 0.185 0.108 0.031 127 I 0.062 0.075 0.100 0.178 0.251 0.250 0.083 128 Y 0.037 0.076 0.117 0.182 0.238 0.280 0.070 129 P 0.057 0.120 0.153 0.247 0.239 0.153 0.031 130 C 0.034 0.126 0.180 0.262 0.245 0.129 0.025 131 N 0.197 0.338 0.237 0.150 0.060 0.015 0.002 132 W 0.061 0.297 0.341 0.210 0.069 0.018 0.003 133 C 0.003 0.015 0.045 0.177 0.408 0.328 0.024 134 A 0.007 0.082 0.200 0.319 0.275 0.108 0.009 135 K 0.073 0.478 0.332 0.094 0.018 0.004 0.001 136 D 0.002 0.030 0.162 0.417 0.320 0.065 0.003 137 F 0.001 0.003 0.006 0.036 0.272 0.621 0.061 138 E 0.015 0.148 0.327 0.357 0.132 0.020 0.001 139 K 0.050 0.494 0.348 0.089 0.017 0.002 0.001 140 Y 0.002 0.020 0.125 0.440 0.349 0.063 0.001 141 I 0.010 0.040 0.125 0.373 0.377 0.074 0.001 142 R 0.498 0.419 0.070 0.011 0.001 0.001 0.001 143 E 0.533 0.377 0.075 0.013 0.001 0.001 0.001 144 N 0.098 0.200 0.335 0.289 0.072 0.006 0.001 145 A 0.504 0.340 0.119 0.030 0.007 0.001 0.001 146 P 0.386 0.264 0.173 0.138 0.036 0.003 0.001 147 Q 0.446 0.383 0.128 0.035 0.007 0.001 0.001 148 V 0.089 0.156 0.242 0.335 0.160 0.017 0.001 149 E 0.487 0.360 0.112 0.034 0.007 0.001 0.001 150 S 0.315 0.339 0.186 0.118 0.037 0.005 0.001 151 R 0.136 0.278 0.276 0.213 0.082 0.013 0.001 152 E 0.323 0.424 0.161 0.069 0.020 0.003 0.001 153 E 0.086 0.270 0.338 0.234 0.063 0.008 0.001 154 L 0.024 0.059 0.092 0.206 0.339 0.260 0.021 155 G 0.013 0.066 0.123 0.240 0.338 0.200 0.020 156 R 0.032 0.178 0.254 0.284 0.171 0.073 0.008 157 W 0.006 0.024 0.059 0.178 0.345 0.337 0.050 158 M 0.001 0.002 0.007 0.025 0.096 0.440 0.429 159 C 0.003 0.011 0.026 0.090 0.192 0.376 0.303 160 E 0.020 0.091 0.151 0.201 0.226 0.227 0.084 161 A 0.004 0.021 0.052 0.159 0.290 0.325 0.148 162 H 0.003 0.012 0.027 0.071 0.184 0.474 0.228 163 N 0.009 0.035 0.091 0.214 0.322 0.294 0.035 164 K 0.034 0.169 0.208 0.252 0.222 0.101 0.012 165 V 0.008 0.028 0.108 0.323 0.345 0.174 0.013 166 N 0.030 0.095 0.163 0.292 0.299 0.113 0.008 167 K 0.246 0.455 0.196 0.075 0.022 0.005 0.001 168 K 0.245 0.386 0.234 0.107 0.024 0.004 0.001 169 L 0.038 0.086 0.245 0.387 0.211 0.032 0.001 170 R 0.544 0.333 0.091 0.025 0.006 0.001 0.001 171 K 0.505 0.327 0.123 0.037 0.007 0.001 0.001 172 P 0.431 0.275 0.171 0.094 0.026 0.003 0.001 173 K 0.386 0.339 0.173 0.075 0.024 0.003 0.001 174 F 0.271 0.268 0.227 0.177 0.050 0.006 0.001 175 D 0.424 0.332 0.157 0.066 0.019 0.003 0.001 176 C 0.286 0.226 0.214 0.191 0.072 0.011 0.001 177 N 0.778 0.177 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 178 F 0.519 0.324 0.114 0.035 0.007 0.001 0.001 179 W 0.149 0.148 0.211 0.320 0.151 0.020 0.001 180 E 0.493 0.349 0.116 0.034 0.007 0.001 0.001 181 K 0.545 0.319 0.100 0.030 0.005 0.001 0.001 182 R 0.306 0.325 0.235 0.108 0.023 0.002 0.001 183 W 0.085 0.091 0.163 0.297 0.282 0.078 0.004 184 K 0.274 0.277 0.239 0.150 0.051 0.008 0.001 185 D 0.422 0.235 0.157 0.108 0.054 0.022 0.002 186 G 0.355 0.224 0.149 0.153 0.090 0.027 0.001 187 W 0.308 0.200 0.171 0.176 0.114 0.030 0.002 188 D 0.615 0.220 0.100 0.045 0.014 0.004 0.001 189 E 0.684 0.209 0.066 0.028 0.010 0.003 0.001