# TARGET YGR022C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR022C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H I M P Q S T Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.957 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 0.003 2 D 0.001 0.019 0.842 0.001 0.010 0.043 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.029 0.008 3 E 0.001 0.010 0.404 0.001 0.062 0.238 0.001 0.001 0.001 0.005 0.149 0.116 0.015 4 E 0.001 0.008 0.325 0.001 0.087 0.306 0.001 0.001 0.001 0.002 0.139 0.120 0.011 5 E 0.001 0.010 0.338 0.001 0.070 0.302 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.116 0.014 6 S 0.001 0.008 0.350 0.001 0.044 0.346 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.098 0.009 7 S 0.001 0.007 0.387 0.001 0.046 0.333 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.095 0.009 8 E 0.001 0.005 0.216 0.001 0.065 0.464 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.141 0.008 9 D 0.001 0.007 0.203 0.001 0.071 0.372 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.202 0.011 10 N 0.001 0.012 0.330 0.001 0.057 0.266 0.001 0.001 0.001 0.003 0.150 0.161 0.018 11 V 0.002 0.018 0.345 0.001 0.047 0.326 0.001 0.001 0.001 0.006 0.117 0.107 0.030 12 D 0.003 0.012 0.332 0.003 0.059 0.345 0.001 0.001 0.001 0.010 0.093 0.107 0.034 13 E 0.004 0.007 0.213 0.004 0.069 0.407 0.001 0.001 0.001 0.011 0.133 0.106 0.046 14 R 0.006 0.014 0.253 0.003 0.053 0.399 0.001 0.001 0.001 0.012 0.075 0.110 0.073 15 V 0.010 0.026 0.267 0.004 0.034 0.387 0.001 0.003 0.002 0.013 0.101 0.067 0.086 16 S 0.010 0.020 0.381 0.007 0.023 0.322 0.001 0.001 0.002 0.012 0.090 0.067 0.064 17 S 0.008 0.007 0.226 0.003 0.068 0.478 0.001 0.001 0.001 0.004 0.081 0.089 0.035 18 E 0.005 0.007 0.123 0.002 0.111 0.562 0.001 0.001 0.001 0.004 0.049 0.117 0.019 19 E 0.008 0.010 0.105 0.002 0.150 0.485 0.001 0.002 0.001 0.004 0.057 0.148 0.027 20 L 0.010 0.017 0.181 0.003 0.095 0.364 0.001 0.001 0.002 0.007 0.114 0.164 0.042 21 C 0.010 0.015 0.218 0.005 0.058 0.249 0.001 0.002 0.001 0.006 0.128 0.267 0.040 22 G 0.008 0.008 0.240 0.007 0.061 0.211 0.001 0.001 0.001 0.004 0.187 0.236 0.037 23 K 0.008 0.012 0.249 0.004 0.055 0.240 0.001 0.001 0.001 0.007 0.214 0.122 0.087 24 E 0.012 0.027 0.272 0.003 0.055 0.269 0.001 0.002 0.001 0.010 0.091 0.129 0.129 25 V 0.013 0.031 0.392 0.006 0.032 0.196 0.001 0.004 0.002 0.011 0.106 0.052 0.154 26 K 0.014 0.016 0.382 0.013 0.024 0.202 0.001 0.003 0.002 0.012 0.112 0.078 0.141 27 D 0.007 0.007 0.280 0.006 0.041 0.330 0.001 0.002 0.001 0.008 0.132 0.094 0.092 28 T 0.007 0.006 0.151 0.008 0.054 0.543 0.001 0.001 0.001 0.005 0.077 0.095 0.053 29 E 0.010 0.007 0.105 0.008 0.068 0.596 0.001 0.002 0.002 0.007 0.060 0.083 0.052 30 A 0.012 0.008 0.091 0.002 0.061 0.649 0.001 0.003 0.003 0.010 0.042 0.064 0.054 31 I 0.019 0.012 0.111 0.002 0.054 0.591 0.001 0.005 0.005 0.015 0.052 0.064 0.071 32 L 0.014 0.007 0.096 0.006 0.042 0.531 0.001 0.003 0.003 0.014 0.054 0.186 0.044 33 G 0.012 0.008 0.215 0.006 0.032 0.366 0.001 0.003 0.003 0.012 0.089 0.207 0.046 34 V 0.009 0.006 0.216 0.003 0.047 0.488 0.001 0.002 0.002 0.010 0.091 0.085 0.039 35 D 0.008 0.010 0.168 0.005 0.048 0.554 0.001 0.001 0.002 0.009 0.072 0.083 0.039 36 K 0.011 0.006 0.068 0.003 0.049 0.706 0.001 0.004 0.003 0.013 0.032 0.071 0.034 37 L 0.021 0.006 0.066 0.004 0.025 0.747 0.001 0.004 0.010 0.018 0.024 0.039 0.036 38 A 0.040 0.005 0.043 0.009 0.026 0.744 0.001 0.009 0.015 0.020 0.017 0.028 0.044 39 L 0.081 0.005 0.038 0.017 0.023 0.645 0.001 0.013 0.035 0.027 0.015 0.031 0.069 40 L 0.100 0.004 0.028 0.008 0.017 0.653 0.001 0.019 0.028 0.030 0.013 0.034 0.065 41 V 0.107 0.007 0.040 0.014 0.023 0.599 0.001 0.019 0.026 0.031 0.015 0.037 0.082 42 A 0.084 0.004 0.058 0.043 0.029 0.536 0.001 0.009 0.025 0.039 0.034 0.046 0.093 43 S 0.058 0.005 0.078 0.024 0.040 0.520 0.001 0.009 0.009 0.035 0.049 0.076 0.098 44 V 0.053 0.014 0.112 0.007 0.047 0.407 0.001 0.012 0.012 0.059 0.059 0.069 0.149 45 L 0.035 0.027 0.184 0.019 0.033 0.291 0.001 0.012 0.013 0.071 0.095 0.076 0.143 46 D 0.018 0.017 0.389 0.010 0.029 0.161 0.001 0.007 0.009 0.070 0.058 0.083 0.147 47 V 0.010 0.015 0.309 0.003 0.038 0.198 0.001 0.004 0.004 0.026 0.154 0.157 0.081 48 N 0.006 0.008 0.270 0.007 0.036 0.192 0.001 0.002 0.002 0.012 0.163 0.267 0.037 49 D 0.002 0.005 0.292 0.002 0.045 0.195 0.001 0.001 0.001 0.004 0.267 0.164 0.023 50 S 0.003 0.010 0.280 0.002 0.050 0.332 0.001 0.001 0.001 0.003 0.155 0.139 0.025 51 T 0.004 0.012 0.207 0.001 0.061 0.457 0.001 0.001 0.001 0.003 0.094 0.137 0.022 52 A 0.005 0.008 0.169 0.002 0.046 0.559 0.001 0.001 0.001 0.003 0.069 0.117 0.021 53 E 0.004 0.008 0.179 0.001 0.047 0.606 0.001 0.001 0.001 0.005 0.055 0.072 0.020 54 S 0.004 0.005 0.146 0.002 0.052 0.646 0.001 0.001 0.001 0.003 0.061 0.059 0.020 55 E 0.007 0.009 0.163 0.003 0.053 0.575 0.001 0.001 0.002 0.007 0.068 0.069 0.043 56 V 0.014 0.013 0.118 0.003 0.049 0.592 0.001 0.003 0.003 0.011 0.053 0.089 0.050 57 M 0.021 0.019 0.188 0.005 0.046 0.494 0.001 0.004 0.004 0.010 0.062 0.084 0.061 58 E 0.013 0.004 0.088 0.011 0.051 0.446 0.001 0.002 0.005 0.005 0.068 0.271 0.034 59 G 0.017 0.004 0.090 0.011 0.047 0.278 0.001 0.002 0.004 0.005 0.110 0.394 0.040 60 A 0.033 0.015 0.273 0.007 0.033 0.279 0.001 0.007 0.013 0.016 0.095 0.103 0.125 61 V 0.083 0.033 0.174 0.009 0.021 0.237 0.001 0.030 0.021 0.064 0.049 0.057 0.223 62 L 0.129 0.007 0.113 0.081 0.016 0.195 0.001 0.028 0.051 0.101 0.044 0.034 0.201 63 D 0.113 0.004 0.099 0.092 0.018 0.201 0.001 0.021 0.041 0.123 0.054 0.041 0.193 64 V 0.204 0.005 0.056 0.016 0.007 0.108 0.001 0.072 0.102 0.223 0.011 0.010 0.187 65 V 0.241 0.005 0.038 0.034 0.005 0.109 0.001 0.094 0.147 0.131 0.014 0.009 0.172 66 L 0.228 0.006 0.037 0.016 0.008 0.117 0.001 0.110 0.173 0.122 0.008 0.013 0.162 67 L 0.209 0.010 0.075 0.034 0.009 0.090 0.001 0.084 0.174 0.095 0.020 0.033 0.168 68 A 0.118 0.009 0.183 0.028 0.012 0.084 0.001 0.036 0.052 0.071 0.128 0.123 0.156 69 G 0.030 0.011 0.328 0.020 0.016 0.056 0.001 0.006 0.005 0.025 0.236 0.163 0.105 70 T 0.011 0.015 0.359 0.013 0.041 0.071 0.001 0.003 0.003 0.015 0.218 0.168 0.084 71 N 0.007 0.014 0.219 0.011 0.074 0.128 0.001 0.002 0.003 0.010 0.268 0.191 0.074 72 S 0.013 0.023 0.253 0.011 0.082 0.163 0.001 0.005 0.008 0.024 0.168 0.160 0.090 73 C 0.030 0.023 0.276 0.006 0.056 0.210 0.001 0.008 0.005 0.023 0.119 0.084 0.159 74 E 0.042 0.017 0.241 0.017 0.059 0.258 0.001 0.008 0.006 0.021 0.075 0.087 0.168 75 R 0.041 0.018 0.187 0.015 0.057 0.262 0.001 0.008 0.004 0.018 0.095 0.089 0.205 76 T 0.042 0.023 0.266 0.010 0.042 0.250 0.001 0.007 0.004 0.014 0.067 0.096 0.179 77 L 0.030 0.019 0.265 0.010 0.034 0.282 0.001 0.007 0.003 0.012 0.098 0.117 0.123 78 S 0.019 0.010 0.211 0.015 0.035 0.301 0.001 0.003 0.003 0.008 0.107 0.204 0.083 79 G 0.013 0.005 0.155 0.015 0.045 0.325 0.001 0.002 0.002 0.005 0.181 0.181 0.070 80 S 0.022 0.010 0.233 0.003 0.041 0.378 0.001 0.003 0.003 0.009 0.085 0.089 0.124 81 V 0.055 0.031 0.136 0.004 0.038 0.417 0.001 0.015 0.006 0.015 0.052 0.056 0.177 82 V 0.077 0.016 0.156 0.033 0.043 0.323 0.001 0.013 0.013 0.021 0.059 0.053 0.192 83 N 0.065 0.009 0.179 0.050 0.046 0.288 0.001 0.011 0.008 0.023 0.068 0.069 0.183 84 A 0.075 0.004 0.082 0.014 0.058 0.469 0.001 0.011 0.005 0.025 0.041 0.087 0.128 85 M 0.154 0.009 0.086 0.044 0.031 0.341 0.001 0.016 0.009 0.032 0.046 0.042 0.189 86 R 0.169 0.006 0.061 0.030 0.021 0.336 0.001 0.030 0.018 0.056 0.024 0.025 0.221 87 I 0.218 0.006 0.057 0.016 0.012 0.311 0.001 0.039 0.041 0.062 0.016 0.017 0.205 88 V 0.251 0.005 0.051 0.019 0.012 0.271 0.001 0.042 0.063 0.059 0.016 0.015 0.196 89 L 0.191 0.005 0.064 0.019 0.013 0.299 0.001 0.040 0.034 0.077 0.030 0.028 0.199 90 H 0.102 0.010 0.180 0.011 0.016 0.262 0.001 0.024 0.016 0.080 0.038 0.037 0.224 91 I 0.024 0.005 0.173 0.006 0.041 0.462 0.001 0.007 0.005 0.028 0.083 0.070 0.096 92 D 0.011 0.004 0.137 0.009 0.048 0.523 0.001 0.003 0.002 0.011 0.090 0.111 0.051 93 R 0.008 0.004 0.075 0.002 0.073 0.622 0.001 0.003 0.001 0.006 0.054 0.113 0.038 94 L 0.009 0.004 0.103 0.002 0.038 0.672 0.001 0.002 0.002 0.005 0.054 0.078 0.029 95 E 0.013 0.004 0.097 0.004 0.035 0.706 0.001 0.003 0.002 0.006 0.030 0.070 0.030 96 A 0.016 0.004 0.074 0.004 0.032 0.731 0.001 0.003 0.002 0.006 0.033 0.055 0.040 97 E 0.027 0.004 0.053 0.007 0.022 0.741 0.001 0.004 0.003 0.009 0.029 0.047 0.052 98 L 0.051 0.005 0.032 0.007 0.015 0.759 0.001 0.008 0.006 0.012 0.013 0.036 0.057 99 F 0.099 0.003 0.037 0.015 0.013 0.678 0.001 0.015 0.022 0.015 0.012 0.026 0.064 100 F 0.100 0.003 0.027 0.006 0.014 0.693 0.001 0.016 0.021 0.017 0.008 0.028 0.066 101 L 0.071 0.003 0.038 0.005 0.016 0.695 0.001 0.013 0.014 0.023 0.015 0.036 0.071 102 V 0.046 0.004 0.056 0.025 0.019 0.610 0.001 0.009 0.011 0.025 0.036 0.086 0.072 103 G 0.053 0.005 0.113 0.041 0.027 0.401 0.001 0.010 0.005 0.022 0.072 0.152 0.099 104 L 0.077 0.012 0.180 0.009 0.034 0.250 0.001 0.016 0.003 0.032 0.080 0.078 0.228 105 Q 0.047 0.016 0.180 0.008 0.065 0.239 0.001 0.013 0.004 0.038 0.088 0.078 0.225 106 L 0.046 0.016 0.198 0.009 0.049 0.189 0.001 0.018 0.001 0.031 0.116 0.115 0.211 107 A 0.027 0.021 0.334 0.004 0.027 0.106 0.001 0.017 0.001 0.032 0.114 0.152 0.164 108 I 0.002 0.032 0.736 0.003 0.006 0.025 0.001 0.003 0.001 0.021 0.030 0.046 0.096 109 P 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003