# This file is the result of combining several RDB files, specifically # YGR027W-A.t2k.dssp-ebghstl.rdb (weight 1.53986) # YGR027W-A.t2k.stride-ebghtl.rdb (weight 1.24869) # YGR027W-A.t2k.str2.rdb (weight 1.54758) # YGR027W-A.t2k.alpha.rdb (weight 0.659012) # These files were combined by translating their predictions into EHL # predictions with tables generated by compare-real, and then combining # those predictions with weights proportional to their mutual information # with the EHL alphabet. The comments from the individual files follow. # # Comments from YGR027W-A.t2k.dssp-ebghstl.rdb # ============================================ # TARGET YGR027W-A # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR027W-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # # ============================================ # Comments from YGR027W-A.t2k.stride-ebghtl.rdb # ============================================ # TARGET YGR027W-A # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR027W-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # # ============================================ # Comments from YGR027W-A.t2k.str2.rdb # ============================================ # TARGET YGR027W-A # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR027W-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # # ============================================ # Comments from YGR027W-A.t2k.alpha.rdb # ============================================ # TARGET YGR027W-A # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR027W-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # # ============================================ Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.1904 0.1719 0.6377 2 E 0.2236 0.4550 0.3214 3 S 0.2275 0.4826 0.2900 4 Q 0.2196 0.5139 0.2665 5 Q 0.2386 0.4800 0.2814 6 L 0.1997 0.4580 0.3423 7 S 0.1672 0.3661 0.4667 8 Q 0.1400 0.2934 0.5666 9 H 0.1332 0.1049 0.7620 10 S 0.0973 0.0535 0.8492 11 H 0.0949 0.1265 0.7786 12 I 0.1604 0.1602 0.6794 13 S 0.2094 0.1462 0.6444 14 H 0.2196 0.1034 0.6770 15 G 0.2554 0.0704 0.6742 16 S 0.3784 0.0762 0.5454 17 A 0.4821 0.0845 0.4334 18 C 0.6703 0.0667 0.2630 19 A 0.7422 0.0535 0.2043 20 S 0.7878 0.0361 0.1761 21 V 0.6917 0.0532 0.2551 22 T 0.5028 0.0573 0.4400 23 S 0.2534 0.1430 0.6036 24 K 0.1583 0.2618 0.5800 25 E 0.2124 0.2368 0.5508 26 V 0.2179 0.1449 0.6373 27 H 0.2020 0.0779 0.7202 28 T 0.1548 0.0937 0.7515 29 N 0.1341 0.0856 0.7803 30 Q 0.1498 0.0698 0.7804 31 D 0.1193 0.0375 0.8432 32 P 0.0958 0.2078 0.6964 33 L 0.1861 0.2078 0.6061 34 D 0.3284 0.1895 0.4822 35 V 0.3812 0.1201 0.4987 36 S 0.3339 0.0862 0.5800 37 A 0.1721 0.3474 0.4804 38 S 0.1151 0.3294 0.5555 39 K 0.1078 0.3174 0.5749 40 T 0.0936 0.4066 0.4998 41 E 0.0812 0.4874 0.4314 42 E 0.1266 0.5148 0.3587 43 C 0.1475 0.4869 0.3657 44 E 0.1449 0.3927 0.4624 45 K 0.0941 0.3530 0.5529 46 A 0.1024 0.2227 0.6749 47 S 0.1313 0.1432 0.7255 48 T 0.1601 0.1331 0.7068 49 K 0.2215 0.1588 0.6197 50 A 0.1469 0.1836 0.6695 51 N 0.1143 0.1356 0.7501 52 S 0.1257 0.1002 0.7741 53 Q 0.1720 0.0791 0.7489 54 Q 0.1527 0.0734 0.7739 55 T 0.1342 0.0682 0.7976 56 T 0.1428 0.0601 0.7971 57 T 0.1196 0.0322 0.8483 58 P 0.1304 0.0648 0.8048 59 A 0.1384 0.1214 0.7401 60 S 0.1699 0.1597 0.6704 61 S 0.2153 0.1327 0.6520 62 A 0.2963 0.0976 0.6060 63 V 0.3236 0.0605 0.6159 64 P 0.1906 0.0589 0.7505 65 E 0.1682 0.1015 0.7303 66 N 0.1467 0.0586 0.7947 67 P 0.0701 0.1144 0.8155 68 H 0.1099 0.0825 0.8076 69 H 0.2286 0.0798 0.6916 70 A 0.1820 0.0689 0.7491 71 S 0.1443 0.0524 0.8034 72 P 0.0780 0.2217 0.7003 73 Q 0.0714 0.2510 0.6776 74 T 0.0814 0.3224 0.5963 75 A 0.0818 0.2620 0.6562 76 Q 0.1107 0.1407 0.7486 77 S 0.0859 0.0472 0.8669 78 H 0.0988 0.0390 0.8622 79 S 0.1130 0.0448 0.8422 80 P 0.0708 0.1023 0.8269 81 Q 0.0687 0.1205 0.8108 82 N 0.0858 0.1004 0.8138 83 G 0.0698 0.0784 0.8519 84 P 0.0702 0.2164 0.7134 85 Y 0.0738 0.3666 0.5596 86 P 0.0557 0.4662 0.4781 87 Q 0.0752 0.4476 0.4772 88 Q 0.1051 0.3426 0.5523 89 C 0.1401 0.1995 0.6604 90 M 0.1768 0.1029 0.7203 91 M 0.2013 0.0660 0.7327 92 T 0.1277 0.0483 0.8240 93 Q 0.0546 0.2355 0.7099 94 N 0.0437 0.2564 0.6999 95 Q 0.0604 0.2957 0.6439 96 A 0.1264 0.2418 0.6317 97 N 0.1111 0.1793 0.7096 98 P 0.0680 0.2592 0.6728 99 S 0.0756 0.1890 0.7354 100 G 0.0714 0.1950 0.7336 101 W 0.1055 0.2688 0.6257 102 S 0.0905 0.3967 0.5128 103 F 0.0779 0.3644 0.5577 104 Y 0.0812 0.2224 0.6964 105 G 0.0748 0.1160 0.8091 106 H 0.0875 0.0753 0.8371 107 P 0.0880 0.1988 0.7132 108 S 0.0960 0.2278 0.6762 109 M 0.1594 0.2167 0.6239 110 I 0.1842 0.0894 0.7264 111 P 0.1321 0.0503 0.8176 112 Y 0.1407 0.0531 0.8062 113 T 0.0935 0.0477 0.8587 114 P 0.0432 0.3874 0.5694 115 Y 0.0487 0.4065 0.5448 116 Q 0.1128 0.3562 0.5310 117 M 0.1721 0.1675 0.6604 118 S 0.1242 0.0726 0.8032 119 P 0.1188 0.1271 0.7541 120 M 0.1808 0.1569 0.6622 121 Y 0.2541 0.1229 0.6229 122 F 0.2134 0.0540 0.7326 123 P 0.1185 0.0257 0.8558 124 P 0.0905 0.0576 0.8518 125 G 0.0845 0.0665 0.8490 126 P 0.0602 0.1652 0.7746 127 Q 0.0630 0.1594 0.7776 128 S 0.0858 0.1327 0.7814 129 Q 0.1089 0.1138 0.7773 130 F 0.1459 0.0665 0.7876 131 P 0.1646 0.0599 0.7755 132 Q 0.2822 0.1059 0.6119 133 Y 0.3174 0.0887 0.5939 134 P 0.2348 0.0895 0.6757 135 S 0.1336 0.1388 0.7276 136 S 0.1295 0.1486 0.7219 137 V 0.1218 0.1122 0.7660 138 G 0.1296 0.0622 0.8082 139 T 0.1862 0.0392 0.7746 140 P 0.1973 0.0435 0.7592 141 L 0.2176 0.0652 0.7171 142 S 0.2392 0.0559 0.7049 143 T 0.1909 0.0395 0.7696 144 P 0.1925 0.0526 0.7549 145 S 0.1733 0.0308 0.7959 146 P 0.1434 0.0595 0.7970 147 E 0.1344 0.0590 0.8066 148 S 0.1296 0.1004 0.7700 149 G 0.1153 0.1167 0.7681 150 N 0.1361 0.1163 0.7476 151 T 0.1339 0.1127 0.7533 152 F 0.1154 0.1158 0.7688 153 T 0.1223 0.1024 0.7753 154 D 0.1352 0.0872 0.7776 155 S 0.1276 0.1224 0.7500 156 S 0.0910 0.2650 0.6440 157 S 0.1468 0.2279 0.6252 158 A 0.1863 0.1439 0.6698 159 D 0.1401 0.1173 0.7426 160 S 0.0599 0.2857 0.6544 161 D 0.0614 0.2423 0.6963 162 M 0.1594 0.2344 0.6062 163 T 0.2340 0.1268 0.6392 164 S 0.1799 0.1271 0.6930 165 T 0.1630 0.0950 0.7419 166 K 0.1121 0.1201 0.7678 167 K 0.1574 0.1243 0.7183 168 Y 0.2796 0.0849 0.6355 169 V 0.3045 0.0458 0.6497 170 R 0.1839 0.0237 0.7925 171 P 0.1539 0.0229 0.8232 172 P 0.1182 0.0618 0.8200 173 P 0.1297 0.1291 0.7411 174 M 0.2562 0.1755 0.5683 175 L 0.2490 0.1022 0.6489 176 T 0.1794 0.0659 0.7547 177 S 0.0986 0.0319 0.8695 178 P 0.0242 0.3473 0.6285 179 N 0.0198 0.3555 0.6248 180 D 0.0328 0.3895 0.5777 181 F 0.0233 0.7082 0.2685 182 P 0.0064 0.9028 0.0907 183 N 0.0061 0.9349 0.0590 184 W 0.0053 0.9518 0.0430 185 V 0.0047 0.9581 0.0372 186 K 0.0047 0.9602 0.0351 187 T 0.0047 0.9600 0.0354 188 Y 0.0047 0.9595 0.0358 189 I 0.0047 0.9591 0.0362 190 K 0.0047 0.9566 0.0387 191 F 0.0047 0.9491 0.0461 192 L 0.0050 0.9312 0.0638 193 Q 0.0061 0.8450 0.1489 194 N 0.0087 0.6519 0.3394 195 S 0.0285 0.3466 0.6249 196 N 0.0475 0.1526 0.7999 197 L 0.0593 0.2671 0.6736 198 G 0.0354 0.4067 0.5579 199 G 0.0759 0.3743 0.5499 200 I 0.2185 0.1698 0.6117 201 I 0.3035 0.0402 0.6563 202 P 0.2245 0.0277 0.7478 203 T 0.0844 0.0868 0.8288 204 V 0.0344 0.1576 0.8080 205 N 0.0525 0.0718 0.8757 206 G 0.0453 0.0555 0.8992 207 K 0.1901 0.0360 0.7738 208 P 0.3858 0.0370 0.5772 209 V 0.2397 0.0725 0.6878 210 R 0.2148 0.0808 0.7044 211 Q 0.1843 0.0610 0.7547 212 I 0.1362 0.0603 0.8035 213 T 0.0693 0.0661 0.8646 214 D 0.0097 0.8349 0.1553 215 D 0.0061 0.8865 0.1074 216 E 0.0055 0.9316 0.0630 217 L 0.0050 0.9453 0.0497 218 T 0.0053 0.9404 0.0543 219 F 0.0056 0.9393 0.0550 220 L 0.0053 0.9459 0.0489 221 Y 0.0051 0.9434 0.0514 222 N 0.0056 0.9347 0.0597 223 T 0.0055 0.9277 0.0668 224 F 0.0121 0.9141 0.0738 225 Q 0.0156 0.8907 0.0937 226 I 0.0194 0.8071 0.1735 227 F 0.0427 0.6508 0.3065 228 A 0.0760 0.1998 0.7242 229 P 0.0618 0.1579 0.7803 230 S 0.0121 0.6579 0.3300 231 Q 0.0162 0.6802 0.3036 232 F 0.0340 0.6246 0.3414 233 L 0.0640 0.3438 0.5922 234 P 0.0165 0.7862 0.1973 235 T 0.0085 0.8902 0.1013 236 W 0.0086 0.8952 0.0962 237 V 0.0107 0.9053 0.0840 238 K 0.0102 0.8990 0.0907 239 D 0.0116 0.8485 0.1399 240 I 0.0140 0.7587 0.2273 241 L 0.0307 0.6308 0.3385 242 S 0.0482 0.4106 0.5412 243 V 0.0712 0.3174 0.6114 244 D 0.0721 0.2616 0.6662 245 Y 0.0090 0.9130 0.0779 246 T 0.0053 0.9483 0.0465 247 D 0.0053 0.9541 0.0407 248 I 0.0048 0.9568 0.0385 249 M 0.0047 0.9587 0.0366 250 K 0.0047 0.9572 0.0380 251 I 0.0048 0.9524 0.0428 252 L 0.0049 0.9512 0.0439 253 S 0.0049 0.9445 0.0506 254 K 0.0059 0.9234 0.0707 255 S 0.0065 0.9123 0.0811 256 I 0.0092 0.8882 0.1026 257 E 0.0104 0.8608 0.1287 258 K 0.0158 0.8134 0.1708 259 M 0.0479 0.6725 0.2795 260 Q 0.0596 0.5048 0.4357 261 S 0.0529 0.3291 0.6179 262 D 0.0342 0.2424 0.7234 263 T 0.0318 0.2165 0.7517 264 Q 0.0494 0.2152 0.7354 265 E 0.0254 0.6714 0.3032 266 A 0.0143 0.8423 0.1434 267 N 0.0164 0.8790 0.1046 268 D 0.0176 0.8968 0.0856 269 I 0.0217 0.9182 0.0601 270 V 0.0346 0.9037 0.0616 271 T 0.0302 0.8902 0.0795 272 L 0.0216 0.8845 0.0939 273 A 0.0299 0.7778 0.1923 274 N 0.0445 0.4743 0.4811 275 L 0.1557 0.2646 0.5798 276 Q 0.3096 0.1458 0.5446 277 Y 0.3077 0.0971 0.5952 278 N 0.1293 0.0718 0.7989 279 G 0.0857 0.0810 0.8333 280 S 0.1804 0.0702 0.7493 281 T 0.2525 0.0432 0.7043 282 P 0.1354 0.0408 0.8238 283 A 0.0247 0.6788 0.2965 284 D 0.0079 0.8687 0.1234 285 A 0.0069 0.8976 0.0955 286 F 0.0059 0.9283 0.0658 287 E 0.0061 0.9463 0.0476 288 T 0.0063 0.9499 0.0438 289 K 0.0063 0.9474 0.0463 290 V 0.0063 0.9483 0.0454 291 T 0.0058 0.9483 0.0458 292 N 0.0054 0.9443 0.0503 293 I 0.0050 0.9497 0.0453 294 I 0.0058 0.9484 0.0458 295 D 0.0057 0.9375 0.0568 296 R 0.0084 0.9250 0.0666 297 L 0.0110 0.9068 0.0822 298 N 0.0112 0.8632 0.1257 299 N 0.0172 0.7246 0.2583 300 N 0.0469 0.3108 0.6423 301 G 0.0431 0.0367 0.9202 302 I 0.1030 0.0143 0.8827 303 H 0.1585 0.0192 0.8223 304 I 0.0793 0.5060 0.4147 305 N 0.0515 0.5371 0.4114 306 N 0.0309 0.6989 0.2702 307 K 0.0738 0.7965 0.1298 308 V 0.1191 0.7871 0.0939 309 A 0.0638 0.8636 0.0727 310 C 0.0518 0.8820 0.0662 311 Q 0.0437 0.8967 0.0596 312 L 0.0332 0.9004 0.0664 313 I 0.0263 0.8909 0.0829 314 M 0.0277 0.8538 0.1185 315 R 0.0325 0.6929 0.2746 316 G 0.0387 0.3841 0.5772 317 L 0.0675 0.1188 0.8137 318 S 0.0526 0.1362 0.8112 319 G 0.0520 0.1779 0.7702 320 E 0.1191 0.2153 0.6656 321 Y 0.3460 0.1601 0.4939 322 K 0.4800 0.1833 0.3367 323 F 0.4776 0.2040 0.3184 324 L 0.3361 0.3055 0.3583 325 R 0.2788 0.3596 0.3616 326 Y 0.1871 0.4990 0.3139 327 T 0.1912 0.4235 0.3853 328 R 0.2277 0.3585 0.4138 329 H 0.2330 0.2904 0.4766 330 R 0.2006 0.2681 0.5312 331 H 0.1898 0.2278 0.5824 332 L 0.1772 0.2217 0.6011 333 N 0.1871 0.1512 0.6617 334 M 0.2814 0.2225 0.4961 335 T 0.2945 0.2591 0.4464 336 V 0.0563 0.7776 0.1661 337 A 0.0121 0.8942 0.0937 338 E 0.0108 0.8859 0.1033 339 L 0.0109 0.8879 0.1012 340 F 0.0102 0.9095 0.0803 341 L 0.0099 0.9113 0.0788 342 D 0.0080 0.9182 0.0739 343 I 0.0071 0.9364 0.0565 344 H 0.0071 0.9368 0.0561 345 A 0.0080 0.9217 0.0703 346 I 0.0122 0.8975 0.0903 347 Y 0.0189 0.8659 0.1153 348 E 0.0123 0.8841 0.1036 349 E 0.0108 0.8763 0.1129 350 Q 0.0169 0.8472 0.1358 351 Q 0.0266 0.8100 0.1633 352 G 0.0302 0.7757 0.1940 353 S 0.0449 0.6443 0.3108 354 R 0.0588 0.4603 0.4809 355 N 0.0735 0.2591 0.6674 356 S 0.0756 0.1367 0.7877 357 K 0.0805 0.0903 0.8292 358 P 0.0829 0.1250 0.7921 359 N 0.0925 0.1752 0.7323 360 Y 0.1000 0.1774 0.7225 361 R 0.1244 0.1176 0.7580 362 R 0.1123 0.1160 0.7717 363 N 0.1082 0.0666 0.8252 364 L 0.0669 0.2514 0.6817 365 S 0.0658 0.2660 0.6681 366 D 0.0765 0.3062 0.6172 367 E 0.1088 0.2306 0.6605 368 K 0.1293 0.1644 0.7063 369 N 0.1371 0.1505 0.7124 370 D 0.1621 0.1357 0.7022 371 S 0.1625 0.1226 0.7149 372 R 0.1727 0.1222 0.7051 373 S 0.1966 0.1068 0.6966 374 Y 0.1800 0.0658 0.7542 375 T 0.1391 0.0984 0.7625 376 N 0.1476 0.0680 0.7844 377 T 0.1427 0.0612 0.7961 378 T 0.1302 0.0572 0.8126 379 K 0.1387 0.0384 0.8229 380 P 0.1944 0.0559 0.7497 381 K 0.4146 0.0761 0.5092 382 V 0.6159 0.0616 0.3225 383 I 0.6212 0.0479 0.3309 384 A 0.6075 0.0462 0.3463 385 R 0.4908 0.0515 0.4577 386 N 0.2998 0.0393 0.6608 387 P 0.1577 0.1033 0.7390 388 Q 0.1717 0.0742 0.7541 389 K 0.1855 0.0466 0.7680 390 T 0.1338 0.0578 0.8085 391 N 0.0910 0.0737 0.8353 392 N 0.0535 0.0829 0.8636 393 S 0.1053 0.0800 0.8147 394 K 0.1203 0.1573 0.7224 395 S 0.1599 0.2849 0.5553 396 K 0.2432 0.3865 0.3703 397 T 0.3861 0.3541 0.2598 398 A 0.4402 0.3157 0.2441 399 R 0.4880 0.2898 0.2222 400 A 0.4206 0.2588 0.3207 401 H 0.3608 0.1678 0.4714 402 N 0.3469 0.0996 0.5535 403 V 0.3327 0.1136 0.5537 404 S 0.3405 0.1117 0.5478 405 T 0.2386 0.1037 0.6577 406 S 0.1463 0.1176 0.7362 407 N 0.0902 0.1144 0.7955 408 N 0.0828 0.0889 0.8283 409 S 0.1168 0.0553 0.8280 410 P 0.1048 0.0938 0.8014 411 S 0.0937 0.0818 0.8245 412 T 0.0966 0.1382 0.7652 413 D 0.1314 0.1395 0.7292 414 N 0.1239 0.1778 0.6983 415 D 0.1630 0.1784 0.6586 416 S 0.2249 0.1867 0.5884 417 I 0.2644 0.1552 0.5804 418 S 0.1958 0.1068 0.6974 419 K 0.1515 0.0815 0.7671 420 S 0.1537 0.0582 0.7882 421 T 0.1246 0.0877 0.7878 422 T 0.1497 0.0707 0.7796 423 E 0.2034 0.0513 0.7453 424 P 0.3700 0.0495 0.5804 425 I 0.6309 0.0493 0.3198 426 Q 0.6754 0.0378 0.2868 427 L 0.4619 0.0637 0.4744 428 N 0.1595 0.0852 0.7553 429 N 0.1070 0.0523 0.8408 430 K 0.0735 0.1646 0.7619 431 H 0.1769 0.1382 0.6849 432 D 0.3693 0.1370 0.4938 433 L 0.4459 0.1049 0.4493 434 H 0.4488 0.0712 0.4800 435 L 0.4206 0.0427 0.5367 436 R 0.2158 0.0241 0.7601 437 P 0.1195 0.1813 0.6992 438 G 0.1027 0.1475 0.7498 439 T 0.1426 0.1205 0.7369 440 Y 0.0512 0.0392 0.9096