# TARGET YGR022C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR022C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.006 0.008 0.098 0.127 0.742 2 D 0.030 0.016 0.026 0.237 0.181 0.511 3 E 0.029 0.012 0.103 0.343 0.247 0.266 4 E 0.029 0.008 0.117 0.364 0.250 0.231 5 E 0.028 0.009 0.084 0.267 0.315 0.297 6 S 0.022 0.021 0.045 0.220 0.335 0.358 7 S 0.017 0.016 0.042 0.215 0.376 0.333 8 E 0.020 0.008 0.070 0.285 0.373 0.244 9 D 0.016 0.006 0.068 0.274 0.364 0.272 10 N 0.026 0.013 0.055 0.249 0.351 0.306 11 V 0.036 0.013 0.056 0.389 0.274 0.232 12 D 0.047 0.011 0.060 0.353 0.270 0.259 13 E 0.078 0.011 0.082 0.425 0.200 0.203 14 R 0.118 0.020 0.043 0.399 0.163 0.257 15 V 0.132 0.018 0.037 0.369 0.171 0.272 16 S 0.086 0.013 0.025 0.290 0.195 0.392 17 S 0.049 0.010 0.080 0.413 0.209 0.239 18 E 0.040 0.008 0.220 0.415 0.204 0.111 19 E 0.042 0.005 0.247 0.379 0.240 0.086 20 L 0.051 0.010 0.183 0.371 0.287 0.097 21 C 0.049 0.013 0.083 0.343 0.303 0.210 22 G 0.044 0.005 0.054 0.175 0.408 0.313 23 K 0.061 0.009 0.064 0.179 0.355 0.331 24 E 0.143 0.036 0.051 0.167 0.265 0.339 25 V 0.169 0.023 0.050 0.199 0.274 0.285 26 K 0.136 0.010 0.032 0.192 0.291 0.339 27 D 0.119 0.011 0.038 0.282 0.263 0.286 28 T 0.083 0.010 0.064 0.428 0.244 0.172 29 E 0.083 0.007 0.127 0.435 0.211 0.138 30 A 0.092 0.006 0.141 0.460 0.177 0.125 31 I 0.108 0.010 0.091 0.509 0.162 0.119 32 L 0.082 0.010 0.052 0.527 0.152 0.177 33 G 0.092 0.008 0.018 0.231 0.195 0.457 34 V 0.057 0.005 0.056 0.422 0.211 0.249 35 D 0.061 0.009 0.074 0.486 0.186 0.185 36 K 0.054 0.004 0.103 0.689 0.093 0.056 37 L 0.078 0.006 0.068 0.750 0.056 0.042 38 A 0.105 0.003 0.055 0.747 0.046 0.045 39 L 0.225 0.005 0.048 0.634 0.039 0.049 40 L 0.363 0.008 0.036 0.491 0.039 0.063 41 V 0.483 0.004 0.039 0.368 0.048 0.058 42 A 0.462 0.003 0.048 0.352 0.060 0.075 43 S 0.502 0.005 0.040 0.269 0.082 0.104 44 V 0.568 0.008 0.030 0.220 0.080 0.094 45 L 0.625 0.013 0.016 0.154 0.082 0.110 46 D 0.508 0.017 0.016 0.115 0.179 0.165 47 V 0.221 0.014 0.018 0.122 0.328 0.297 48 N 0.076 0.011 0.020 0.090 0.518 0.284 49 D 0.029 0.005 0.045 0.204 0.525 0.192 50 S 0.042 0.011 0.063 0.366 0.313 0.206 51 T 0.061 0.017 0.080 0.413 0.261 0.168 52 A 0.059 0.006 0.051 0.508 0.183 0.191 53 E 0.065 0.010 0.063 0.598 0.153 0.110 54 S 0.071 0.007 0.065 0.592 0.162 0.102 55 E 0.077 0.006 0.061 0.573 0.168 0.116 56 V 0.082 0.011 0.043 0.586 0.147 0.132 57 M 0.096 0.010 0.042 0.568 0.164 0.120 58 E 0.099 0.006 0.043 0.482 0.210 0.161 59 G 0.132 0.006 0.035 0.215 0.296 0.315 60 A 0.352 0.018 0.032 0.132 0.219 0.247 61 V 0.601 0.017 0.019 0.099 0.110 0.153 62 L 0.591 0.006 0.027 0.156 0.098 0.122 63 D 0.640 0.004 0.021 0.165 0.070 0.099 64 V 0.720 0.005 0.012 0.174 0.037 0.051 65 V 0.770 0.004 0.008 0.141 0.034 0.044 66 L 0.715 0.005 0.009 0.180 0.044 0.048 67 L 0.621 0.010 0.015 0.188 0.095 0.071 68 A 0.330 0.009 0.026 0.199 0.254 0.181 69 G 0.155 0.009 0.016 0.069 0.408 0.343 70 T 0.174 0.021 0.021 0.048 0.403 0.333 71 N 0.172 0.024 0.039 0.078 0.412 0.275 72 S 0.147 0.016 0.092 0.134 0.396 0.214 73 C 0.148 0.018 0.102 0.166 0.357 0.208 74 E 0.187 0.014 0.085 0.189 0.306 0.219 75 R 0.309 0.021 0.054 0.184 0.215 0.218 76 T 0.271 0.027 0.036 0.195 0.215 0.256 77 L 0.227 0.021 0.036 0.239 0.246 0.230 78 S 0.148 0.008 0.037 0.255 0.318 0.234 79 G 0.091 0.005 0.055 0.309 0.354 0.186 80 S 0.150 0.015 0.053 0.314 0.288 0.179 81 V 0.242 0.020 0.044 0.404 0.167 0.123 82 V 0.238 0.005 0.044 0.493 0.120 0.100 83 N 0.218 0.006 0.034 0.556 0.098 0.088 84 A 0.226 0.005 0.040 0.617 0.063 0.049 85 M 0.297 0.003 0.030 0.548 0.061 0.062 86 R 0.477 0.005 0.030 0.389 0.043 0.056 87 I 0.574 0.005 0.022 0.325 0.029 0.046 88 V 0.648 0.004 0.013 0.270 0.026 0.038 89 L 0.666 0.004 0.009 0.246 0.027 0.047 90 H 0.568 0.007 0.010 0.241 0.065 0.107 91 I 0.185 0.005 0.041 0.455 0.153 0.161 92 D 0.105 0.007 0.058 0.397 0.249 0.185 93 R 0.051 0.005 0.090 0.533 0.230 0.090 94 L 0.052 0.009 0.063 0.595 0.172 0.110 95 E 0.058 0.005 0.049 0.662 0.125 0.102 96 A 0.045 0.002 0.045 0.768 0.075 0.065 97 E 0.070 0.004 0.033 0.788 0.053 0.052 98 L 0.114 0.004 0.035 0.768 0.044 0.035 99 F 0.155 0.003 0.028 0.737 0.036 0.041 100 F 0.176 0.004 0.021 0.738 0.029 0.033 101 L 0.155 0.002 0.013 0.758 0.031 0.041 102 V 0.089 0.002 0.009 0.806 0.035 0.058 103 G 0.087 0.003 0.017 0.717 0.063 0.113 104 L 0.090 0.006 0.044 0.693 0.082 0.086 105 Q 0.126 0.005 0.065 0.594 0.106 0.105 106 L 0.131 0.008 0.087 0.505 0.120 0.149 107 A 0.121 0.020 0.036 0.327 0.122 0.374 108 I 0.041 0.008 0.015 0.189 0.085 0.662 109 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.983