# TARGET YGR025W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR025W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.114 0.094 0.061 0.164 0.047 0.064 0.106 0.061 0.107 0.056 2 T 0.048 0.193 0.099 0.083 0.111 0.072 0.093 0.103 0.069 0.099 0.030 3 G 0.082 0.078 0.092 0.118 0.112 0.034 0.027 0.066 0.068 0.222 0.101 4 Y 0.165 0.160 0.074 0.026 0.208 0.018 0.025 0.068 0.091 0.106 0.060 5 E 0.065 0.307 0.247 0.030 0.217 0.010 0.018 0.045 0.024 0.020 0.018 6 P 0.128 0.184 0.052 0.016 0.190 0.021 0.057 0.124 0.094 0.080 0.052 7 F 0.139 0.194 0.058 0.021 0.267 0.013 0.014 0.062 0.068 0.105 0.059 8 K 0.106 0.191 0.068 0.019 0.239 0.027 0.063 0.144 0.059 0.052 0.034 9 F 0.330 0.067 0.016 0.008 0.286 0.008 0.016 0.068 0.041 0.070 0.090 10 F 0.099 0.253 0.057 0.056 0.281 0.043 0.032 0.082 0.036 0.036 0.025 11 S 0.273 0.102 0.024 0.005 0.397 0.004 0.008 0.042 0.023 0.043 0.081 12 I 0.196 0.180 0.037 0.017 0.354 0.019 0.020 0.072 0.033 0.027 0.045 13 R 0.203 0.171 0.047 0.014 0.336 0.013 0.023 0.064 0.026 0.042 0.060 14 M 0.207 0.099 0.037 0.025 0.232 0.017 0.016 0.089 0.088 0.096 0.094 15 S 0.047 0.179 0.094 0.067 0.129 0.040 0.065 0.181 0.117 0.058 0.022 16 S 0.119 0.145 0.057 0.016 0.191 0.014 0.030 0.109 0.097 0.163 0.060 17 I 0.125 0.158 0.044 0.015 0.251 0.020 0.049 0.152 0.083 0.063 0.039 18 N 0.094 0.086 0.054 0.047 0.132 0.055 0.069 0.091 0.073 0.211 0.088 19 S 0.069 0.307 0.199 0.052 0.199 0.010 0.010 0.049 0.039 0.043 0.021 20 P 0.054 0.116 0.055 0.019 0.105 0.016 0.046 0.275 0.203 0.085 0.026 21 S 0.075 0.144 0.049 0.011 0.173 0.013 0.053 0.237 0.131 0.080 0.034 22 V 0.222 0.126 0.016 0.003 0.376 0.005 0.015 0.124 0.039 0.037 0.037 23 I 0.204 0.120 0.027 0.012 0.304 0.019 0.036 0.155 0.042 0.036 0.046 24 F 0.198 0.099 0.035 0.023 0.257 0.014 0.013 0.158 0.079 0.059 0.064 25 K 0.076 0.180 0.067 0.026 0.177 0.026 0.045 0.260 0.085 0.033 0.025 26 T 0.196 0.106 0.034 0.010 0.255 0.010 0.025 0.170 0.069 0.069 0.056 27 I 0.124 0.107 0.033 0.027 0.208 0.022 0.028 0.200 0.134 0.067 0.048 28 K 0.077 0.117 0.045 0.033 0.151 0.036 0.064 0.230 0.141 0.071 0.036 29 T 0.119 0.126 0.041 0.010 0.222 0.008 0.041 0.157 0.084 0.147 0.044 30 F 0.100 0.196 0.062 0.026 0.223 0.032 0.070 0.100 0.059 0.091 0.042 31 N 0.140 0.203 0.205 0.058 0.269 0.012 0.008 0.025 0.012 0.024 0.043 32 P 0.018 0.074 0.033 0.047 0.042 0.082 0.160 0.304 0.167 0.062 0.013 33 G 0.038 0.051 0.077 0.061 0.045 0.038 0.042 0.124 0.086 0.363 0.074 34 K 0.100 0.235 0.077 0.016 0.186 0.015 0.024 0.129 0.073 0.095 0.050 35 T 0.114 0.189 0.088 0.020 0.198 0.014 0.014 0.160 0.075 0.071 0.056 36 E 0.053 0.104 0.044 0.015 0.114 0.015 0.028 0.420 0.140 0.049 0.018 37 E 0.074 0.059 0.024 0.010 0.087 0.013 0.023 0.495 0.120 0.065 0.030 38 Y 0.070 0.093 0.035 0.014 0.103 0.013 0.024 0.452 0.101 0.063 0.031 39 R 0.052 0.096 0.035 0.011 0.084 0.010 0.022 0.496 0.114 0.056 0.023 40 A 0.049 0.074 0.028 0.016 0.065 0.014 0.025 0.537 0.119 0.054 0.019 41 K 0.025 0.095 0.042 0.019 0.054 0.023 0.041 0.529 0.112 0.049 0.012 42 K 0.070 0.049 0.025 0.014 0.086 0.010 0.021 0.443 0.136 0.100 0.045 43 A 0.057 0.105 0.039 0.019 0.117 0.019 0.031 0.434 0.113 0.046 0.020 44 Y 0.074 0.095 0.027 0.006 0.162 0.009 0.022 0.399 0.098 0.079 0.029 45 V 0.110 0.091 0.024 0.012 0.165 0.016 0.028 0.367 0.090 0.065 0.033 46 Q 0.054 0.139 0.081 0.042 0.096 0.039 0.066 0.344 0.077 0.042 0.020 47 D 0.086 0.092 0.079 0.044 0.120 0.033 0.041 0.285 0.088 0.093 0.039 48 K 0.034 0.180 0.112 0.088 0.081 0.030 0.040 0.216 0.098 0.097 0.024 49 G 0.040 0.088 0.086 0.084 0.059 0.035 0.027 0.180 0.076 0.254 0.070 50 Y 0.089 0.194 0.058 0.013 0.184 0.013 0.026 0.236 0.087 0.069 0.031 51 L 0.172 0.117 0.046 0.014 0.216 0.013 0.021 0.205 0.082 0.062 0.053 52 R 0.076 0.167 0.076 0.043 0.159 0.038 0.052 0.201 0.098 0.061 0.029 53 Q 0.103 0.185 0.082 0.019 0.213 0.010 0.025 0.150 0.092 0.084 0.038 54 K 0.113 0.171 0.104 0.034 0.176 0.025 0.045 0.100 0.073 0.111 0.048 55 R 0.049 0.344 0.241 0.033 0.188 0.013 0.022 0.053 0.025 0.020 0.012 56 P 0.115 0.234 0.120 0.030 0.173 0.022 0.039 0.073 0.061 0.077 0.056 57 C 0.069 0.365 0.189 0.019 0.250 0.007 0.010 0.031 0.021 0.019 0.020 58 P 0.129 0.184 0.049 0.010 0.262 0.019 0.040 0.116 0.091 0.051 0.047 59 F 0.174 0.127 0.040 0.013 0.313 0.013 0.025 0.099 0.080 0.067 0.049 60 Y 0.219 0.084 0.023 0.020 0.256 0.027 0.036 0.081 0.067 0.102 0.084 61 Y 0.123 0.240 0.056 0.016 0.352 0.009 0.017 0.060 0.042 0.051 0.035 62 R 0.184 0.166 0.065 0.016 0.290 0.012 0.023 0.049 0.043 0.087 0.064 63 I 0.098 0.339 0.155 0.025 0.273 0.008 0.009 0.027 0.019 0.019 0.028 64 P 0.102 0.194 0.077 0.021 0.209 0.024 0.053 0.152 0.085 0.041 0.042 65 T 0.112 0.180 0.084 0.017 0.213 0.013 0.033 0.116 0.089 0.098 0.046 66 C 0.145 0.165 0.058 0.021 0.262 0.022 0.031 0.119 0.067 0.064 0.046 67 T 0.088 0.182 0.090 0.038 0.169 0.024 0.038 0.136 0.083 0.105 0.048 68 A 0.107 0.114 0.051 0.040 0.137 0.023 0.037 0.191 0.140 0.108 0.051 69 S 0.055 0.184 0.086 0.032 0.154 0.024 0.044 0.213 0.115 0.067 0.025 70 K 0.128 0.070 0.023 0.018 0.143 0.023 0.070 0.210 0.126 0.120 0.069 71 Y 0.126 0.183 0.070 0.039 0.232 0.027 0.033 0.096 0.055 0.083 0.056 72 S 0.191 0.139 0.063 0.028 0.270 0.020 0.028 0.093 0.046 0.056 0.067 73 I 0.091 0.140 0.065 0.047 0.160 0.047 0.058 0.162 0.105 0.084 0.039 74 G 0.073 0.134 0.130 0.098 0.121 0.031 0.030 0.099 0.065 0.145 0.074 75 C 0.142 0.156 0.064 0.021 0.225 0.015 0.022 0.121 0.080 0.099 0.056 76 A 0.087 0.173 0.096 0.031 0.156 0.024 0.041 0.187 0.096 0.070 0.038 77 S 0.082 0.145 0.072 0.034 0.141 0.032 0.052 0.205 0.108 0.096 0.035 78 S 0.083 0.123 0.052 0.034 0.134 0.022 0.032 0.194 0.144 0.138 0.043 79 K 0.075 0.140 0.073 0.030 0.137 0.025 0.045 0.220 0.116 0.097 0.043 80 K 0.141 0.141 0.042 0.013 0.220 0.013 0.028 0.140 0.082 0.116 0.063 81 L 0.220 0.166 0.032 0.010 0.345 0.010 0.015 0.075 0.034 0.042 0.052 82 T 0.145 0.165 0.048 0.020 0.283 0.026 0.044 0.119 0.049 0.059 0.043 83 Y 0.219 0.139 0.054 0.020 0.282 0.012 0.015 0.091 0.042 0.060 0.065 84 T 0.119 0.219 0.076 0.032 0.236 0.027 0.036 0.130 0.046 0.046 0.033 85 R 0.196 0.102 0.039 0.025 0.223 0.021 0.027 0.141 0.076 0.077 0.072 86 T 0.093 0.193 0.082 0.045 0.214 0.030 0.036 0.162 0.069 0.049 0.027 87 K 0.220 0.099 0.031 0.016 0.257 0.017 0.034 0.122 0.061 0.071 0.071 88 F 0.164 0.216 0.054 0.021 0.339 0.016 0.014 0.070 0.029 0.035 0.040 89 K 0.230 0.102 0.038 0.022 0.316 0.022 0.031 0.087 0.032 0.052 0.068 90 F 0.207 0.173 0.045 0.028 0.314 0.020 0.017 0.060 0.032 0.048 0.056 91 N 0.156 0.188 0.071 0.032 0.308 0.016 0.019 0.078 0.030 0.045 0.056 92 L 0.252 0.121 0.025 0.007 0.346 0.008 0.012 0.093 0.040 0.041 0.055 93 V 0.210 0.142 0.037 0.015 0.332 0.015 0.022 0.109 0.037 0.034 0.048 94 T 0.127 0.213 0.079 0.025 0.252 0.020 0.025 0.126 0.046 0.046 0.039 95 Q 0.106 0.181 0.097 0.034 0.154 0.020 0.030 0.173 0.086 0.070 0.049 96 R 0.079 0.175 0.108 0.037 0.146 0.025 0.035 0.203 0.093 0.059 0.039 97 E 0.050 0.135 0.057 0.038 0.106 0.049 0.081 0.250 0.129 0.075 0.030 98 N 0.077 0.107 0.071 0.044 0.117 0.025 0.032 0.150 0.109 0.195 0.073 99 S 0.075 0.151 0.079 0.031 0.144 0.021 0.034 0.186 0.113 0.116 0.048 100 L 0.074 0.137 0.069 0.022 0.149 0.019 0.032 0.197 0.127 0.132 0.042